genome.fa.s8359.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008359.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111098_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1252926

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232--296	32	2.0	32	100	0	130	30	27	10	30	1.91
838--993	43	3.4	43	66	13	123	21	18	25	34	1.96
815--1500	98	7.0	98	94	2	1175	21	18	24	34	1.96
716--1494	196	3.9	196	93	3	1262	21	18	24	34	1.96
1128--1385	43	5.4	43	63	21	122	20	18	25	34	1.96
648--1500	294	2.8	295	90	5	1259	22	18	24	34	1.96
1297--1500	105	1.9	106	94	1	365	22	18	25	33	1.97
2279--2411	46	2.9	46	89	0	212	15	22	16	45	1.85
10045--10106	20	2.9	21	80	9	63	16	25	35	22	1.94
22304--22373	7	10.7	6	75	14	50	77	0	8	14	0.99
22298--22361	6	9.9	7	82	12	59	78	0	10	10	0.98
22295--22373	27	3.0	24	75	15	77	78	0	8	12	0.96
22306--22361	20	2.8	21	84	10	64	76	0	10	12	1.01
43769--43797	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
56189--56230	18	2.3	18	84	11	59	23	2	0	73	0.94
56980--57216	61	3.8	62	75	7	214	37	10	12	40	1.77
59292--59318	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
62560--62598	16	2.4	16	91	0	60	33	10	10	46	1.72
76850--76895	21	2.1	22	88	4	67	30	19	4	45	1.70
77907--78026	60	2.0	60	91	0	195	43	12	25	19	1.85
78373--78599	109	2.1	110	79	6	248	39	13	13	33	1.84
79858--79892	3	11.7	3	88	11	54	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82020--82076	28	2.1	27	83	6	71	33	5	1	59	1.30
82057--82099	19	2.3	19	88	8	61	32	0	2	65	1.06
82045--82104	15	4.1	14	73	14	50	31	1	1	65	1.13
82094--82132	14	2.9	14	82	17	55	20	5	2	71	1.17
92727--92791	19	3.7	17	82	15	87	78	0	20	1	0.83
92727--92789	13	5.0	13	81	13	78	77	0	20	1	0.85
92742--92792	16	3.3	15	82	17	61	78	0	21	0	0.75
92753--92785	3	11.7	3	93	6	52	72	0	27	0	0.85
94197--94241	24	1.9	23	82	13	56	48	6	26	17	1.72
94051--94717	113	5.8	113	82	6	706	37	14	20	28	1.92
94517--94796	124	2.3	120	88	4	395	41	16	19	22	1.90
94928--95019	18	5.5	17	76	15	68	36	1	0	61	1.03
94944--95007	3	21.7	3	84	9	87	34	1	0	64	1.03
95183--95212	16	1.9	15	93	6	51	33	20	26	20	1.97
99485--99569	23	3.7	23	72	0	80	35	25	18	20	1.95
99490--99586	46	2.1	46	86	3	133	37	22	19	20	1.95
99662--99774	45	2.5	45	76	0	127	36	19	8	35	1.83
101111--101160	24	2.1	23	85	10	66	70	18	10	2	1.25
107860--107896	15	2.5	15	95	0	65	5	18	35	40	1.74
107854--107896	15	2.5	17	78	21	54	9	16	32	41	1.80
109765--109803	20	1.9	21	89	5	62	33	12	41	12	1.82
113577--113618	21	2.0	22	85	4	59	47	16	0	35	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113918--113983	21	3.2	21	69	4	71	18	16	27	37	1.92
113922--114036	41	2.9	41	85	6	166	21	20	24	33	1.97
114028--114102	22	3.5	22	73	10	84	18	17	25	38	1.92
114028--114092	19	3.2	20	72	10	62	18	18	24	38	1.93
114191--114272	22	3.8	22	90	9	118	29	23	47	0	1.52
114195--114269	17	4.1	17	84	15	105	29	24	46	0	1.53
114190--114269	39	2.1	39	100	0	160	30	23	46	0	1.53
116057--116117	24	2.5	25	81	10	81	52	11	6	29	1.62
116483--116522	20	2.0	20	90	0	62	65	0	2	32	1.06
116504--116595	37	2.4	39	81	7	107	48	7	5	38	1.55
118000--118051	13	4.2	12	77	17	54	38	0	0	61	0.96
117995--118108	29	3.8	30	73	15	85	46	0	0	52	1.06
118095--118196	23	4.1	25	72	19	72	44	2	0	51	1.23
118145--118227	23	3.7	23	73	10	73	44	1	1	53	1.16
118745--118795	26	2.0	26	100	0	102	47	3	9	39	1.55
130244--130326	21	3.8	22	73	9	62	22	38	22	15	1.92
