genome.fa.s8184.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008184.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110785_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1549336

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--185	20	9.4	20	80	9	204	19	18	26	35	1.95
1864--1892	15	2.0	15	93	6	51	37	0	6	55	1.27
8152--8196	12	3.8	12	82	5	65	17	22	26	33	1.96
8153--8205	23	2.3	23	90	0	79	20	22	24	32	1.98
13990--14039	23	2.2	23	82	7	57	54	0	2	44	1.11
14024--14090	28	2.4	28	79	0	80	46	1	1	50	1.19
16792--16851	30	2.0	30	100	0	120	20	6	13	60	1.55
22098--22146	24	2.0	24	100	0	98	36	12	20	30	1.89
30855--30880	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
33377--33422	23	2.0	24	82	4	58	39	6	8	45	1.61
41905--42001	29	3.4	29	71	8	99	50	2	1	46	1.20
41919--42012	29	3.3	29	70	7	84	50	1	1	47	1.15
41894--42043	57	2.8	54	85	7	180	50	3	0	46	1.23
41982--42034	22	2.4	22	74	0	52	45	3	0	50	1.19
44585--44718	70	1.9	68	95	3	241	39	6	20	32	1.79
54296--54394	45	2.2	45	85	0	126	24	23	29	23	1.99
57460--57500	21	1.9	22	85	5	57	51	12	2	34	1.52
58429--58469	15	2.7	16	77	11	50	65	2	0	31	1.05
59473--59531	28	2.1	27	80	14	75	32	8	16	42	1.79
59476--59531	29	2.0	29	89	3	87	32	8	17	41	1.81
59823--59891	30	2.3	30	82	12	88	21	11	11	55	1.67
67390--67722	111	3.0	111	97	0	621	44	10	7	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67786--67829	18	2.5	17	85	10	61	63	2	0	34	1.07
68725--68798	30	2.4	30	84	8	87	39	0	1	59	1.06
70518--70565	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
70569--70662	21	4.5	21	89	5	120	18	34	26	21	1.96
71182--71277	31	3.2	28	78	15	77	53	4	3	39	1.36
71197--71277	31	2.5	33	84	7	105	53	3	3	39	1.37
71667--72016	126	2.8	126	99	0	691	32	20	26	21	1.97
72084--72124	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
75121--75157	12	2.9	13	88	8	58	45	0	0	54	1.00
75115--75152	13	3.0	12	88	11	58	50	0	0	50	1.00
78458--78491	15	2.3	15	94	0	59	26	0	47	26	1.53
78836--78936	22	4.5	22	67	11	69	40	0	8	50	1.34
78729--78891	15	10.5	15	83	9	202	47	0	1	50	1.11
78871--79460	32	19.4	32	68	21	269	33	0	13	52	1.42
78871--79643	54	14.1	54	75	16	657	33	0	13	52	1.42
78948--78989	22	1.9	22	100	0	84	33	0	14	52	1.42
79011--79080	36	1.9	36	83	11	90	35	0	10	54	1.34
78871--79589	80	8.8	80	76	14	564	33	0	13	52	1.42
79306--79396	22	4.0	22	80	10	119	31	0	16	51	1.45
79487--79626	32	4.7	32	83	16	210	34	0	13	52	1.41
79552--79594	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
78871--79706	166	5.1	166	78	12	786	33	0	13	52	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79686--79728	22	2.0	22	100	0	86	39	0	9	51	1.34
78948--79737	134	5.8	134	81	11	708	33	0	13	52	1.42
79752--79808	30	1.9	30	92	0	96	45	7	7	40	1.58
81342--81431	14	6.3	15	69	20	59	47	25	0	26	1.52
81342--81404	21	3.0	21	82	13	67	44	26	0	28	1.55
81334--81415	21	3.9	21	73	19	64	43	25	0	30	1.55
81394--81433	21	1.9	21	85	10	55	52	22	0	25	1.47
85924--85955	16	2.0	16	100	0	64	43	12	0	43	1.42
85969--85995	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
92340--92400	29	2.1	30	81	9	72	9	14	3	72	1.24
92440--92475	18	1.9	19	88	5	56	69	0	0	30	0.89
92949--92998	12	4.3	12	75	10	50	52	2	0	46	1.12
92987--93630	22	29.3	22	85	2	846	41	0	10	48	1.37
94164--94218	24	2.3	24	90	0	83	58	20	14	7	1.60
101055--101082	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
103601--103721	59	2.1	59	87	0	170	34	21	8	35	1.83
