genome.fa.s8358.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008358.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111097_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  729890

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6999--7048	25	2.0	25	100	0	100	28	16	20	36	1.93
7116--7146	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
7436--7673	46	5.4	46	75	12	180	25	20	29	24	1.99
7395--7594	40	4.8	40	72	14	136	27	18	31	23	1.97
7316--7713	129	3.1	128	91	1	620	25	19	30	24	1.98
7742--7795	28	1.9	28	85	7	74	50	16	12	20	1.78
7987--8107	63	1.9	63	81	3	145	42	11	13	32	1.80
8281--8489	64	3.3	64	85	4	226	46	12	11	29	1.77
8290--8489	65	3.1	64	84	5	244	46	12	12	29	1.78
8509--8533	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
8526--9098	139	4.1	139	95	2	979	40	15	13	30	1.85
8659--8760	50	2.0	51	88	7	152	34	17	14	33	1.91
8527--9093	280	2.0	280	94	3	998	40	15	13	30	1.85
8897--8950	25	2.1	26	89	3	83	48	12	7	31	1.69
8937--9040	52	2.0	53	94	1	183	36	17	14	31	1.90
9032--9120	29	3.1	29	88	8	128	44	12	12	30	1.79
9037--9134	28	3.4	27	79	13	99	47	14	12	25	1.78
9379--9507	36	3.7	36	82	7	142	34	11	21	32	1.90
9705--9813	38	2.9	36	82	9	121	33	13	19	33	1.91
10137--10168	4	8.5	4	86	13	50	25	0	25	50	1.50
10142--10168	14	1.9	14	100	0	54	22	0	25	51	1.48
11317--11367	21	2.3	22	80	10	59	3	27	3	64	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12009--12079	20	3.0	24	69	22	78	40	11	23	23	1.87
11996--12070	20	3.5	20	70	20	62	37	10	25	26	1.89
12006--12085	26	3.3	26	68	20	82	42	10	23	23	1.84
11994--12087	46	2.1	45	91	2	152	38	9	25	26	1.87
14505--14566	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
18160--18209	25	2.0	25	100	0	100	28	16	20	36	1.93
18277--18316	3	13.3	3	89	10	64	70	0	0	30	0.88
18269--18312	22	2.0	22	91	8	72	68	2	0	29	1.02
21383--21430	24	2.0	24	96	4	89	25	12	22	39	1.89
21683--21707	13	1.9	13	100	0	50	32	44	0	24	1.54
23437--23497	31	2.0	31	96	0	113	40	6	8	44	1.60
23960--24021	18	3.2	20	78	19	62	61	0	1	37	1.06
24037--24086	14	3.8	14	69	15	52	56	0	0	44	0.99
25217--25241	11	2.3	11	100	0	50	28	24	0	48	1.52
28654--28760	24	4.6	23	76	14	94	13	7	16	62	1.52
29361--29390	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
34958--35024	34	1.9	34	82	14	84	20	11	19	47	1.81
39094--39142	24	2.0	24	96	0	89	24	14	22	38	1.91
39397--39421	13	1.9	13	100	0	50	32	44	0	24	1.54
45542--45610	23	3.0	23	84	0	102	30	26	26	17	1.97
47318--47455	64	2.2	63	81	6	154	28	24	15	31	1.95
54731--54905	90	2.0	89	90	1	278	37	9	7	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61889--61918	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
63835--63872	18	2.1	18	90	5	58	0	18	7	73	1.06
63831--63878	21	2.1	21	85	11	60	0	18	10	70	1.15
64356--64380	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
64376--64472	3	32.7	3	89	2	133	61	1	4	32	1.21
64607--65253	232	2.8	229	87	5	921	29	20	13	36	1.91
64607--65253	117	5.6	115	90	4	873	29	20	13	36	1.91
65989--66378	83	4.7	83	96	2	689	37	21	13	27	1.91
67384--67455	21	3.3	21	82	16	92	2	16	0	80	0.83
67384--67468	6	14.8	6	74	18	67	2	16	0	81	0.80
67388--67468	14	5.5	14	78	20	78	2	16	0	81	0.80
67383--67471	37	2.5	36	79	20	98	2	17	0	79	0.83
67384--67468	28	2.8	33	72	22	87	2	16	0	81	0.80
67389--67460	22	3.2	22	77	22	78	2	16	0	80	0.83
78073--78122	18	2.9	17	77	14	57	72	2	0	26	0.96
80262--80354	3	31.0	3	88	0	132	64	1	3	31	1.16
