genome.fa.s8143.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008143.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110705_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1142845

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
646996--647047	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
649790--649827	20	1.9	20	100	0	76	23	23	21	31	1.98
651465--651498	17	2.0	17	100	0	68	23	5	29	41	1.78
655884--655910	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
658027--658089	24	2.6	24	85	9	76	28	17	22	31	1.96
658050--658101	24	2.2	24	85	0	68	28	19	19	32	1.96
667952--667994	2	22.0	2	90	4	70	53	0	0	46	1.00
668946--669018	15	4.9	15	83	3	103	42	5	20	31	1.75
668946--669018	30	2.5	30	97	2	139	42	5	20	31	1.75
669193--669293	29	3.6	28	78	18	95	54	1	0	42	1.18
669239--669342	19	5.5	19	65	10	52	52	0	0	45	1.13
669305--669350	19	2.5	19	82	10	60	58	0	0	41	0.98
669318--669379	23	2.6	23	85	10	72	50	0	0	50	1.00
669248--669368	23	4.9	24	71	22	74	52	0	0	46	1.12
669552--669672	42	2.9	43	91	3	201	47	19	17	15	1.82
671047--671084	14	2.7	14	100	0	76	65	0	26	7	1.19
671238--671318	31	2.6	30	84	5	99	32	14	27	25	1.95
671647--671694	20	2.5	19	83	12	62	35	8	0	56	1.30
676044--676102	21	2.8	22	65	17	52	57	6	0	35	1.25
677584--677653	31	2.3	31	90	2	106	31	28	17	22	1.96
680008--680053	20	2.3	20	84	0	56	13	28	23	34	1.92
681309--681393	30	2.7	32	74	7	93	48	28	10	12	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683414--683458	2	22.5	2	86	0	63	0	57	0	42	0.98
688432--688524	44	2.1	44	91	0	150	34	11	31	22	1.90
691936--692072	60	2.3	61	79	5	154	33	24	2	38	1.71
692199--692321	60	2.0	60	83	6	151	41	4	21	32	1.72
697593--697657	32	2.0	32	90	0	103	21	29	6	43	1.77
702378--702451	31	2.4	31	77	8	96	35	9	0	55	1.32
702394--702449	16	3.5	16	71	24	55	35	12	0	51	1.40
703793--703883	23	4.0	23	83	0	119	28	24	27	19	1.99
705469--705566	40	2.3	42	83	10	112	24	16	21	37	1.93
708473--708541	24	2.8	24	89	10	81	39	11	10	39	1.75
708486--708541	24	2.3	24	100	0	112	37	10	12	39	1.78
712262--712316	27	2.0	27	96	0	101	38	16	14	30	1.89
714409--714513	31	3.4	32	82	5	101	40	12	12	35	1.81
717144--717607	110	4.4	104	85	8	564	16	12	14	55	1.69
717223--717607	102	3.7	102	90	3	558	16	12	15	55	1.69
726723--726762	20	2.0	20	95	0	71	45	12	5	37	1.64
726776--726814	20	2.0	20	89	0	60	41	15	5	38	1.69
729031--729070	20	2.0	20	100	0	80	45	10	5	40	1.60
729084--729122	20	2.0	20	89	0	60	41	15	5	38	1.69
730539--730591	26	2.0	25	82	13	63	39	7	24	28	1.82
735253--735306	27	2.0	27	96	0	99	22	5	3	68	1.26
741283--741413	64	2.0	64	95	0	235	35	13	14	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742077--742129	22	2.4	22	83	0	79	22	26	11	39	1.88
743943--744023	41	2.0	41	87	2	119	27	16	11	45	1.80
748139--748202	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
762242--762305	18	3.5	18	75	10	58	45	1	1	51	1.20
762236--762340	30	3.2	33	69	26	89	44	2	1	50	1.27
762827--762900	18	4.0	18	77	5	76	51	0	2	45	1.15
766632--766689	31	1.9	31	85	3	82	58	1	12	27	1.43
767217--767604	197	2.0	197	87	3	566	35	11	14	38	1.83
767647--767688	22	1.9	22	90	0	66	52	2	7	38	1.42
771192--771283	39	2.3	38	80	7	103	33	10	4	51	1.57
771268--771456	95	2.0	95	95	1	344	31	5	7	55	1.51
771299--771456	49	3.3	50	70	17	147	31	4	7	56	1.47
772651--772742	31	3.0	31	90	3	123	36	22	17	22	1.94
772989--773020	15	2.1	16	94	5	57	46	18	9	25	1.79
