genome.fa.s8341.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008341.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111067_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1248125

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761773--761842	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
769400--769456	1	57.0	1	82	0	69	0	1	7	91	0.49
769400--769456	13	4.2	13	87	12	87	0	1	7	91	0.49
769399--769456	29	2.0	29	100	0	116	0	3	6	89	0.57
776854--776880	14	1.9	14	100	0	54	37	18	29	14	1.91
780129--780153	12	2.1	12	100	0	50	36	16	24	24	1.94
780430--780472	15	2.8	16	82	3	52	62	0	2	34	1.08
780430--780470	16	2.5	17	80	15	50	65	0	2	31	1.05
780445--780474	16	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
781453--781614	81	2.0	80	91	3	263	50	16	6	26	1.68
783520--783579	26	2.3	26	82	5	77	48	5	6	40	1.51
784111--784143	17	1.9	17	88	11	50	60	6	9	24	1.49
789372--789411	15	2.7	15	80	0	53	10	12	2	75	1.15
800614--800660	2	23.5	2	95	0	85	48	0	2	48	1.13
801440--801511	30	2.4	30	81	6	83	50	6	5	37	1.53
803787--803828	21	2.0	21	81	9	50	45	14	4	35	1.66
809185--809341	61	2.5	61	85	4	188	29	18	25	26	1.98
816129--816172	14	3.1	14	77	6	52	61	0	9	29	1.27
816122--816170	15	3.3	15	77	5	55	67	0	8	24	1.18
820773--820952	42	4.2	42	91	1	270	32	23	26	17	1.96
820773--820952	85	2.1	84	89	3	270	32	23	26	17	1.96
823118--823178	13	4.3	13	73	18	50	18	19	42	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823118--823179	31	2.0	31	96	0	115	17	19	43	19	1.88
823111--823179	18	4.0	17	71	24	56	18	20	42	18	1.90
825127--825357	43	5.4	43	85	3	297	33	24	24	17	1.96
837525--837867	54	6.4	54	88	2	431	25	16	21	37	1.93
837691--837773	27	3.1	27	63	13	71	25	14	20	39	1.90
837525--837867	162	2.1	161	86	1	481	25	16	21	37	1.93
838995--839021	8	3.4	8	100	0	54	11	37	0	51	1.37
841165--841303	70	2.0	70	83	5	174	16	30	23	29	1.96
841283--841325	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
850767--850810	24	1.9	22	86	9	61	54	0	0	45	0.99
852748--852791	23	1.9	23	90	0	70	38	25	20	15	1.92
856857--856920	18	3.6	18	73	23	71	51	31	14	3	1.57
856872--856912	17	2.7	14	80	20	55	46	34	14	4	1.66
857155--857213	31	1.9	31	92	0	100	49	6	5	38	1.52
860885--860957	23	3.2	23	67	18	71	43	12	23	20	1.85
860875--861064	45	4.3	45	91	2	312	45	12	21	20	1.83
866455--866488	18	1.9	18	88	5	52	52	0	17	29	1.45
867647--867974	45	7.3	45	92	0	521	44	11	22	21	1.84
868965--868995	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
875045--875513	140	3.3	141	82	6	524	25	13	13	47	1.79
877071--877216	60	2.5	59	80	5	152	32	15	19	33	1.92
879890--879957	20	3.5	20	76	13	70	19	26	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879983--880059	5	14.2	5	76	15	73	18	51	20	9	1.72
879983--880059	22	3.5	22	98	0	145	18	51	20	9	1.72
880007--880070	17	3.5	17	79	20	76	18	48	23	9	1.77
887154--887247	10	9.8	9	74	13	71	18	25	26	29	1.98
887153--887247	19	4.8	20	75	14	81	18	25	26	29	1.98
887154--887228	29	2.5	30	89	8	118	17	26	26	29	1.97
887155--887247	29	3.2	28	86	6	96	17	25	26	30	1.97
887248--887323	5	14.2	5	74	17	64	18	51	21	9	1.73
887248--887337	22	4.0	22	92	4	137	17	47	22	12	1.80
887271--887330	17	3.2	17	79	20	75	18	48	23	10	1.78
891344--891392	22	2.1	24	85	7	66	18	4	4	73	1.15
891646--891687	19	2.2	19	83	8	50	16	2	4	76	1.07
892032--892065	17	2.0	17	88	11	52	32	5	2	58	1.37
895145--895192	20	2.4	19	82	10	51	22	4	6	66	1.32
898584--898648	19	3.6	19	76	16	66	52	1	0	46	1.10
