genome.fa.s8268.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008268.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110925_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  492505

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 298 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190261--190428	54	3.3	47	85	9	174	50	7	0	42	1.29
190662--190703	20	2.1	20	100	0	84	35	16	19	28	1.93
194226--194259	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
194268--194301	15	2.3	15	90	5	52	70	0	2	26	1.01
194270--194358	12	7.4	12	69	13	58	69	5	1	23	1.16
194314--194360	24	2.0	24	87	8	69	76	6	0	17	0.98
194377--194411	16	2.1	17	94	5	63	62	0	5	31	1.18
195569--195617	3	16.0	3	91	8	73	63	0	0	36	0.95
195743--196023	45	6.3	45	91	0	456	35	18	21	24	1.96
196031--196138	45	2.4	45	84	3	126	29	21	23	25	1.99
196167--196262	44	2.2	44	83	5	122	32	21	20	25	1.98
195954--196359	120	3.4	120	90	0	634	33	20	19	25	1.96
197024--197065	22	1.9	22	95	0	75	42	11	11	33	1.78
197430--197540	54	2.1	54	82	0	132	30	22	12	34	1.91
202277--202306	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
206912--206955	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
207861--207931	3	24.7	3	72	21	55	67	2	0	29	1.05
207861--207930	11	5.9	11	73	26	63	68	2	0	28	1.04
207897--207951	5	10.8	5	78	18	51	72	1	0	25	0.94
207866--207946	24	3.3	23	78	13	83	67	3	0	28	1.07
207945--207992	16	3.0	17	85	8	57	60	4	6	29	1.40
209296--209330	15	2.3	15	90	9	54	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215226--215300	23	3.3	23	77	7	62	37	10	12	40	1.77
215253--215300	23	2.0	23	92	4	78	41	10	6	41	1.64
216351--216388	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
216356--216514	63	2.5	62	85	4	194	32	19	21	26	1.97
217832--217866	18	2.0	18	94	5	63	11	22	31	34	1.90
217950--217985	18	2.0	18	94	0	63	11	19	33	36	1.87
217729--218089	118	3.0	121	93	2	620	25	14	24	36	1.93
218096--218156	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
221980--222135	63	2.5	62	85	4	188	32	19	21	26	1.97
223342--223567	103	2.2	103	98	0	434	26	15	23	34	1.94
223550--223585	18	2.0	18	88	0	54	13	19	30	36	1.91
223447--223689	121	2.0	121	93	0	414	24	14	24	35	1.94
223696--223756	23	2.7	23	94	0	104	19	24	27	27	1.99
228503--228537	18	1.9	18	88	0	52	20	28	5	45	1.73
237462--237506	18	2.5	18	96	0	81	28	26	11	33	1.91
239960--239996	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
245308--245474	43	3.7	44	71	19	130	61	1	4	32	1.23
245425--245451	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
246431--246645	84	2.6	84	81	0	259	23	20	24	32	1.98
246747--246815	36	1.9	36	96	0	129	42	15	21	20	1.89
246757--246845	34	2.6	34	82	10	92	44	19	17	17	1.86
246914--246997	37	2.3	36	81	6	98	40	15	19	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246896--247144	100	2.5	100	93	1	408	35	13	18	32	1.90
246896--247258	100	3.6	101	82	5	389	37	13	17	30	1.89
247287--247691	36	11.6	36	69	14	143	41	12	20	24	1.87
247378--247973	36	17.0	36	73	10	432	40	13	20	26	1.89
247278--247973	174	4.0	174	91	1	1072	40	13	20	26	1.88
247381--247886	73	7.2	72	70	11	242	40	13	20	25	1.89
247414--247666	138	1.8	138	87	1	382	39	12	20	26	1.88
247116--247973	347	2.5	350	87	4	1183	40	13	19	26	1.88
249109--249220	32	3.5	32	85	6	138	37	19	13	29	1.90
250149--250286	69	2.0	69	86	0	195	26	14	21	37	1.92
250345--250412	29	2.4	28	78	11	75	4	19	2	73	1.13
253419--253532	45	2.5	45	78	5	106	71	3	8	15	1.24
255570--255612	22	2.0	22	85	0	59	30	2	6	60	1.35
255552--255613	26	2.4	26	77	0	70	32	4	4	58	1.40
