genome.fa.s8328.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008328.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111036_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  520947

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--10793	7	1593.7	7	90	8	17247	42	44	0	13	1.46
10501--12172	7	248.9	7	90	7	2334	32	55	12	0	1.37
12192--13214	10	103.1	10	69	16	343	41	26	4	27	1.76
12181--12274	20	4.9	19	76	8	66	43	25	1	29	1.62
12314--13240	20	46.5	20	74	10	525	40	26	5	26	1.77
20243--20275	17	2.1	17	88	11	52	51	0	6	42	1.26
20968--20993	6	4.3	6	100	0	52	50	0	50	0	1.00
22034--22136	35	2.9	36	92	4	172	43	20	4	31	1.73
25436--25468	16	2.1	16	94	0	57	6	24	15	54	1.63
26641--26749	35	3.0	36	87	5	166	44	18	5	31	1.72
30541--30575	17	2.1	17	94	0	61	25	20	11	42	1.85
38705--38767	21	2.9	21	85	4	81	22	36	23	17	1.95
42180--42324	65	2.2	65	97	0	272	21	16	25	36	1.94
42200--42339	65	2.2	65	93	0	235	21	15	27	35	1.94
44660--44723	24	2.9	21	72	17	58	28	18	21	31	1.97
44600--44723	45	2.8	41	80	12	131	25	19	26	28	1.99
48483--48522	21	1.9	21	89	0	62	32	7	2	57	1.40
48485--48529	21	2.2	21	84	4	56	35	4	2	57	1.31
50174--50336	65	2.5	66	78	5	172	30	16	22	30	1.96
52390--52477	32	2.9	30	88	10	117	53	9	18	19	1.70
53777--53816	16	2.4	17	83	8	55	35	2	0	62	1.09
56246--56296	18	2.8	17	85	11	66	17	47	21	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56305--56482	29	6.3	28	75	10	121	28	7	23	41	1.81
56334--56483	29	5.4	28	75	13	130	30	6	22	40	1.79
59544--59618	33	2.3	33	83	4	89	26	13	2	57	1.50
63327--63355	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
69905--71441	165	9.2	164	84	3	1842	31	24	19	25	1.98
69905--71388	333	4.5	333	90	1	2020	31	24	19	25	1.98
69905--71375	84	17.7	84	78	4	1419	31	24	19	25	1.98
75792--75878	23	3.7	23	68	17	70	21	25	25	27	2.00
76560--76589	7	4.3	7	100	0	60	30	30	0	40	1.57
81744--81830	23	3.7	23	74	17	88	20	26	26	26	1.99
83900--83979	31	2.6	31	90	2	117	32	13	27	26	1.94
90199--90250	19	2.7	19	80	11	70	44	3	5	46	1.45
100565--100603	6	6.5	6	100	0	78	51	0	48	0	1.00
103684--103728	19	2.4	19	100	0	90	26	28	24	20	1.99
117610--117661	23	2.3	23	89	0	77	21	15	36	26	1.93
127468--127527	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
127692--127736	23	2.0	21	84	16	56	46	0	0	53	1.00
127697--127739	19	2.3	19	88	8	61	46	0	0	53	1.00
144500--144597	49	2.0	49	100	0	196	32	12	12	42	1.79
144636--144671	3	12.3	3	94	5	65	0	33	0	66	0.92
161562--161620	23	2.6	23	94	0	109	33	10	20	35	1.86
162035--162107	23	3.2	23	88	0	101	38	20	5	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161687--163583	426	4.5	430	95	2	3431	38	12	7	41	1.72
162474--162536	23	2.7	23	90	0	90	36	20	6	36	1.78
162889--162960	23	3.2	22	86	4	90	40	20	4	34	1.72
163310--163378	21	3.3	21	82	8	86	39	23	4	33	1.74
163795--163881	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
164116--164152	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
164539--164588	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
164850--164920	21	3.3	21	77	13	72	40	22	2	33	1.69
164865--164925	23	2.7	23	90	5	90	39	21	3	36	1.70
167794--168286	183	2.7	183	96	1	882	33	17	15	33	1.91
168675--168734	23	2.6	23	91	0	93	38	20	5	36	1.74
170319--170396	9	8.7	9	76	0	75	23	33	6	37	1.80
170323--170408	12	6.9	12	81	7	100	20	33	8	37	1.83
170319--170396	6	13.0	6	81	0	75	23	33	6	37	1.80
170320--170411	18	5.1	18	81	0	85	20	33	7	38	1.81
