genome.fa.s8274.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008274.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110931_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1661830

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118--213	41	2.3	41	96	0	174	39	16	23	19	1.92
121--213	20	4.6	20	75	4	87	38	17	24	19	1.92
202--293	20	4.7	20	74	6	71	33	23	18	23	1.97
199--275	40	1.9	41	83	2	102	38	20	16	23	1.92
835--879	19	2.4	19	88	0	63	51	26	13	8	1.70
875--1058	19	10.1	19	74	17	149	11	22	22	43	1.85
945--1033	33	2.6	33	87	3	124	11	24	24	39	1.88
4479--4514	14	2.6	14	90	0	54	27	0	25	47	1.52
4697--4823	33	3.9	32	82	8	166	15	20	19	44	1.87
4693--4823	19	7.7	19	63	26	69	15	20	19	44	1.87
4698--4822	66	1.9	66	94	0	223	16	20	20	44	1.87
7311--7364	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
8456--8505	21	2.5	20	90	9	77	14	22	18	46	1.84
10497--10561	20	3.3	19	80	4	58	38	26	20	15	1.92
10565--10652	32	2.7	34	89	7	137	14	18	20	46	1.84
10637--10691	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
11164--11208	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
12525--12562	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
13038--13131	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
13018--13132	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
13060--13194	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
13121--13213	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13121--13216	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
27605--27670	33	2.0	33	84	0	87	30	18	36	15	1.91
29374--29418	16	2.8	16	86	0	54	68	0	0	31	0.89
29383--29423	12	3.5	12	75	18	50	65	0	0	34	0.93
29377--29438	21	3.0	21	80	17	67	66	0	0	33	0.92
46596--46664	30	2.3	30	78	9	79	39	2	26	31	1.71
46626--46779	60	2.5	60	80	3	157	40	4	20	34	1.73
46830--46920	35	2.6	35	96	0	164	42	13	14	29	1.83
56593--56619	14	1.9	14	100	0	54	44	14	0	40	1.46
69109--69140	16	2.0	16	93	0	55	65	0	6	28	1.16
71040--71099	26	2.3	26	100	0	120	21	3	40	35	1.70
72785--72865	26	3.2	24	76	8	72	27	4	8	59	1.48
84787--84832	18	2.6	18	96	0	83	17	50	17	15	1.79
84809--84845	13	2.8	13	91	0	65	16	48	21	13	1.80
84791--84871	31	2.6	31	88	0	117	16	44	20	18	1.87
84787--84861	18	4.4	18	77	16	79	17	48	18	16	1.82
84858--84904	15	2.8	16	81	18	51	14	31	25	27	1.95
87347--87385	12	3.2	12	79	13	53	28	12	23	35	1.91
87332--87449	24	4.9	24	84	7	159	23	16	19	40	1.90
89629--89665	13	2.8	13	91	0	65	16	48	21	13	1.80
89611--89691	31	2.6	31	90	0	126	16	45	20	17	1.85
89607--89697	18	5.2	18	76	16	84	16	46	19	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89664--89688	13	1.9	13	100	0	50	16	40	24	20	1.91
89678--89724	10	5.5	8	82	14	51	14	34	25	25	1.94
89681--89714	15	2.1	16	89	10	52	11	35	26	26	1.91
92137--92268	48	2.8	48	76	13	137	21	16	18	42	1.89
92154--92268	24	4.8	24	88	6	162	22	17	19	40	1.91
92205--92278	24	3.1	24	86	3	78	21	16	18	43	1.88
104475--104610	62	2.2	62	95	0	245	26	13	29	30	1.94
108895--108954	23	2.6	23	91	0	102	30	15	6	48	1.70
109560--109584	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
109593--109659	20	3.2	20	79	14	73	65	1	0	32	1.02
109613--109657	19	2.4	18	89	10	72	66	0	0	33	0.92
127204--127297	39	2.4	39	79	15	95	35	23	15	25	1.95
127232--127310	19	4.0	20	80	6	90	34	24	15	26	1.94
128056--128089	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
128215--128268	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
