genome.fa.s8123.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008123.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110677_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  770294

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3546--3588	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
4131--4451	103	3.1	103	97	0	615	25	13	24	37	1.91
4468--4519	23	2.3	23	86	0	68	19	26	26	26	1.99
4467--4530	23	2.8	23	76	4	67	21	23	25	29	1.99
4825--4873	19	2.6	19	83	0	71	34	4	8	53	1.50
7336--8056	199	3.6	196	83	5	855	40	14	14	30	1.86
7336--8053	197	3.6	194	82	5	823	40	14	14	30	1.86
8061--8187	64	2.0	64	87	3	186	31	12	11	44	1.79
10343--10385	17	2.5	17	100	0	86	34	9	13	41	1.77
13402--13448	21	2.2	21	84	0	67	17	25	17	40	1.90
13444--13551	20	5.4	19	77	8	99	36	23	20	20	1.95
14412--14465	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
16962--17016	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
17007--17058	14	3.4	14	72	23	50	44	19	25	11	1.84
16989--17115	33	3.8	33	93	0	218	45	18	23	12	1.83
16969--17119	19	8.7	18	67	22	83	44	19	23	12	1.85
17125--17204	33	2.4	33	91	0	124	10	20	22	47	1.79
17144--17204	19	3.5	19	68	21	60	11	21	21	45	1.82
17311--17347	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
19671--19971	147	2.0	148	95	1	543	34	20	16	27	1.95
20859--20893	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
21475--21519	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24774--24818	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
24797--25100	149	2.0	149	98	0	581	34	21	17	27	1.95
25555--25608	15	3.5	15	75	12	56	37	18	7	37	1.79
25974--26008	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
26589--26633	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
29881--29925	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
29904--30203	147	2.0	146	94	2	530	34	21	17	27	1.95
31074--31108	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
31683--31726	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96
32660--32811	19	8.8	19	68	24	95	45	21	22	11	1.83
32684--32808	33	3.8	33	94	2	218	44	21	23	10	1.83
32699--32787	14	5.6	14	69	23	61	46	21	23	8	1.79
32817--32854	20	1.9	20	94	0	67	5	13	28	52	1.61
32823--32913	33	2.7	33	89	1	128	7	16	25	50	1.71
33008--33294	94	3.1	93	93	2	466	47	17	12	22	1.81
34983--35114	19	7.1	19	80	11	157	45	18	23	12	1.83
35121--35198	20	3.8	20	77	9	86	11	16	19	52	1.74
35756--35801	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
55492--55535	20	2.2	20	91	0	70	29	15	38	15	1.89
63905--64331	229	1.9	226	93	2	739	44	7	7	40	1.62
64305--64351	20	2.3	20	100	0	94	55	10	6	27	1.58
64686--64734	20	2.5	20	89	0	80	59	8	16	16	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64476--64906	182	2.4	181	89	0	639	43	14	16	25	1.85
64868--64910	20	2.2	20	87	8	61	48	11	18	20	1.79
67109--67173	21	3.1	21	79	0	76	38	13	30	16	1.88
67206--67271	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
69000--69048	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
69166--70321	195	5.9	198	96	2	2086	37	15	16	31	1.89
69166--70321	394	2.9	393	95	2	2094	37	15	16	31	1.89
71751--71842	6	15.3	6	76	0	58	36	7	33	21	1.82
71754--71830	36	2.1	36	87	0	109	35	9	33	22	1.85
71802--71846	3	15.0	3	85	0	63	37	2	33	26	1.69
71754--71842	12	7.4	12	81	0	79	35	7	33	22	1.83
71751--71842	18	5.1	18	74	0	67	36	7	33	21	1.82
72960--73002	21	2.1	21	86	4	61	30	11	6	51	1.65
73310--73794	183	2.7	182	94	1	846	34	14	16	34	1.90
