genome.fa.s8322.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008322.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111025_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  456513

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 293 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233124--233175	21	2.4	21	83	6	59	50	9	25	15	1.74
237235--237278	22	2.0	23	90	4	72	22	20	31	25	1.98
237367--237429	30	2.1	29	85	11	83	49	12	6	31	1.66
237378--237437	29	2.0	30	93	6	104	43	13	6	36	1.70
237818--237964	21	7.1	21	71	7	63	34	23	19	23	1.97
237872--237924	20	2.7	20	88	11	74	41	24	18	15	1.89
237872--238128	41	6.3	41	85	3	322	38	25	16	19	1.92
238668--238723	19	2.8	21	83	10	89	50	17	23	8	1.74
238765--238821	14	3.7	14	72	20	51	8	22	22	45	1.80
238748--238869	33	3.5	33	86	8	154	11	22	19	45	1.82
238779--238869	20	4.9	19	75	17	93	12	23	18	46	1.82
240551--240774	94	2.4	94	91	2	353	23	13	17	45	1.84
240872--240980	19	5.3	19	76	17	83	45	26	18	9	1.79
240908--240950	13	3.2	13	90	6	68	46	23	23	6	1.76
240935--240980	19	2.4	19	100	0	92	47	30	15	6	1.70
240976--241107	19	7.8	19	72	24	116	12	21	19	46	1.83
241058--241087	13	2.3	13	94	0	51	10	20	23	46	1.80
240981--241105	33	3.8	33	94	1	207	12	21	20	46	1.82
241045--241123	19	4.4	19	74	19	71	11	18	24	45	1.82
241577--241639	21	3.0	21	70	9	65	23	36	19	20	1.95
242988--243020	14	2.4	14	94	0	57	36	0	21	42	1.53
242929--243104	84	2.1	84	94	0	307	32	2	19	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243072--243107	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
243214--243324	52	2.1	52	98	0	213	45	18	23	13	1.84
243262--243357	33	2.9	33	98	0	183	45	16	23	13	1.83
243375--243429	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
243368--243498	33	3.8	33	83	11	181	12	23	18	45	1.83
243389--243487	19	5.4	19	79	13	127	14	22	17	46	1.83
243506--243566	21	3.0	20	67	21	54	21	19	24	34	1.96
244157--244213	14	3.7	14	72	20	51	43	19	22	14	1.86
244139--244232	33	2.8	33	91	0	161	44	18	22	14	1.86
244139--244260	19	6.9	19	74	20	122	45	16	22	14	1.84
244588--244624	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
244834--244909	33	2.3	34	86	9	111	17	22	17	43	1.88
244902--244955	21	2.7	20	75	16	56	25	16	24	33	1.96
247210--247234	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
247400--247446	24	2.0	24	91	0	76	38	21	17	23	1.93
248131--248251	20	6.1	20	92	0	197	21	15	22	40	1.91
248131--248251	60	2.0	60	98	0	233	21	15	22	40	1.91
248275--248302	14	2.0	14	100	0	56	50	21	14	14	1.78
248289--248402	20	5.8	20	92	3	169	45	17	23	13	1.83
248261--248402	40	3.7	39	85	9	197	45	18	22	13	1.84
248407--248489	25	3.3	25	71	3	76	39	22	19	18	1.92
248387--248489	51	2.0	51	94	0	179	41	21	20	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248491--248617	33	3.7	33	88	6	173	14	21	17	46	1.84
248491--248617	19	7.2	19	76	18	148	14	21	17	46	1.84
248724--248760	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
248727--248901	84	2.1	84	95	1	316	44	18	2	34	1.64
248810--248843	14	2.4	14	90	0	59	44	20	0	35	1.52
250709--250850	19	7.6	19	80	11	141	46	23	18	11	1.81
250749--250847	33	2.8	35	87	7	130	47	24	19	9	1.78
250857--250959	19	5.7	19	80	11	117	10	21	21	46	1.81
250881--250982	52	1.9	53	86	4	143	12	20	21	45	1.84
251051--251336	93	3.1	94	91	2	459	47	17	12	22	1.81
252825--252878	25	2.1	25	83	10	65	59	16	7	16	1.59
252934--253075	20	7.5	20	74	15	115	45	19	23	12	1.84
252932--253070	40	3.7	40	86	11	204	44	18	24	12	1.84