82952--83342	193	2.0	197	97	2	745	41	18	11	28	1.85
83761--83830	23	3.0	23	85	0	95	31	22	21	24	1.98
84238--84292	13	4.2	13	83	0	74	27	20	20	32	1.97
84449--84490	2	21.5	2	95	4	77	47	0	0	52	1.00
87653--87958	153	2.0	153	100	0	612	41	10	27	20	1.85
94060--94150	23	4.0	23	86	0	128	31	20	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94613--94646	12	2.7	13	90	9	61	50	0	8	41	1.34
96463--96506	20	2.2	20	91	0	70	38	6	25	29	1.81
97236--97309	38	2.0	37	94	5	132	22	20	8	48	1.75
100331--100403	38	1.9	37	94	2	128	47	13	19	19	1.82
102190--102453	41	6.7	39	74	10	133	35	15	17	32	1.91
102335--102478	39	3.7	39	79	6	139	35	19	16	28	1.94
105400--105432	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
109858--110183	162	2.0	163	95	3	595	43	11	18	26	1.84
110630--110657	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
111810--111989	88	2.0	90	96	3	339	53	5	16	24	1.63
112070--112152	42	2.0	42	88	4	123	61	2	6	30	1.33
112090--112152	21	3.0	21	72	9	65	61	1	4	31	1.26
114072--114117	23	2.0	24	87	8	69	47	0	0	52	1.00
114228--114269	21	2.0	22	90	4	68	33	30	7	28	1.84
117105--117413	38	8.6	36	80	13	259	46	4	6	43	1.48
117345--117463	30	3.9	30	78	15	104	46	4	5	43	1.47
117184--117463	38	8.2	32	81	11	135	46	4	5	43	1.47
117507--117540	14	2.5	14	95	4	61	14	5	0	79	0.91
118915--118966	22	2.5	22	84	12	65	7	13	0	78	0.94
118917--118964	17	2.9	17	87	3	62	6	14	0	79	0.92
118939--118972	16	2.2	16	89	5	52	0	14	2	82	0.79
118933--118964	16	1.9	16	93	6	55	3	15	0	81	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123533--124584	84	12.7	83	79	5	1024	29	25	20	24	1.99
123533--124646	165	6.7	165	85	3	1374	29	24	20	24	1.99
123533--124573	333	3.1	333	92	1	1610	29	25	20	24	1.99
125245--125614	38	10.2	37	78	14	293	45	3	6	44	1.46
125493--125580	32	2.8	30	81	11	88	42	5	5	46	1.51
125658--125686	14	2.1	14	100	0	58	13	6	0	79	0.93
127062--127134	19	3.5	20	81	12	76	6	16	1	75	1.09
127062--127134	21	3.5	20	83	12	76	6	16	1	75	1.09
128728--128767	16	2.5	16	83	0	53	50	0	0	50	1.00
130542--130653	60	1.9	60	85	5	156	40	14	11	33	1.82
134456--135390	453	2.1	455	96	1	1725	44	7	8	39	1.62
134448--135390	227	4.1	229	96	1	1747	44	7	8	39	1.63
135440--135485	20	2.3	19	89	10	74	56	10	15	17	1.67
135620--135666	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
135629--135671	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
137887--137930	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
137966--138029	33	1.9	33	90	0	101	28	0	48	23	1.51
139821--139869	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
139986--141351	397	3.4	397	96	0	2497	35	15	17	31	1.91
139986--141351	199	6.9	199	96	0	2465	35	15	17	31	1.91
142794--142855	18	3.4	18	77	0	70	38	9	33	17	1.83
142794--142885	6	15.3	6	77	4	60	38	7	33	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142809--142889	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
142797--142873	36	2.1	36	87	0	109	36	9	33	20	1.85
142797--142885	12	7.4	12	83	0	79	37	7	33	21	1.82
144155--144221	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
144366--144438	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
144794--144866	23	3.2	23	86	7	103	34	2	21	41	1.68
145223--145295	23	3.2	23	84	0	92	32	4	23	39	1.74
144005--146074	429	4.8	430	98	0	3961	40	7	12	39	1.71
145652--145724	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
144005--146074	857	2.4	858	97	0	3975	40	7	12	39	1.71

Tables:   1   2   3   4