genome.fa.s8151.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008151.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110717_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  219606

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
649--690	22	2.0	22	85	4	59	35	19	16	28	1.93
1387--1548	3	53.7	3	84	6	211	1	35	0	63	1.02
5860--5906	16	2.8	17	80	6	51	36	6	0	57	1.24
11691--11721	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
13614--14730	3	374.3	3	70	16	468	4	34	1	59	1.27
13603--13824	47	4.8	48	73	17	139	4	28	0	66	1.16
13614--13783	71	2.4	72	80	12	167	5	25	0	68	1.15
13669--13735	25	2.7	25	82	11	68	1	25	1	71	1.03
13689--13766	41	1.9	41	84	10	106	5	23	1	70	1.14
13759--13907	23	6.2	24	67	20	71	5	40	0	53	1.29
15598--15665	23	3.0	23	95	0	109	30	26	25	17	1.97
17265--17305	21	2.0	21	95	0	73	34	19	19	26	1.96
18011--18130	3	40.0	3	81	6	145	2	33	0	64	1.07
21923--21969	16	2.8	17	80	6	51	36	6	0	57	1.24
27867--27947	23	3.7	23	72	9	87	37	25	18	18	1.94
27865--27964	43	2.3	43	92	0	164	34	26	20	20	1.96
27892--27959	20	3.2	20	70	11	64	33	26	20	19	1.96
28229--28297	30	2.3	29	76	14	70	30	18	0	50	1.47
32183--32256	23	3.4	21	71	17	62	36	24	16	22	1.94
32181--32276	43	2.2	42	88	3	138	34	23	17	23	1.96
32545--32613	30	2.3	29	76	14	70	30	18	0	50	1.47
35362--35439	29	2.7	29	76	6	77	44	2	15	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38203--38299	17	5.5	17	81	4	104	35	10	11	43	1.75
38223--38292	19	3.8	19	87	5	92	31	8	14	45	1.75
38203--38292	34	2.5	36	87	5	121	33	10	12	44	1.75
42374--42405	16	2.0	16	100	0	64	18	18	37	25	1.94
47396--47456	6	10.0	6	87	1	77	49	6	1	42	1.38
47401--47456	8	7.2	8	88	8	71	50	7	0	42	1.30
47401--47455	14	3.9	14	92	0	83	50	7	0	41	1.30
48446--48503	20	2.9	20	94	0	98	25	25	10	37	1.88
49262--49313	22	2.3	23	83	12	63	26	17	13	42	1.86
49519--49556	18	2.1	18	100	0	76	28	44	5	21	1.73
49832--49994	87	1.9	87	94	0	290	41	9	15	33	1.80
53508--53754	120	2.1	120	94	0	431	37	15	14	32	1.87
53628--54398	183	4.2	183	96	1	1395	33	16	14	35	1.90
55612--55675	12	5.3	12	82	0	65	20	31	9	39	1.84
57140--57901	200	3.8	200	95	0	1319	30	18	14	36	1.91
58123--58183	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
58135--58183	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
60814--60860	20	2.4	19	79	10	58	19	14	10	55	1.68
60781--61253	181	2.6	182	89	1	682	26	15	14	43	1.85
61407--61431	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
62221--62250	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
62929--63149	83	2.7	82	80	6	232	28	19	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62929--63153	41	5.4	41	82	4	227	27	19	18	34	1.95
65509--65702	42	4.6	43	80	5	202	22	26	19	31	1.97
65778--65833	21	2.6	22	85	2	87	46	17	17	17	1.85
69532--69578	20	2.3	21	85	10	71	27	17	17	38	1.91
71727--71771	17	2.5	18	89	7	65	64	4	0	31	1.13
72660--72707	18	2.6	19	90	6	73	54	2	8	35	1.42
73001--73047	13	3.6	13	82	0	67	46	23	0	29	1.52
73001--73059	26	2.3	26	100	0	118	47	23	0	28	1.52
73013--73059	13	3.6	13	82	0	67	48	23	0	27	1.51
73001--73069	26	2.7	26	93	0	102	44	21	4	28	1.71
75277--75355	2	39.5	2	100	0	158	50	0	0	49	1.00
75519--75625	24	4.5	24	71	0	88	48	16	12	22	1.79
75519--75627	48	2.3	48	78	0	128	48	16	12	22	1.80
78114--78147	15	2.3	15	100	0	68	23	26	35	14	1.94
