genome.fa.s8318.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008318.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111016_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  501449

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3518--3568	20	2.5	20	93	0	84	33	23	23	19	1.97
3599--3670	18	4.5	15	76	20	67	13	20	19	45	1.84
3595--3660	18	3.9	18	83	16	88	13	22	18	45	1.84
3776--3812	14	2.6	14	91	0	56	45	21	0	32	1.52
5625--5745	19	6.7	18	76	15	106	41	24	20	13	1.88
5752--5886	19	7.6	19	73	16	85	12	20	23	42	1.86
5774--5831	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
5757--5847	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
5832--5886	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
6356--6400	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
7718--7755	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
8019--8062	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
8250--8299	20	2.5	20	93	0	82	24	18	28	30	1.97
8230--8344	20	5.7	20	76	5	79	23	16	23	36	1.94
8270--8347	41	1.9	41	83	0	102	21	15	21	41	1.90
8333--8428	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
8333--8425	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
10267--10336	35	2.0	35	94	0	122	25	22	20	31	1.98
15369--15403	5	6.8	5	90	3	52	74	0	5	20	1.02
19029--19057	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
27676--27707	13	2.6	13	90	9	50	46	0	0	53	1.00
29191--29293	52	2.0	52	82	1	127	35	5	0	57	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33239--33425	31	6.0	31	94	1	322	37	20	19	21	1.94
33603--33649	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
34162--34205	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
41087--41151	31	2.1	31	97	0	121	30	1	15	52	1.52
41684--41713	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
49666--49827	65	2.5	65	82	7	195	32	19	25	22	1.98
49815--49872	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
50702--50763	23	2.7	23	76	0	70	19	27	25	27	1.99
56036--56114	12	6.4	13	70	16	51	72	0	10	17	1.12
56112--56160	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
56178--56232	18	2.8	20	83	8	69	65	1	3	29	1.20
56376--56410	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
56453--56552	21	4.7	21	70	20	73	61	2	6	31	1.32
56500--56548	23	2.1	24	81	11	57	57	0	8	34	1.29
57020--57112	37	2.5	37	87	0	132	31	13	15	39	1.86
57917--57950	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
69836--70200	103	3.5	102	83	3	437	22	18	23	35	1.96
71004--71080	22	3.5	22	87	3	102	23	14	24	37	1.92
71476--71822	172	2.0	173	91	6	569	25	17	20	36	1.94
71866--71933	16	4.3	15	75	15	66	1	14	7	76	1.07
76484--76525	13	3.2	13	81	18	52	85	0	4	9	0.72
76506--76606	52	1.9	52	82	4	123	65	1	4	27	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76615--76659	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
76806--76912	19	5.6	17	71	22	63	63	1	2	31	1.19
76822--76909	17	4.6	18	70	21	63	63	2	2	31	1.19
77372--77460	37	2.4	37	79	5	99	35	11	12	40	1.79
78840--79230	131	3.0	131	90	1	622	25	14	19	40	1.89
90945--90977	14	2.3	15	89	5	50	39	3	18	39	1.66
97244--97348	49	2.1	50	89	5	158	49	7	16	26	1.72
98707--98739	15	2.3	15	89	5	50	66	6	0	27	1.15
99412--99436	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
101474--101515	21	2.0	21	81	9	50	26	11	23	38	1.90
103174--103290	36	3.2	36	80	1	135	32	14	19	33	1.92
106350--106412	31	2.0	31	96	0	117	31	9	30	28	1.89
106977--107094	36	3.2	36	87	1	173	34	12	17	34	1.88
