genome.fa.s8156.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008156.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110722_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  820393

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  1  of  5  ( 528 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6346--6400	17	3.4	17	92	5	87	18	41	21	18	1.90
6390--6433	7	6.4	7	80	15	56	18	29	27	25	1.98
6396--6433	13	2.8	13	92	4	58	18	28	26	26	1.98
8576--8700	39	3.2	39	64	20	105	38	25	16	20	1.92
8542--8788	80	3.1	80	94	0	431	35	26	18	19	1.95
9597--9635	17	2.3	17	86	8	53	28	30	25	15	1.96
12807--12845	21	1.9	20	85	15	53	41	0	0	58	0.98
12893--12924	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
12973--13028	27	2.1	27	82	0	67	48	3	17	30	1.65
13373--13430	21	2.8	21	82	7	75	50	5	0	44	1.24
15589--15635	16	2.9	16	84	6	60	34	23	2	40	1.67
17388--17438	25	2.0	25	84	0	66	25	17	27	29	1.98
24374--24586	107	2.0	107	94	0	372	40	13	10	35	1.79
25337--25434	35	2.8	34	83	10	126	42	18	8	30	1.79
26912--26947	2	18.0	2	88	0	54	50	0	5	44	1.25
26947--27119	2	86.5	2	97	0	319	50	0	47	1	1.11
26921--26969	16	3.1	16	87	0	62	51	0	20	28	1.48
32705--32754	16	3.2	16	69	25	52	56	10	4	30	1.51
32705--32755	17	3.2	17	69	25	56	56	9	3	29	1.49
33332--33405	32	2.3	33	88	2	105	8	16	24	51	1.71
42644--42843	56	3.6	56	77	2	195	43	13	12	31	1.81
42980--43095	58	2.0	58	98	0	223	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43609--43674	24	2.7	25	84	13	84	50	0	1	48	1.10
43607--43677	25	2.8	26	82	14	87	49	0	1	49	1.09
43680--43737	23	2.5	22	79	17	57	37	1	10	50	1.47
43748--43784	3	12.0	3	94	5	65	32	0	0	67	0.91
43748--43791	6	6.7	7	94	5	51	31	0	0	68	0.90
43810--43859	21	2.3	22	77	16	59	40	24	18	18	1.91
45382--45435	19	2.8	20	85	5	74	37	16	11	35	1.84
48434--48468	17	2.1	17	89	10	54	31	11	25	31	1.91
49083--49126	18	2.5	17	81	7	52	56	4	0	38	1.20
49121--49199	24	3.4	23	72	13	81	45	0	8	45	1.34
49197--49253	24	2.5	24	81	16	68	42	1	8	47	1.45
49277--49328	18	2.9	18	83	13	63	21	0	5	73	1.04
50094--50125	6	5.7	6	96	3	50	18	0	9	71	1.12
52133--52165	12	2.8	12	95	4	59	69	0	0	30	0.88
52131--52168	20	1.9	20	89	10	60	68	0	0	31	0.90
52178--52232	18	3.1	18	84	5	67	49	3	1	45	1.30
52282--52496	37	5.8	38	75	14	128	40	10	6	42	1.65
52326--52519	37	5.3	37	78	10	193	42	9	5	43	1.59
52326--52519	73	2.7	72	78	6	212	42	9	5	43	1.59
63375--63409	17	2.1	17	89	5	54	77	5	11	5	1.12
64509--64555	20	2.2	21	77	11	51	74	0	8	17	1.05
65791--65837	16	2.9	16	78	15	51	65	2	0	31	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65823--65877	25	2.2	25	87	6	76	49	5	3	41	1.43
65840--66155	37	8.3	38	71	19	164	42	8	4	44	1.53
65893--65925	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
65911--65956	23	2.0	24	86	4	67	41	4	2	52	1.33
65829--65983	79	2.0	78	83	11	201	42	5	4	47	1.46
65923--66155	37	6.3	37	76	15	198	41	9	3	45	1.55
70697--70733	18	2.1	18	89	0	56	29	2	13	54	1.53
71340--71375	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
72267--72297	16	1.9	16	100	0	62	58	19	12	9	1.62
72369--72413	16	2.8	16	77	12	56	60	24	6	8	1.51
72634--72685	11	4.6	11	85	4	68	25	23	21	30	1.99
72644--72685	11	3.7	12	90	9	70	26	26	19	28	1.98
72634--72685	23	2.3	22	86	3	68	25	23	21	30	1.99
73534--73619	24	3.6	24	81	10	79	55	18	12	12	1.68
73547--73618	34	2.1	34	89	0	108	55	20	12	11	1.67