253104--253195	21	4.8	21	72	20	92	10	22	18	47	1.79
253091--253194	55	1.9	55	97	0	199	10	23	20	46	1.81
253125--253197	34	2.1	35	87	2	103	10	23	19	46	1.81
253369--253430	32	1.9	31	83	6	79	59	11	4	24	1.51
253712--253886	20	8.6	20	72	12	133	18	18	25	37	1.93
253755--253947	40	4.8	40	80	11	180	19	18	25	36	1.94
253709--253864	81	1.9	81	83	5	199	19	18	24	37	1.94
253755--253886	40	3.3	40	89	6	187	18	18	25	37	1.94
253915--253969	20	2.8	20	88	5	76	12	18	21	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253934--254031	21	4.7	20	72	8	70	21	19	21	37	1.94
256527--256627	50	2.0	50	90	3	159	24	18	12	43	1.85
260900--261447	186	3.0	186	95	4	987	43	22	14	19	1.87
265918--266266	123	2.8	121	81	7	335	25	27	16	30	1.97
266191--266347	81	1.9	81	80	0	179	23	24	16	35	1.95
266315--266394	42	1.9	42	84	0	106	27	17	17	37	1.92
266424--266641	80	2.7	79	79	8	210	26	22	19	31	1.98
266420--266677	81	3.2	79	75	9	234	24	23	18	32	1.97
267941--268008	3	22.0	3	82	5	82	39	0	0	60	0.97
269086--269153	22	3.0	22	95	2	118	27	27	25	19	1.98
269367--269425	30	2.0	30	93	0	100	33	23	3	38	1.72
269788--269938	67	2.3	67	89	2	223	17	27	28	27	1.97
269788--269960	67	2.6	67	86	4	206	17	27	27	27	1.98
281132--281161	15	2.1	15	93	6	53	76	0	23	0	0.78
281126--281159	17	2.1	16	94	5	59	79	0	20	0	0.73
283380--283746	83	4.4	83	94	0	603	31	14	18	34	1.92
286423--286477	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
287152--288254	76	14.6	76	98	0	2047	22	21	21	35	1.96
288189--288334	44	3.3	44	95	0	247	23	20	19	36	1.95
288223--288296	25	3.2	25	63	21	70	22	24	16	36	1.94
288461--288528	3	22.0	3	82	5	82	39	0	0	60	0.97
297907--297962	26	2.1	27	86	3	78	50	14	5	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299732--299761	15	2.1	14	93	6	51	50	0	6	43	1.28
299867--300195	35	9.5	35	73	20	169	40	4	10	43	1.61
299901--299959	24	2.5	24	94	5	102	44	5	8	42	1.57
299862--299996	62	2.3	58	91	6	209	43	3	8	43	1.53
299925--300199	36	7.5	37	78	11	209	40	5	10	44	1.61
299924--300197	35	7.5	36	78	10	229	40	5	10	43	1.62
300248--300296	21	2.3	21	80	16	57	22	2	6	69	1.21
303690--303739	25	2.0	25	88	0	73	26	8	22	44	1.80
309924--309989	29	2.3	29	97	0	123	30	4	18	46	1.68
312858--312882	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
316277--316337	10	6.3	9	76	14	59	14	29	27	27	1.95
316276--316331	20	2.8	20	84	15	80	16	26	28	28	1.97
316277--316337	9	6.3	10	77	17	58	14	29	27	27	1.95
323576--323610	17	2.1	17	100	0	70	17	48	22	11	1.79
328030--328078	21	2.3	21	92	0	80	30	28	12	28	1.93
328670--328714	18	2.8	16	80	16	56	48	0	0	51	1.00
328707--328783	29	2.8	27	75	14	68	46	0	2	50	1.15
329729--329782	28	1.9	28	100	0	108	48	3	16	31	1.64
335911--336000	29	3.1	28	81	9	99	36	10	14	38	1.80
338486--338527	19	2.3	18	84	12	50	42	4	0	52	1.22
339098--339134	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
340865--341064	43	4.5	43	69	15	138	26	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340861--341388	134	4.0	134	84	2	645	26	15	29	28	1.96
341457--341527	36	2.0	35	86	2	97	43	12	16	26	1.84
341513--341547	17	2.1	17	94	0	61	54	17	14	14	1.72
341412--341630	122	1.8	118	84	5	296	39	11	19	29	1.87
341688--341765	38	2.1	37	85	2	102	44	11	17	25	1.83
349503--349584	23	3.7	22	75	14	87	25	23	26	24	2.00
359411--360120	194	3.7	194	89	2	964	31	13	12	41	1.83
360822--360897	35	2.2	35	90	0	116	44	18	1	35	1.58
361948--362061	35	3.3	34	86	3	156	36	1	21	40	1.63
363819--363870	3	17.7	3	80	11	63	36	0	1	61	1.07

Tables:   1   2   3