genome.fa.s8343.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008343.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111070_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  738381

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230--2375	63	2.3	63	85	5	197	34	20	17	27	1.95
3018--3082	31	2.1	31	85	0	85	24	18	23	33	1.96
3041--3116	30	2.5	30	82	2	80	22	21	25	31	1.98
5244--5307	26	2.4	27	94	2	112	28	28	10	32	1.91
8468--8584	35	3.2	36	89	6	166	43	18	5	32	1.72
8513--8576	20	3.4	20	66	29	59	45	18	4	31	1.70
13049--13140	35	2.6	36	88	6	134	44	20	4	30	1.71
17177--17209	16	2.0	17	94	5	59	42	18	0	39	1.50
17615--17665	27	1.9	27	84	4	68	43	21	1	33	1.64
17639--17721	35	2.3	37	93	6	152	44	18	6	31	1.73
17634--17748	35	3.3	35	85	8	128	42	18	6	32	1.77
24875--24917	17	2.5	17	100	0	86	48	23	11	16	1.78
25882--26537	228	2.9	228	88	0	990	16	24	30	28	1.96
25711--26537	456	1.8	456	83	1	1120	18	25	28	28	1.98
45218--45275	20	2.9	20	89	5	82	15	27	24	32	1.95
48413--48452	21	1.9	21	84	0	53	32	10	10	47	1.70
48693--48750	21	2.8	21	97	0	107	22	41	17	18	1.90
48811--48883	20	3.7	19	85	3	92	19	30	23	27	1.98
50353--50418	33	2.0	33	96	0	123	24	22	21	31	1.98
54822--54893	23	3.2	23	86	7	78	22	33	22	22	1.97
54812--54893	22	3.7	23	83	6	89	25	29	23	21	1.99
68516--68586	29	2.4	30	74	4	74	19	21	7	52	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75328--75353	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
75353--75440	2	44.0	2	100	0	176	50	0	0	50	1.00
79166--79214	23	2.1	23	88	0	71	38	6	20	34	1.77
79129--79376	87	2.9	87	93	1	428	40	11	14	33	1.82
79256--79304	23	2.1	23	92	0	80	38	8	20	32	1.82
79394--79892	199	2.5	198	82	8	604	31	14	14	40	1.86
80851--82090	200	6.2	200	84	3	1465	33	15	12	38	1.86
80851--82061	401	3.0	401	88	1	1698	32	15	12	38	1.86
82447--82495	19	2.6	19	90	0	80	55	10	0	34	1.34
84320--84384	21	3.1	21	95	0	112	13	32	10	43	1.79
84469--84497	15	1.9	15	100	0	58	13	55	6	24	1.63
84778--84833	24	2.4	23	77	13	62	50	3	1	44	1.29
86159--86221	19	3.3	19	65	12	56	34	14	6	44	1.70
86145--86246	39	2.6	39	98	0	195	35	13	3	47	1.62
86831--87429	182	3.3	182	89	0	878	27	17	13	41	1.87
89518--89586	21	3.3	21	91	0	111	28	26	21	23	1.99
89600--89654	21	2.6	21	88	0	83	23	21	25	29	1.99
91995--92051	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
94522--94558	14	2.6	15	83	8	51	56	0	2	40	1.13
95153--95318	60	2.8	60	79	7	160	44	5	17	32	1.71
95468--95501	17	2.1	16	88	5	50	23	8	0	67	1.18
95921--95966	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97825--97872	20	2.3	20	78	3	51	33	18	18	29	1.95
97859--97932	20	3.7	20	82	10	105	31	28	18	21	1.97
97858--97941	41	2.0	41	100	0	168	35	26	16	21	1.94
98419--98527	19	5.4	19	78	17	103	32	28	5	33	1.80
98529--98589	21	3.0	21	82	2	70	22	18	26	32	1.97
106290--106329	15	2.7	15	88	3	55	25	10	5	60	1.49
108969--109116	60	2.5	60	84	4	174	40	16	12	29	1.86
111700--111755	23	2.4	23	87	0	76	28	23	26	21	1.99
111985--112046	30	2.1	30	93	0	106	33	22	3	40	1.70
112578--112633	21	2.7	21	88	0	85	28	19	25	26	1.99
116074--116113	21	1.9	21	84	0	53	22	20	5	52	1.65
118679--118761	23	3.6	23	91	0	130	27	26	26	19	1.99
118987--119048	30	2.1	30	93	0	106	33	22	3	40	1.70
119571--119624	21	2.6	21	87	0	72	27	20	25	25	1.99
119584--119626	21	2.0	21	95	0	77	32	13	25	27	1.94
