genome.fa.s8256.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008256.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110909_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  250029

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1074--1111	13	2.9	13	100	0	76	7	60	31	0	1.25
1800--1937	3	46.3	3	82	7	174	61	1	0	36	1.10
2227--3211	111	8.9	113	90	5	1495	28	18	15	36	1.92
2227--3211	223	4.5	224	90	6	1494	28	18	15	36	1.92
3827--3938	52	2.2	51	90	3	163	36	22	15	25	1.93
3952--4408	50	9.0	50	96	3	824	37	24	14	23	1.92
3952--4408	102	4.5	101	97	1	844	37	24	14	23	1.92
3952--4408	202	2.2	205	97	1	859	37	24	14	23	1.92
5339--5418	6	13.8	6	79	12	71	2	12	0	85	0.71
5342--5415	1	74.0	1	76	0	58	2	10	0	86	0.67
15967--16001	18	1.9	18	88	11	54	65	2	0	31	1.07
16768--16803	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
16876--16901	10	2.6	10	100	0	52	11	0	0	88	0.52
17357--17385	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
18082--18232	3	49.7	3	88	2	221	61	1	0	36	1.09
24577--24603	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
25005--25110	42	2.5	43	78	6	126	34	16	17	31	1.92
25067--25507	128	3.4	128	78	6	322	30	17	17	34	1.94
25148--25555	128	3.2	127	78	2	406	28	17	18	35	1.93
26452--26631	99	1.8	98	86	5	265	39	11	20	28	1.87
26538--26826	114	2.5	114	84	3	350	42	9	15	31	1.80
26533--26859	114	2.9	112	75	13	299	42	10	16	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28864--28907	20	2.2	20	100	0	88	43	18	18	20	1.89
30613--30645	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
30664--30714	26	2.0	25	81	14	59	43	9	3	43	1.56
36029--36054	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
37788--37820	17	1.9	17	88	11	50	33	0	0	66	0.92
40687--40715	14	2.1	14	100	0	58	27	20	24	27	1.99
41566--41616	26	2.0	26	92	0	84	62	3	5	27	1.36
43781--43832	24	2.2	24	100	0	104	40	7	23	28	1.82
47709--47780	24	2.9	24	87	4	99	30	16	12	40	1.86
59178--59217	17	2.3	18	91	4	64	37	0	0	62	0.95
70650--70751	52	2.0	52	86	0	141	40	8	25	25	1.84
76938--76982	18	2.6	17	86	10	65	60	8	6	24	1.51
79763--79884	31	3.9	31	78	9	131	30	20	18	30	1.97
83922--84078	64	2.5	64	82	4	165	33	19	18	28	1.96
84844--84970	31	4.1	31	77	9	132	30	18	18	31	1.96
84958--85029	30	2.4	30	88	0	99	26	20	20	31	1.98
87420--87472	21	2.5	21	100	0	106	30	18	24	26	1.98
90846--90885	20	2.0	21	95	5	73	27	20	20	32	1.97
91808--91862	23	2.3	24	81	9	60	34	1	3	60	1.25
93305--93337	17	1.9	17	88	11	50	60	6	0	33	1.21
94148--94200	20	2.8	19	86	13	74	30	1	1	66	1.13
101859--101914	22	2.5	22	100	0	112	8	51	23	16	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102768--102865	37	2.6	38	87	8	137	46	6	1	45	1.34
102794--102960	67	2.5	64	79	9	178	42	5	4	47	1.47
102839--102894	29	1.9	29	88	0	85	41	5	7	46	1.54
102828--102980	30	4.9	30	78	15	143	40	7	6	45	1.57
108048--108169	60	2.0	60	100	0	244	57	6	14	21	1.60
109360--109748	35	10.9	34	76	12	268	46	5	2	45	1.42
109450--109788	35	9.3	35	80	13	337	45	5	4	45	1.46
109465--109824	110	3.3	109	81	10	421	45	6	4	44	1.48
109452--109828	37	10.2	36	77	15	321	44	6	4	45	1.48
111172--111209	20	1.9	20	89	10	60	31	10	7	50	1.66
111481--111559	31	2.5	31	89	4	115	41	2	12	43	1.56
111499--111563	31	2.1	31	100	0	130	41	3	16	38	1.64
116602--116835	121	2.0	118	81	5	274	46	9	7	37	1.64
116924--116962	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
118623--119054	123	3.6	122	80	10	478	27	19	13	39	1.89