78113--78144	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
78121--78164	13	3.2	13	87	6	52	18	22	40	18	1.91
79095--79124	13	2.3	13	94	0	51	36	26	10	26	1.88
80441--80483	20	2.0	20	86	8	59	55	0	2	41	1.12
80441--80482	14	3.2	13	83	12	50	57	0	2	40	1.12
80600--80664	33	2.0	33	96	0	121	46	15	12	26	1.81
83672--83784	51	2.3	49	86	7	149	36	7	7	48	1.60
87926--88058	55	2.4	55	91	2	214	52	11	14	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89146--89193	22	2.2	22	92	0	78	39	2	4	54	1.32
91179--91209	16	1.9	16	93	0	53	58	12	12	16	1.64
91549--91616	25	2.6	26	81	11	77	38	7	1	52	1.38
91627--91673	24	2.0	24	87	8	69	57	0	2	40	1.11
91698--91745	10	4.9	10	85	12	64	54	0	0	45	0.99
91698--91746	2	27.5	2	77	22	56	53	0	0	46	1.00
91698--91746	17	2.7	19	87	12	77	53	0	0	46	1.00
97080--97239	26	6.2	26	77	11	157	31	24	8	35	1.86
97114--97288	78	2.2	78	95	0	314	32	23	10	34	1.88
97716--97761	23	2.0	24	87	12	69	39	15	13	32	1.85
98689--98765	3	27.3	3	75	15	58	27	1	5	66	1.21
98874--98947	33	2.3	31	79	9	78	27	5	2	64	1.28
98937--98985	18	2.7	18	85	14	66	20	4	0	75	0.96
109520--109571	7	7.3	7	83	12	70	78	0	19	1	0.84
109520--109574	15	3.9	14	84	11	76	78	0	20	1	0.85
109520--109571	22	2.4	22	81	12	56	78	0	19	1	0.84
112815--112901	30	2.9	30	74	15	81	27	1	4	66	1.18
113059--113119	19	3.3	18	76	19	63	21	3	1	73	1.06
113062--113122	18	3.4	18	78	14	72	21	3	1	73	1.06
113062--113159	36	2.7	34	80	10	97	16	4	4	75	1.11
113062--113163	37	2.8	36	82	10	111	15	3	4	75	1.12
122034--122108	36	2.1	36	80	7	82	44	9	9	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123253--123297	9	5.3	9	79	15	60	55	0	0	44	0.99
123253--123312	24	2.5	24	97	0	111	56	0	0	43	0.99
123262--123314	15	3.9	15	70	27	55	56	0	0	43	0.99
123501--123528	12	2.3	12	100	0	56	50	0	0	50	1.00
126960--126984	6	4.2	6	100	0	50	0	16	52	32	1.44
127057--127423	21	17.4	21	80	5	328	36	21	20	22	1.95
132217--132285	33	2.1	32	84	7	86	28	7	11	52	1.64
134392--134430	17	2.2	19	90	9	64	43	17	2	35	1.63
135201--135464	139	1.9	139	86	3	381	45	7	7	38	1.62
136258--136297	19	2.0	20	85	4	55	47	5	7	40	1.54
137670--137704	18	1.9	18	88	0	52	62	5	5	25	1.40
139244--139291	23	2.0	25	84	8	64	62	10	2	25	1.38
144904--145394	5	98.8	5	98	0	727	20	4	20	54	1.61
152387--152420	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
152386--152420	13	2.6	13	90	4	52	77	0	2	20	0.90
152473--152507	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
152896--152969	2	37.5	2	97	2	141	51	0	0	48	1.00
152962--153002	7	6.1	7	81	18	52	70	0	0	29	0.87
152962--152999	12	3.0	13	92	7	53	71	0	0	28	0.87
152962--153002	19	2.2	18	91	4	64	70	0	0	29	0.87
153984--155155	105	11.3	105	91	3	1715	22	18	26	33	1.97
153984--155155	205	5.7	207	91	2	1706	22	18	26	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153984--155155	305	3.8	310	91	3	1799	22	18	26	33	1.97
155759--155916	68	2.4	65	85	6	210	36	9	21	32	1.86
155746--155942	65	2.9	67	80	8	213	38	9	20	30	1.85
155892--156200	36	8.9	36	69	15	150	38	13	20	27	1.90
156096--156197	36	2.8	37	90	3	161	37	12	24	25	1.91
157060--157110	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
157717--157765	20	2.4	21	82	6	64	2	14	6	77	1.05
157736--157786	10	4.8	10	76	21	50	0	13	5	80	0.89
157726--157786	22	2.7	22	82	7	79	0	13	6	80	0.90
160004--160033	9	3.3	9	95	0	51	76	0	3	20	0.92

Tables:   1   2