genome.fa.s8184.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008184.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110785_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1549336

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663671--663704	6	5.7	6	100	0	68	47	0	0	52	1.00
664859--664884	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
669656--669735	11	7.7	10	72	14	56	43	1	3	51	1.27
669656--669742	31	2.8	30	83	10	104	42	1	3	52	1.25
670432--670518	31	2.8	30	77	10	86	54	4	1	40	1.29
673140--673248	40	2.8	39	90	2	173	49	0	4	45	1.22
675008--675089	29	2.8	29	94	1	137	31	14	12	41	1.83
680135--680227	46	2.1	44	82	9	109	39	10	18	31	1.85
680159--680235	23	3.3	23	89	3	120	37	10	19	32	1.86
680773--680822	23	2.2	23	85	0	64	32	18	12	38	1.87
680757--681014	87	3.0	87	91	0	426	31	13	11	43	1.80
680937--680987	23	2.2	23	89	0	75	33	19	9	37	1.85
681207--681250	20	2.2	20	87	0	61	31	9	22	36	1.86
689139--689163	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
689521--689563	20	2.2	20	86	0	59	30	11	20	37	1.89
705911--705940	15	2.0	15	93	0	51	36	3	0	60	1.14
707223--707260	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
707290--707369	35	2.3	35	97	0	151	20	6	32	41	1.77
707451--707525	38	2.0	37	82	10	91	46	4	1	48	1.29
711858--711904	2	23.5	2	86	0	67	48	4	2	44	1.34
727359--727453	27	3.6	27	95	2	167	41	15	11	31	1.83
731147--731214	27	2.6	27	95	4	122	41	16	11	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734136--734174	17	2.3	17	100	0	78	12	23	46	17	1.83
734101--734146	7	6.4	7	95	5	83	28	28	28	15	1.96
734170--734268	9	10.3	9	80	10	90	28	28	27	16	1.97
734170--734248	19	4.2	18	80	13	88	26	30	29	13	1.94
734195--734269	29	2.5	31	87	8	111	29	26	25	18	1.98
734202--734269	10	6.9	10	77	8	59	30	25	25	19	1.98
741425--741457	17	1.9	17	100	0	66	12	24	45	18	1.83
741405--741435	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
741459--741522	19	3.4	19	97	0	119	21	31	31	15	1.95
741468--741552	10	8.8	10	71	13	63	25	29	28	16	1.97
741455--741568	38	3.0	37	82	10	131	28	28	27	15	1.96
744312--744359	18	2.6	18	83	6	60	52	2	2	43	1.24
744323--744362	17	2.3	18	82	4	55	52	2	0	45	1.14
745680--745723	21	2.0	22	82	4	54	40	0	20	38	1.53
746741--746786	18	2.6	18	96	0	83	30	34	21	13	1.91
747271--747313	19	2.3	18	80	11	52	48	18	6	25	1.73
748140--748238	21	4.7	21	100	0	198	30	13	9	47	1.73
748152--748232	11	7.6	11	75	8	87	27	14	9	48	1.76
749547--749618	21	3.3	21	71	17	74	43	18	1	37	1.59
749535--749622	45	1.9	46	97	2	169	40	17	2	39	1.62
749837--749900	22	2.9	22	80	0	83	29	29	20	20	1.97
751520--751547	7	4.0	7	100	0	56	57	0	42	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752535--752588	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
753820--753863	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
754686--754803	16	7.5	16	70	11	82	40	16	1	40	1.59
754684--754818	47	2.9	47	100	0	270	40	17	2	40	1.62
755030--755111	22	3.9	22	75	7	82	28	26	20	24	1.99
755244--755321	41	1.9	41	86	0	111	34	17	5	42	1.72
758552--758591	21	1.9	21	85	10	55	35	2	7	55	1.42
759315--759339	6	4.2	6	100	0	50	0	0	64	36	0.94
761134--761425	160	1.8	162	85	4	421	30	11	15	42	1.81
763294--763358	32	2.0	32	90	0	103	23	10	20	46	1.81
764708--764741	17	2.0	17	88	0	50	52	5	0	41	1.25
767347--767413	33	2.0	33	100	0	134	43	20	17	17	1.88
772331--772370	16	2.4	17	83	4	55	22	2	25	50	1.62
772928--772993	24	2.8	24	90	2	107	21	24	25	28	1.99