257266--257308	18	2.4	18	88	0	68	34	27	0	37	1.57
257559--257606	17	3.0	15	77	14	51	56	27	2	14	1.50
258359--258392	16	2.2	16	89	5	52	50	5	23	20	1.70
259562--259601	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
259584--259644	20	2.9	21	85	7	70	16	26	32	24	1.96
263446--263488	20	2.2	20	83	8	52	37	9	2	51	1.47
270101--270135	13	2.8	12	83	8	52	48	11	0	40	1.39
270300--270338	20	2.0	20	89	0	60	15	20	30	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276138--276378	118	2.0	120	90	4	380	50	4	8	36	1.55
282173--282210	19	1.9	19	89	5	58	52	0	0	47	1.00
282261--282373	30	3.8	30	87	4	149	56	4	1	37	1.30
283015--283239	114	2.0	115	83	2	283	31	10	3	54	1.52
284900--285087	43	4.4	43	80	6	184	25	17	5	51	1.68
284896--285085	86	2.2	87	80	2	204	26	16	5	51	1.67
285437--285598	42	3.8	43	79	8	172	25	17	6	50	1.71
286652--286733	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
287083--287112	10	3.0	10	100	0	60	20	60	20	0	1.37
291424--291505	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
296444--296477	2	17.0	2	87	0	50	50	0	5	44	1.26
302902--302980	32	2.4	34	82	6	99	59	1	0	39	1.06
302930--303003	34	2.2	34	80	9	80	63	4	0	32	1.13
305624--305722	42	2.4	42	85	0	135	20	14	15	50	1.78
305938--306041	29	3.5	29	75	13	95	47	0	1	50	1.12
305997--306049	20	2.7	19	73	18	54	49	0	1	49	1.12
306012--306079	11	6.0	11	70	16	50	48	1	0	50	1.10
306025--306060	12	2.8	14	80	20	51	52	0	0	47	1.00
306025--306088	23	2.7	23	85	4	74	51	1	0	46	1.10
306161--306270	48	2.3	47	77	13	114	50	0	0	49	1.07
306444--306495	21	2.4	21	80	3	68	38	19	3	38	1.70
306756--306831	29	2.5	30	87	6	100	17	3	17	61	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307991--308022	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
308443--308480	16	2.3	17	81	9	51	42	7	5	44	1.56
314849--314908	23	2.7	23	82	5	79	33	18	16	31	1.93
315396--315430	13	2.7	13	91	8	54	42	11	5	40	1.65
317584--317643	21	2.9	21	94	0	111	33	23	23	20	1.97
321326--321361	17	2.1	17	94	0	63	33	0	22	44	1.53
322289--322351	22	2.8	23	85	7	85	60	0	3	36	1.13
322297--322385	23	4.0	22	79	5	97	60	0	2	37	1.09
331141--331171	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
332747--332774	12	2.3	12	100	0	56	28	0	7	64	1.20
337628--337667	22	1.9	21	85	10	55	25	17	27	30	1.97
346498--346550	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
346540--346646	20	5.3	20	78	4	117	39	19	17	23	1.92
346540--346647	41	2.7	40	79	4	119	38	20	17	23	1.93
347508--347561	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
349996--350084	20	4.4	20	82	2	108	37	23	21	17	1.94
349996--350084	40	2.2	41	84	4	119	37	23	21	17	1.94
350118--350181	33	1.9	34	93	3	112	15	23	17	43	1.87
350133--350202	33	2.1	33	86	0	95	17	24	15	42	1.88
350315--350351	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
351709--351791	42	2.0	42	85	0	112	21	19	37	21	1.94
351713--351799	21	4.1	21	72	5	77	24	19	35	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
352275--352428	20	8.4	20	76	18	111	42	22	18	16	1.88
352473--352584	20	5.6	20	88	6	156	21	16	21	40	1.92
352473--352584	40	2.8	40	93	0	179	21	16	21	40	1.92
354914--354975	18	3.0	21	72	18	58	20	16	37	25	1.93
355155--355246	20	4.6	20	79	2	112	21	20	19	38	1.94
355243--355288	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
355626--357101	369	4.0	369	99	0	2927	37	19	13	29	1.90
362208--362242	10	3.5	10	92	7	54	42	8	34	14	1.76
376717--376828	54	2.1	54	98	0	215	30	23	16	30	1.96
387807--387875	29	2.3	30	90	7	113	43	7	7	42	1.60

Tables:   1   2   3