genome.fa.s8359.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008359.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111098_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1252926

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
657381--657681	37	8.4	36	77	12	230	45	4	6	43	1.51
657580--657676	32	2.9	32	75	18	83	42	6	9	42	1.62
657556--657665	32	3.3	31	75	17	89	46	5	6	41	1.52
657646--657700	24	2.3	23	84	3	74	43	0	7	49	1.30
657738--657785	7	6.9	7	92	0	78	14	10	0	75	1.06
657738--657792	14	3.9	14	92	0	74	14	9	0	76	1.02
659043--659074	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
663968--664782	164	5.0	164	82	5	853	31	24	18	25	1.98
663987--664804	250	3.3	244	80	5	869	31	24	19	25	1.98
665431--665756	36	9.1	36	76	15	238	46	4	6	42	1.51
665528--665709	32	5.3	31	76	18	107	45	4	6	43	1.50
665448--665756	35	8.7	33	74	15	171	45	4	6	43	1.51
665789--665848	24	2.5	25	78	10	63	11	3	3	81	0.93
665793--665825	14	2.3	15	94	5	59	12	6	0	81	0.85
667200--667234	16	2.2	16	100	0	70	25	0	0	74	0.82
667234--667286	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
668340--668415	31	2.5	31	91	0	116	21	13	14	51	1.76
673603--673845	125	1.9	127	90	2	391	35	14	13	35	1.86
674173--674235	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
674315--674348	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
674472--674510	20	2.0	20	100	0	78	38	0	15	46	1.46
674695--674752	29	2.0	29	86	6	82	27	8	29	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675141--675226	35	2.5	35	84	0	100	40	20	1	37	1.61
675195--675237	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
675357--675390	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
675855--676102	130	1.9	130	93	0	424	36	13	14	35	1.85
677515--677547	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
677763--677797	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
679856--679913	23	2.5	22	83	8	62	37	0	5	56	1.21
679856--679914	29	2.1	28	87	3	82	38	0	5	55	1.22
679985--680062	2	41.5	2	71	21	62	42	3	1	52	1.27
680002--680041	5	8.2	5	89	10	57	42	0	0	57	0.98
679845--680075	18	12.3	18	69	22	122	39	6	5	49	1.50
680008--680072	21	2.9	23	84	6	80	43	4	0	52	1.22
686999--687029	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
687046--687117	31	2.3	31	88	4	101	58	2	2	36	1.27
696707--696781	31	2.4	31	82	4	98	28	32	26	13	1.94
696660--696781	62	2.0	63	80	8	142	26	29	27	16	1.97
696912--696988	31	2.5	31	82	2	100	28	31	25	14	1.95
696865--696988	63	2.0	63	82	6	153	26	29	27	16	1.97
697853--697911	7	8.4	7	100	0	118	27	28	28	15	1.96
697903--697965	22	2.9	22	90	0	99	12	23	42	20	1.86
697962--698050	28	3.1	27	83	6	79	30	29	25	14	1.95
697962--698050	9	9.3	9	75	11	79	30	29	25	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697968--698030	19	3.3	19	86	4	83	30	30	25	14	1.95
698013--698051	21	1.9	21	89	5	62	33	28	23	15	1.95
704199--704330	31	4.2	31	73	9	83	26	28	28	16	1.97
704255--704330	31	2.5	31	80	4	91	27	31	26	14	1.95
705183--705213	7	4.4	7	95	0	53	25	25	29	19	1.99
705210--705272	5	11.8	5	80	12	72	6	22	52	19	1.68
705203--705274	22	3.3	22	100	0	144	11	22	48	18	1.79
707330--707500	85	2.0	86	98	1	335	42	12	22	22	1.87
720576--720624	19	2.6	19	80	9	64	18	18	0	63	1.32
725901--726399	251	2.0	248	98	1	955	29	18	18	33	1.95
727756--727795	21	1.9	21	89	0	62	37	35	0	27	1.57
731161--731320	65	2.5	65	85	7	220	28	16	23	31	1.96
731161--731361	65	3.1	63	77	11	203	27	16	22	32	1.96
733996--734077	23	3.6	22	77	8	85	25	24	25	24	2.00
