genome.fa.s8304.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008304.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110990_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  283871

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5113--5288	64	2.8	64	83	6	214	32	22	19	25	1.98
5594--5640	12	3.9	12	94	0	76	36	2	23	38	1.67
5784--5830	15	3.1	15	100	0	94	14	19	31	34	1.92
8954--8980	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
9943--10076	32	4.2	32	92	2	209	47	2	17	31	1.63
11444--11500	3	18.3	3	78	7	60	66	1	0	31	1.02
11429--11515	22	3.9	21	74	15	68	66	3	0	29	1.08
11427--11491	28	2.3	28	86	7	87	67	3	0	29	1.05
16893--16969	34	2.2	33	80	13	84	29	0	5	64	1.15
16916--17003	32	2.7	31	80	5	95	38	0	2	59	1.10
17142--17195	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
18723--18770	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
18780--18838	21	2.8	21	97	0	109	18	37	22	22	1.94
19369--19465	33	2.9	34	82	3	124	55	5	3	36	1.38
19367--19472	34	3.2	33	80	8	124	54	5	2	36	1.39
19581--19610	14	2.1	14	93	0	51	60	10	0	30	1.30
19870--20499	128	4.9	128	98	0	1228	31	19	25	22	1.98
19870--20499	254	2.5	256	98	0	1228	31	19	25	22	1.98
20567--20607	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
25298--25334	19	1.9	19	94	0	65	18	5	0	75	0.99
27229--27273	22	2.0	22	95	0	81	37	6	17	37	1.76
29869--29909	17	2.4	17	88	8	57	19	7	0	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31749--31793	22	2.0	22	100	0	90	37	8	17	35	1.81
33402--33464	24	2.6	24	84	0	81	23	11	20	44	1.83
33395--33482	24	3.7	24	79	0	59	26	10	18	45	1.81
33509--33815	157	2.0	155	91	3	501	20	12	31	35	1.89
37931--37998	24	2.8	25	88	6	104	25	13	19	42	1.87
37928--38015	24	3.7	24	84	0	95	26	11	18	44	1.83
39794--39828	17	2.1	17	100	0	70	31	11	22	34	1.90
41862--41937	32	2.5	31	78	8	84	30	25	26	18	1.98
42769--42896	57	2.2	57	95	0	229	38	7	19	34	1.81
43518--43582	27	2.3	28	86	5	87	21	13	20	44	1.86
44374--44407	18	1.9	18	88	5	52	47	14	8	29	1.75
47076--47113	20	1.9	20	89	10	60	78	5	13	2	1.02
49033--49379	78	4.4	80	78	6	302	37	17	15	29	1.91
49078--49373	81	3.7	80	80	5	293	36	17	15	30	1.91
55572--55596	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
55932--56010	39	2.0	39	85	4	106	26	17	31	24	1.97
56615--56656	21	2.0	21	85	0	57	59	14	7	19	1.57
60494--60558	30	2.2	30	82	0	76	38	21	4	35	1.74
62586--62627	15	2.9	15	75	3	50	73	0	0	26	0.83
67261--67336	31	2.5	31	84	0	107	26	34	27	11	1.91
72294--72414	43	2.8	42	87	5	152	28	17	28	26	1.98
72310--72627	43	7.3	43	77	4	221	26	19	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74211--74434	111	2.0	111	100	0	448	33	13	12	41	1.82
74447--74493	22	2.1	22	96	0	85	48	12	19	19	1.80
77316--77509	41	4.7	41	76	8	169	26	19	18	36	1.94
77650--77800	42	3.6	41	72	15	139	35	19	17	27	1.94
77554--77780	83	2.7	83	83	0	276	33	20	16	29	1.94
80899--81051	80	1.9	80	90	0	243	18	26	5	48	1.71
82331--82811	228	2.1	228	87	7	690	36	12	19	32	1.88
83781--83809	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
84206--84305	39	2.6	39	92	4	168	17	31	24	28	1.97
84875--85346	235	2.0	234	91	1	757	37	12	19	30	1.88
89258--89301	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
89758--89808	10	5.2	10	81	9	61	82	0	0	17	0.67
89763--89809	18	2.7	17	79	20	53	80	0	0	19	0.70
89764--89803	21	1.9	21	89	0	62	80	0	0	20	0.72
