genome.fa.s8293.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008293.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110957_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  338481

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 248 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189245--189313	23	3.0	23	72	8	68	23	24	23	28	1.99
189906--190003	45	2.1	47	84	5	128	36	21	14	27	1.92
192021--192059	19	2.0	20	85	5	53	17	48	5	28	1.68
192066--192095	16	1.9	16	93	6	53	66	16	16	0	1.25
193111--193157	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
195882--195910	13	2.2	13	100	0	58	65	0	6	27	1.18
205134--205181	20	2.5	19	83	12	55	25	2	18	54	1.55
205301--205352	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
205408--205600	20	9.6	20	80	5	210	35	25	19	19	1.96
205408--205600	60	3.2	60	82	0	242	35	25	19	19	1.96
205980--206050	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
206171--206225	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
206171--206241	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
206237--206334	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
206259--206348	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
206242--206355	33	3.5	33	93	1	203	9	24	21	44	1.82
208050--208428	92	4.1	93	98	1	735	22	12	18	46	1.83
208050--208430	185	2.1	185	97	1	737	22	12	18	46	1.83
208472--208600	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
208508--208600	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
208472--208600	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
208596--208730	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208618--208674	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
208601--208693	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
210650--210685	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
210792--210893	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
210922--211228	19	17.4	19	80	16	376	14	20	18	46	1.83
210922--211161	71	3.4	71	86	11	373	14	20	17	47	1.83
210884--211228	142	2.5	137	90	5	516	14	20	18	46	1.84
210922--211200	52	5.2	52	93	4	388	14	21	17	46	1.83
213505--213529	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
213702--213748	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
214430--214838	20	20.5	20	85	5	477	19	18	26	35	1.95
214894--214945	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
216691--216780	16	5.1	16	73	19	54	44	8	4	42	1.56
216697--216792	18	5.4	17	70	16	61	43	10	3	42	1.54
216750--216790	16	2.6	16	88	0	64	41	12	2	43	1.55
216822--216934	2	56.0	2	78	11	88	45	0	9	44	1.43
222857--222887	16	1.9	16	93	0	53	35	12	16	35	1.87
223464--223520	27	2.2	26	84	15	73	59	1	0	38	1.08
228729--228762	17	2.1	17	88	5	52	52	2	0	44	1.16
228759--228793	15	2.2	16	90	5	54	65	0	0	34	0.93
228759--228808	18	2.9	18	80	8	52	62	0	4	34	1.14
229610--229642	15	2.1	16	88	5	50	45	0	3	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229751--229803	24	2.2	24	82	0	61	54	13	3	28	1.56
229874--229982	46	2.4	45	82	8	148	43	15	9	32	1.78
230869--230932	29	2.2	29	80	2	76	56	15	14	14	1.68
231047--231105	25	2.4	25	94	0	100	44	10	22	23	1.83
232329--232371	22	2.0	22	90	0	68	48	20	2	27	1.62
232348--232418	33	2.2	32	87	5	97	53	16	2	26	1.57
232612--232664	20	2.5	21	84	9	72	43	15	15	26	1.85
232626--232668	20	2.2	20	100	0	86	37	9	16	37	1.81
233293--233456	60	2.8	57	77	9	161	34	14	14	36	1.86
234344--234410	33	2.0	33	91	0	107	41	20	22	14	1.89
244327--244374	25	1.9	25	91	8	80	20	16	20	41	1.90
246089--246262	89	2.0	88	94	2	303	37	10	6	44	1.65
252392--252459	23	3.0	23	84	0	91	26	23	25	25	2.00
252474--252691	103	2.1	103	94	0	382	36	23	13	27	1.92
253444--253550	45	2.4	45	87	3	144	25	15	22	36	1.94
253490--253627	64	2.2	64	85	5	181	28	19	18	33	1.95
258154--258220	23	2.9	23	84	0	89	28	25	23	22	1.99
258236--258453	103	2.1	103	93	1	375	37	23	12	26	1.91
259191--259411	64	3.5	64	80	4	223	27	18	19	35	1.94
260825--260868	21	2.0	22	86	4	63	27	29	22	20	1.99
261316--261373	18	3.5	17	78	19	52	34	13	3	48	1.60
266206--267050	425	2.0	425	92	0	1422	39	16	14	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273605--273657	26	2.0	26	100	0	106	22	11	26	39	1.88
279677--280123	227	2.0	226	94	2	790	44	8	7	39	1.62
280188--280233	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
280355--280401	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
284564--284612	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
284947--286080	199	5.7	199	97	0	2110	36	15	15	32	1.89
284947--286080	397	2.8	398	97	0	2110	36	15	15	32	1.89
284947--286080	596	1.9	598	96	0	2112	36	15	15	32	1.89
287536--287603	21	3.4	18	69	21	55	36	8	35	19	1.83
287536--287633	6	16.3	6	80	0	70	36	7	34	21	1.81
287551--287637	3	29.0	3	77	0	84	35	5	34	24	1.79
287539--287629	42	2.2	42	91	0	146	35	7	35	21	1.83
287536--287633	18	5.4	18	78	0	88	36	7	34	21	1.81
289108--289443	184	1.8	184	92	0	573	36	14	16	33	1.88
292026--292089	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
292026--292098	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
292455--292518	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
292455--292527	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
292527--292569	21	2.1	21	86	4	61	27	13	9	48	1.73
291927--294485	431	5.9	431	99	0	5011	39	8	13	39	1.74
292886--292949	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
292886--292958	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293314--293377	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
293314--293386	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
293745--293808	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
293745--293817	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
294113--294158	22	2.1	22	84	8	58	41	10	8	39	1.71
294176--294239	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
294176--294248	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
291927--294485	859	3.0	861	99	0	5016	39	8	13	39	1.74
294517--294567	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
294816--294852	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
295110--295196	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
295597--295660	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
295597--295669	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
297095--297251	64	2.4	64	81	8	160	33	21	17	28	1.96
297564--297601	18	2.1	18	90	0	58	28	7	18	44	1.78
298759--298814	22	2.9	18	76	19	67	21	23	30	25	1.99
302052--302208	64	2.4	64	81	8	160	33	20	17	28	1.95
302526--302561	18	2.0	18	88	0	54	30	8	16	44	1.77
303718--303787	18	3.7	18	76	14	77	20	22	31	25	1.98
307022--307061	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
307056--307154	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
307140--307194	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307390--307446	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
310198--310249	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
310208--310270	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
310671--310753	39	2.1	39	93	0	139	18	14	19	48	1.81
311011--311047	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
311294--311344	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
311613--311664	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
311623--311685	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
312561--312598	20	2.0	20	85	15	53	31	15	10	42	1.81
314187--314270	3	28.0	3	76	0	78	23	34	5	35	1.80

Tables:   1   2   3