genome.fa.s8268.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008268.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110925_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  492505

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89--139	23	2.2	23	100	0	102	5	21	56	15	1.60
663--703	19	2.2	19	91	4	66	14	4	7	73	1.22
728--772	20	2.1	22	88	8	67	40	0	0	60	0.97
740--772	11	2.9	12	86	13	52	42	0	0	57	0.98
728--772	11	4.3	11	78	18	51	40	0	0	60	0.97
4053--4080	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
4265--4307	20	2.3	19	88	11	70	23	30	9	37	1.86
4270--4307	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
16296--16334	18	2.2	18	95	4	71	64	2	0	33	1.08
16393--16438	10	4.6	10	91	0	74	47	0	32	19	1.50
16393--16442	20	2.5	20	96	0	91	44	0	32	24	1.54
21322--21361	18	2.2	19	86	4	55	42	0	5	52	1.23
21829--21857	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
32012--32203	62	3.1	62	92	1	294	38	13	15	33	1.85
33289--33425	41	3.4	38	76	13	105	37	16	19	27	1.93
33329--33424	41	2.4	42	79	6	110	38	15	19	26	1.92
34449--34636	57	3.3	57	98	0	358	29	6	13	50	1.66
34899--35015	43	2.8	43	77	14	120	23	23	22	31	1.98
36235--36359	60	2.1	59	88	2	187	41	13	20	24	1.88
36871--36978	43	2.5	44	79	7	116	31	24	20	24	1.98
36897--37007	43	2.6	43	79	1	123	35	24	16	24	1.95
36927--37050	43	2.9	43	82	2	133	33	24	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37044--37179	43	3.2	43	85	2	193	27	25	16	30	1.97
38048--38539	246	2.0	235	89	6	747	40	20	14	25	1.89
38641--38726	28	3.1	28	94	0	145	30	20	15	33	1.93
41821--41877	30	1.9	30	88	0	87	19	22	15	42	1.89
41892--41975	30	2.8	29	81	3	87	26	23	17	32	1.97
51807--51982	31	5.6	32	74	13	143	32	19	17	31	1.94
51848--51965	32	3.7	31	81	7	148	33	18	16	32	1.93
51831--51985	63	2.5	63	97	0	292	32	19	16	32	1.94
56643--56758	32	3.7	31	81	7	153	32	18	16	31	1.94
56626--56780	63	2.5	63	97	0	292	32	19	16	32	1.94
56591--56777	31	5.9	32	77	9	179	32	19	17	31	1.94
61050--61089	16	2.5	16	100	0	80	20	20	25	35	1.96
61264--61340	38	2.0	38	97	0	145	35	6	5	53	1.49
64144--64329	60	3.1	58	77	4	176	33	24	3	38	1.73
64179--64329	58	2.6	59	79	8	166	35	24	3	37	1.72
64179--64269	29	3.1	29	65	12	69	36	21	3	38	1.70
67501--67556	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
67504--67554	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
67726--67778	21	2.5	21	93	0	88	28	28	22	20	1.99
67973--68027	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
68013--68111	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
68106--68145	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70397--70423	14	1.9	14	100	0	54	22	18	14	44	1.86
72175--72423	87	2.9	87	89	1	374	42	10	12	35	1.76
72418--72947	200	2.7	198	84	5	653	32	15	13	38	1.86
72774--73119	177	1.9	178	85	4	475	33	13	13	39	1.83
73465--73546	25	3.3	25	100	0	164	34	18	36	10	1.86
75646--75694	19	2.6	19	90	0	80	53	12	2	32	1.50
77027--77792	199	3.8	198	84	6	949	32	15	12	39	1.84
78028--78064	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
79387--79432	15	2.8	17	87	9	60	17	32	6	43	1.75
79381--79418	15	2.5	15	95	0	67	21	34	5	39	1.76
80235--80280	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
80941--82294	200	6.8	199	86	3	1758	31	16	13	37	1.89
82320--82349	15	2.0	15	100	0	60	20	13	26	40	1.89
82661--82709	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
84262--84300	18	2.2	18	95	0	69	2	38	2	56	1.27