91000--91037	3	12.3	3	88	5	58	71	0	0	28	0.87
91976--92418	106	4.2	107	91	1	687	22	19	25	33	1.97
91976--92628	212	3.2	212	86	8	919	22	19	25	32	1.97
92334--92506	88	2.0	88	98	0	337	21	20	23	33	1.97
92226--92597	194	1.9	194	96	0	681	22	18	25	33	1.97
94121--94176	22	2.5	22	88	0	85	28	10	25	35	1.89
94770--94846	21	3.8	20	75	14	70	1	14	5	79	0.97
94791--94857	7	9.4	7	77	19	68	0	14	2	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94755--94855	42	2.4	42	80	11	118	0	17	4	76	1.02
94791--94857	8	8.2	8	75	14	57	0	14	2	82	0.79
94784--94864	35	2.3	35	81	16	103	0	16	4	79	0.91
94769--94848	42	1.9	42	87	10	119	1	13	5	80	0.95
97861--97905	10	4.8	10	84	10	60	77	0	0	22	0.76
97857--97905	18	2.7	18	82	14	64	79	0	0	20	0.73
99091--99133	16	2.8	16	78	3	52	76	0	0	23	0.78
99264--99302	20	2.0	19	85	5	51	25	23	17	33	1.96
101227--101259	10	3.4	10	83	8	50	30	0	0	69	0.88
103228--103272	18	2.5	18	85	7	65	17	44	22	15	1.86
106340--106390	20	2.5	20	90	0	84	19	31	25	23	1.98
111706--111767	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
113870--113894	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
115344--115418	31	2.4	31	81	2	87	17	26	29	26	1.97
124190--124520	111	3.0	111	95	0	590	35	8	11	44	1.70
127449--127513	6	11.3	6	75	9	55	30	18	36	13	1.90
127449--127514	18	3.5	18	80	11	69	30	19	36	13	1.91
127452--127510	21	2.8	21	86	0	82	30	18	37	13	1.90
127740--127820	38	2.1	37	80	13	85	29	11	8	50	1.67
135205--135258	27	2.0	28	92	3	92	35	20	5	38	1.76
139181--139231	23	2.3	23	93	3	86	49	3	17	29	1.65
139182--139222	11	3.6	11	80	6	55	51	4	19	24	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139648--139729	23	3.5	23	73	15	69	17	23	25	34	1.96
139650--139730	24	3.5	24	76	17	98	16	23	25	34	1.95
140435--140478	22	2.0	22	91	4	72	15	25	34	25	1.95
145717--145760	14	3.4	14	75	18	58	47	2	18	31	1.61
145705--145762	25	2.3	25	96	0	107	48	3	17	31	1.64
146177--146258	23	3.5	23	73	15	69	17	20	25	36	1.94
146187--146259	24	3.1	24	74	20	73	15	20	24	39	1.91
146977--147017	22	1.9	22	90	5	66	19	24	31	24	1.98
149290--149385	49	2.0	49	89	0	147	38	12	20	28	1.89
161911--161959	19	2.5	19	80	12	55	22	36	28	12	1.90
163954--164032	5	14.6	5	82	12	77	15	6	3	74	1.16
172479--172512	18	1.9	17	94	5	59	5	0	8	85	0.75
174256--174300	17	2.6	17	86	10	56	60	11	15	13	1.60
174292--174334	21	2.0	21	86	9	59	76	6	11	4	1.13
174293--174340	23	2.2	21	81	7	51	79	8	8	4	1.06
184264--184547	53	5.3	54	74	9	233	27	23	17	32	1.96
184350--184595	106	2.3	106	87	7	340	29	21	18	30	1.97
184404--184592	51	3.6	52	69	19	142	30	21	18	30	1.97
184386--184601	108	2.0	105	90	7	337	28	22	18	30	1.97
185435--185829	199	2.0	198	99	0	781	22	22	16	38	1.93
186606--186635	16	1.9	15	93	6	51	13	20	0	66	1.24
186629--186712	23	3.6	22	72	16	71	7	20	0	72	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189265--189319	20	2.7	21	88	2	85	12	23	21	41	1.88
189265--189380	21	5.6	21	79	12	114	17	21	20	40	1.91
202900--202948	3	16.7	3	91	4	82	36	0	0	63	0.95
206706--207002	125	2.4	125	90	1	443	32	15	26	25	1.96
207952--207993	22	1.9	22	85	9	59	40	9	7	42	1.65
208205--208254	15	3.3	15	97	0	91	30	34	22	14	1.93
208903--208940	20	1.9	20	100	0	76	23	34	31	10	1.89
210611--210707	42	2.3	42	80	1	106	24	20	22	31	1.98
210392--211327	215	4.3	215	82	5	1083	32	16	19	31	1.94
211355--211442	42	2.1	42	86	0	122	28	15	21	34	1.94

Tables:   1   2