genome.fa.s8156.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008156.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110722_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  820393

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155692--155753	25	2.4	26	84	13	83	46	17	4	30	1.69
155892--155934	18	2.4	18	76	0	50	23	25	37	13	1.92
162892--162949	29	2.0	30	89	3	91	48	15	3	32	1.62
164607--164640	14	2.2	16	90	10	54	70	2	5	20	1.21
171446--171759	164	1.9	164	91	2	515	41	11	4	42	1.62
174665--174711	22	2.1	22	96	0	85	36	4	14	44	1.65
174868--176077	659	1.9	643	95	3	1901	30	15	22	31	1.95
176877--176947	38	1.9	36	83	16	92	53	8	5	32	1.54
177373--177448	27	2.6	30	85	12	122	22	18	44	14	1.86
180467--180523	25	2.5	22	78	15	64	40	7	21	31	1.80
185299--185328	15	1.9	16	93	6	53	40	6	13	40	1.71
186612--186664	3	17.0	3	77	14	54	35	0	0	64	0.94
192384--192455	26	2.7	25	76	18	65	76	2	15	5	1.09
192393--192471	31	2.6	30	80	15	83	77	2	16	3	1.03
192436--192517	14	5.6	14	72	20	53	73	8	17	1	1.15
192434--192507	14	5.6	14	81	13	61	75	8	14	1	1.09
192434--192468	12	2.9	12	91	0	52	77	5	17	0	0.96
192415--192521	40	2.8	38	75	13	94	74	6	16	1	1.11
194216--194443	105	2.2	103	81	10	275	31	15	11	40	1.84
194410--194513	36	2.9	36	94	0	172	36	17	10	35	1.84
194590--194834	132	1.9	131	82	7	309	29	13	14	42	1.84
195027--195159	64	2.1	61	82	6	151	33	12	12	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195151--195230	35	2.2	36	82	10	101	37	18	11	32	1.87
195385--195453	28	2.4	28	86	13	95	26	13	13	47	1.78
195546--195846	135	2.3	133	86	1	415	26	31	17	24	1.97
196031--196089	3	19.0	3	80	13	66	35	0	0	64	0.94
197706--197762	30	1.9	30	85	7	80	21	12	10	56	1.65
200725--201590	346	2.5	344	85	2	1162	35	13	16	34	1.88
205046--205083	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
205103--205193	45	2.0	46	89	2	139	28	24	19	27	1.99
213785--213822	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
218873--219072	82	2.4	82	86	0	265	20	11	35	33	1.89
220267--220326	28	2.1	30	84	6	79	58	5	0	36	1.20
224651--224677	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
229111--229258	72	2.1	72	98	1	289	19	18	21	39	1.92
236589--236725	40	3.6	40	73	16	130	47	14	7	30	1.71
236637--236942	137	2.2	136	84	5	402	41	13	7	37	1.74
236772--236886	40	2.9	40	89	1	178	45	12	5	37	1.64
236992--237267	58	5.0	58	75	12	238	41	15	10	32	1.81
237090--237180	47	2.0	46	86	2	128	46	16	12	25	1.81
237137--237268	57	2.3	58	88	3	187	40	15	11	33	1.83
237035--237241	104	2.0	105	87	2	301	43	15	11	29	1.82
237422--237526	45	2.4	44	82	4	124	46	17	6	29	1.73
247133--247180	21	2.3	21	88	0	69	31	35	16	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247990--248014	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
258780--258878	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
258873--258914	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
261335--261392	28	2.1	28	84	9	75	22	17	13	46	1.83
262844--262868	13	1.9	13	100	0	50	64	16	12	8	1.49
266829--267117	20	14.6	20	77	7	216	38	23	19	19	1.93
266890--267088	41	5.1	41	83	7	218	39	22	19	19	1.93
266929--267069	74	1.9	75	91	1	230	40	21	19	18	1.92
267636--267714	20	3.9	21	81	5	76	51	15	20	12	1.75
267705--267768	33	1.9	33	93	0	110	46	26	18	7	1.76
267772--267912	19	7.8	19	72	20	115	12	21	19	47	1.81
267789--267863	33	2.3	33	92	0	132	10	21	22	45	1.82
267802--267872	33	2.2	33	92	0	115	11	22	21	45	1.83
267849--267912	20	3.1	21	78	17	80	12	23	15	48	1.79
