genome.fa.s8392.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008392.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111157_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  522134

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 272 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
941--1010	35	2.0	35	88	5	106	48	5	20	25	1.71
4833--4878	23	2.0	23	86	4	65	56	10	17	15	1.67
6959--6997	17	2.3	17	100	0	78	12	23	46	17	1.83
6993--7072	9	8.3	9	80	10	70	28	26	28	16	1.97
6999--7073	29	2.5	31	89	8	120	29	26	26	17	1.97
14220--14250	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
14247--14299	5	9.8	5	76	15	52	7	22	50	18	1.72
14252--14306	17	3.2	17	100	0	110	10	23	47	18	1.80
14240--14282	22	2.0	22	100	0	86	9	23	48	18	1.76
14305--14393	10	9.1	10	78	10	87	29	25	25	19	1.98
14302--14393	19	4.7	19	78	9	96	28	26	27	18	1.98
14303--14392	29	3.1	29	73	17	55	28	25	27	17	1.98
16109--16143	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
19801--19883	19	4.6	19	85	11	122	18	27	34	19	1.95
19793--19840	14	3.4	14	91	0	78	16	27	35	20	1.94
19818--19905	38	2.3	36	79	12	97	18	30	32	18	1.95
25767--25865	10	10.3	9	79	12	90	16	28	27	28	1.97
25768--25865	19	5.1	19	81	14	87	15	28	27	28	1.96
25767--25865	29	3.4	28	87	5	126	16	28	27	28	1.97
25861--25899	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
25889--25919	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
27884--27916	16	2.0	17	88	5	50	75	0	9	15	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29351--29385	18	1.9	18	88	0	52	37	14	22	25	1.92
33424--33456	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
40366--40556	60	3.2	60	86	1	267	18	30	8	42	1.80
40456--40574	60	2.0	60	83	0	148	20	32	8	38	1.82
44668--44738	37	1.9	37	94	0	124	42	15	11	30	1.82
45192--45272	3	26.7	3	72	16	60	28	2	1	67	1.11
45187--45247	16	3.9	16	83	14	74	32	1	0	65	1.02
45187--45228	14	2.9	14	86	10	50	35	0	0	64	0.94
45191--45276	27	3.0	28	80	13	77	27	2	1	68	1.09
45302--45368	35	1.9	34	85	8	91	37	8	1	52	1.42
45323--45368	17	2.6	16	83	16	56	34	6	2	56	1.37
45364--45412	25	1.9	26	84	12	66	24	4	8	63	1.40
45459--45501	22	1.9	23	85	4	61	23	9	0	67	1.19
48955--49023	15	3.7	19	75	16	58	24	30	24	20	1.99
48993--49025	15	2.2	15	100	0	66	27	33	24	15	1.95
55705--55773	15	3.7	19	75	16	58	24	30	24	20	1.99
55743--55775	15	2.2	15	100	0	66	27	33	24	15	1.95
57446--57507	12	5.0	12	80	19	58	80	3	12	3	0.95
57443--57507	13	4.9	14	78	17	68	80	4	12	3	0.99
57443--57507	26	2.5	27	87	9	91	80	4	12	3	0.99
58572--58666	32	2.9	32	84	1	136	28	10	23	37	1.88
71656--71696	9	4.3	9	84	9	55	14	31	29	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71707--71748	22	1.9	22	95	0	75	21	47	21	9	1.79
78864--78907	9	4.7	9	86	8	61	11	25	31	31	1.91
78864--78911	19	2.6	18	77	9	60	12	25	31	31	1.92
78938--78975	12	3.3	12	82	14	53	18	42	23	15	1.89
78908--78968	10	6.1	10	78	14	54	21	45	21	11	1.82
78931--78975	22	2.0	22	91	0	72	17	46	22	13	1.83
78964--78988	7	3.6	7	100	0	50	16	28	28	28	1.97
82409--82578	41	4.1	40	69	15	130	31	15	18	34	1.92
85752--85794	22	2.0	22	90	0	68	23	11	11	53	1.69
85773--85891	61	2.0	61	96	0	220	33	5	5	54	1.49
86471--86527	28	2.0	28	83	6	71	45	15	3	35	1.64
90813--90873	27	2.3	27	82	0	68	22	8	32	36	1.84
100147--100180	14	2.3	15	90	5	52	38	0	2	58	1.13
101021--101065	24	1.9	22	82	13	54	35	11	0	53	1.37
101008--101084	27	2.9	26	73	13	68	36	9	2	51	1.47