108215--108252	19	2.0	20	89	5	60	63	2	0	34	1.09
110921--110945	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
111573--111609	10	3.5	11	85	7	51	48	0	0	51	1.00
115464--115531	34	2.0	34	91	0	109	27	44	2	25	1.68
116622--116820	98	2.0	98	90	3	312	40	17	19	22	1.92
122564--122595	15	2.1	15	94	0	55	46	0	3	50	1.17
123160--123202	22	2.0	22	90	0	68	34	16	9	39	1.80
126927--126985	27	2.3	25	85	8	75	54	3	5	37	1.39
127122--127185	33	2.0	30	82	11	74	40	4	1	53	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130689--130760	32	2.3	32	82	2	92	40	9	8	41	1.68
131785--131921	72	1.9	75	86	4	199	46	2	18	32	1.61
140322--140359	15	2.5	15	91	0	67	5	15	71	7	1.28
142584--142614	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
145047--145074	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
150448--150554	24	4.5	24	84	2	126	50	17	9	22	1.74
152651--152687	19	1.9	19	100	0	74	10	27	35	27	1.90
153261--153414	31	5.0	31	91	3	222	22	19	20	37	1.94
157848--158025	64	2.8	64	81	3	205	26	17	26	29	1.97
157973--158023	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
157866--158025	65	2.5	65	85	3	207	26	16	26	30	1.96
163959--164005	20	2.2	21	78	17	53	44	6	12	36	1.68
166095--166199	45	2.3	46	88	4	151	30	16	22	30	1.96
166183--166219	19	1.9	19	94	0	65	24	16	37	21	1.93
167595--167665	12	5.8	12	77	9	72	74	0	7	18	1.03
167590--167672	8	10.1	8	74	20	57	72	0	8	19	1.10
167714--167763	18	2.6	19	73	17	50	62	4	4	30	1.32
167742--167829	33	2.6	36	77	18	98	68	6	1	23	1.21
167967--168062	22	4.2	22	68	22	63	62	2	5	30	1.28
168520--168621	37	2.8	37	87	0	132	28	14	15	41	1.87
169322--170378	106	10.0	106	88	2	1461	22	18	24	34	1.96
169321--170409	529	2.1	524	87	3	1596	22	18	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171934--171982	22	2.2	22	82	7	55	4	8	6	81	0.97
171917--171991	37	2.1	34	82	7	87	4	12	5	78	1.05
171928--172013	9	8.9	9	68	22	50	2	12	5	79	1.01
171942--172012	22	3.0	23	80	14	81	1	14	5	78	0.99
171941--172013	17	4.7	15	75	20	71	1	13	5	79	0.97
176453--176493	15	2.6	16	81	14	50	78	0	7	14	0.96
176516--176548	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
177375--177471	37	2.6	37	86	0	131	35	10	12	42	1.77
177645--177673	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
182180--182239	30	2.0	30	100	0	120	43	13	23	20	1.86
209957--210293	171	2.0	166	90	2	530	28	13	13	44	1.82
211999--212044	5	8.6	5	92	2	56	2	19	54	23	1.55
212129--212154	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
212179--212242	21	3.1	21	68	4	58	39	25	17	18	1.92
214141--214223	36	2.3	37	89	2	123	40	8	18	32	1.80
215981--216055	20	3.8	20	74	13	82	32	28	14	25	1.95
216217--216280	22	3.0	21	80	8	60	25	37	10	26	1.89
216631--216661	14	2.2	14	94	0	53	48	25	19	6	1.72
216667--216719	20	2.7	20	96	0	97	11	20	20	47	1.81
216657--216730	20	3.8	20	87	1	87	16	17	20	45	1.85
218687--218731	4	11.5	4	80	4	56	28	0	2	68	1.01
218692--218728	19	1.9	19	88	0	56	32	0	2	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218688--218731	23	1.9	23	90	0	70	29	0	2	68	1.02
218918--219014	21	4.6	21	85	0	140	20	37	19	22	1.95
220386--220543	64	2.5	64	90	3	237	31	1	15	51	1.52
220598--220661	20	3.2	20	77	0	83	34	21	21	21	1.97
226649--226697	19	2.6	19	87	3	64	44	2	2	51	1.24
229543--229929	150	2.7	145	88	3	548	41	11	28	18	1.85
231088--231156	28	2.6	26	86	6	93	59	8	4	27	1.46
234034--234088	20	2.8	19	83	8	74	14	16	21	47	1.82
235773--235813	21	2.0	21	85	0	55	21	17	26	34	1.95
236223--236296	21	3.5	21	84	0	94	21	33	18	25	1.96

Tables:   1   2   3