780329--780414	19	4.3	19	80	12	75	24	30	29	16	1.96
780331--780414	20	4.1	20	80	11	82	23	30	28	16	1.96
784587--784646	25	2.4	25	91	8	95	61	10	8	20	1.53
785106--785148	16	2.7	16	88	0	59	72	2	2	23	1.08
785451--785477	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
788364--788406	22	2.0	22	95	0	77	27	23	27	20	1.99
790333--790401	23	3.0	23	86	0	93	26	24	27	21	1.99
790417--790629	103	2.1	103	92	0	354	36	22	13	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792314--792358	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
795215--795276	32	1.9	32	93	0	106	51	0	6	41	1.27
802886--803077	48	3.9	51	81	7	236	31	11	6	49	1.66
802878--803084	98	2.1	100	87	3	294	32	11	6	49	1.65
807330--807406	39	2.0	39	97	0	145	14	20	14	50	1.77
809327--809363	18	2.0	18	89	5	56	59	2	18	18	1.50
809577--809607	15	2.1	15	100	0	62	25	0	6	67	1.14
809580--809628	23	2.1	24	84	3	64	38	0	4	57	1.18
811439--811507	29	2.4	29	83	7	79	26	1	10	62	1.35
815438--815532	30	3.1	30	83	4	111	45	2	6	46	1.40
815598--815643	23	2.0	24	91	4	76	52	6	6	34	1.53
816959--816998	18	2.2	19	90	4	64	50	5	0	45	1.23
831329--831363	5	7.0	5	100	0	70	80	0	0	20	0.72
834240--834273	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
838951--838983	12	2.8	12	100	0	66	33	6	42	18	1.75
840735--840817	41	2.0	41	97	0	157	24	8	31	36	1.85
843811--843860	22	2.2	23	82	10	66	42	14	12	32	1.82
843817--843865	22	2.2	22	88	0	71	38	12	16	32	1.86
846013--846041	15	2.0	15	93	6	51	34	0	13	51	1.42
855317--855450	67	2.0	67	100	0	268	49	16	14	19	1.80
857644--857902	144	1.8	140	83	5	340	50	16	10	22	1.74
869847--869887	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871935--871994	3	20.0	3	96	0	93	61	0	0	38	0.96
871923--871989	21	3.2	22	87	6	86	55	0	0	44	0.99
872156--872766	113	5.1	120	80	10	394	25	18	15	40	1.90
872345--872884	113	4.7	113	81	10	614	26	19	14	38	1.91
872222--872879	351	1.9	346	86	3	953	26	19	14	39	1.90
872822--872961	39	3.6	39	97	1	255	17	22	9	50	1.75
872873--872938	19	3.2	23	61	34	58	19	22	10	46	1.80
872711--873074	191	1.9	189	87	6	540	24	21	12	41	1.87
872899--873332	113	3.9	113	89	3	630	27	18	14	39	1.90
872899--873332	224	1.9	223	88	4	660	27	18	14	39	1.90
873732--873808	22	3.5	22	90	0	127	37	14	14	33	1.86
874195--874270	40	1.9	40	88	0	116	31	23	10	34	1.89
876353--876665	114	2.7	114	93	1	520	31	20	15	32	1.94
882189--882242	14	3.8	14	85	2	63	51	9	14	24	1.71
884599--884648	22	2.3	21	79	6	55	68	2	0	30	1.01
885948--886001	3	18.0	3	92	0	72	59	0	0	40	0.98
885940--885996	18	3.1	18	89	5	78	52	0	0	47	1.00
887349--887387	19	2.1	19	90	4	62	58	5	0	35	1.20
887357--887456	52	1.9	51	88	6	148	58	10	0	32	1.31
892186--892339	21	7.5	21	72	4	143	20	18	25	35	1.95
892205--892420	20	10.6	20	72	4	171	18	19	22	38	1.93
892182--892356	41	4.3	41	97	0	325	18	18	24	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892182--892420	61	3.9	61	77	3	266	19	18	23	38	1.93
892250--892447	102	1.9	102	91	4	328	19	20	21	38	1.93
892182--892400	82	2.7	82	87	2	226	20	18	23	37	1.94
892352--892466	41	2.8	40	85	6	135	21	20	20	38	1.94
892413--892495	19	4.1	20	73	11	62	21	16	24	37	1.94
892412--892504	22	4.4	22	77	9	95	20	18	24	36	1.95
893117--893155	12	3.2	12	96	0	69	0	15	56	28	1.40
893117--893155	6	6.5	6	90	0	60	0	15	56	28	1.40
896710--896740	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
905985--906184	55	3.6	56	79	9	135	34	22	14	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5