773689--773734	12	4.0	12	77	11	51	19	13	21	45	1.84
773971--774010	19	2.1	19	95	0	71	15	17	30	37	1.90
774857--774881	13	1.9	13	100	0	50	16	24	8	52	1.70
781752--781797	21	2.2	21	85	14	60	54	4	6	34	1.46
787504--787546	13	3.3	13	78	12	52	9	30	0	60	1.28
789047--789105	26	2.3	27	82	8	77	66	0	27	6	1.17
793732--793778	24	1.9	25	83	12	62	36	2	4	57	1.30
798349--798461	29	3.9	29	82	6	113	24	40	19	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798708--798771	26	2.4	28	80	15	80	51	6	34	7	1.56
798908--798948	22	1.9	21	85	5	55	26	0	19	53	1.45
799249--799283	8	4.4	8	96	0	61	22	0	14	62	1.31
801504--801551	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
801503--801561	25	2.6	22	86	10	75	49	13	0	37	1.43
801503--801572	21	3.1	22	80	12	63	50	11	0	38	1.39
801569--801598	10	3.0	10	95	0	51	40	13	0	46	1.43
801579--801932	49	6.7	49	71	21	245	46	11	0	42	1.41
801503--801551	25	2.0	25	95	0	89	46	16	0	36	1.47
801691--801717	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
801744--801885	60	2.3	60	93	6	239	45	13	0	41	1.43
801804--801885	22	3.3	25	68	25	75	46	13	0	40	1.43
801641--802257	109	5.7	109	80	13	720	46	11	0	41	1.42
801858--802039	60	3.1	60	90	3	291	46	11	0	42	1.40
801914--802275	49	7.0	49	81	14	417	46	11	0	41	1.42
801579--802275	214	3.2	205	84	12	936	46	11	0	41	1.42
801914--802275	154	2.3	157	93	2	613	46	11	0	41	1.42
802072--802246	60	3.1	60	81	14	230	45	12	0	41	1.45
802785--802835	16	3.2	16	76	15	52	31	0	1	66	1.03
806683--806721	14	2.8	14	88	0	60	28	12	5	53	1.60
806792--806820	12	2.3	13	94	5	51	27	13	6	51	1.66
812903--813006	54	1.9	54	84	1	138	34	13	22	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813813--814506	113	6.0	113	85	8	830	38	15	19	26	1.92
814170--814584	122	3.4	121	87	4	566	40	15	18	26	1.90
814831--814877	16	3.0	16	78	3	51	27	0	4	68	1.08
817623--817658	8	4.6	8	86	6	56	38	13	0	47	1.44
818256--818311	28	2.0	28	89	0	85	30	25	16	28	1.96
822845--822876	5	6.4	5	96	0	55	3	40	40	15	1.63
822840--822876	15	2.5	15	86	0	56	5	37	40	16	1.71
828310--828368	22	2.7	22	74	10	57	40	18	8	32	1.81
831951--831987	18	2.0	19	89	5	58	35	0	0	64	0.94
841153--841203	26	1.9	27	88	4	77	43	7	0	49	1.32
841978--842007	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
842897--842931	15	2.3	15	90	0	52	54	0	2	42	1.15
842905--842963	22	2.5	24	75	22	63	57	1	3	37	1.25
842906--842961	23	2.4	23	82	8	69	58	1	3	35	1.26
842897--842978	23	3.4	23	73	10	67	54	1	3	40	1.26
852429--852481	21	2.5	21	75	3	52	67	1	3	26	1.17
853012--853042	14	2.2	14	94	0	53	35	0	0	64	0.94
853166--853220	10	5.5	10	78	8	67	21	0	3	74	0.97
857420--857465	14	3.1	14	84	6	56	15	10	17	56	1.67
857728--857796	13	5.8	12	79	20	74	7	10	21	60	1.52
857729--857792	10	5.8	10	80	20	74	7	9	21	60	1.52
857729--857809	23	3.5	23	94	1	135	7	11	22	59	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857874--857904	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
858121--858174	20	2.7	20	77	11	65	46	1	0	51	1.11
864194--864259	32	2.1	32	97	0	123	21	15	10	53	1.72
868289--868349	30	2.0	30	96	0	113	9	29	22	37	1.87
869146--869197	23	2.4	21	81	9	68	73	5	0	21	1.04
869146--869197	22	2.4	22	83	6	70	73	5	0	21	1.04
870614--870657	17	2.6	17	92	0	70	38	2	0	59	1.10
871236--871265	14	2.1	14	93	0	51	76	0	0	23	0.78
871773--871822	23	2.2	23	88	0	73	32	12	22	34	1.90
871779--871828	23	2.2	23	96	0	91	32	8	20	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8