267979--268033	25	2.2	26	80	9	69	18	9	18	54	1.69
269832--269898	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
269780--269898	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
271246--271281	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
271388--271486	33	3.0	32	83	2	117	47	20	18	14	1.82
271450--271491	19	2.2	19	100	0	84	50	23	14	11	1.76
271531--271610	19	4.4	19	73	17	80	15	20	20	45	1.86
271568--271595	14	2.0	14	100	0	56	14	21	21	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271616--271689	20	3.7	20	69	16	62	24	17	25	32	1.97
275107--275289	41	4.8	36	84	8	154	18	19	22	39	1.92
275107--275250	74	1.9	75	91	1	236	16	19	22	41	1.90
275065--275289	20	11.4	20	78	7	174	18	19	22	39	1.93
275065--275289	40	5.7	40	84	7	248	18	19	22	39	1.93
275300--275350	20	2.5	20	87	6	68	15	17	23	43	1.88
275177--275332	61	2.5	61	76	8	156	18	18	24	38	1.93
275318--275413	21	4.7	20	71	15	70	23	18	20	36	1.95
275318--275411	42	2.3	42	78	9	104	24	19	21	35	1.96
275810--275857	19	2.5	19	93	3	78	35	27	14	22	1.93
275872--275943	20	3.6	20	77	7	83	29	25	20	25	1.99
276110--276160	22	2.3	22	86	0	75	23	45	11	19	1.83
276549--276592	19	2.3	19	92	7	72	11	18	25	45	1.82
276595--276638	20	2.2	20	83	0	52	18	18	25	38	1.92
278643--278680	20	1.9	20	88	0	58	50	18	18	13	1.78
278725--278772	20	2.4	20	89	0	69	16	18	29	35	1.93
278740--278802	20	3.2	20	88	0	81	14	15	23	46	1.83
279276--279373	21	4.7	21	73	5	72	22	35	18	23	1.95
280921--280972	20	2.6	20	90	0	77	48	23	13	15	1.80
280936--280980	20	2.2	20	88	0	63	48	20	22	8	1.76
281023--281159	20	6.8	20	90	0	202	27	18	21	32	1.96
280979--281159	40	4.7	40	80	7	205	25	18	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281327--281364	12	3.2	12	85	3	51	15	0	26	57	1.38
281330--281363	18	1.9	17	94	5	59	17	0	23	58	1.38
284279--284316	17	2.2	18	95	4	69	26	0	36	36	1.57
284463--284530	20	3.3	20	74	11	66	23	17	26	32	1.97
284442--284530	41	2.2	41	85	4	117	23	15	25	34	1.95
284545--284590	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
284556--284592	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
284855--284895	22	1.9	22	90	5	66	48	7	0	43	1.30
284855--284902	22	2.2	22	85	7	62	50	6	0	43	1.27
287834--287971	45	3.2	45	82	9	164	32	7	15	44	1.74
288087--288501	58	7.1	58	83	5	450	36	5	12	45	1.65
288366--288463	27	3.5	27	67	20	74	35	3	10	51	1.52
288385--288474	27	3.2	27	66	17	65	38	2	12	46	1.54
288396--288484	27	3.1	27	66	17	72	38	2	12	47	1.54
288544--288653	38	3.0	37	78	10	111	36	4	12	46	1.63
288679--288850	39	4.4	39	79	4	175	41	7	13	37	1.73
288683--288987	167	1.8	167	83	4	409	37	6	14	41	1.72
288851--288991	39	3.6	39	87	3	194	34	4	14	46	1.67
288762--288992	78	2.7	87	83	8	273	35	5	14	44	1.69
295054--295101	18	2.7	18	96	3	89	54	4	31	10	1.53
296648--296686	21	1.9	21	89	5	62	33	5	10	51	1.58
296907--296966	23	2.8	21	85	10	68	21	38	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304712--304758	24	2.0	23	87	4	67	23	6	4	65	1.33
312343--312379	19	2.0	19	94	5	67	21	5	21	51	1.68
313102--313150	23	2.1	23	85	7	64	63	12	2	22	1.39
314632--314661	14	2.1	15	93	6	53	50	6	10	33	1.62
320221--320245	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
322452--322510	22	2.8	21	82	5	75	15	27	42	15	1.86
322451--322537	42	2.1	42	86	4	122	13	25	41	19	1.88
322895--322933	20	1.9	21	89	5	62	12	10	38	38	1.78
323031--323090	20	3.0	20	92	0	102	23	20	36	20	1.95
323193--323243	20	2.5	20	87	0	75	29	15	29	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5