genome.fa.s8341.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008341.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111067_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1248125

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8334--8380	2	23.5	2	91	0	76	51	4	0	44	1.21
8333--8387	16	3.1	17	82	17	67	50	5	1	41	1.36
10187--10236	3	16.3	3	80	12	57	64	2	0	34	1.05
12702--12749	9	5.0	9	76	14	51	12	18	31	37	1.88
12752--12814	18	3.5	18	82	0	72	17	47	19	15	1.83
17529--18211	137	5.0	137	82	1	767	27	16	27	28	1.97
18285--18410	36	3.6	36	75	10	136	44	14	15	25	1.84
18213--18411	67	2.9	66	88	3	274	41	14	16	28	1.86
18563--18660	37	2.6	37	80	4	108	38	10	20	30	1.86
20212--20275	25	2.6	24	80	7	65	54	4	7	32	1.50
26085--26233	75	2.0	75	94	0	262	40	2	26	30	1.70
37324--37361	15	2.5	15	95	0	67	26	18	21	34	1.96
44126--44160	3	11.3	3	87	6	52	62	0	5	31	1.18
46677--46743	29	2.3	29	92	2	109	40	23	22	13	1.89
47281--47347	20	3.5	19	80	13	75	73	0	0	26	0.84
47669--47889	72	3.2	67	78	11	182	37	12	19	29	1.89
47822--47886	21	3.4	21	62	24	52	41	13	20	24	1.88
47767--47933	72	2.3	72	88	4	239	40	14	19	26	1.89
47767--47933	36	4.6	36	88	4	214	40	14	19	26	1.89
48344--48593	100	2.4	101	85	5	342	21	19	24	34	1.96
49230--49319	32	2.8	31	80	6	99	33	21	13	32	1.92
50821--50877	26	2.2	26	100	0	114	38	22	12	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53934--54000	29	2.3	28	92	2	107	41	23	22	11	1.87
54608--54662	22	2.5	22	79	5	67	69	0	0	30	0.89
54628--54666	19	2.1	19	85	9	53	66	0	0	33	0.92
54892--55007	31	3.7	31	97	0	214	33	27	19	18	1.96
59869--59897	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
65176--65218	18	2.4	18	84	7	52	65	2	9	23	1.34
66376--66430	27	2.0	27	89	7	83	30	10	10	47	1.73
68077--68194	54	2.2	54	81	0	128	32	16	13	37	1.88
69215--69246	16	2.0	16	100	0	64	43	6	25	25	1.77
74554--74604	22	2.3	22	100	0	102	39	23	13	23	1.91
74554--74609	10	5.0	12	75	16	57	39	21	14	25	1.91
74986--75145	48	3.5	47	88	5	229	33	20	8	36	1.84
76223--76288	29	2.3	29	78	5	71	34	18	4	42	1.70
77501--77549	20	2.5	20	93	0	80	38	16	18	26	1.91
78175--78218	16	2.8	16	90	10	65	40	6	18	34	1.77
78303--78442	23	6.1	23	73	5	104	20	22	22	33	1.97
78303--78435	46	2.9	45	79	2	131	19	23	24	33	1.97
78889--78941	23	2.3	23	78	15	56	30	1	9	58	1.40
78898--78939	23	1.9	22	85	9	59	30	2	9	57	1.44
83153--83306	53	3.1	49	81	8	175	31	22	12	33	1.91
83128--83306	49	3.6	49	78	8	182	31	21	11	34	1.90
89870--90129	49	5.3	48	80	3	288	28	23	13	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89856--90129	147	1.9	147	89	3	426	28	22	13	34	1.93
94143--94259	23	5.1	23	83	4	128	18	20	24	35	1.95
94143--94267	46	2.7	46	80	4	146	18	21	24	35	1.96
97157--97487	155	2.1	159	84	3	429	31	14	11	42	1.81
99952--100118	83	2.0	83	97	0	316	32	13	18	34	1.90
104583--104616	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
104616--104674	2	29.5	2	100	0	118	0	0	49	50	1.00
105018--105054	16	2.3	16	90	9	58	51	8	0	40	1.32
115503--115653	54	2.8	54	89	3	216	32	22	15	29	1.95
120854--120945	19	4.6	19	76	18	98	29	17	30	22	1.97
120854--120946	42	2.3	40	80	14	104	30	17	30	22	1.96
121490--121796	45	6.8	45	88	2	420	41	8	19	30	1.81
121490--121796	135	2.3	134	88	2	463	41	8	19	30	1.81
127404--127539	69	2.0	69	100	0	272	38	13	14	33	1.86
128062--128122	29	2.1	29	90	0	95	24	21	9	44	1.82