138675--138727	21	2.5	21	87	0	70	32	30	18	18	1.96
138723--138892	42	4.1	42	90	4	285	20	21	23	34	1.96
138731--138934	82	2.5	82	91	4	322	20	21	24	34	1.97
138781--139190	42	9.8	41	92	3	528	20	19	25	35	1.96
139287--139327	5	7.8	5	97	2	64	24	56	19	0	1.42
140078--140142	21	3.2	19	76	16	76	32	18	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140086--140157	21	3.4	21	74	14	76	37	18	19	25	1.94
140079--140163	42	2.0	42	93	0	143	35	18	20	25	1.95
140476--140559	3	28.0	3	100	0	168	33	0	0	66	0.92
147304--147350	15	3.1	15	76	11	51	40	4	36	19	1.71
147549--147607	27	2.2	27	84	6	75	32	3	44	20	1.68
149098--149143	21	2.2	21	84	0	56	45	2	41	10	1.51
150301--150351	21	2.5	20	81	6	59	60	0	0	39	0.97
155976--156024	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
160026--160106	31	2.7	30	75	5	83	32	14	2	50	1.56
162461--162560	32	3.1	32	80	11	98	36	16	20	28	1.93
172149--172217	9	6.7	11	78	18	53	62	1	0	36	1.04
172150--172202	3	16.7	3	92	7	63	62	0	0	37	0.96
172962--173003	21	2.0	21	95	0	75	28	26	19	26	1.98
173095--173497	200	2.0	203	96	3	753	32	21	10	35	1.87
173900--173993	31	3.0	31	92	3	145	37	22	19	21	1.95
174753--174816	20	3.2	20	95	0	110	26	25	17	31	1.97
179831--179872	23	1.9	21	85	9	57	33	7	21	38	1.81
179815--179943	62	2.1	60	81	4	143	34	6	22	37	1.79
187028--187183	31	5.0	31	80	13	144	37	21	19	21	1.94
187042--187183	62	2.3	62	92	0	230	38	21	19	20	1.93
188865--189940	532	2.0	532	97	0	2037	35	20	9	35	1.84
191708--192005	146	2.0	147	97	2	562	34	17	16	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199151--199228	14	5.6	14	70	17	54	44	1	3	50	1.28
200227--200266	20	2.0	20	90	4	64	42	7	25	25	1.80
207612--207651	16	2.5	16	100	0	80	62	10	7	20	1.50
208606--208639	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
209367--209396	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
211859--211957	50	2.0	51	95	2	182	22	32	29	16	1.95
213713--213746	15	2.3	15	90	5	52	61	0	0	38	0.96
214385--214601	100	2.2	99	90	3	332	35	13	16	33	1.88
214874--214936	14	4.8	14	73	15	62	58	12	12	15	1.63
215565--215599	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
220379--220405	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
220773--220829	29	2.0	28	82	3	69	66	12	8	12	1.44
221069--221097	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
221061--221166	47	2.4	46	78	18	120	66	4	0	27	1.17
222783--222987	106	1.9	106	94	2	358	21	20	26	31	1.98
222902--223054	65	2.4	64	85	4	193	21	18	26	33	1.97
222796--223152	171	2.1	162	87	6	509	21	19	25	33	1.97
223002--223258	99	2.6	99	89	0	390	21	18	26	34	1.96
223100--223420	164	1.9	167	83	8	420	22	17	26	33	1.96
222773--223525	263	2.8	263	85	8	969	22	18	25	33	1.97
223198--223323	65	1.9	67	87	6	186	19	19	26	34	1.96
223230--223670	105	4.2	105	90	5	700	22	17	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223230--223667	204	2.1	208	90	5	699	22	17	25	34	1.96
224407--224526	60	2.0	62	85	6	165	11	26	12	49	1.75
230994--231070	39	2.0	39	84	5	102	16	23	25	33	1.96
234831--234872	2	21.0	2	90	0	66	50	0	0	50	1.00
234919--234947	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
234911--235016	47	2.4	46	79	16	127	67	3	0	27	1.13
240328--240386	31	1.9	31	89	0	91	40	15	18	25	1.90
242277--242348	31	2.3	31	85	4	92	30	16	9	43	1.80
242296--242355	31	1.9	31	93	0	102	28	18	13	40	1.88
242925--242974	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6