101274--101394	60	2.0	61	90	1	190	42	19	6	31	1.76
102453--102493	16	2.6	16	88	3	57	39	9	19	31	1.84
103065--103100	18	2.0	18	100	0	72	66	0	0	33	0.92
107833--107874	22	1.9	22	100	0	84	57	7	14	21	1.61
107908--107954	22	2.1	22	84	7	60	72	2	8	17	1.19
107924--107971	17	2.8	17	83	3	60	68	6	6	18	1.32
107985--108052	11	5.8	11	75	13	55	64	0	2	32	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108304--108345	22	1.9	22	100	0	84	50	0	9	40	1.35
108736--108818	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
113501--113583	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
114643--114683	21	1.9	22	95	5	75	56	7	14	21	1.63
114717--114821	21	5.2	21	71	13	69	69	2	4	22	1.21
114784--114842	19	3.2	19	73	22	63	64	0	3	32	1.10
114782--114837	17	3.2	17	72	22	53	66	0	1	32	1.03
114782--114853	36	2.0	35	89	7	110	65	0	2	31	1.07
115104--115145	22	1.9	22	100	0	84	50	0	9	40	1.35
119306--119355	26	1.9	26	100	0	100	6	14	20	60	1.55
119454--119487	17	2.0	17	100	0	68	35	17	11	35	1.87
130211--130780	186	3.1	182	77	9	555	29	14	12	42	1.83
133317--133443	63	2.0	63	85	0	173	37	4	33	23	1.76
133136--133842	231	3.1	227	75	10	655	36	7	31	24	1.83
133611--133946	168	2.0	168	86	2	469	36	8	30	25	1.85
133400--134241	399	2.1	399	87	2	1199	37	7	31	23	1.83
137706--137752	12	3.9	12	75	8	51	34	0	0	65	0.93
138388--138447	10	5.8	10	75	11	50	65	0	0	35	0.93
143390--143459	12	5.8	12	75	6	61	17	14	18	50	1.79
143353--143461	48	2.3	48	85	6	141	19	15	16	48	1.81
143353--143461	24	4.5	24	80	6	123	19	15	16	48	1.81
148482--148551	12	5.8	12	73	6	61	17	14	18	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148445--148553	48	2.3	48	87	6	150	19	16	16	47	1.83
148445--148553	24	4.5	24	76	11	107	19	16	16	47	1.83
149880--149930	25	2.0	25	81	7	59	66	1	5	25	1.24
150834--150879	21	2.2	23	74	22	55	23	19	23	32	1.97
152117--152157	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
156506--156605	33	3.1	33	86	2	141	27	13	23	37	1.91
159210--159255	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
161171--161270	33	3.1	33	85	2	132	27	14	22	37	1.92
165312--165409	23	4.3	22	83	8	99	31	23	26	18	1.97
165328--165420	46	2.0	46	85	4	125	31	22	26	19	1.98
165328--165420	23	4.0	23	81	5	89	31	22	26	19	1.98
166976--167034	27	2.2	26	82	8	66	44	3	3	49	1.36
169227--169301	31	2.4	31	82	8	89	38	0	1	60	1.06
169219--169300	35	2.4	34	81	8	85	39	0	2	58	1.11
171073--171145	21	3.5	21	85	7	103	17	32	27	21	1.96
171657--171753	33	2.9	34	86	4	135	54	4	3	38	1.35
172145--172647	128	3.9	128	97	0	961	32	19	25	22	1.98
172715--172755	8	5.2	8	88	5	66	36	26	0	36	1.57
172715--172755	15	2.6	16	84	7	57	36	26	0	36	1.57
180132--180171	21	1.9	21	84	0	53	12	42	17	27	1.85
181579--181664	19	5.3	19	60	34	56	32	20	10	36	1.87
181570--181664	31	3.1	31	100	0	190	32	18	10	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182818--182992	40	4.6	38	72	17	105	44	4	9	41	1.56
182789--183028	34	6.5	35	75	17	193	43	4	9	42	1.55
187549--187609	16	3.8	16	100	0	122	36	13	19	31	1.90
196360--196526	72	2.3	72	85	0	217	35	26	15	22	1.94
196993--197168	40	4.6	39	74	14	136	46	3	9	41	1.52
198633--198675	19	2.2	20	87	4	61	27	9	2	60	1.40
198715--198819	56	1.9	56	83	11	137	23	9	1	64	1.33
199738--199815	9	8.0	9	72	22	52	74	1	3	20	1.05
199750--199805	21	2.6	21	86	11	69	78	1	3	16	0.97
200976--201027	19	2.7	19	93	0	95	17	0	32	50	1.47

Tables:   1   2   3