genome.fa.s8122.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008122.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110676_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2511854

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2024268--2024298	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2025235--2025278	4	11.0	4	95	0	79	25	0	22	52	1.48
2029263--2029309	18	2.7	17	81	12	51	17	4	6	72	1.22
2031115--2031178	26	2.4	27	84	2	85	53	23	10	12	1.70
2031970--2032059	30	3.0	30	77	9	94	42	5	8	43	1.59
2049974--2050062	9	11.0	8	73	21	53	58	0	0	41	0.98
2049992--2050044	7	7.7	7	74	4	54	64	0	0	35	0.94
2049972--2050054	32	2.5	33	96	3	150	60	0	0	39	0.97
2050135--2050183	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2050685--2050724	21	1.9	21	85	10	55	20	10	10	60	1.57
2052168--2052192	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2055461--2055537	36	2.1	36	85	4	102	37	12	16	32	1.87
2069444--2069481	17	2.2	17	86	9	51	68	0	2	28	1.03
2073571--2073687	61	1.9	61	83	8	150	35	15	11	37	1.84
2081437--2081509	31	2.4	30	80	10	87	41	4	16	38	1.67
2081960--2082050	29	3.1	30	76	10	89	39	4	18	37	1.71
2083696--2083777	31	2.4	31	80	13	83	28	9	21	40	1.85
2088543--2088592	23	2.2	23	85	0	64	44	10	4	42	1.56
2089788--2089813	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2092983--2093108	60	2.1	60	92	1	209	37	10	15	36	1.82
2101565--2101617	16	3.2	15	82	17	61	52	0	0	47	1.00
2103595--2103652	3	18.7	3	84	13	66	60	0	34	5	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103595--2103650	13	3.9	15	75	25	50	60	0	33	5	1.19
2103595--2103650	22	2.5	22	97	0	103	60	0	33	5	1.19
2103872--2103950	26	3.2	26	63	26	71	51	20	1	26	1.55
2103896--2103972	22	3.3	22	65	25	59	54	16	2	25	1.55
2103872--2103974	48	2.1	48	100	0	206	51	18	1	28	1.57
2106833--2106949	60	2.0	60	87	3	173	35	13	15	35	1.87
2108129--2108211	31	2.6	32	78	3	96	16	16	12	54	1.71
2110671--2110718	23	2.0	24	84	11	64	33	14	2	50	1.55
2113695--2113726	15	2.0	17	88	11	50	34	12	25	28	1.92
2125687--2125802	60	1.9	60	85	3	162	28	12	20	37	1.90
2126012--2126124	60	1.9	60	83	10	142	34	17	17	30	1.94
2127316--2127390	29	2.5	31	76	4	73	36	13	2	48	1.57
2130121--2130148	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2145944--2146060	21	5.7	20	74	10	76	40	20	17	21	1.92
2145885--2146056	61	2.8	60	75	10	163	41	22	16	19	1.90
2146008--2146237	20	11.5	20	81	5	232	36	24	18	19	1.94
2147141--2147165	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2147843--2147899	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2147824--2147916	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
2147787--2147921	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
2147917--2148045	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2147917--2148008	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148093--2148561	93	5.1	93	98	0	904	46	18	12	22	1.83
2149366--2149409	21	2.0	22	83	12	56	50	0	6	43	1.29
2150280--2150363	19	4.7	19	80	14	106	44	22	21	11	1.85
2150258--2150363	52	2.0	52	94	0	185	45	20	22	11	1.83
2150375--2150431	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2150359--2150439	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
2150416--2150491	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
2150415--2150492	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
2150571--2150641	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2150823--2150878	23	2.5	22	79	2	67	19	16	41	23	1.90
2151027--2151177	20	7.6	20	84	3	187	19	20	25	34	1.96
2151164--2151246	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
2151144--2151242	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
