genome.fa.s8246.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008246.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110896_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  500120

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 304 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1023--1140	30	4.0	30	84	10	163	37	22	19	21	1.95
5501--5594	31	3.0	31	87	3	127	38	22	18	21	1.93
7519--7576	20	2.6	22	86	10	75	29	24	22	24	1.99
10891--10937	24	2.0	24	86	0	67	31	14	23	29	1.95
11842--11888	18	2.6	18	82	3	58	31	14	23	29	1.95
11862--11950	19	4.6	19	80	5	99	29	8	23	38	1.85
16385--16426	3	14.0	3	94	0	75	33	35	0	30	1.58
33213--33254	21	2.0	21	95	0	75	33	28	21	16	1.95
37270--37332	21	3.0	21	92	0	99	31	26	22	19	1.97
44508--44606	49	2.1	47	88	3	144	44	5	2	48	1.36
44557--44689	35	3.7	36	79	12	148	45	7	1	45	1.41
44490--44662	82	2.1	84	84	8	228	46	6	1	44	1.40
44637--44689	27	2.0	27	85	7	72	49	7	1	41	1.42
45315--45800	85	5.8	85	84	1	602	25	18	19	35	1.95
50126--50278	45	3.4	45	87	6	220	30	24	7	37	1.82
50275--50317	20	2.2	20	91	0	68	55	20	4	18	1.60
54989--55388	200	2.0	200	100	0	800	37	23	10	30	1.87
62827--63007	37	4.9	37	84	11	214	41	7	3	46	1.49
62827--63042	109	2.0	107	82	12	262	43	7	3	44	1.51
63480--63568	23	3.7	23	71	14	90	34	22	10	32	1.88
77237--77282	23	2.0	23	91	0	74	23	15	23	36	1.93
79801--79867	18	3.7	18	89	0	98	20	22	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85293--85359	18	3.7	18	87	0	98	20	22	29	26	1.99
88724--88794	23	3.0	24	87	4	108	26	12	15	45	1.82
95033--95267	29	8.2	29	80	9	252	34	3	13	48	1.61
95033--95267	28	8.2	28	81	7	235	34	3	13	48	1.61
100542--100660	24	5.0	24	90	4	177	25	15	20	39	1.91
100776--100870	43	2.2	43	98	0	181	15	10	36	36	1.82
103932--104007	30	2.5	30	91	0	125	26	22	21	30	1.99
104756--104812	28	2.0	28	86	0	78	33	22	14	29	1.93
106698--106734	18	2.1	18	100	0	74	48	10	10	29	1.72
106759--106798	21	1.9	21	84	0	53	62	2	15	20	1.43
108211--108240	15	2.0	15	93	0	51	13	3	33	50	1.58
116993--117047	22	2.4	23	80	14	60	38	3	0	58	1.16
116991--117040	22	2.4	22	86	6	68	42	4	0	54	1.19
116991--117045	23	2.5	22	82	11	60	40	3	0	56	1.17
133038--133080	19	2.2	20	84	12	54	55	4	16	23	1.59
135950--135997	14	3.3	15	74	11	55	39	0	4	56	1.19
139244--139294	23	2.2	23	82	10	59	60	0	0	39	0.97
140694--140759	15	4.2	16	79	11	57	77	0	4	18	0.94
140693--140743	25	2.1	25	85	10	70	80	0	3	15	0.86
140699--140757	15	3.8	16	80	11	68	77	0	5	16	0.93
140695--140761	22	3.2	20	75	8	62	76	0	4	19	0.96
140697--140763	24	2.9	22	74	10	64	76	0	4	19	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140781--140824	22	2.0	22	86	8	63	79	4	4	11	1.02
140909--140958	5	9.6	5	82	4	55	80	4	2	14	0.95
140908--140958	11	4.8	11	79	15	54	80	3	1	13	0.94
141025--141049	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
141069--141113	17	2.6	18	92	3	74	68	2	11	17	1.29
142134--142179	24	1.9	24	81	0	56	50	6	2	41	1.40
142584--142621	17	2.2	17	100	0	76	31	36	5	26	1.79
143276--143329	24	2.2	24	90	0	81	20	14	22	42	1.88
145794--146073	20	15.2	20	71	17	205	36	22	18	22	1.95
145772--146004	34	6.5	34	82	8	250	37	22	17	22	1.94
145772--146004	54	4.3	54	69	13	158	37	22	17	22	1.94
146063--146126	20	3.2	20	88	0	101	12	17	23	46	1.81
146075--146140	20	3.3	20	86	0	60	15	15	24	45	1.84
147634--147699	21	3.2	21	74	4	64	19	21	34	24	1.96
148679--148766	20	4.3	20	85	2	122	36	23	20	19	1.95
