genome.fa.s8251.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008251.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110903_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  521115

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 253 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1821--2826	183	5.6	183	93	3	1730	34	15	15	35	1.89
4265--4351	3	29.0	3	77	0	84	24	34	5	35	1.79
4265--4366	18	5.7	18	79	0	87	22	34	6	36	1.81
4273--4363	42	2.2	42	91	0	146	21	35	7	35	1.83
5797--7372	193	8.1	196	92	6	2526	32	15	15	37	1.88
5797--7372	389	4.1	392	92	5	2590	32	15	15	37	1.88
7458--7501	20	2.2	20	91	0	70	61	9	2	27	1.38
9253--9317	33	2.0	32	84	3	85	24	44	1	29	1.63
11832--12264	220	2.0	221	89	5	680	39	8	8	44	1.64
18424--18540	60	2.0	59	81	1	135	27	21	23	28	1.99
20909--20942	15	2.1	17	89	10	54	67	5	0	26	1.13
21204--21324	21	5.8	21	66	16	54	31	18	18	32	1.95
23114--23211	23	4.3	23	85	5	119	26	16	24	32	1.96
24412--24473	21	3.0	21	74	9	63	20	19	33	25	1.96
27930--27969	21	1.9	21	94	0	71	32	10	7	50	1.64
36660--38512	928	2.0	925	92	1	3045	35	10	20	32	1.87
38745--38793	16	3.1	16	85	11	73	40	4	18	36	1.70
38881--38974	23	4.2	22	81	6	109	18	26	23	31	1.97
38881--38971	44	2.0	46	87	4	132	17	26	24	31	1.97
38936--38987	22	2.4	21	84	9	61	17	25	25	32	1.97
39279--39338	30	2.0	31	83	9	79	30	3	18	48	1.64
39621--39673	23	2.3	23	80	6	63	33	5	5	54	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41440--41499	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
41679--41754	21	3.7	21	92	1	127	19	34	17	28	1.94
43048--43095	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
44243--44282	21	1.9	21	94	0	71	32	10	7	50	1.64
44394--44451	30	1.9	30	92	0	98	32	3	17	46	1.65
44631--44685	20	2.7	21	94	2	94	20	34	18	27	1.95
47353--47394	16	2.5	17	80	7	50	26	11	19	42	1.85
47450--47498	16	3.1	16	85	11	73	40	4	18	36	1.70
47595--47649	23	2.4	23	87	0	74	20	21	27	30	1.98
47615--47691	21	3.6	21	75	16	68	18	23	27	31	1.97
51842--51879	6	6.5	6	85	14	53	71	0	0	28	0.87
51842--51879	10	3.2	12	82	17	53	71	0	0	28	0.87
51838--51881	16	2.6	17	89	10	65	68	0	0	31	0.90
52663--52705	21	2.0	21	86	0	59	48	9	18	23	1.76
59057--59096	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
65979--66031	26	2.0	26	100	0	106	47	7	18	26	1.75
68037--68061	7	3.6	7	100	0	50	56	0	44	0	0.99
69162--69459	36	8.1	36	82	9	320	45	6	4	43	1.49
69160--69453	78	4.0	73	79	15	279	45	6	4	43	1.49
70004--70297	85	3.5	85	87	1	385	23	18	20	36	1.95
70280--70313	16	2.1	16	100	0	68	11	20	17	50	1.77
70200--70395	100	2.0	100	91	0	320	20	19	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70300--70870	84	6.8	83	87	1	739	24	17	23	35	1.95
71355--71392	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
71424--71462	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
71548--71596	16	3.1	16	93	0	71	10	51	18	20	1.75
84190--84261	17	4.6	17	80	16	68	83	0	16	0	0.65
84186--84260	23	3.4	22	87	7	107	82	0	17	0	0.67
84197--84243	13	3.3	15	82	11	64	80	0	19	0	0.70
84189--84254	27	2.5	26	85	7	96	83	0	16	0	0.65
85418--85921	83	6.1	83	99	0	990	26	13	22	37	1.91
86721--87276	113	4.9	113	93	1	900	37	13	19	29	1.90
87605--87684	3	26.7	3	92	0	133	36	1	0	62	1.03
87680--87718	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
87595--87693	12	8.5	11	76	15	60	40	1	0	58	1.05
87804--87856	16	3.4	16	92	2	72	9	54	16	18	1.69