128464--128792	47	7.0	47	89	4	495	20	20	12	47	1.82
128475--128648	20	7.7	20	66	24	87	19	21	12	45	1.83
129308--129363	22	2.7	20	78	10	67	28	26	14	30	1.95
129249--129438	95	2.0	95	87	2	274	25	24	15	34	1.94
132761--132819	31	1.9	31	89	3	93	37	22	6	33	1.80
132761--132828	30	2.2	31	84	2	84	36	20	5	36	1.77
133518--133579	31	2.0	31	93	0	106	37	33	3	25	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134094--134215	56	2.2	56	84	1	154	30	12	16	40	1.85
134353--134600	93	2.7	93	83	3	286	39	14	8	36	1.77
134613--134781	84	2.0	85	98	1	331	39	14	10	35	1.80
137756--137949	57	3.4	57	80	4	203	40	14	12	31	1.84
137888--138135	93	2.7	93	84	3	304	37	14	12	35	1.85
138074--138201	55	2.3	57	80	9	147	38	14	13	33	1.85
138243--138361	57	2.1	56	84	6	150	35	10	16	37	1.83
138454--138728	93	3.0	89	78	9	277	41	13	14	31	1.84
138753--139132	148	2.5	150	83	5	450	37	11	14	36	1.82
138961--139079	57	2.1	57	88	3	177	34	11	15	38	1.84
139154--139373	57	3.9	57	80	5	239	41	14	12	31	1.83
139330--139564	91	2.5	91	86	4	310	34	15	11	38	1.83
140788--140825	12	2.8	13	88	11	51	47	0	0	52	1.00
149190--149216	7	3.9	7	100	0	54	44	40	0	14	1.46
152228--152544	167	1.9	166	86	5	451	32	10	17	40	1.84
167833--167929	49	2.0	50	87	2	142	30	12	16	40	1.85
168958--169000	20	2.2	20	91	4	70	34	6	16	41	1.75
170319--170413	42	2.3	42	88	0	136	16	16	18	47	1.83
170612--170722	53	2.1	53	82	12	131	49	1	0	47	1.18
170649--170690	22	1.9	22	90	0	66	47	0	0	52	1.00
170717--170769	23	2.2	24	80	12	65	43	0	1	54	1.11
170717--170768	22	2.3	23	80	6	61	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170829--170873	23	2.0	23	81	0	54	51	2	2	44	1.26
171177--171217	14	2.9	14	88	3	55	41	19	9	29	1.83
171235--171286	15	3.5	15	78	0	68	40	17	3	38	1.68
171219--171292	30	2.5	30	89	8	107	36	16	5	41	1.71
175262--175302	22	1.9	21	85	5	55	34	4	14	46	1.66
175597--175748	44	3.4	44	90	6	225	37	7	23	31	1.83
190143--190167	13	1.9	13	100	0	50	32	28	24	16	1.96
190170--190210	5	8.8	5	84	10	52	2	21	53	21	1.57
190169--190207	9	4.3	9	81	12	53	2	23	53	20	1.57
190170--190210	18	2.2	19	91	4	66	2	21	53	21	1.57
190171--190212	14	3.1	13	89	6	57	4	21	52	21	1.65
190209--190248	19	2.1	19	90	0	62	25	27	25	22	2.00
190221--190286	19	3.4	20	74	14	66	31	28	24	15	1.95
190221--190290	29	2.4	29	73	4	70	34	27	24	14	1.94
197410--197457	9	5.1	9	79	16	53	31	31	25	12	1.92
207937--207990	19	2.8	19	85	0	81	31	20	5	42	1.75
208587--208625	21	1.9	20	84	5	51	17	15	38	28	1.91
209027--209133	44	2.4	44	90	4	162	30	24	6	38	1.81
209212--209339	59	2.2	58	80	10	145	29	24	16	29	1.96
246891--246968	30	2.6	31	70	11	72	39	19	5	35	1.74
249792--249895	44	2.4	44	85	6	140	30	24	8	36	1.85
253878--254053	66	2.7	64	81	7	183	29	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255807--255849	22	2.0	22	86	9	61	9	9	13	67	1.42
259210--259315	47	2.3	45	84	7	142	39	4	23	32	1.75
259696--259753	30	1.9	30	92	0	98	24	12	25	37	1.90
266373--266410	20	1.9	20	89	10	60	18	5	15	60	1.53
266897--266956	30	2.0	30	96	0	111	25	13	25	36	1.92
281395--281426	12	2.7	12	100	0	64	15	18	21	43	1.87
289933--289970	19	2.0	20	94	5	69	31	13	5	50	1.63
290458--290503	3	15.7	3	84	4	58	2	28	2	67	1.14
292649--292702	22	2.6	21	74	8	56	25	12	31	29	1.93
293094--293539	47	9.4	47	84	5	565	43	10	20	26	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6