125651--125689	11	3.7	11	93	6	64	5	15	0	79	0.90
126677--126733	30	1.9	30	92	0	96	26	14	12	47	1.79
127110--127139	6	5.0	6	91	0	51	83	3	0	13	0.77
133761--133803	22	2.0	22	81	9	52	13	34	32	18	1.90
138281--138321	16	2.6	16	84	0	55	26	12	17	43	1.84
139305--139345	21	2.0	21	85	0	55	73	2	2	21	1.07
141365--141419	22	2.5	22	93	0	92	29	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143961--144005	4	11.5	4	81	13	58	73	0	4	22	1.01
143963--144005	20	2.2	19	91	4	68	74	0	4	20	1.00
144262--144351	46	2.0	46	88	4	137	44	2	26	26	1.66
145111--145186	24	3.2	24	78	0	89	47	17	14	21	1.82
148687--149075	102	3.9	100	79	7	333	28	4	32	34	1.78
148779--149187	100	4.1	100	79	6	398	30	5	31	32	1.81
148779--149187	201	2.0	200	81	6	479	30	5	31	32	1.81
149541--149617	22	3.6	21	84	10	102	35	5	11	48	1.62
149563--149638	22	3.6	21	85	3	64	39	5	10	44	1.61
149541--149633	42	2.2	42	83	9	109	35	5	11	47	1.63
149655--149799	11	13.2	11	70	17	70	45	2	5	46	1.41
149625--149915	43	7.1	42	75	16	222	43	3	6	45	1.47
149612--149833	54	4.1	53	82	12	254	44	3	6	45	1.46
149612--149836	108	2.1	108	83	8	289	44	3	6	46	1.45
149734--149767	14	2.4	14	90	0	50	52	0	2	44	1.16
149720--149904	97	1.9	98	86	7	270	44	3	7	44	1.49
149654--149906	54	4.9	51	80	16	233	44	3	6	45	1.46
149889--149939	24	2.2	23	89	3	75	45	1	3	49	1.32
149612--149945	162	2.1	162	83	4	415	43	3	6	46	1.47
149958--150012	20	2.8	21	72	10	53	40	3	7	49	1.48
150032--150086	23	2.3	23	75	9	56	40	7	3	49	1.48
155519--155543	6	4.2	6	100	0	50	48	16	0	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156286--156363	32	2.5	31	75	8	77	42	10	7	39	1.68
157807--157858	20	2.6	20	96	0	95	34	23	15	26	1.94
165395--165419	7	3.6	7	100	0	50	16	32	28	24	1.96
175999--176038	16	2.5	16	87	0	53	60	5	0	35	1.19
176005--176043	16	2.6	14	81	14	51	58	7	0	33	1.26
176010--176040	16	1.9	16	100	0	62	51	9	0	38	1.35
180570--180611	18	2.3	19	87	4	59	35	2	0	61	1.09
181156--181357	73	2.7	73	83	6	246	23	29	23	23	1.99
181574--181609	11	3.4	11	96	3	65	58	8	25	8	1.55
183675--183931	20	12.6	20	72	9	144	37	24	19	18	1.93
183675--183931	40	6.3	40	77	4	194	37	24	19	18	1.93
183778--183933	81	1.9	81	84	2	206	37	24	18	19	1.94
184234--184295	33	1.9	33	83	9	83	22	4	11	61	1.48
184588--184644	14	3.7	14	75	20	60	10	24	21	43	1.83
184571--184664	33	2.8	33	95	1	170	10	23	20	45	1.82
184566--184712	20	8.1	19	75	17	134	11	24	19	44	1.83
186413--186636	94	2.4	94	94	2	389	23	13	16	45	1.83
186734--186798	19	3.4	19	82	6	78	47	21	16	13	1.82
186750--186800	19	2.7	19	93	0	84	50	17	19	11	1.76
186769--186829	19	3.5	17	76	21	56	54	22	14	8	1.67
186825--187011	19	10.6	19	73	16	134	11	19	22	46	1.81
186830--186993	33	4.8	33	79	7	193	10	19	22	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186948--186974	14	1.9	14	100	0	54	7	25	22	44	1.79
186825--187011	52	3.6	52	76	6	189	11	19	22	46	1.81
187767--187907	20	7.0	20	85	4	185	21	15	23	39	1.91
187915--188030	20	5.8	20	91	2	171	38	24	17	19	1.93
187915--188033	60	2.0	60	93	3	204	37	23	17	21	1.94
188146--188320	20	9.3	19	74	19	154	45	17	21	15	1.85
188146--188320	33	4.7	37	76	17	143	45	17	21	15	1.85
188273--188320	24	2.0	24	100	0	96	41	20	20	16	1.90
188341--188488	71	2.2	66	91	6	233	14	23	17	44	1.85
188416--188470	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82

Tables:   1   2   3   4