genome.fa.s8275.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008275.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110933_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1991061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1174--1628	91	5.0	92	95	2	834	21	13	18	46	1.83
1676--1803	19	7.3	19	73	19	116	45	28	17	8	1.78
1712--1803	32	2.8	31	88	8	130	45	28	18	7	1.76
1799--1933	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
1821--1877	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
1804--1896	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
3827--3861	14	2.6	14	90	4	54	31	0	22	45	1.53
3968--4069	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
4098--4389	19	16.4	19	82	14	383	14	20	18	46	1.83
4076--4389	52	5.9	52	86	9	321	14	20	18	46	1.84
4098--4361	127	2.1	122	90	6	194	14	21	17	46	1.83
4117--4389	33	7.8	33	80	12	230	14	20	18	46	1.83
6659--6683	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
6857--6903	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
7583--7948	20	18.5	20	84	6	433	20	19	26	34	1.96
8906--9035	64	2.0	64	100	0	260	43	15	14	26	1.85
22519--22783	135	2.0	135	93	1	451	46	9	18	25	1.78
28062--28114	25	2.1	26	85	3	72	41	0	1	56	1.10
30332--31012	4	171.8	4	94	2	1189	25	26	0	47	1.52
31061--31598	175	3.0	181	96	3	1016	26	20	24	29	1.99
33242--33374	68	2.0	68	95	0	239	28	16	18	36	1.93
35046--35219	4	43.5	4	100	0	348	50	24	0	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35174--35624	205	2.2	202	85	4	634	31	19	12	36	1.89
43097--43264	84	2.0	84	87	2	239	36	23	16	23	1.94
44748--44796	2	24.5	2	82	0	62	0	57	0	42	0.99
51227--51263	18	2.1	18	100	0	74	40	32	5	21	1.76
51328--51376	18	2.7	18	90	0	80	53	26	16	4	1.61
62967--63005	4	9.5	4	83	5	51	28	43	25	2	1.68
62968--63001	17	2.0	17	88	0	50	26	44	26	2	1.69
64856--64914	30	2.0	30	93	0	100	40	6	10	42	1.65
64863--64923	30	2.2	27	82	11	70	45	9	6	37	1.63
65000--65026	9	3.0	9	100	0	54	33	0	11	55	1.35
65377--65435	19	3.2	19	77	18	54	59	0	1	38	1.08
65431--65544	27	4.5	23	81	15	120	53	0	0	45	1.06
65456--65544	23	3.7	23	83	14	124	51	0	0	48	1.00
65431--65543	51	2.2	50	95	3	199	53	0	0	45	1.06
65605--65774	82	2.1	82	92	0	277	30	28	21	20	1.98
68191--68215	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
68377--68580	100	2.0	102	91	6	335	31	17	17	33	1.93
70462--70560	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
70528--70720	20	9.6	20	84	5	246	34	27	19	18	1.95
71237--71312	21	3.7	21	81	8	102	46	17	23	13	1.83
71297--71353	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
71289--71369	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71248--71339	19	4.9	19	67	22	61	45	18	22	13	1.84
71370--71491	33	3.5	33	83	8	145	10	23	18	47	1.79
71427--71489	20	3.2	20	86	0	99	12	25	15	46	1.82
73371--73401	15	2.1	15	93	0	53	48	22	22	6	1.73
73394--73452	19	3.4	19	77	22	83	47	30	15	6	1.71
73363--73436	14	4.9	14	75	18	58	48	27	17	6	1.72
73379--73452	33	2.2	33	95	2	130	47	29	16	6	1.72
73448--73620	19	9.6	19	76	12	150	10	20	23	45	1.82
73470--73526	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
73453--73545	33	2.8	33	93	0	159	10	22	20	46	1.81
73448--73604	33	4.4	38	81	8	145	9	21	22	46	1.80
75533--75567	13	2.6	14	90	4	54	31	0	22	45	1.53
75673--75788	19	6.7	18	78	18	122	43	18	25	13	1.86
75673--75788	52	2.2	52	96	3	216	43	18	25	13	1.86
75778--75934	19	8.7	19	80	16	199	15	21	17	45	1.85
75784--75948	53	3.1	52	83	14	214	13	21	18	46	1.84