170332--170408	36	2.1	36	92	0	127	20	33	9	36	1.85
170323--170411	6	14.3	6	76	6	70	20	33	7	38	1.81
171879--172848	199	4.9	198	97	0	1782	30	17	15	36	1.91
172966--173014	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
174761--174826	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
174860--174903	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
176350--176388	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176336--176496	65	2.5	65	86	3	218	30	26	16	27	1.96
176336--176516	64	2.8	64	83	2	220	29	26	17	27	1.97
183858--183901	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
184534--184566	16	2.1	16	100	0	66	39	12	12	36	1.80
184943--184981	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
184964--185069	45	2.3	46	85	6	153	30	22	16	31	1.95
186475--186509	16	2.2	16	100	0	70	28	31	14	25	1.95
186864--187335	178	2.6	177	88	4	669	26	16	13	42	1.86
187404--187893	227	2.1	228	94	1	867	38	8	7	44	1.64
188815--188858	10	4.1	10	83	16	61	61	20	9	9	1.53
188815--188858	23	1.9	23	100	0	88	61	20	9	9	1.53
188817--188866	23	2.2	23	89	7	75	62	24	8	6	1.46
202344--202373	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
224449--224482	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
229767--229823	29	1.9	30	86	10	82	43	7	0	49	1.29
234198--234251	24	2.2	24	83	9	65	22	16	9	51	1.72
241775--241977	54	3.8	54	75	6	189	27	19	17	35	1.94
246423--246497	32	2.4	32	80	6	82	46	2	4	46	1.35
252045--252313	43	6.3	43	81	4	242	26	20	21	31	1.98
252083--252303	87	2.6	86	80	4	230	24	19	20	34	1.96
252070--252341	43	6.4	42	76	11	123	23	20	21	34	1.96
252789--252829	21	2.0	21	90	0	64	0	39	17	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254244--254357	42	2.8	41	74	16	108	31	17	13	37	1.88
255566--255689	41	3.0	40	84	3	158	32	17	15	34	1.91
255728--255950	42	5.4	42	76	12	226	22	20	19	37	1.95
255747--255965	41	5.3	40	73	15	160	24	23	18	33	1.96
255728--255949	83	2.7	83	92	1	365	22	20	19	36	1.95
256843--257076	41	5.7	41	86	3	238	28	20	19	32	1.97
256809--257076	82	3.3	82	84	5	312	29	20	19	31	1.96
256840--257076	123	1.9	124	85	4	327	28	20	18	32	1.97
262681--263033	128	2.7	128	81	8	369	22	21	21	33	1.97
262681--263001	85	3.8	85	83	6	366	22	22	21	33	1.97
262681--263032	43	8.2	42	82	8	336	23	21	21	33	1.97
281296--281325	15	2.1	15	93	6	53	70	0	0	30	0.88
289790--289945	21	7.6	21	77	2	120	20	18	25	35	1.95
289832--290013	20	8.9	20	75	10	163	15	21	24	38	1.92
289811--289904	41	2.3	41	94	0	161	19	19	25	36	1.95
289789--290019	61	3.7	61	86	5	295	18	19	24	36	1.94
289977--290048	22	3.4	22	67	11	69	20	19	22	37	1.94
289957--290062	41	2.6	41	90	4	160	18	20	20	39	1.92
289998--290066	19	3.5	19	66	11	57	21	20	18	39	1.93
290070--290121	20	2.6	20	96	0	95	9	23	23	44	1.82
290017--290216	95	2.1	94	78	5	206	20	20	21	38	1.94
290328--290355	6	4.7	6	100	0	56	32	50	17	0	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290972--291026	22	2.5	23	85	8	87	40	25	16	18	1.91
291056--291210	20	7.6	20	71	4	130	38	23	20	17	1.93
291076--291231	21	7.6	21	71	4	138	36	25	18	19	1.95
291013--291235	41	5.5	41	93	3	355	37	23	19	19	1.94
312476--312509	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
326385--326561	97	1.8	99	87	6	272	33	6	18	41	1.77
340113--340150	17	2.2	17	95	0	67	65	0	0	34	0.93
342166--342726	288	1.9	288	87	3	806	34	11	17	36	1.87
345277--345315	17	2.3	17	86	8	53	74	0	0	25	0.82
353210--353257	13	3.5	13	78	21	53	29	2	0	68	1.01

Tables:   1   2