118863--119238	113	3.3	113	88	2	526	31	19	13	36	1.90
119148--119312	73	2.3	73	86	4	226	33	17	15	33	1.91
119033--119425	186	2.1	187	96	0	716	31	18	13	35	1.91
119218--119924	113	6.3	113	87	2	990	28	19	13	37	1.90
119410--119454	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
118919--119538	300	2.1	300	87	3	872	31	19	13	36	1.90
119219--119919	226	3.1	226	96	0	1267	28	19	13	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119978--120294	73	4.3	73	89	3	458	29	21	21	27	1.99
120926--120983	22	2.6	22	94	0	98	34	13	18	32	1.91
130355--130408	29	1.9	29	85	7	76	51	0	0	48	1.00
133042--133094	13	4.1	13	77	18	56	58	3	0	37	1.16
133035--133075	14	2.9	14	80	20	50	58	0	2	39	1.11
137870--137928	29	2.0	29	84	12	77	42	3	0	54	1.17
139453--139519	20	3.7	20	70	25	67	26	28	22	22	1.99
139472--139498	13	2.1	13	100	0	54	29	29	22	18	1.97
139453--139518	33	2.0	33	93	0	114	27	28	22	21	1.99
139695--139737	22	2.0	22	90	0	68	23	34	16	25	1.95
140118--140168	19	2.7	19	87	6	68	15	19	21	43	1.88
140174--140241	20	3.4	20	85	0	82	16	14	25	44	1.85
140212--140251	20	2.0	20	90	0	62	12	12	22	52	1.72
141957--142006	18	2.8	18	93	0	91	30	20	8	42	1.80
142154--142219	20	3.3	20	97	0	123	37	25	21	15	1.92
142264--142350	20	4.4	20	88	2	115	18	19	25	36	1.94
142264--142339	40	1.9	40	94	0	134	19	19	23	36	1.95
142846--142950	21	5.0	21	72	3	86	21	37	18	22	1.94
142843--142953	42	2.6	42	78	5	118	21	37	18	22	1.94
144329--144390	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
144597--144755	20	8.2	20	79	8	150	27	20	20	31	1.97
144557--144739	74	2.5	74	89	0	285	26	19	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144565--144699	34	3.8	34	76	11	135	25	20	19	35	1.95
144597--144755	40	4.1	40	78	11	179	27	20	20	31	1.97
144597--144781	94	2.0	94	85	2	255	27	18	21	32	1.97
144732--144827	34	2.8	34	84	3	113	22	11	26	39	1.88
144800--144855	20	2.8	20	88	0	76	28	14	21	35	1.92
144826--145095	140	1.9	140	99	0	531	42	15	13	28	1.85
147222--147258	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
147451--147504	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
148325--148475	20	7.6	20	88	3	162	27	19	21	31	1.98
148476--148534	21	2.8	21	97	0	109	38	18	25	16	1.92
150872--151018	72	2.0	71	83	10	183	31	17	12	39	1.86
150916--151018	37	2.9	37	84	4	122	31	16	10	41	1.82
151358--151441	35	2.4	34	78	7	87	29	22	8	39	1.83
151383--151714	68	4.9	67	88	2	459	31	18	12	37	1.88
151819--152067	123	2.0	123	86	1	347	24	31	16	27	1.96
165696--165747	25	2.1	25	100	0	104	48	19	3	28	1.66
167243--167861	54	11.3	54	91	2	968	35	17	15	31	1.91
167252--167861	277	2.2	270	92	2	986	36	17	15	31	1.91
168202--168389	94	2.0	95	84	3	245	26	21	12	39	1.89
171301--171339	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
173881--173922	21	2.0	21	85	0	57	73	0	2	23	0.94
173992--174034	18	2.4	18	88	3	61	72	0	9	18	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173978--174063	44	2.0	43	82	13	104	72	3	9	15	1.24
174100--174146	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
176972--177989	506	2.0	508	95	3	1827	24	21	17	35	1.95
179446--179487	22	1.9	22	85	0	57	76	2	9	11	1.12
179611--179664	2	27.0	2	96	0	99	50	0	1	48	1.11
182624--182752	61	2.1	62	80	5	147	11	20	13	53	1.71
184856--184900	22	2.1	21	87	4	63	77	4	6	11	1.09
184872--184948	22	3.5	21	67	22	50	74	5	7	12	1.21
185011--185058	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
188029--188157	61	2.1	62	80	5	147	11	20	13	53	1.71

Tables:   1   2