84551--84594	21	2.1	21	95	0	79	15	31	13	38	1.87
84678--84707	15	2.0	15	93	0	51	13	50	6	30	1.67
86998--87418	182	2.3	181	86	5	598	29	15	13	41	1.86
93292--93391	48	2.1	48	92	1	166	27	12	21	40	1.88
99186--99233	18	2.7	18	83	0	60	35	20	2	41	1.64
99434--99480	23	2.1	23	92	4	78	34	29	19	17	1.94
100276--100314	19	2.1	19	85	9	53	25	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101473--101511	12	3.3	12	78	7	53	43	20	17	17	1.88
102095--102189	22	4.8	20	82	9	90	29	27	21	22	1.99
102095--102171	22	3.7	22	88	6	108	29	25	22	22	1.99
107484--107517	12	2.8	12	86	0	50	38	23	20	17	1.93
108213--108258	22	2.1	22	95	0	83	30	26	19	23	1.98
114152--114577	57	7.6	57	86	2	531	33	19	11	35	1.87
114131--114577	114	4.0	114	89	2	618	33	19	11	35	1.88
116667--116854	93	2.0	93	94	0	331	35	15	9	39	1.80
117739--117776	19	2.0	18	90	10	58	65	0	7	26	1.19
118109--118163	27	2.1	25	80	12	58	52	1	0	45	1.11
118118--118179	28	2.2	28	80	5	72	53	0	0	46	1.00
126279--126304	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
128214--128633	205	2.0	210	94	4	742	36	15	25	23	1.94
138675--138741	34	2.0	34	85	2	91	34	11	25	28	1.91
139683--140035	179	2.0	178	99	0	697	30	24	16	28	1.96
140200--140249	23	2.2	23	82	7	57	62	14	2	22	1.42
141381--141429	10	4.8	10	87	5	71	2	14	0	83	0.73
141381--141429	21	2.4	21	89	3	73	2	14	0	83	0.73
150286--150332	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
156544--156638	49	1.9	49	82	0	118	18	34	28	17	1.94
156660--156704	16	2.8	16	83	12	65	28	35	13	22	1.92
168760--169704	231	4.0	231	87	6	1399	34	13	12	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168793--169759	483	2.0	483	96	0	1763	33	13	13	39	1.83
170006--170056	24	2.1	25	82	7	61	43	0	1	54	1.11
170177--170229	19	2.7	19	77	13	54	39	9	7	43	1.65
170298--170341	23	2.0	22	90	4	70	43	0	0	56	0.99
170298--170351	23	2.4	22	82	14	65	42	0	1	55	1.10
170343--170643	129	2.3	132	80	10	346	47	6	7	37	1.58
170974--171002	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
172245--172588	137	2.5	136	85	2	440	27	19	14	38	1.91
172509--172852	123	2.8	123	87	1	494	26	18	15	39	1.90
172874--172976	37	2.8	37	71	12	95	34	15	20	29	1.93
173696--173744	22	2.2	22	88	0	71	38	16	12	32	1.86
174124--174227	54	1.9	54	88	3	156	26	22	14	36	1.92
176971--177016	1	46.0	1	82	0	56	0	4	4	91	0.51
178989--179056	19	3.5	19	95	2	118	58	10	11	19	1.61
178997--179067	6	10.7	7	72	17	53	56	9	14	19	1.66
178972--179056	38	2.2	39	87	6	120	60	11	10	17	1.59
179150--179237	44	2.0	44	90	0	140	34	22	11	31	1.90
179703--179774	36	2.0	36	86	0	99	29	11	20	38	1.87
180073--180162	46	1.9	48	84	8	123	30	20	12	37	1.89
181193--181236	23	2.0	22	90	4	70	43	0	0	56	0.99
181193--181246	23	2.4	22	82	14	65	42	0	1	55	1.10
181238--181601	138	2.6	138	87	4	513	47	9	4	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190163--190262	26	3.6	26	73	19	94	55	17	1	27	1.49
190150--190262	58	1.9	58	94	0	199	54	15	0	29	1.47
190216--190347	54	2.6	51	86	10	173	52	13	0	33	1.46
190264--190361	32	3.4	32	72	26	117	53	10	0	36	1.35
190296--190338	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
190247--190361	54	2.1	54	96	0	212	53	11	0	34	1.43
190298--190346	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
190341--190443	15	6.5	15	80	15	109	51	1	0	46	1.12
190287--190443	67	2.3	67	88	5	219	51	5	0	42	1.25
190188--190428	47	4.8	49	76	16	165	51	9	0	38	1.38

Tables:   1   2   3