genome.fa.s8161.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008161.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110730_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  673301

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1385--1520	59	2.3	59	78	7	143	38	5	4	51	1.46
1577--1733	18	9.1	18	68	14	80	40	4	8	45	1.55
1624--1700	25	3.0	25	76	16	68	41	6	9	42	1.62
3574--3634	2	30.0	2	75	21	56	44	1	6	47	1.39
3559--3642	28	2.9	29	81	13	77	44	4	5	45	1.49
3574--3634	17	3.6	18	76	14	67	44	1	6	47	1.39
3574--3634	19	3.3	18	72	22	56	44	1	6	47	1.39
3598--3660	30	2.1	30	88	11	94	39	6	9	44	1.62
3631--3665	18	1.9	18	100	0	70	40	8	11	40	1.72
3701--3773	23	3.3	22	77	17	80	53	1	6	38	1.36
3701--3764	23	2.8	22	80	15	85	54	1	6	37	1.35
3685--3751	32	2.1	32	86	8	91	52	4	5	37	1.46
3685--3764	13	6.6	13	68	23	59	52	3	6	37	1.45
3915--3952	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
3815--3951	2	73.5	2	68	21	66	49	2	1	46	1.22
3991--4073	24	3.2	27	80	10	84	39	3	6	50	1.44
4035--4073	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
4117--4889	211	3.7	209	87	8	1084	29	12	8	49	1.69
13942--14026	41	2.1	41	95	4	154	47	15	20	17	1.83
15832--15928	20	4.9	20	86	6	135	16	29	34	19	1.94
15832--15928	39	2.5	39	89	5	142	16	29	34	19	1.94
17034--17124	24	3.8	24	81	9	107	41	17	14	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18592--18711	63	1.9	63	94	0	213	27	27	9	35	1.87
21347--21392	20	2.4	19	85	7	58	30	13	6	50	1.66
22250--22319	34	2.1	34	86	5	99	22	25	15	35	1.94
23046--23112	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
23332--23390	29	2.0	31	86	6	86	32	23	6	37	1.81
23774--23923	66	2.2	66	85	4	194	18	27	26	28	1.98
23903--23944	21	2.0	21	86	4	59	14	26	28	30	1.95
29971--30037	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
30255--30314	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
30330--30396	29	2.4	28	87	7	93	37	13	10	38	1.79
30698--30849	69	2.2	69	87	2	209	17	27	26	27	1.98
30829--30871	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
31784--31848	21	3.0	21	90	2	94	10	26	41	21	1.86
41447--41477	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
44601--44885	141	2.0	142	93	1	491	37	13	15	33	1.87
51981--52035	20	2.8	20	82	0	65	43	10	14	30	1.80
52347--52393	21	2.2	21	96	0	85	27	21	17	34	1.95
59981--60019	5	7.8	5	97	0	51	28	0	10	61	1.28
59981--60022	15	2.8	15	88	0	57	30	0	9	59	1.29
63377--63419	18	2.4	18	92	0	68	37	0	20	41	1.53
66520--67109	200	3.0	200	85	2	740	39	12	13	35	1.82
67631--67689	18	3.3	18	78	0	64	23	25	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69829--69858	15	2.0	15	93	0	51	30	6	13	50	1.67
70178--70213	18	1.9	19	88	5	56	30	2	8	58	1.42
71851--71890	21	2.0	21	85	9	57	42	10	10	37	1.72
71688--72739	199	5.3	198	85	4	1241	39	13	12	34	1.83
71688--72739	397	2.7	390	83	5	1294	39	13	12	34	1.83
75161--75613	201	2.3	200	83	3	554	40	12	14	33	1.83
75161--75702	199	2.7	197	80	5	588	39	13	13	33	1.83
75906--76442	226	2.4	226	87	2	794	32	14	13	38	1.86
82756--82810	29	1.9	28	81	3	65	38	23	9	29	1.85
82854--82895	13	3.3	13	83	6	59	14	23	45	16	1.84
82874--82927	18	3.0	18	94	0	99	16	16	48	18	1.82
82859--82894	12	2.8	13	87	8	56	16	19	47	16	1.83
90126--90167	13	3.3	13	86	6	68	16	21	45	16	1.86
90146--90181	18	2.0	18	100	0	72	16	16	50	16	1.79
90130--90166	12	2.9	13	88	8	58	18	18	45	16	1.85
