genome.fa.s8322.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008322.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111025_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  456513

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 293 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3437--3564	35	3.5	37	79	13	117	42	3	7	46	1.49
3644--3673	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
5421--5574	31	5.0	31	93	1	256	22	20	20	37	1.95
8526--8570	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
9436--9589	31	5.0	31	93	1	256	22	20	20	37	1.95
12334--12374	21	2.0	21	85	9	57	31	7	0	60	1.24
12949--13011	26	2.4	26	97	0	117	44	12	19	23	1.85
14464--14532	3	22.3	3	88	5	86	66	0	0	33	0.92
14792--14839	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
15581--15653	23	3.2	23	80	7	85	41	19	5	34	1.74
15997--16062	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
18561--19224	183	3.6	183	98	0	1258	34	16	14	34	1.89
20425--20499	3	25.0	3	73	0	60	22	34	6	36	1.81
20429--20511	12	6.9	12	83	0	94	20	34	8	36	1.83
20433--20511	36	2.2	36	90	0	122	20	35	8	35	1.84
20453--20514	18	3.4	18	79	0	79	17	35	9	37	1.83
20429--20514	6	14.3	6	77	0	64	19	34	8	37	1.82
21953--23032	197	5.5	198	98	1	2062	31	16	15	36	1.90
23157--23205	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
24995--25060	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
25094--25158	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
27383--27425	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27388--27434	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
27556--27601	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
32497--32564	34	2.0	34	100	0	136	38	17	11	32	1.86
33622--33731	55	2.0	55	89	3	168	47	25	10	16	1.79
33886--33924	18	2.1	19	85	4	53	79	7	5	7	1.05
35252--35313	25	2.5	25	92	2	99	50	3	3	43	1.34
36564--36624	9	6.3	9	83	10	59	14	24	29	31	1.95
48345--48391	24	2.0	24	82	0	58	65	0	2	31	1.04
63610--63728	59	2.0	59	91	3	195	36	16	12	34	1.87
65758--65791	17	2.0	17	88	0	50	38	0	5	55	1.24
66508--67031	83	6.3	82	81	5	531	31	16	20	32	1.94
66581--67057	41	11.6	41	65	14	158	30	17	19	32	1.95
66508--67034	162	3.2	165	81	4	546	31	16	20	32	1.95
66522--67030	245	2.1	248	86	5	710	31	15	20	33	1.94
73490--73583	31	3.0	30	83	13	111	37	8	13	40	1.76
74750--75183	215	2.0	215	100	0	868	35	19	19	25	1.95
77144--77172	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
83120--83238	35	3.3	36	89	5	179	44	20	4	31	1.70
83565--83589	12	2.1	12	100	0	50	32	24	16	28	1.96
87744--87862	36	3.3	37	83	5	154	46	15	4	33	1.66
87743--87862	35	3.3	36	83	5	136	45	16	4	33	1.67
96645--96712	29	2.4	27	78	9	73	33	2	19	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96645--96706	14	4.3	15	75	13	60	35	1	19	43	1.61
97229--97295	30	2.2	32	84	10	88	47	7	2	41	1.47
98300--98449	75	2.0	76	94	1	266	27	6	18	48	1.72
98816--98856	20	2.0	20	100	0	82	36	9	4	48	1.58
100121--100310	70	2.7	71	90	1	274	25	19	33	21	1.97
100123--100240	33	3.5	33	64	13	85	27	21	30	21	1.98
102234--102279	23	2.0	23	100	0	92	43	13	8	34	1.74
103428--103470	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
108946--108970	12	2.1	12	100	0	50	48	0	36	16	1.46
110528--110614	20	4.2	20	71	12	59	45	2	4	47	1.36
110559--110628	31	2.2	31	85	7	88	51	1	1	45	1.18
110559--110634	11	7.3	10	70	22	50	50	1	1	47	1.18
120088--120157	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