93863--93903	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
95234--95299	23	2.8	23	79	6	71	75	3	1	19	1.01
95228--95305	29	2.7	30	80	13	92	74	3	1	20	1.05
95317--95507	36	5.6	34	77	14	155	44	5	4	46	1.45
95366--95428	29	2.2	29	88	2	92	42	4	4	47	1.45
95317--95498	100	1.8	100	84	5	253	44	5	4	45	1.46
95457--95599	45	3.2	46	88	3	213	46	4	3	45	1.41
95423--95712	36	7.2	42	75	20	223	45	5	4	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95547--95750	36	5.5	37	79	15	215	46	7	3	43	1.48
95547--95712	78	2.2	75	86	6	228	46	6	3	43	1.45
95733--95799	2	33.0	2	96	3	125	49	1	0	49	1.10
96769--96793	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
99194--99267	34	2.1	35	87	2	105	44	21	0	33	1.53
112906--112935	6	5.0	6	95	0	51	16	16	20	46	1.84
119089--119195	42	2.6	41	81	1	124	25	23	22	28	1.99
118972--119373	214	1.9	214	91	0	660	34	14	18	32	1.92
119404--119489	42	2.1	40	85	8	111	24	16	24	34	1.95
119861--120017	53	2.9	53	82	2	172	29	20	24	24	1.99
133304--133372	20	3.7	20	70	20	67	46	4	7	42	1.51
133325--133486	57	2.8	58	80	11	156	49	4	3	41	1.42
133462--133507	24	1.9	24	91	8	76	45	2	4	47	1.34
133650--133760	11	10.4	11	75	14	83	50	9	2	37	1.48
133659--133697	20	2.0	20	89	0	60	48	7	2	41	1.45
133654--133714	31	2.0	31	93	0	104	49	9	1	39	1.46
133650--133760	42	2.7	42	77	14	122	50	9	2	37	1.48
133727--133760	12	2.7	13	95	4	61	58	8	0	32	1.29
133904--133931	14	2.0	14	100	0	56	78	7	7	7	1.09
136122--136278	2	79.5	2	70	18	107	45	2	4	47	1.36
136136--136224	21	4.2	22	80	12	96	46	1	2	50	1.21
136193--136261	17	4.2	17	74	22	60	50	4	4	40	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136153--136269	44	2.6	45	80	9	125	47	2	4	45	1.36
136809--136852	16	2.8	16	82	6	54	11	43	6	38	1.67
137317--137357	15	2.7	15	100	0	82	12	0	12	75	1.05
138393--138435	14	2.9	14	80	10	50	27	2	4	65	1.25
138453--138502	25	1.9	27	88	8	77	26	8	2	64	1.32
139264--139334	22	3.3	21	81	13	81	22	7	26	43	1.78
142940--142998	2	30.0	2	85	10	77	44	0	1	54	1.10
142930--142998	25	3.0	24	83	10	72	42	0	1	56	1.08
144754--144793	6	6.7	6	94	0	71	35	0	50	15	1.44
161913--162020	55	2.0	55	100	0	216	37	1	17	42	1.60
162890--162931	19	2.4	17	78	17	50	28	7	2	61	1.35
165348--165394	11	4.4	11	78	2	51	85	8	6	0	0.75
165348--165401	21	2.6	21	85	2	65	81	11	7	0	0.87
172574--172634	29	2.1	30	81	3	70	36	4	21	37	1.75
172916--172943	7	4.0	7	100	0	56	28	0	28	42	1.56
182212--182366	66	2.4	66	86	2	215	30	19	21	28	1.97
182377--182440	8	6.8	9	73	26	53	25	21	28	25	1.99
182377--182440	29	2.2	28	97	2	119	25	21	28	25	1.99
185043--185116	23	3.3	22	79	7	87	24	22	25	27	2.00
188955--189001	21	2.3	21	77	3	51	36	4	4	55	1.39
201140--201226	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
201437--201469	15	2.2	15	100	0	66	6	33	27	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201571--201595	12	2.1	12	100	0	50	60	8	24	8	1.52
201808--201847	18	2.2	18	95	0	71	20	20	32	27	1.97
203338--203670	111	3.0	111	95	0	603	45	10	8	36	1.68
203731--203771	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
206103--206129	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
206419--206445	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
207072--207151	37	2.2	37	90	4	126	11	10	38	40	1.75
207072--207153	33	2.4	35	86	10	107	10	9	37	41	1.73
208161--208195	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
208360--208426	34	2.0	34	93	0	116	11	23	43	20	1.85

Tables:   1   2   3