107732--107783	27	2.0	26	85	11	70	48	0	1	50	1.12
111069--111115	21	2.2	21	88	7	69	17	12	8	61	1.55
112227--112285	31	1.9	31	89	6	93	40	0	8	50	1.33
112842--112877	16	2.2	16	90	0	54	44	5	2	47	1.41
126243--126301	28	2.1	28	100	0	118	10	6	40	42	1.65
139488--139519	15	2.1	15	94	0	55	9	25	12	53	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153173--153250	29	2.7	29	91	2	120	28	0	39	32	1.57
153427--153574	50	3.0	50	92	0	251	28	25	18	28	1.98
153608--154568	44	21.7	44	68	4	442	27	21	21	28	1.99
153527--154461	133	7.1	133	94	0	1599	28	21	21	28	1.99
153527--154461	265	3.5	266	95	0	1635	28	21	21	28	1.99
153527--154453	398	2.3	398	95	0	1635	28	21	22	27	1.99
168199--168322	17	7.2	17	75	20	89	70	1	21	6	1.19
168205--168322	35	3.4	35	70	14	91	69	1	22	6	1.21
168276--168314	8	4.9	8	81	12	53	76	0	15	7	0.99
168284--168322	18	2.2	17	95	4	69	76	0	17	5	0.96
169653--170113	55	8.6	55	84	6	366	29	15	25	30	1.96
169755--170113	166	2.2	162	85	5	454	28	15	24	31	1.96
169811--170113	111	2.7	109	83	8	355	27	16	24	31	1.96
169653--170113	51	8.6	55	83	8	345	29	15	25	30	1.96
185371--185488	29	4.1	29	92	2	175	25	0	44	29	1.54
192727--192783	29	2.0	27	86	6	78	54	7	1	36	1.38
193207--193258	27	2.0	27	85	11	72	38	1	0	59	1.08
193890--194222	89	3.7	89	90	2	490	28	25	25	20	1.99
193890--194222	178	1.9	179	91	2	544	28	25	25	20	1.99
195898--195933	2	18.5	2	88	5	56	52	0	0	47	1.00
196185--196320	69	2.0	69	97	0	254	52	16	5	25	1.65
207497--207563	24	2.8	24	86	0	80	20	16	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213528--213661	60	2.2	60	85	2	180	30	17	19	32	1.95
222908--222945	18	2.1	18	95	0	67	34	36	7	21	1.82
227815--227878	23	2.8	23	86	13	96	29	26	23	20	1.99
227896--228212	103	3.1	103	96	0	573	36	24	11	26	1.90
231628--231665	18	2.1	18	90	0	58	34	34	7	23	1.84
232425--232461	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
233973--234005	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
238451--238619	33	5.1	33	91	1	241	11	28	13	46	1.78
241443--241490	22	2.2	22	85	7	62	56	6	16	20	1.62
242349--242494	60	2.5	60	79	9	149	30	21	15	32	1.94
248635--248693	29	2.0	31	90	6	95	33	1	3	61	1.23
251962--252096	51	2.7	50	75	10	123	18	26	28	26	1.98
252129--252178	22	2.3	22	92	0	91	30	46	0	24	1.53
252273--252313	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
255991--256299	52	5.9	53	81	11	329	27	28	14	30	1.95
255991--256299	105	3.0	103	85	8	380	27	28	14	30	1.95
256259--256337	39	2.0	39	100	0	158	32	25	20	21	1.97
256380--257115	49	14.8	50	80	10	714	22	24	19	32	1.97
256385--257115	100	7.4	98	81	10	679	22	24	19	32	1.97
257512--257657	34	4.2	36	86	6	169	19	19	23	37	1.94
257527--257670	70	2.1	69	85	6	193	20	19	24	36	1.95
257527--257675	34	4.3	36	85	8	177	19	19	24	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258374--258672	121	2.4	122	86	6	408	23	26	17	32	1.97
262505--262641	21	6.6	21	82	9	83	16	21	21	40	1.91
262523--262641	21	5.7	21	82	7	118	17	21	21	39	1.92
262528--262641	42	2.7	42	85	10	153	16	22	20	40	1.91
276088--276127	9	4.3	9	84	6	53	15	30	30	25	1.95
276087--276125	19	2.1	19	100	0	78	17	25	30	25	1.97
276123--276183	17	3.3	17	79	20	77	18	45	22	13	1.83
276124--276176	22	2.4	22	93	0	97	18	49	22	9	1.76
276129--276171	12	3.8	12	75	12	54	18	46	23	11	1.82
283356--283452	19	5.1	19	84	10	108	17	23	28	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8