128832--128882	18	2.8	18	82	5	59	78	0	3	17	0.90
130104--130189	42	2.0	42	97	0	163	29	24	10	36	1.89
130148--130309	82	2.0	82	97	0	306	31	19	7	41	1.79
133662--133707	18	2.6	18	100	0	92	34	15	17	32	1.91
137409--137443	17	1.9	19	88	11	56	34	11	0	54	1.37
138589--138626	19	2.1	19	85	5	51	23	15	10	50	1.75
139540--139727	94	2.0	94	92	0	313	36	15	14	33	1.88
142418--142463	20	2.3	20	96	0	83	41	19	13	26	1.88
143717--143769	18	2.9	18	81	13	63	64	3	1	30	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143714--143768	22	2.8	20	83	13	69	65	3	1	29	1.20
158616--158680	33	2.0	33	81	6	78	21	30	15	32	1.94
162698--162742	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
163976--164075	33	3.0	33	94	0	173	29	11	20	40	1.86
164127--164176	20	2.8	17	78	21	57	72	0	0	28	0.86
164523--165047	84	6.3	85	84	5	626	24	18	25	31	1.98
164620--165047	169	2.5	169	90	2	655	24	18	25	31	1.98
165159--165569	110	3.8	110	86	3	564	25	18	22	33	1.97
165152--165569	220	1.9	216	88	2	622	24	18	22	33	1.96
167603--167642	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
167904--167977	18	3.9	18	77	10	85	22	18	31	27	1.98
171239--171263	13	1.9	13	100	0	50	0	40	0	60	0.97
173047--173083	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
173426--173483	18	3.1	19	80	9	82	20	22	29	27	1.99
173426--173484	20	3.0	20	82	7	86	22	22	28	27	1.99
178053--178130	6	12.7	6	71	10	50	71	1	3	23	1.09
178185--178232	21	2.3	22	82	7	64	79	0	4	16	0.89
178187--178239	21	2.5	22	79	14	58	79	0	3	16	0.88
178188--178236	27	1.9	25	84	12	64	79	0	4	16	0.88
178507--178588	33	2.5	33	90	6	121	30	13	17	39	1.88
178641--178689	17	2.5	21	78	21	61	71	0	0	28	0.86
180020--180081	24	2.7	23	90	5	97	45	24	22	8	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180973--181026	28	1.9	28	82	14	67	40	0	3	55	1.17
181749--181796	19	2.5	20	76	6	55	58	2	0	39	1.10
188935--189014	39	2.1	38	86	11	112	55	1	0	43	1.08
188952--189013	21	3.3	18	72	16	54	48	1	0	50	1.10
189200--189574	41	9.0	42	84	7	430	28	20	18	32	1.96
189199--189574	83	4.5	83	85	4	440	28	20	18	32	1.96
189246--189574	125	2.6	124	90	3	518	27	20	18	32	1.96
193946--194004	21	2.8	21	81	0	64	18	6	18	55	1.64
194157--194424	43	6.3	42	86	4	331	28	23	21	26	1.99
194132--194424	86	3.4	84	86	4	365	29	23	20	26	1.99
197858--197885	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
199022--199080	20	3.0	19	80	9	73	54	10	15	20	1.70
198643--199113	179	2.6	180	90	1	703	42	14	16	26	1.87
201207--201239	15	2.2	15	94	0	57	18	9	63	9	1.49
201322--201386	21	3.1	21	90	0	94	43	10	29	16	1.82
201420--201485	33	2.0	33	93	0	114	30	0	46	22	1.52
201673--201760	33	2.7	33	90	0	131	53	0	42	4	1.21
203309--203357	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
203586--204571	200	4.9	200	96	0	1751	36	14	18	31	1.90
210534--210650	21	5.8	20	85	7	132	21	22	22	34	1.97
210534--210647	42	2.8	42	88	7	155	20	21	22	35	1.96
210740--210766	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211771--211989	21	10.5	21	89	3	320	32	21	24	21	1.98
212857--212916	23	2.6	23	74	10	68	31	13	8	46	1.72
212782--212942	87	1.9	87	90	0	259	32	13	9	43	1.77
221791--221824	17	2.0	17	88	0	50	47	8	17	26	1.77
223874--223937	29	2.2	30	88	2	94	56	6	15	21	1.62
223975--224033	3	20.0	3	80	16	70	28	0	0	71	0.87
223978--224035	16	3.7	15	77	18	64	29	0	0	70	0.87
224674--224769	16	6.4	15	69	21	51	22	3	3	70	1.15
224674--224737	29	2.1	30	88	5	94	18	3	3	75	1.08
226815--226844	15	2.0	15	100	0	60	13	33	20	33	1.91

Tables:   1   2   3