genome.fa.s8343.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008343.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111070_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  738381

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188341--188488	33	4.3	33	89	8	233	14	23	17	44	1.85
188359--188488	19	7.4	19	80	16	172	13	22	17	46	1.83
188597--188633	14	2.6	14	84	16	58	43	16	0	40	1.48
188598--188773	84	2.1	84	92	0	289	44	16	2	35	1.62
188682--188715	14	2.4	14	90	0	59	44	20	0	35	1.52
190584--190720	19	7.4	19	82	8	158	46	25	18	9	1.79
190659--190737	33	2.4	33	95	0	140	44	22	22	10	1.83
190733--190845	19	6.5	19	75	19	120	7	16	27	47	1.74
190749--190807	14	3.9	14	74	20	55	8	16	27	47	1.76
190733--190827	33	2.9	33	90	0	154	8	16	27	47	1.76
190909--191182	94	3.1	86	84	7	268	46	17	12	22	1.83
190959--191182	94	2.4	93	90	2	360	45	17	13	22	1.84
192877--192976	33	2.8	37	77	17	120	48	19	22	11	1.79
192877--192989	19	6.1	19	76	13	119	46	19	22	11	1.81
193015--193092	19	3.9	19	79	9	93	11	21	17	48	1.79
193009--193105	21	4.8	21	78	6	119	10	22	17	49	1.77
193009--193104	41	2.4	41	89	1	149	10	22	17	48	1.77
193624--193781	20	7.7	20	79	12	151	18	17	27	36	1.93
193626--193819	41	4.7	41	83	5	223	18	17	26	38	1.92
193767--193819	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
197708--197791	23	3.7	23	96	3	161	21	33	26	19	1.97
197708--197812	23	4.8	21	89	6	88	22	34	25	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197774--197813	21	2.0	21	85	5	55	27	37	25	10	1.88
199774--199807	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
200399--200601	74	2.7	74	87	7	295	22	30	25	21	1.99
203199--203242	19	2.3	19	88	7	63	13	2	9	75	1.14
203349--203380	16	1.9	17	93	6	57	40	3	37	18	1.67
205403--205447	22	2.0	22	95	0	81	28	13	20	37	1.90
205699--205817	54	2.2	53	80	4	150	28	16	10	44	1.80
211527--211647	41	3.0	41	90	0	188	36	24	21	17	1.94
211577--211642	21	3.2	21	66	20	57	34	27	19	18	1.95
211592--211780	71	2.9	62	80	13	234	34	25	19	19	1.96
211615--211757	71	2.0	71	98	0	277	35	25	18	20	1.95
211748--211839	21	4.4	21	77	13	109	35	26	20	17	1.95
211725--211818	41	2.3	41	98	0	179	38	24	21	15	1.92
211728--211797	20	3.5	20	67	18	63	40	22	22	14	1.90
212755--212787	17	2.0	17	94	5	59	69	0	0	30	0.88
214017--214048	15	2.1	15	94	0	55	21	21	0	56	1.43
214147--214296	63	2.4	63	82	6	162	15	15	33	36	1.89
221685--221770	42	2.0	42	93	0	145	27	8	38	25	1.84
222155--222198	6	7.3	6	100	0	88	0	18	47	34	1.49
226324--226643	157	2.0	157	98	0	613	30	16	20	32	1.95
228195--228242	5	9.6	5	93	0	60	6	41	35	16	1.74
228244--228301	6	9.7	6	96	0	89	5	15	50	29	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230027--230068	22	1.9	22	90	9	68	23	4	7	64	1.38
230042--230100	30	2.0	30	86	3	84	22	3	6	67	1.29
230043--230099	10	5.6	10	76	17	55	21	3	7	68	1.29
230494--230557	30	2.1	31	85	8	87	20	4	4	70	1.24
230502--230557	10	5.5	10	76	18	53	19	5	5	69	1.28
230598--230669	32	2.2	32	83	11	85	66	4	8	20	1.35
231780--231822	21	2.0	21	82	13	52	58	0	2	39	1.11
232346--232380	13	2.7	13	90	0	52	42	0	57	0	0.99
232739--232791	26	2.0	26	92	0	88	43	5	0	50	1.25
234134--234168	17	2.1	17	100	0	70	22	34	5	37	1.78
237054--237140	45	1.9	45	95	0	156	27	26	18	27	1.98
247706--247745	18	2.2	18	100	0	80	27	27	12	32	1.93
258575--258669	21	4.4	21	75	9	77	28	24	22	25	1.99
258598--258673	21	3.5	21	80	5	89	27	25	23	23	2.00