73547--73598	10	4.8	10	78	17	59	57	17	11	13	1.64
74175--74223	24	2.0	24	92	0	80	44	8	18	28	1.78
74764--74946	41	4.5	41	91	2	287	18	21	25	35	1.95
74796--74943	20	7.2	20	70	7	118	15	21	25	37	1.93
74764--74994	41	5.6	41	86	5	249	19	20	23	36	1.95
74766--74987	123	1.8	122	89	3	347	18	20	24	36	1.94
75066--75109	6	7.5	6	97	2	81	31	52	15	0	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75570--75600	5	6.2	5	100	0	62	0	41	38	19	1.51
75602--75661	6	10.5	6	98	1	99	0	16	53	30	1.44
75779--76164	41	9.5	41	80	8	331	36	23	21	18	1.95
75823--76139	102	3.1	102	86	7	448	36	23	22	17	1.94
75779--76201	142	3.0	142	85	5	543	36	22	22	18	1.95
75779--76168	20	19.1	21	68	10	191	36	23	21	18	1.95
77210--77313	48	2.2	48	87	6	149	50	6	11	31	1.65
83178--83282	37	2.8	37	85	0	147	40	14	14	31	1.86
83837--83946	18	6.2	17	68	23	59	28	5	0	65	1.21
83897--83948	27	1.9	27	88	7	79	30	0	1	67	1.02
83958--84003	11	4.2	11	86	8	58	21	6	4	67	1.32
84528--84596	22	3.0	23	79	12	70	17	2	2	76	1.03
85738--85774	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
89123--89169	16	3.1	15	85	14	62	80	6	12	0	0.88
89131--89200	19	3.5	20	72	16	56	80	5	12	1	0.96
89145--89199	23	2.5	22	77	11	60	83	5	9	1	0.86
89126--89199	39	1.9	37	83	5	94	81	6	10	1	0.94
89968--90044	22	3.5	22	89	0	118	40	25	12	20	1.89
90850--92538	106	16.0	106	89	1	2413	34	23	18	23	1.96
93269--93373	37	2.8	37	83	0	138	40	13	14	32	1.84
93854--93893	11	3.5	11	86	6	53	25	5	5	65	1.34
94361--94432	34	2.3	31	83	11	85	30	2	4	62	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94419--94490	14	5.1	14	75	11	51	19	4	2	73	1.12
94423--94502	9	8.6	9	74	18	58	21	5	1	72	1.11
94474--94506	16	2.1	16	88	11	50	24	3	0	72	0.98
95592--95926	83	4.1	83	78	7	308	32	16	20	30	1.95
95947--96251	83	3.7	81	81	4	306	37	17	17	26	1.92
95775--96103	181	1.8	181	82	2	419	35	18	17	28	1.93
97235--97295	32	1.9	32	89	0	95	59	13	6	21	1.57
98140--98179	15	2.7	15	92	0	62	15	52	2	30	1.55
100561--100612	27	1.9	27	88	0	77	28	3	57	9	1.48
102069--102098	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
102316--102374	21	2.8	20	70	25	59	61	1	6	30	1.32
102397--102421	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
116059--116117	16	3.9	16	77	18	56	71	0	0	28	0.87
116064--116121	22	2.7	22	80	15	59	68	0	0	31	0.89
116457--116515	28	2.1	28	90	0	91	33	11	15	38	1.84
116485--116567	34	2.3	35	89	6	123	34	9	15	39	1.80
116810--118224	106	13.4	106	88	2	1979	22	18	24	34	1.96
123501--123559	16	3.9	16	77	18	56	71	0	0	28	0.87
123506--123563	22	2.7	22	80	15	59	68	0	0	31	0.89
124477--124522	22	2.0	23	87	8	67	45	10	4	39	1.59
125958--126075	31	3.8	31	80	6	116	27	19	16	35	1.94
125957--126075	62	1.9	62	86	3	168	27	19	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131297--131400	54	1.9	54	98	0	199	44	15	16	24	1.86
132355--132444	31	2.9	30	79	9	101	24	17	21	36	1.94
134605--134735	65	2.0	65	85	2	174	28	21	19	31	1.97
134632--134755	65	1.9	65	86	0	176	26	20	20	32	1.97
141455--141516	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
141498--141537	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
144313--144363	20	2.5	20	100	0	102	19	35	25	19	1.95
150243--150314	23	3.2	22	67	15	58	27	20	23	27	1.99
152270--152403	65	2.1	65	84	5	173	29	21	18	29	1.97
152297--152419	65	1.9	65	83	3	158	29	21	17	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5