2156351--2156408	28	2.1	28	83	3	73	46	1	6	44	1.40
2161413--2161437	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2167226--2167382	21	7.8	20	72	7	84	38	24	17	19	1.92
2167349--2167593	20	12.2	20	83	5	246	36	24	18	20	1.95
2168305--2168351	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2168526--2168550	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2168982--2169019	18	2.1	18	100	0	76	39	10	21	28	1.86
2170690--2170778	14	5.6	14	71	23	70	43	23	23	8	1.82
2170682--2170796	33	3.5	33	96	0	212	46	20	22	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170704--2170801	19	5.7	19	70	22	81	44	22	22	10	1.82
2170813--2170869	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2170797--2170877	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
2170853--2170909	21	2.8	20	86	5	78	12	28	17	42	1.85
2171408--2171600	20	9.6	20	84	4	228	18	20	25	35	1.95
2171587--2171669	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
2171567--2171665	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
2173951--2174063	60	1.9	60	83	7	149	38	9	11	40	1.74
2178221--2178259	19	2.0	20	90	5	62	10	28	25	35	1.89
2181513--2181550	17	2.1	18	90	9	60	55	13	0	31	1.38
2181553--2181909	49	7.3	49	96	0	624	56	13	5	25	1.59
2190718--2190802	34	2.5	34	96	0	152	15	24	24	35	1.94
2190831--2190887	22	2.6	22	97	0	105	24	22	38	14	1.91
2191392--2191749	172	2.1	173	90	2	569	39	5	18	37	1.72
2194026--2194400	37	10.0	37	85	9	510	50	6	3	40	1.45
2193983--2194442	14	34.7	14	68	20	199	50	5	3	40	1.44
2194242--2194451	74	2.9	73	84	8	270	50	5	3	40	1.41
2194009--2194416	8	54.8	8	69	20	217	50	6	3	40	1.44
2197259--2197292	18	1.9	17	94	5	59	23	35	17	23	1.95
2197559--2197778	110	2.0	110	97	1	415	28	28	25	18	1.98
2197813--2197900	43	2.0	43	97	0	167	48	22	13	14	1.79
2199008--2199135	63	2.0	63	96	0	238	44	17	4	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201400--2201439	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
2206614--2206682	27	2.5	28	81	9	79	44	27	1	26	1.63
2207671--2207745	31	2.4	31	95	0	141	44	10	13	32	1.78
2212585--2212623	17	2.3	17	86	8	53	25	5	0	69	1.09
2212626--2212686	25	2.3	26	80	11	70	36	6	1	55	1.36
2212644--2212697	25	2.2	25	83	6	65	31	12	0	55	1.38
2217432--2217463	15	2.2	15	94	5	57	50	0	0	50	1.00
2217447--2217548	42	2.5	40	82	10	109	48	3	0	48	1.20
2217488--2217548	21	3.0	20	75	15	72	49	1	0	49	1.10
2217447--2217548	41	2.5	42	84	7	120	48	3	0	48	1.20
2221846--2221999	74	2.1	73	79	3	166	34	11	7	46	1.68
2226792--2226871	30	2.7	30	84	0	106	38	13	7	40	1.73
2228124--2228156	16	2.1	16	100	0	66	9	18	36	36	1.82
2229021--2229098	40	2.0	38	82	9	95	25	17	16	39	1.91
2232938--2232976	12	3.2	12	92	7	62	58	0	0	41	0.98
2232936--2232974	13	3.0	14	85	14	57	58	0	0	41	0.98
2244701--2244753	19	2.8	19	94	0	88	50	9	5	33	1.58
2248938--2249526	51	11.1	56	89	4	381	30	25	15	29	1.96
2249075--2249536	51	8.9	51	93	1	645	29	26	14	29	1.96
2250668--2250735	26	2.5	27	79	11	77	5	20	0	73	1.04
2250674--2250790	42	2.7	41	74	19	105	5	21	0	71	1.12
2250674--2250796	18	6.5	19	67	28	68	5	21	0	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264330--2264380	17	3.0	16	78	21	59	47	3	1	47	1.32
2264345--2264387	16	2.6	17	85	10	63	46	4	0	48	1.22
2264332--2264386	17	3.2	17	76	19	53	47	3	1	47	1.30
2264699--2264724	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
2264873--2264911	13	2.7	15	84	15	64	48	7	5	38	1.54
2265048--2265109	19	3.3	19	80	8	81	43	0	30	25	1.55
2265310--2265342	15	2.1	16	94	5	59	45	6	6	42	1.53
2265426--2265461	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2265714--2265748	7	5.0	7	85	0	52	45	37	0	17	1.48
2265804--2265875	2	37.5	2	76	18	73	50	1	2	45	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8