genome.fa.s8284.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008284.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110946_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  665325

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 423 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211119--211200	36	2.3	36	89	0	119	37	9	32	19	1.85
214951--215015	25	2.6	25	97	0	121	40	10	12	36	1.78
215357--215428	23	3.2	22	90	4	99	34	4	22	38	1.73
215783--215853	21	3.3	21	84	7	88	33	4	23	38	1.75
215778--215848	23	3.2	22	84	9	90	33	4	23	38	1.75
217091--217209	62	1.9	62	91	0	193	50	7	4	37	1.50
217171--217227	27	2.2	26	78	12	62	45	8	3	42	1.52
222867--222914	25	1.9	25	95	0	87	12	25	31	31	1.92
224287--224341	21	2.6	21	88	5	76	14	18	25	41	1.88
224311--224353	11	4.0	11	81	6	52	16	16	30	37	1.91
224304--224360	21	2.7	21	86	0	69	17	12	28	42	1.85
225871--225911	21	1.9	22	85	5	57	29	21	29	19	1.98
226138--226178	21	1.9	22	85	5	57	29	21	29	19	1.98
225792--226328	263	2.0	267	97	1	1028	23	18	24	34	1.96
227059--227096	5	7.8	5	94	5	69	21	21	18	39	1.93
227061--227101	19	2.2	19	95	0	73	19	21	19	39	1.93
233482--233519	18	2.1	18	90	0	58	36	2	39	21	1.67
233738--233779	18	2.3	18	91	0	66	16	28	7	47	1.73
238441--238478	18	2.1	18	90	0	58	36	2	39	21	1.67
245642--245691	26	1.9	26	84	8	66	76	0	10	14	1.03
245710--245754	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
246071--246256	93	2.0	93	98	0	363	26	20	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247712--248087	84	4.5	83	83	3	400	24	19	26	29	1.99
247710--248084	165	2.3	166	82	4	434	24	19	26	29	1.99
248311--249575	106	11.9	106	93	0	2127	22	18	25	33	1.97
253428--253458	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
253773--253958	93	2.0	93	100	0	372	25	20	15	38	1.91
261863--261907	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
262300--262379	35	2.3	35	86	4	117	43	23	2	30	1.67
262547--262831	143	2.0	143	92	0	471	35	7	8	48	1.62
263385--263435	16	3.2	16	88	0	75	33	17	13	35	1.89
263610--263686	35	2.2	35	86	9	104	32	0	22	45	1.53
268202--268290	44	2.0	44	95	0	160	21	14	19	44	1.86
269062--269148	32	2.7	32	85	3	122	37	6	6	48	1.57
271936--271969	16	2.1	17	94	5	61	47	0	11	41	1.40
276004--276052	23	2.1	23	85	7	64	59	8	4	28	1.45
277145--277190	9	4.7	9	82	17	56	4	10	2	82	0.89
281563--281611	23	2.1	23	85	7	64	59	10	2	28	1.41
284886--284926	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
284973--285008	17	2.1	18	89	5	56	25	5	2	66	1.27
286531--286609	29	2.7	29	98	0	149	34	11	25	29	1.91
286860--286907	17	3.1	15	88	8	62	62	2	0	35	1.07
286860--286904	21	2.0	21	83	12	54	62	2	0	35	1.08
286860--286915	11	5.4	11	74	21	50	60	1	1	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286871--286915	17	2.8	16	87	12	65	62	2	2	33	1.20
287896--287929	4	8.2	4	93	6	59	73	0	2	23	0.97
287933--287973	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
287991--288044	21	2.8	18	81	15	56	62	3	3	29	1.29
287995--288045	18	2.6	19	79	11	59	62	3	3	29	1.31
288793--288894	34	2.8	37	81	11	131	31	12	13	42	1.82
289641--290691	106	10.0	106	86	3	1437	22	19	24	34	1.96
290700--290832	37	3.6	37	78	5	137	39	12	19	29	1.88
291580--291678	22	4.5	22	89	0	153	22	11	25	41	1.86
292255--292302	19	2.6	18	83	6	60	2	12	6	79	1.01
292268--292311	18	2.4	18	88	7	63	0	13	6	79	0.92
294560--294626	25	2.8	22	75	16	55	74	0	8	16	1.05
294899--295069	66	2.6	65	75	13	154	58	1	5	34	1.31