130531--130566	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
130885--130938	20	2.7	20	88	0	81	22	16	25	35	1.95
131003--131052	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
131470--131554	20	4.2	20	73	11	93	18	17	22	41	1.91
131516--131611	20	4.8	20	65	11	52	29	16	26	28	1.97
131953--132018	26	2.5	26	82	0	87	31	7	12	48	1.68
132611--132723	60	1.9	60	83	7	149	29	12	18	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133517--133615	21	4.5	21	71	25	73	28	4	2	65	1.21
133987--134054	34	2.0	34	97	2	129	20	29	22	27	1.98
134607--134760	80	1.9	82	95	4	285	34	20	27	16	1.95
138274--138325	24	2.2	24	86	6	70	80	5	9	3	0.99
139149--139209	24	2.5	24	94	0	104	37	19	1	40	1.62
139393--139426	17	2.0	17	88	0	50	17	5	32	44	1.73
139859--139933	36	2.1	36	90	5	116	24	25	14	36	1.93
139929--139967	16	2.5	16	87	4	53	28	15	12	43	1.83
140527--141094	106	5.4	106	85	4	740	34	24	19	22	1.96
141843--141947	37	2.8	37	86	0	147	40	15	14	30	1.87
142404--142461	31	1.9	30	85	3	80	34	1	0	63	1.04
142404--142456	28	2.0	26	85	7	70	35	1	0	62	1.06
142644--142683	7	5.4	7	82	11	53	25	0	0	75	0.81
142644--142683	15	2.7	14	85	11	53	25	0	0	75	0.81
143505--143631	40	3.2	40	62	24	95	22	18	13	46	1.83
149028--149152	60	2.1	60	81	3	144	32	19	18	30	1.95
159377--159439	21	2.9	22	70	13	67	20	22	17	39	1.92
159451--159581	20	6.6	20	88	0	136	26	25	22	25	2.00
159463--159583	60	2.0	60	88	0	179	25	25	21	27	1.99
159463--159581	40	3.0	40	87	0	166	26	26	21	26	2.00
159764--159806	22	2.0	22	95	0	77	23	41	16	18	1.89
160183--160270	19	4.5	19	81	8	79	14	17	23	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160194--160267	20	3.7	20	85	3	87	14	18	24	41	1.89
161987--162036	18	2.8	17	91	8	82	30	20	8	42	1.80
162257--162310	20	2.7	20	91	0	81	20	20	24	35	1.96
162807--162917	42	2.6	41	77	8	116	20	36	18	24	1.94
164314--164375	14	4.3	14	73	6	52	38	1	14	45	1.55
164475--164527	20	2.7	20	81	0	61	45	26	20	7	1.78
164521--164834	20	16.6	20	76	13	263	25	18	21	34	1.96
164611--164826	54	3.9	54	84	3	261	24	17	23	34	1.96
164570--164834	74	3.5	75	77	8	232	26	17	21	33	1.96
164805--165074	140	1.9	140	93	0	468	42	14	12	30	1.84
165134--165168	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
167432--167485	24	2.2	24	90	0	81	40	18	18	22	1.91
168315--168385	20	3.5	20	83	7	90	28	21	19	30	1.97
175813--175863	19	2.5	20	75	12	50	68	3	1	25	1.17
175821--175861	19	2.1	20	86	4	57	65	4	2	26	1.25
176043--176074	16	1.9	17	93	6	57	25	0	0	75	0.81
177257--177304	21	2.3	21	78	3	53	27	10	2	60	1.41
178330--178372	22	2.0	22	90	0	68	32	2	2	62	1.20
178826--178865	21	2.0	21	90	5	64	40	2	2	55	1.27
179320--179375	23	2.4	23	85	5	69	26	16	12	44	1.83
179365--179424	23	2.6	23	89	0	93	23	15	20	41	1.89
180712--180744	16	2.1	16	94	0	57	54	9	12	24	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186788--186862	37	2.0	37	82	10	91	49	4	1	45	1.29
188612--188642	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
188631--188866	118	2.0	117	95	0	427	21	16	17	43	1.88
196922--196963	21	2.0	20	90	4	66	28	28	21	21	1.99
197091--197156	35	1.9	35	90	6	109	19	21	34	24	1.96
198529--198576	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
199679--199720	21	2.0	21	90	0	66	26	26	21	26	1.99
199848--199910	15	3.4	19	68	28	55	20	25	36	17	1.94
199832--199917	34	2.5	35	90	7	140	19	26	33	19	1.96
201235--201271	19	1.9	19	88	0	56	48	5	0	45	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6