genome.fa.s8167.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008167.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110748_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1661898

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5866--6024	49	3.2	49	88	0	237	37	14	22	25	1.92
9098--9156	24	2.4	25	86	11	77	22	6	0	71	1.09
13617--13712	39	2.5	39	81	6	106	35	18	28	17	1.94
18147--18198	20	2.5	20	75	3	50	25	21	19	34	1.96
21369--21500	45	2.9	45	85	4	160	40	7	20	31	1.80
35337--35461	45	2.8	45	86	1	171	39	5	23	32	1.78
37490--37687	98	2.0	98	88	0	288	32	23	20	23	1.98
37784--37830	20	2.2	22	78	17	55	42	19	12	25	1.86
43161--43560	54	7.4	55	86	4	483	34	16	15	33	1.90
43188--43570	162	2.4	162	88	3	538	34	16	15	33	1.91
48326--48351	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
49364--49864	54	9.3	54	87	1	673	32	17	16	33	1.92
50207--50260	22	2.7	19	88	8	72	29	18	16	35	1.93
50209--50260	19	2.5	21	87	9	72	28	19	17	34	1.94
51263--51339	39	2.0	39	97	0	145	45	15	5	33	1.69
53177--53342	81	2.0	81	86	2	226	18	5	33	42	1.73
53202--53407	81	2.5	80	79	6	209	19	5	32	42	1.75
56993--57428	159	2.7	162	87	3	621	18	14	30	37	1.90
60588--60650	24	2.7	23	75	4	72	23	7	17	50	1.72
60708--61487	165	4.7	165	89	1	1177	17	14	30	36	1.91
60738--61480	330	2.3	330	96	0	1353	17	14	30	37	1.90
63458--63486	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63549--63613	29	2.2	30	78	13	73	52	7	9	30	1.61
68228--68274	16	2.8	17	79	17	53	27	8	8	55	1.59
70691--70724	14	2.5	14	90	4	52	32	0	5	61	1.20
71689--71724	18	1.9	19	88	5	56	33	0	11	55	1.35
71689--71740	20	2.8	18	82	8	59	32	0	7	59	1.26
72410--72453	22	2.0	22	100	0	88	27	9	13	50	1.72
77787--77892	21	5.0	21	79	8	108	22	33	21	22	1.98
77794--77912	42	2.8	42	88	5	161	23	34	19	22	1.96
77799--77912	21	5.4	20	79	6	102	23	35	20	21	1.96
79204--79362	64	2.4	65	95	2	284	29	1	17	50	1.56
82132--82186	24	2.2	24	87	3	74	40	20	18	21	1.92
83133--83233	20	5.1	20	86	6	125	34	10	20	33	1.88
83241--83285	21	2.2	21	84	4	56	22	15	20	42	1.89
83340--83395	20	2.8	20	73	10	60	23	14	32	30	1.94
84482--84714	43	5.4	42	82	5	234	25	20	24	30	1.98
84491--84717	86	2.6	84	82	6	267	22	19	24	32	1.98
84495--84734	129	1.9	129	84	3	322	22	18	24	33	1.97
87384--87496	43	2.7	44	81	6	110	37	21	14	27	1.92
87484--87578	41	2.3	41	89	3	156	34	22	18	24	1.96
90497--90575	34	2.5	33	84	12	94	39	1	2	56	1.21
90721--90756	18	1.9	19	94	5	65	44	0	2	52	1.15
90799--90859	32	1.9	32	86	6	88	47	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90903--90968	24	2.8	24	77	13	75	45	0	1	53	1.09
96840--97081	43	5.6	43	86	1	279	23	24	18	33	1.97
100235--100309	3	25.3	3	81	8	91	65	1	0	33	1.01
100648--101419	113	6.8	113	86	4	1006	29	19	13	37	1.90
100649--101436	338	2.3	337	85	5	1029	30	18	13	37	1.90
101789--101846	22	2.6	22	81	10	73	39	10	17	32	1.83
103170--103343	70	2.4	70	80	6	197	28	20	16	34	1.94
109461--109499	14	2.8	14	88	0	60	53	5	12	28	1.60
109747--109833	43	2.0	44	81	2	104	35	22	11	29	1.90
112071--112130	23	2.5	23	77	20	61	70	3	3	23	1.18
113332--113406	3	25.3	3	81	8	91	65	1	0	33	1.01
119845--119959	35	3.2	35	71	22	121	37	22	13	26	1.92
119794--119977	72	2.5	72	93	3	316	37	21	14	27	1.91
119815--119924	37	3.0	36	68	24	104	38	21	13	26	1.91
126108--126429	42	7.8	42	84	7	430	37	26	19	16	1.93
126189--126448	82	3.2	82	93	2	450	37	26	19	16	1.93