261336--261459	45	2.8	44	72	10	126	29	23	16	30	1.97
262234--262276	10	4.3	10	90	0	68	41	4	0	53	1.21
262234--262276	20	2.2	20	100	0	86	41	4	0	53	1.21
262306--262357	24	2.2	24	96	0	95	32	17	0	50	1.47
264154--264217	24	2.7	24	80	7	78	32	14	1	51	1.51
267151--267250	50	2.0	50	100	0	200	34	12	6	48	1.65
271810--271886	2	38.5	2	97	0	145	50	0	1	48	1.09
271889--271944	26	2.2	25	77	3	58	48	5	0	46	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275338--275371	15	2.3	15	94	0	59	26	17	5	50	1.69
276856--276885	13	2.3	13	94	0	51	33	16	26	23	1.96
282712--282736	10	2.5	10	100	0	50	68	0	16	16	1.22
282707--282770	33	2.0	31	90	6	101	71	1	14	12	1.21
283121--283161	21	2.0	21	95	0	73	26	7	7	58	1.51
286399--286440	12	3.2	13	83	10	50	54	0	2	42	1.13
287296--287385	31	3.0	31	84	10	125	45	2	1	51	1.21
291478--291502	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
292164--292215	24	2.2	24	96	0	95	34	13	0	51	1.41
292272--292326	25	2.2	24	81	9	65	56	0	3	40	1.17
304213--304245	14	2.2	16	89	10	52	75	0	6	18	1.00
305614--305710	38	2.6	37	80	8	108	47	5	4	43	1.44
306340--306850	84	6.2	82	77	8	522	25	20	24	29	1.99
306337--306850	248	2.1	244	84	4	674	25	20	24	29	1.99
306360--306850	165	3.0	165	89	3	700	25	20	24	29	1.99
307051--308371	422	3.1	422	93	0	2185	23	18	25	33	1.97
307051--308371	106	12.5	106	93	0	2130	23	18	25	33	1.97
315737--315793	23	2.5	23	74	23	57	8	24	1	64	1.31
322793--322857	21	3.1	21	95	0	112	23	23	24	29	1.99
323242--323285	23	2.0	22	86	4	61	43	15	4	36	1.68
323523--323710	31	6.0	33	76	7	169	30	21	18	29	1.97
323523--323709	63	3.0	63	91	2	279	29	21	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325927--326026	31	3.3	31	74	5	105	34	12	2	52	1.50
325908--326087	60	3.1	59	87	4	256	33	12	3	50	1.59
326493--326520	13	2.2	13	100	0	56	53	0	14	32	1.41
336297--336385	37	2.4	36	81	1	106	31	3	19	46	1.66
336360--336432	26	2.8	26	93	0	119	32	6	19	41	1.78
336344--336432	26	3.2	28	78	13	87	35	5	17	40	1.74
342083--342135	19	2.8	19	91	0	88	11	3	30	54	1.53
343016--343108	29	2.9	31	73	18	84	44	0	8	47	1.34
343068--343122	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
343412--343492	22	3.3	22	71	23	72	45	1	11	41	1.47
343373--343468	30	3.2	29	79	11	104	44	2	8	44	1.45
344776--344820	23	2.0	23	86	0	63	40	2	2	55	1.24
344770--344820	23	2.5	20	77	20	52	39	1	1	56	1.22
345813--345860	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
345832--345943	48	2.3	49	93	3	190	47	10	0	41	1.38
345881--346134	60	4.2	60	93	0	429	45	11	0	42	1.43
346062--346096	14	2.4	15	90	4	54	51	2	0	45	1.16
346207--346255	25	2.0	25	87	0	71	44	14	0	40	1.45
346276--346302	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
346222--346496	60	4.7	59	91	3	437	46	10	0	43	1.37
346459--346537	41	2.0	41	94	2	142	45	15	0	39	1.46
346466--346507	16	2.8	16	78	10	52	45	14	0	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345776--346961	405	3.0	398	81	11	1134	44	11	2	41	1.54
345832--346920	444	2.5	424	85	9	1400	44	11	2	41	1.52
346651--346755	14	7.2	14	71	17	63	48	11	0	40	1.39
346651--346757	25	4.6	22	73	17	74	48	11	0	40	1.39
346671--346889	48	4.3	49	81	14	253	47	10	0	41	1.42
346720--346844	60	2.1	59	92	2	207	45	12	0	40	1.48
346779--346828	21	2.3	22	76	10	50	50	8	2	40	1.43
346828--346975	60	2.5	60	93	1	262	45	13	0	40	1.48
346912--347251	26	13.6	25	72	17	137	43	9	2	45	1.47
347015--347224	61	3.7	60	79	15	273	44	9	1	43	1.47

Tables:   1   2   3   4