76268--76332	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
76616--76661	22	2.1	22	83	0	56	39	8	10	41	1.71
76679--76751	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
77179--77215	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
77473--77559	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
77981--78053	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
78199--78264	29	2.2	29	82	12	73	51	4	0	43	1.22
78524--78566	22	1.9	23	85	4	61	44	9	9	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86304--86354	13	3.9	13	86	0	75	31	1	17	49	1.58
88543--88724	43	4.2	43	84	0	229	32	22	21	22	1.98
88558--88722	86	1.9	87	89	1	260	33	21	21	23	1.97
92040--92485	43	10.8	41	78	8	404	35	17	19	27	1.94
92040--92472	83	5.2	82	79	9	407	35	17	19	27	1.94
94546--94596	26	2.1	23	82	10	57	54	1	15	27	1.52
95115--95201	31	2.8	31	96	0	156	20	17	21	40	1.92
95937--95982	18	2.6	18	92	0	74	19	47	21	10	1.80
96827--96860	17	1.9	18	88	5	52	38	11	14	35	1.83
98495--98562	24	2.9	24	89	6	95	29	14	20	35	1.93
103173--103254	24	3.5	24	84	3	112	26	18	19	35	1.95
104265--104363	31	3.2	31	91	0	162	27	15	22	35	1.94
105038--105090	22	2.4	22	87	12	74	32	20	24	22	1.98
105114--105167	22	2.5	22	84	0	72	20	18	16	44	1.87
105113--105153	12	3.6	12	77	12	50	17	17	21	43	1.87
109045--109087	18	2.2	20	84	8	54	25	30	18	25	1.98
110562--110594	14	2.4	14	90	5	50	84	0	15	0	0.61
110636--110722	20	4.4	20	73	17	67	59	0	35	4	1.18
110668--110740	21	3.4	21	82	3	65	58	0	38	2	1.12
110709--110745	18	2.0	19	89	5	58	45	0	48	5	1.25
110288--110722	3	147.7	3	75	8	297	63	0	32	4	1.17
110766--110844	15	5.3	15	73	3	61	3	26	0	69	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119969--120000	12	2.7	12	90	0	55	28	9	18	43	1.81
119996--120047	24	2.2	24	89	3	79	25	13	17	44	1.85
119953--120023	36	2.0	36	86	2	99	26	12	18	42	1.86
120056--120119	22	2.9	22	76	0	74	17	10	14	57	1.64
121095--121128	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
126336--126369	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
131717--131757	21	1.9	22	90	5	66	43	14	14	26	1.84
132461--132569	22	5.0	22	80	8	116	26	22	17	33	1.96
132461--132569	44	2.5	43	86	1	146	26	22	17	33	1.96
133008--133058	20	2.5	20	93	6	86	23	23	19	33	1.97
145141--145201	21	2.9	21	82	2	77	24	31	26	18	1.97
147076--147285	65	3.3	63	79	11	228	25	19	24	30	1.98
147806--147853	18	2.6	19	83	6	55	47	22	27	2	1.62
147821--147856	18	1.9	19	94	5	65	47	25	27	0	1.52
148344--148371	14	2.0	14	100	0	56	57	7	0	35	1.26
149666--149775	22	5.0	22	90	0	175	21	24	20	32	1.98
162818--162866	6	8.2	6	95	0	80	30	48	16	4	1.64
162864--162922	5	11.8	5	88	0	64	18	37	37	6	1.78
168819--168857	5	7.8	5	91	0	60	20	35	41	2	1.66
170599--170631	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
173121--173169	15	3.5	15	72	16	50	42	2	0	55	1.11
175424--175567	63	2.3	63	77	10	143	50	0	2	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175475--175545	25	2.8	24	77	10	70	50	0	0	49	1.00
175449--175543	28	3.2	28	75	12	75	50	0	1	48	1.07
175480--175540	22	2.6	24	78	17	65	52	0	0	47	1.00
175673--175726	27	2.0	27	85	7	74	57	0	0	42	0.98
175671--175736	28	2.6	25	80	17	75	56	0	0	43	0.99
176165--176203	20	1.9	21	89	5	62	30	2	5	61	1.31
176463--176514	24	2.2	23	90	10	79	36	9	0	53	1.34
180535--180617	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
185303--185385	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
188463--188512	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4