739874--740031	65	2.5	64	84	5	203	30	16	23	29	1.96
739917--740075	65	2.4	65	81	4	178	27	16	24	32	1.96
741577--741659	40	2.0	41	88	2	123	30	15	22	31	1.95
750206--750282	2	38.5	2	97	0	145	49	0	1	49	1.09
750384--750441	29	2.0	29	93	0	98	13	34	27	24	1.93
750484--750526	14	3.1	14	96	0	77	23	44	25	6	1.78
750498--750565	10	6.4	10	75	21	59	25	39	26	8	1.85
750480--750566	20	4.0	20	79	18	93	24	40	26	9	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750580--750651	33	2.2	33	92	0	117	27	25	37	9	1.87
750655--750710	29	1.9	29	96	0	103	19	30	37	12	1.89
755818--755933	37	3.1	37	60	18	87	26	12	7	52	1.66
755814--755964	74	2.0	74	100	0	302	25	11	7	54	1.63
756373--756607	95	2.5	95	98	0	454	34	20	11	33	1.89
757804--757939	35	3.9	35	85	8	181	19	25	18	36	1.94
757804--757944	71	2.0	68	89	6	212	19	24	17	38	1.93
758992--759031	21	1.9	21	100	0	80	35	30	5	30	1.79
762372--762627	127	2.0	127	100	0	512	21	25	28	25	1.99
768243--768270	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
768241--768303	18	3.4	19	72	12	60	42	3	0	53	1.16
768514--768903	158	2.5	155	85	4	505	44	7	17	30	1.77
769358--769456	26	3.7	27	90	5	141	3	37	12	47	1.56
769374--769458	26	3.3	26	94	0	143	3	38	12	44	1.60
769486--769523	16	2.4	16	100	0	76	0	44	0	55	0.99
780381--780600	113	1.9	113	95	0	395	25	22	9	42	1.83
783675--783713	19	2.1	19	100	0	78	30	10	23	35	1.88
787907--788065	30	5.3	30	96	0	275	30	25	22	22	1.99
787907--788090	90	2.0	90	88	2	271	30	25	22	21	1.98
788051--788115	31	2.1	31	85	5	87	35	23	20	21	1.96
792801--793019	30	7.3	30	97	0	404	29	24	23	22	1.99
793448--793477	15	2.1	14	93	6	51	46	10	0	43	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808206--808639	69	6.3	69	82	6	229	21	25	22	30	1.99
808243--808639	138	2.9	136	81	5	465	21	25	21	31	1.98
808266--808639	207	1.8	207	84	3	520	21	25	21	31	1.98
816117--816164	20	2.5	19	82	3	60	31	10	0	58	1.32
816632--817150	260	2.0	260	92	0	860	28	12	26	32	1.92
819606--819637	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
819707--819767	16	3.8	16	91	0	104	57	22	11	8	1.60
821277--821338	24	2.6	24	86	0	88	53	22	11	12	1.71
824699--824725	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
824953--824983	16	1.9	16	93	0	53	19	12	19	48	1.81
825746--825807	21	3.0	21	75	15	58	48	0	0	51	1.00
836322--836425	51	2.0	51	100	0	208	25	29	27	17	1.97
836580--836638	7	8.4	7	100	0	118	15	13	0	71	1.15
838692--838892	65	3.1	63	78	13	212	25	17	24	32	1.97
840417--840446	15	2.0	15	93	0	51	43	23	0	33	1.54
842494--843019	259	2.0	258	97	2	930	26	22	15	34	1.95
845740--845960	117	1.9	117	79	5	250	28	14	9	46	1.77
847277--847486	65	3.2	64	78	11	180	27	18	23	30	1.97
851867--851982	28	4.1	29	83	4	155	32	6	23	37	1.81
853810--853859	18	2.8	18	93	0	82	22	24	38	16	1.93
859143--859279	28	4.8	29	81	12	174	35	5	22	36	1.79
859143--859281	58	2.4	56	82	11	167	35	5	22	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859145--859281	29	4.8	28	76	15	106	35	5	21	36	1.78
860162--860283	63	1.9	63	81	6	149	17	28	28	25	1.97
860302--860355	26	2.1	26	85	0	72	25	7	18	48	1.74
866687--866731	20	2.2	20	80	7	56	15	2	2	80	0.92
873964--873993	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
881055--881087	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
882107--882171	3	21.7	3	96	0	121	66	1	0	32	1.01
882650--882675	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
887944--888144	101	2.0	99	90	1	312	31	3	11	53	1.54
888795--888858	19	3.2	20	72	14	53	43	1	1	53	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6