898584--898647	12	5.2	13	77	9	62	53	1	0	45	1.10
898593--898639	15	3.1	15	82	11	60	53	2	0	44	1.12
898774--899193	174	2.4	173	89	2	628	22	21	15	41	1.89
899279--899341	20	3.2	19	88	8	90	30	19	25	25	1.98
899598--899632	17	1.9	19	88	11	56	31	5	17	45	1.71
907479--907524	22	2.0	23	83	4	58	15	19	30	34	1.93
907558--907628	9	8.3	9	76	16	55	56	1	0	42	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907559--907628	16	4.3	16	71	14	54	55	1	0	42	1.08
907585--907631	24	2.0	25	84	12	64	59	2	0	38	1.09
907684--907746	27	2.3	27	91	0	108	31	15	19	33	1.93
913943--914030	20	4.4	20	85	0	122	21	17	14	46	1.83
917755--917826	17	4.2	17	80	7	74	40	6	13	38	1.72
917782--917825	18	2.5	18	85	10	56	43	11	9	36	1.72
921657--921706	17	2.9	17	90	0	73	40	6	16	38	1.73
921681--921724	18	2.5	18	85	10	56	43	11	9	36	1.72
926025--926724	54	13.2	53	80	7	635	21	25	19	34	1.96
925940--926724	108	7.4	108	81	6	745	20	25	19	34	1.96
926025--926724	162	4.4	162	80	5	747	21	25	19	34	1.96
927222--927304	42	2.0	42	87	0	121	30	19	22	27	1.98
927119--927456	135	2.7	121	77	15	367	30	21	17	30	1.96
927178--927434	135	1.9	135	88	4	394	30	20	17	31	1.96
927434--927552	37	3.2	37	90	0	184	21	17	24	36	1.95
929966--930006	19	2.1	19	90	4	64	82	9	7	0	0.83
934403--934504	10	10.9	10	70	23	62	4	15	0	79	0.90
934416--934505	9	10.2	8	74	16	72	5	15	0	78	0.92
934404--934505	20	5.5	19	71	14	70	4	15	0	79	0.90
934405--934491	27	3.2	26	85	8	104	5	13	0	80	0.88
934404--934499	25	3.5	26	79	15	97	5	14	0	80	0.88
934415--934505	28	3.4	25	78	11	92	5	15	0	79	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949489--949513	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
949533--949698	85	2.0	85	80	4	192	29	18	20	31	1.96
956324--956381	29	2.0	29	100	0	116	31	20	20	27	1.98
956325--956389	29	2.2	29	94	0	112	30	21	20	27	1.98
959870--959951	42	2.0	42	85	4	112	28	19	19	32	1.96
959890--959981	42	2.2	42	80	7	98	28	22	18	30	1.97
960397--960478	42	2.0	42	87	0	119	23	21	20	34	1.97
960397--960503	42	2.6	42	83	1	108	24	21	20	33	1.97
959865--961054	263	4.5	264	89	1	1728	30	17	19	31	1.95
959865--961054	527	2.3	527	89	2	1793	30	17	19	31	1.95
961693--961724	15	2.1	16	94	5	57	21	46	12	18	1.82
962827--962852	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
964684--964803	41	3.1	41	79	14	130	56	3	14	25	1.53
964764--964836	32	2.2	33	87	2	112	54	1	15	28	1.49
964929--964969	18	2.4	17	84	15	57	82	0	0	17	0.66
964842--965159	124	2.6	125	90	2	480	44	14	18	22	1.86
965051--965092	19	2.2	19	83	8	50	78	2	0	19	0.86
965065--965091	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
965197--965252	29	1.9	29	85	7	78	50	5	16	28	1.67
965203--965263	29	2.1	29	82	11	72	52	4	13	29	1.61
967390--967459	36	1.9	36	91	5	115	37	17	22	22	1.94
968173--968238	23	2.9	22	82	8	69	19	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968425--968453	13	2.1	14	93	6	51	37	0	3	58	1.15
973312--973347	18	2.0	18	100	0	72	33	22	22	22	1.97
976332--976592	55	4.8	55	92	1	418	36	11	15	36	1.85
976742--977048	81	3.8	80	85	2	416	33	11	24	30	1.90
976738--977048	162	1.9	162	88	1	471	34	11	23	30	1.90
982030--982247	55	4.0	55	93	2	368	36	11	17	35	1.85
982030--982247	109	2.0	110	92	2	368	36	11	17	35	1.85
982041--982322	109	2.6	108	83	5	327	36	10	17	34	1.85
982393--982782	81	4.8	81	88	0	546	34	11	23	30	1.89
985159--985207	18	2.7	18	93	0	80	38	16	22	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6