91740--91794	26	2.2	25	84	12	69	43	0	0	56	0.99
91727--91782	17	3.0	20	79	15	73	46	0	1	51	1.11
91739--91803	20	3.2	20	74	8	60	46	0	0	53	1.00
93719--93867	73	2.0	73	86	0	208	41	13	10	34	1.79
98048--98094	17	2.7	17	83	9	51	65	0	2	31	1.04
98118--98164	22	2.1	22	84	0	58	72	0	6	21	1.07
99828--99912	28	3.0	27	89	6	125	28	11	22	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101109--101243	45	3.0	43	75	18	127	20	3	3	71	1.17
101119--101243	43	2.8	43	73	17	114	21	4	3	71	1.17
101109--101169	15	4.1	15	76	0	68	18	1	1	78	0.91
101153--101253	36	2.8	36	73	13	91	23	3	4	67	1.28
104506--104544	14	3.0	12	82	17	51	76	2	17	2	1.01
106605--106805	65	3.1	65	79	3	208	32	17	10	39	1.84
106700--106889	36	5.4	36	73	12	162	28	18	13	40	1.88
106847--107020	65	2.6	65	84	5	224	33	21	8	36	1.84
106847--107019	67	2.6	67	86	3	208	32	21	8	36	1.84
107723--108094	106	3.5	106	85	7	518	32	25	19	22	1.97
109412--109559	2	76.0	2	75	15	96	37	4	0	57	1.20
109586--109756	37	4.7	34	72	21	109	25	5	2	66	1.24
109647--109768	45	2.9	40	70	17	95	23	4	2	69	1.18
109690--109779	36	2.5	37	82	12	107	24	4	3	67	1.24
110784--110843	16	3.8	16	77	0	66	41	16	23	18	1.90
114576--114622	24	1.9	25	86	4	69	29	21	10	38	1.87
115378--115415	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
122760--122846	35	2.5	34	78	12	88	55	10	6	27	1.59
125141--125192	8	6.1	9	73	13	56	63	1	1	32	1.16
125138--125190	16	3.2	17	84	10	65	66	1	1	30	1.13
125144--125193	17	3.0	17	91	2	75	60	4	2	34	1.27
125228--125267	10	4.0	10	90	0	62	37	0	32	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125558--125636	29	2.7	29	86	0	95	44	10	11	34	1.74
149891--149951	11	5.5	11	74	5	52	0	6	9	83	0.80
151715--151743	13	2.2	13	100	0	58	37	13	31	17	1.89
158647--158693	21	2.2	21	100	0	94	44	8	8	38	1.65
158987--159086	50	2.0	51	96	2	184	38	19	4	39	1.70
167426--168154	363	2.0	363	99	0	1449	39	13	20	26	1.90
169810--169869	23	2.9	20	82	9	68	23	33	25	18	1.97
174422--174534	34	3.3	33	71	19	97	41	2	7	48	1.44
176448--176486	19	2.1	19	85	0	51	43	15	0	41	1.46
177103--177155	21	2.5	21	93	0	88	28	28	22	20	1.99
177351--177405	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
177391--177489	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
177484--177523	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
180472--180513	23	1.9	22	90	9	68	42	4	0	52	1.22
180476--180521	23	2.1	22	88	8	67	47	4	0	47	1.21
185391--186053	346	1.9	345	90	2	1071	34	11	16	36	1.85
188386--189018	331	1.9	331	94	0	1124	28	26	15	28	1.96
195406--195466	25	2.4	25	97	0	113	44	0	0	55	0.99
201622--201659	20	1.9	20	84	10	51	10	42	13	34	1.78
208617--209006	134	2.9	133	84	0	501	25	16	29	28	1.97
209011--209143	65	2.1	64	87	4	187	40	12	18	29	1.86
209443--209596	37	4.2	35	74	9	119	37	10	22	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211334--211377	19	2.4	19	96	3	81	6	15	25	52	1.68
213723--213764	20	2.1	20	90	0	66	30	4	4	59	1.39
213734--213772	20	2.0	20	89	0	60	23	5	7	64	1.40
213625--214994	685	2.0	684	89	0	2103	33	8	18	39	1.82
216382--216427	20	2.3	20	88	3	67	36	26	0	36	1.57
217581--217647	30	2.2	31	89	2	100	26	19	8	44	1.80
247555--247607	8	6.5	8	75	12	54	66	0	0	33	0.92
247579--247634	16	3.6	16	74	11	53	64	3	1	30	1.21
255649--255825	32	5.5	32	79	5	187	32	15	12	38	1.86
255649--255820	64	2.7	64	86	1	238	30	16	13	39	1.87

Tables:   1   2   3   4