genome.fa.s8284.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008284.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110946_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  665325

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 423 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143--194	24	2.2	25	82	10	72	3	40	0	55	1.18
135--219	36	2.3	36	82	11	93	3	41	0	55	1.17
150--200	24	2.1	24	88	0	75	3	43	0	52	1.19
161--207	24	2.0	24	86	0	67	6	38	0	55	1.26
1239--1304	31	2.2	31	83	8	82	45	7	7	39	1.61
16547--16580	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
18180--18231	21	2.5	20	75	3	50	38	17	25	19	1.93
18220--18313	20	4.7	20	80	7	100	34	24	18	23	1.96
18833--18880	19	2.5	19	77	12	53	45	27	16	10	1.80
18876--19026	19	8.1	19	80	10	141	14	22	18	44	1.86
18898--19001	52	2.0	53	84	1	138	13	23	21	42	1.88
21176--21284	21	5.2	21	61	12	53	22	38	17	21	1.93
21121--21296	42	4.2	42	76	0	181	21	37	16	24	1.93
21191--21306	21	5.5	21	66	8	56	23	33	20	22	1.97
21121--21296	84	2.1	84	96	0	325	21	37	16	24	1.93
21176--21326	42	3.6	41	75	8	142	23	36	18	21	1.95
21266--21326	21	3.0	20	73	7	59	22	36	19	21	1.95
21121--21326	84	2.5	84	91	1	288	22	35	17	24	1.95
22683--22718	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
22847--22938	19	5.4	19	66	24	78	16	20	19	43	1.88
22828--22938	33	3.4	33	85	5	161	14	23	19	42	1.88
25228--25264	12	3.1	12	100	0	74	0	27	0	72	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25439--25492	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
26275--26343	36	1.9	36	88	2	104	37	17	21	23	1.94
26328--26419	20	4.6	20	71	2	67	39	20	18	21	1.93
26633--26719	20	4.3	20	78	5	104	39	21	21	17	1.93
26653--26740	40	2.4	37	83	11	101	43	19	20	17	1.88
26718--26757	19	2.0	20	90	4	64	47	15	20	17	1.83
26770--26814	19	2.4	19	100	0	90	15	15	15	53	1.74
26951--26987	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
27979--28089	19	6.4	19	70	18	73	12	20	22	44	1.85
27996--28053	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
27979--28069	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
28054--28097	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
29860--29918	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
30163--30206	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
30395--30446	20	2.6	20	93	0	86	25	21	28	25	1.99
30455--30508	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
30374--30511	61	2.3	61	84	0	186	23	18	23	34	1.96
30394--30529	61	2.2	61	81	2	157	22	19	24	33	1.97
30578--30618	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
37629--37668	14	2.7	15	84	7	55	27	0	0	72	0.85
40841--40941	27	3.7	27	77	2	103	47	19	4	27	1.70
45848--45903	29	2.0	29	82	3	69	35	1	12	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48290--48333	22	2.0	23	82	13	56	11	25	6	56	1.58
48619--48665	23	2.1	22	88	7	69	36	6	0	57	1.24
49607--49663	20	2.8	20	69	10	53	29	12	12	45	1.78
52915--52986	31	2.3	31	92	0	117	22	16	22	38	1.93
62126--62192	29	2.3	29	100	0	134	34	4	19	41	1.72
62471--62508	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
66069--66117	24	2.0	24	84	0	62	55	8	6	30	1.54
80283--80318	18	2.0	18	88	0	54	30	13	38	16	1.88
83910--83948	19	2.1	19	100	0	78	43	10	20	25	1.83
85933--85976	18	2.4	18	88	3	61	31	13	38	15	1.87
96690--96728	21	1.9	21	94	5	71	64	5	2	28	1.28
96702--96787	15	5.8	15	70	12	52	58	1	1	39	1.13
103862--103899	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
110535--110567	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