126106--126448	62	5.6	60	79	11	333	38	25	19	16	1.92
126106--126448	20	16.8	20	78	12	342	38	25	19	16	1.92
126542--126589	6	8.0	6	100	0	96	0	16	50	33	1.46
126685--127120	20	21.2	20	76	14	390	16	19	25	38	1.92
126693--127018	62	5.2	62	85	8	407	16	19	26	37	1.93
126685--127064	82	4.6	83	85	10	494	17	18	25	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131826--131882	25	2.3	24	79	8	62	36	29	17	15	1.91
133100--133175	32	2.4	32	88	0	107	35	15	19	28	1.93
143902--143954	1	53.0	1	76	0	52	88	0	11	0	0.51
143868--143948	22	3.9	20	77	16	76	83	1	13	1	0.76
143866--143958	6	15.3	6	77	14	93	83	1	13	1	0.75
146778--146816	2	20.0	2	89	5	62	46	2	0	51	1.14
148359--148420	21	3.0	20	84	13	72	80	3	11	4	0.98
148340--148421	33	2.4	34	85	4	112	78	4	13	3	1.06
155251--155301	24	2.1	24	85	0	66	39	9	25	25	1.86
153918--156026	955	2.2	952	82	3	2537	39	14	18	27	1.90
156462--156567	32	3.3	32	81	0	122	34	10	19	34	1.86
156511--156585	32	2.3	32	81	4	89	32	9	17	41	1.81
159898--159965	28	2.4	28	80	4	75	13	29	20	36	1.91
163574--163897	55	5.9	55	84	7	340	29	23	17	29	1.97
163575--163897	165	2.0	166	83	7	417	30	23	17	29	1.97
163942--164204	36	7.3	36	87	4	370	23	19	17	39	1.92
177536--177627	22	4.2	22	80	8	107	32	14	25	28	1.94
177529--177636	44	2.5	44	81	3	128	33	15	24	26	1.95
177646--177698	18	2.8	19	74	5	54	26	16	30	26	1.97
181907--181944	20	1.9	20	94	0	67	7	21	36	34	1.82
183870--183922	17	3.1	17	86	0	70	37	15	3	43	1.64
185324--185875	54	10.2	54	89	1	757	37	20	16	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185324--185875	269	2.0	270	87	1	786	37	20	16	25	1.93
189991--190218	112	2.0	112	88	0	341	30	15	16	36	1.91
194197--194253	24	2.4	22	83	16	78	38	1	3	56	1.27
194200--194240	2	20.5	2	85	9	57	43	2	0	53	1.13
201784--201883	15	6.9	14	69	23	57	71	0	24	5	1.06
201753--201882	35	3.6	35	77	16	108	69	0	25	4	1.13
201825--201852	9	3.1	9	100	0	56	67	0	32	0	0.91
201816--201885	7	9.6	7	70	14	52	72	0	22	4	1.01
201764--201899	37	3.7	35	72	22	102	69	0	24	5	1.16
207619--207704	34	2.6	34	83	10	106	56	3	12	26	1.52
207619--207780	32	4.9	34	80	6	133	50	4	16	29	1.63
207649--207777	32	3.9	32	82	5	152	49	4	16	29	1.65
209464--209616	43	3.6	42	79	3	164	29	11	23	35	1.90
209456--209614	86	1.8	86	86	5	232	31	11	22	34	1.90
209587--209647	31	2.0	31	83	6	79	32	14	22	29	1.94
209627--209791	43	3.9	43	81	3	190	23	16	23	36	1.94
210197--210284	21	4.2	21	85	0	113	2	35	19	43	1.64
213960--214080	3	40.7	3	88	3	165	34	1	0	63	1.04
214572--214615	23	1.9	23	85	0	61	70	6	22	0	1.11
226880--226909	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
228059--228303	52	4.7	52	98	0	472	22	15	23	38	1.92
228966--229833	113	7.7	113	94	0	1414	37	12	20	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230122--230226	3	35.7	3	88	3	160	34	1	0	63	1.05
230711--230757	24	2.0	24	86	0	67	74	6	19	0	1.03
238305--238392	42	2.1	44	85	6	119	36	15	14	32	1.89
238313--238403	41	2.2	41	80	7	105	31	18	15	34	1.92
238431--238560	42	3.1	41	76	17	142	30	17	16	35	1.93
238433--238585	82	1.9	83	87	4	229	28	20	16	34	1.94
239284--239314	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
246488--246584	39	2.6	38	80	6	117	27	17	15	39	1.90
246798--246998	67	3.0	67	86	0	287	30	17	13	38	1.89
247001--247589	138	4.3	137	78	4	549	28	27	16	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5