148679--148766	41	2.2	40	85	2	122	36	23	20	19	1.95
148773--148824	19	2.7	19	78	0	59	48	19	17	15	1.82
150724--150761	20	1.9	20	94	0	67	60	21	10	7	1.54
150724--150780	21	2.8	21	86	2	71	52	22	14	10	1.71
151219--151276	22	2.6	22	80	0	80	18	17	39	24	1.92
151434--151546	20	5.6	20	77	10	104	23	19	23	33	1.97
151410--151546	41	3.4	40	84	5	159	26	18	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151561--151606	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
151572--151608	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
169966--170061	47	2.0	47	97	0	183	30	8	22	38	1.84
174871--174895	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
174967--175042	38	2.1	38	85	9	104	56	7	5	30	1.50
175300--175472	85	2.1	81	83	9	224	58	2	4	34	1.34
176854--177328	106	4.5	106	94	0	797	21	19	24	34	1.96
180725--180807	20	4.1	20	77	10	78	15	25	36	22	1.94
184580--184620	21	2.0	21	85	4	57	36	12	2	48	1.54
186430--186952	258	2.0	262	97	2	986	26	19	25	28	1.99
188572--188607	18	2.0	18	94	0	63	41	33	8	16	1.78
193141--193184	10	4.8	9	86	13	63	77	0	2	20	0.88
193147--193185	4	9.0	4	84	15	51	74	0	2	23	0.94
193141--193184	17	2.4	18	88	11	63	77	0	2	20	0.88
194217--194292	38	2.1	38	85	9	104	56	7	5	30	1.50
194551--194711	82	2.0	83	81	10	197	55	3	6	35	1.41
194745--194781	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
197983--198030	3	15.7	3	91	4	78	33	0	0	66	0.92
198137--198179	21	2.1	20	83	12	52	25	4	0	69	1.07
198190--198225	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
198286--198326	21	2.0	21	90	0	64	12	2	7	78	1.06
198297--198368	16	4.1	16	70	25	56	15	4	5	75	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198375--198417	20	2.2	20	88	8	63	20	9	0	69	1.15
203561--203638	16	4.9	16	95	0	120	20	23	12	43	1.86
203806--203855	23	2.1	24	92	3	84	50	0	2	48	1.12
210281--210351	19	3.7	19	100	0	142	21	30	16	30	1.95
211575--211639	20	3.5	19	78	17	75	41	10	6	41	1.65
211638--211707	36	1.9	36	88	5	106	41	10	7	41	1.66
211854--211941	42	2.1	42	93	0	149	42	11	6	39	1.68
212143--212318	77	2.4	71	76	16	169	43	6	2	47	1.42
212224--212259	15	2.4	15	95	0	63	41	2	5	50	1.40
212132--212267	15	8.9	15	65	18	57	44	7	2	45	1.43
212180--212330	77	2.0	77	90	2	241	44	4	2	48	1.37
212347--212398	18	2.7	20	79	11	63	51	1	1	44	1.23
212376--212477	18	5.4	18	69	17	73	45	2	5	46	1.42
217749--217801	5	11.0	5	79	4	56	83	1	13	1	0.82
217760--217802	20	2.1	20	91	4	68	83	2	11	2	0.83
218412--218438	14	1.9	14	100	0	54	40	22	14	22	1.90
218628--218788	58	2.7	59	87	9	229	39	18	16	24	1.91
218748--219164	121	3.5	120	83	6	524	33	26	16	23	1.96
220849--220888	17	2.4	17	82	0	53	27	5	0	67	1.11
220939--220980	19	2.1	21	86	8	61	23	2	2	71	1.10
221036--221124	31	3.0	29	71	22	78	11	7	4	76	1.14
221084--221139	24	2.3	24	88	8	87	10	3	5	80	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226470--226520	3	17.7	3	92	8	88	66	0	0	33	0.92
229908--229953	16	2.9	15	84	9	56	0	10	8	80	0.91
234440--234483	23	1.9	23	85	0	61	36	0	31	31	1.58
241465--241528	19	3.2	20	72	14	53	43	1	1	53	1.19
241474--241523	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
241441--241527	31	2.8	30	79	10	95	41	1	3	54	1.25
242242--242318	31	2.5	31	83	8	95	55	2	1	40	1.22
242255--242304	19	2.5	21	81	9	61	56	2	2	40	1.22
242260--242346	31	2.9	31	81	10	92	49	4	1	44	1.30
242258--242362	31	3.5	30	79	7	88	46	4	0	47	1.30

Tables:   1   2   3