297147--297208	22	2.7	23	82	5	81	51	12	19	16	1.76
298287--298341	28	2.0	27	85	3	74	12	20	18	49	1.79
299063--299113	12	4.0	13	77	10	52	41	0	1	56	1.10
301099--301126	8	3.5	8	100	0	56	28	0	0	71	0.86
302404--302435	16	2.0	16	100	0	64	62	6	12	18	1.50
307388--307428	21	2.0	21	95	0	73	56	7	26	9	1.58
327676--327718	18	2.4	18	92	0	77	46	4	0	48	1.22
327676--327727	18	2.8	18	83	13	70	50	3	0	46	1.20
329101--329130	11	2.7	11	89	0	51	70	3	10	16	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330071--330100	11	2.7	11	89	0	51	70	3	10	16	1.29
328596--331506	979	3.0	979	95	2	5095	46	13	14	25	1.81
332428--332471	3	13.7	3	86	9	52	70	0	2	27	0.99
332427--332477	17	3.1	17	85	2	68	72	0	1	25	0.95
332428--332486	10	6.4	10	77	16	56	72	0	1	25	0.93
332538--332595	29	2.0	30	89	3	91	50	1	1	46	1.22
332565--332776	36	5.7	38	78	16	178	45	4	4	45	1.44
332607--332777	35	4.7	35	76	16	145	43	4	5	46	1.47
332565--332776	71	2.9	74	83	12	224	45	4	4	45	1.44
337837--337902	26	2.6	26	97	2	125	30	18	3	48	1.63
337837--337914	26	3.0	26	92	5	115	30	16	5	47	1.68
338872--338925	26	2.1	26	82	0	63	50	16	7	25	1.71
339952--340084	29	4.6	29	83	3	180	39	21	4	33	1.74
339952--340084	57	2.3	58	89	3	207	39	21	4	33	1.74
340102--340173	19	3.8	19	90	0	108	31	31	23	12	1.92
340089--340173	38	2.2	38	89	0	125	28	31	28	11	1.92
347366--347557	29	6.6	29	85	1	249	39	21	4	34	1.73
351269--351313	20	2.2	20	92	0	72	28	24	11	35	1.90
359397--359436	19	2.1	19	100	0	80	27	5	37	30	1.78
360187--360212	12	2.2	12	100	0	52	26	19	7	46	1.77
364984--365036	21	2.5	21	81	6	72	22	24	16	35	1.95
365011--365099	41	2.1	42	79	2	99	34	17	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
365026--365098	21	3.5	21	92	1	112	38	16	23	21	1.93
365087--365160	20	3.7	20	74	15	80	35	24	18	21	1.96
365026--365160	41	3.3	42	80	8	136	37	20	20	22	1.95
365688--365725	20	1.9	20	100	0	76	44	21	23	10	1.83
366225--366331	40	3.0	34	75	15	115	40	24	22	13	1.89
366244--366319	20	3.8	20	92	0	125	42	23	19	14	1.88
366357--366402	19	2.4	19	96	0	83	17	19	15	47	1.82
368415--368494	20	4.1	19	88	3	70	36	26	18	18	1.94
368420--368526	40	2.7	40	82	2	99	37	26	21	14	1.92
368440--368515	20	3.8	20	92	0	125	34	25	26	14	1.94
368440--368527	20	4.4	20	89	0	122	36	25	25	13	1.92
368503--368579	33	2.3	33	88	2	118	48	23	19	9	1.77
368499--368590	33	2.8	32	83	8	96	46	23	18	10	1.80
368586--368682	19	5.6	19	68	30	83	12	21	21	44	1.85
368608--368663	14	3.6	14	71	28	51	10	21	25	42	1.85
368591--368682	33	2.8	33	98	0	175	11	20	21	45	1.83
368667--368721	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
369256--369303	18	2.7	18	86	0	78	14	12	43	29	1.82
370931--370974	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
371161--371224	20	3.2	20	86	0	92	28	14	25	32	1.94
371141--371278	41	3.4	41	75	9	129	24	15	23	36	1.93
371161--371274	20	5.7	20	76	6	86	25	15	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
371141--371275	20	6.7	20	71	10	69	25	15	23	35	1.94
371201--371296	41	2.3	41	83	3	104	22	18	21	36	1.95
371303--371357	21	2.7	20	80	8	65	40	18	23	18	1.91
376171--376199	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
376748--376773	3	8.7	3	100	0	52	0	0	65	34	0.93
379711--379754	23	2.0	23	86	4	63	61	2	4	31	1.28
382585--382625	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
383139--383177	19	2.1	19	90	0	60	43	2	2	51	1.29
383915--383957	22	2.0	22	95	0	77	44	4	2	48	1.36
384896--384945	26	1.9	26	84	8	66	34	2	2	62	1.18

Tables:   1   2   3   4