111615--111728	56	2.0	57	98	1	221	24	19	12	43	1.85
117738--117775	5	7.8	5	94	2	60	0	2	13	84	0.73
118291--118321	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
121382--121437	18	3.2	18	75	14	71	48	0	7	44	1.30
121371--121437	35	2.0	33	86	11	93	46	1	5	46	1.36
121381--121459	35	2.2	37	93	6	135	48	0	5	46	1.24
127633--127671	20	2.0	20	90	10	62	15	25	23	35	1.94
127634--127722	9	9.3	9	78	9	70	15	28	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127683--127725	19	2.3	19	87	0	68	18	30	27	23	1.98
127718--127755	17	2.2	17	100	0	76	18	44	23	13	1.85
134857--134936	10	8.3	9	72	10	52	15	25	26	33	1.95
134859--134930	19	3.7	19	71	22	60	13	22	27	36	1.92
141368--141422	21	2.6	21	77	8	58	34	21	20	23	1.97
141410--141602	20	9.6	20	83	5	237	35	27	18	18	1.95
141982--142052	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
142132--142206	21	3.6	20	80	8	96	48	17	20	14	1.82
142207--142266	19	3.4	19	73	21	76	10	21	21	46	1.80
142224--142278	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
142207--142278	33	2.2	33	100	0	144	9	23	22	44	1.82
142216--142300	33	2.5	33	90	1	125	10	25	21	42	1.85
142231--142306	20	4.2	20	69	22	67	11	25	18	44	1.83
143993--144308	93	3.4	93	99	0	614	22	13	18	45	1.84
144441--144499	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
144422--144515	33	2.8	33	93	0	161	47	27	17	7	1.74
144406--144515	19	6.3	19	73	20	96	46	28	16	9	1.77
144511--144683	19	9.6	19	75	12	150	10	19	23	46	1.81
144511--144683	33	4.8	38	79	8	159	10	19	23	46	1.81
145493--145525	14	2.4	14	94	0	57	33	0	21	45	1.52
145616--145703	19	4.8	19	82	14	123	47	15	22	13	1.81
145616--145722	53	2.0	53	98	1	207	45	16	24	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145712--145953	19	13.7	19	76	19	265	14	22	17	45	1.84
145756--145810	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
145712--145961	53	4.8	52	83	9	262	13	23	17	45	1.84
145736--145829	33	2.8	33	98	1	179	12	23	18	45	1.83
145718--145924	86	2.3	89	94	4	357	13	23	16	45	1.83
148251--148275	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
148450--148496	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
149188--149397	20	10.5	20	83	5	210	20	17	25	36	1.94
150379--150403	13	1.9	13	100	0	50	20	8	8	64	1.46
154265--154323	23	2.6	23	89	5	84	44	0	1	54	1.10
154269--154351	28	3.2	26	76	16	73	40	1	3	54	1.26
163938--163971	13	2.5	14	90	4	52	29	17	0	52	1.45
166328--166502	61	2.9	60	80	5	185	34	16	5	44	1.69
166611--166748	59	2.3	60	80	6	163	39	2	23	33	1.70
175624--175656	16	2.0	17	88	5	50	15	15	15	54	1.71
184601--184648	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
185837--185863	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
186173--186232	30	2.0	29	87	3	84	50	13	11	25	1.75
189476--189519	15	2.9	15	86	6	54	81	4	2	11	0.92
192720--192769	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
193623--193659	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
202600--203092	228	2.2	227	95	2	884	44	7	7	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203371--203416	20	2.3	20	86	13	69	56	8	17	17	1.65
203159--203623	174	2.6	179	85	4	627	41	13	16	27	1.87
205803--205866	21	3.0	21	93	0	101	42	10	29	17	1.83
205901--205966	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
207755--207803	19	2.6	19	96	0	89	32	0	10	57	1.32
207755--207815	19	3.3	19	90	2	79	34	0	11	54	1.37
207896--209666	200	8.9	200	97	0	3293	36	14	17	31	1.90
211119--211182	6	10.7	6	79	0	65	39	9	32	18	1.83
211119--211203	12	7.3	12	80	7	95	37	9	32	20	1.84
211136--211207	3	24.0	3	73	0	63	36	8	33	22	1.84

Tables:   1   2   3   4