75778--75934	72	2.2	72	94	2	271	15	21	17	45	1.85
75802--75967	53	3.1	53	78	10	187	13	20	19	46	1.84
76317--76507	20	9.6	20	86	4	233	20	17	25	36	1.95
76494--76545	20	2.6	21	81	9	63	9	19	26	44	1.81
79383--79484	31	3.3	30	70	10	80	42	12	4	40	1.65
79400--79486	31	2.8	31	77	5	95	43	12	4	39	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86743--86770	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
88522--88623	34	3.1	32	77	16	100	47	9	2	40	1.52
88522--88743	62	3.4	66	74	13	190	45	8	4	41	1.56
91394--91434	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
94999--95042	20	2.2	20	84	8	54	22	29	20	27	1.99
98578--98607	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
98779--99029	76	3.4	74	78	12	207	49	4	6	39	1.51
98916--98995	40	2.0	39	90	2	124	52	2	5	40	1.37
98882--99035	34	4.3	36	77	15	124	48	5	5	40	1.48
98979--99054	34	2.2	32	80	15	82	43	3	7	44	1.51
99602--99631	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
101221--101274	26	2.1	26	86	6	74	51	5	12	29	1.63
101546--101625	2	40.5	2	97	2	153	50	0	0	50	1.00
102465--102502	12	3.1	13	85	11	53	44	7	7	39	1.63
104559--104594	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
107358--107411	26	2.0	27	82	7	65	51	12	3	31	1.57
107834--107970	60	2.3	60	83	5	161	40	9	13	36	1.77
107834--107999	60	2.7	61	79	9	142	42	8	12	36	1.72
113408--113441	12	2.6	13	90	9	52	61	0	0	38	0.96
115364--115392	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
118965--118989	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
136373--136510	30	4.6	30	93	0	195	29	14	9	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139618--139838	30	7.4	30	86	0	307	32	15	7	44	1.75
145824--145884	32	1.9	32	86	3	88	19	16	11	52	1.74
148591--148629	16	2.5	16	95	4	71	25	5	10	58	1.51
170878--170917	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
179754--179789	16	2.2	16	90	0	54	30	8	16	44	1.77
183475--183522	19	2.7	18	81	9	62	31	16	14	37	1.89
193441--193479	13	2.9	13	82	17	53	82	0	10	7	0.86
197271--197353	43	1.9	43	87	0	121	38	4	31	25	1.77
200258--200320	30	2.1	30	93	0	108	12	20	31	34	1.90
200518--200579	24	2.7	24	95	5	110	8	25	45	20	1.79
203134--203193	31	1.9	31	83	6	77	15	15	6	63	1.50
217385--217437	6	8.3	6	84	12	70	49	1	47	1	1.23
217505--217533	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
217643--217731	29	3.1	29	85	0	124	17	40	28	13	1.88
217746--217803	10	5.6	10	73	15	55	22	46	20	10	1.81
218025--218108	29	2.9	29	83	0	96	13	29	39	17	1.88
218267--218294	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
224261--224310	25	2.0	25	100	0	100	52	4	28	16	1.61
228382--228602	75	2.9	75	79	2	212	38	14	17	28	1.90
241468--241516	24	2.0	24	84	0	62	28	10	14	46	1.77
252654--252678	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24
254293--254382	32	2.8	32	85	5	112	31	4	18	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259246--259272	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
259272--259296	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
260611--260662	3	17.3	3	81	15	54	59	1	32	5	1.32
268230--268314	3	28.7	3	74	7	66	61	1	1	36	1.12
268584--268699	58	2.0	58	91	0	187	31	19	13	34	1.91
268649--269250	124	5.0	124	87	7	821	27	18	14	39	1.89
269065--269268	114	1.8	112	88	5	313	27	18	13	40	1.88
270416--270450	18	1.9	18	94	0	61	57	2	5	34	1.37
270825--270863	9	4.2	9	80	6	51	2	15	0	82	0.79
281337--281398	26	2.4	26	83	5	72	58	1	4	35	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8