genome.fa.s8415.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008415.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111193_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  525802

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2051--2085	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
5775--5852	38	2.1	38	85	0	102	35	14	8	41	1.77
5987--6016	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
6457--6500	19	2.3	19	88	7	63	52	2	0	45	1.13
6887--6932	17	2.5	18	86	10	58	63	4	0	32	1.14
6887--6938	17	2.7	19	80	19	56	63	3	0	32	1.12
7275--7325	25	2.0	25	88	0	75	35	9	9	45	1.71
8497--8551	25	2.2	25	90	0	83	63	10	3	21	1.42
8988--9034	21	2.3	21	85	3	60	25	0	4	70	1.05
9034--9111	24	3.3	24	94	5	133	48	0	0	51	1.00
10833--10879	23	2.0	23	84	8	60	27	2	0	70	0.99
11975--12004	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
12898--12948	23	2.2	23	85	0	66	39	9	17	33	1.83
12976--13035	23	2.6	23	78	0	66	41	8	11	38	1.72
12886--13122	87	2.7	87	94	0	420	43	11	13	32	1.80
13063--13145	23	3.6	23	91	0	121	40	8	18	32	1.80
12976--13229	110	2.3	110	89	0	373	44	10	12	33	1.76
13095--13327	87	2.7	87	88	0	358	44	10	12	32	1.77
13182--13229	23	2.1	23	88	0	69	45	10	10	33	1.72
12889--13319	197	2.2	197	91	0	682	43	11	12	32	1.78
13272--13319	23	2.1	23	84	0	60	39	10	18	31	1.85
13890--14332	200	2.2	198	89	2	656	30	14	14	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14433--14518	30	2.9	30	80	13	81	47	1	1	50	1.16
14537--14580	23	1.9	23	86	9	63	52	2	0	45	1.13
14734--14774	21	2.0	21	90	0	64	43	17	0	39	1.49
19851--19921	15	4.6	14	74	19	61	28	36	0	35	1.58
19851--19921	33	2.3	30	85	7	88	28	36	0	35	1.58
22543--22616	32	2.3	32	92	0	121	28	20	13	37	1.90
22841--22930	24	3.8	24	78	0	99	58	16	13	11	1.62
23052--23095	23	1.9	23	81	9	54	40	0	15	43	1.47
30183--30209	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
31650--31759	44	2.5	45	80	7	136	50	4	2	41	1.37
32064--32419	184	1.9	184	87	3	520	42	12	11	32	1.79
36442--36483	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
36653--36717	23	2.8	23	97	0	121	35	13	9	41	1.77
40643--40669	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
41780--41815	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
46727--47085	24	15.0	24	79	2	209	40	14	32	13	1.84
46739--46992	42	6.0	42	81	0	193	40	13	32	12	1.83
46931--47061	30	4.6	30	75	12	105	39	14	32	13	1.85
46730--47100	54	7.0	54	79	3	277	40	14	32	13	1.84
46751--47082	36	9.4	36	73	7	196	40	14	32	13	1.84
52715--52764	21	2.4	21	86	0	73	16	30	14	40	1.87
66882--66937	23	2.5	23	88	2	78	23	35	19	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66900--66960	19	3.1	19	83	11	61	21	32	27	18	1.96
71072--71105	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
71159--71204	20	2.3	20	85	7	58	30	2	0	67	1.03
71170--71213	23	2.0	22	86	4	61	31	0	0	68	0.90
72536--72882	42	8.3	41	94	0	543	21	19	23	35	1.96
72526--72882	84	4.2	84	94	2	621	21	19	23	35	1.96
72536--72882	126	2.8	126	93	0	617	21	19	23	35	1.96
73532--73643	21	5.4	21	70	17	83	37	22	17	22	1.94
73528--73664	42	3.3	42	92	2	233	35	24	18	21	1.95
73553--73729	21	8.6	21	75	9	159	34	25	19	20	1.96
73595--73729	61	2.2	61	95	0	243	34	26	20	19	1.96
73738--73790	21	2.5	21	87	0	79	20	20	28	30	1.98
73936--73973	15	2.5	15	100	0	76	65	0	0	34	0.93
73939--73977	11	3.5	11	83	10	53	69	0	0	30	0.89
74124--74158	6	5.8	6	100	0	70	17	0	82	0	0.66
75535--75593	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
75677--75742	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
82447--82486	15	2.4	16	88	12	55	32	5	5	57	1.42
82444--82493	17	2.8	17	80	20	50	32	4	6	58	1.41
83009--83040	14	2.3	14	94	0	55	6	12	28	53	1.62
83752--83812	16	3.8	16	88	0	95	9	11	21	57	1.62
84642--86149	766	2.0	761	86	2	2112	38	19	17	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87698--87740	21	2.0	22	86	4	61	37	13	16	32	1.88
90509--90551	21	2.0	22	95	4	79	39	13	18	27	1.89
94104--94565	112	4.1	112	91	1	721	44	14	14	25	1.84
94104--94565	223	2.1	224	92	0	755	44	14	14	25	1.84
94436--95250	182	4.5	182	94	0	1382	42	13	16	28	1.85
94436--95254	363	2.3	364	93	1	1410	42	13	16	28	1.85
95638--95685	23	2.1	23	92	0	78	37	18	8	35	1.81
96865--97676	4	203.2	4	99	0	1617	25	25	0	50	1.50
99300--99354	12	4.6	12	83	0	74	12	12	47	27	1.78
99458--99501	13	3.5	13	90	3	63	13	15	50	20	1.78
99994--100057	25	2.5	24	82	12	83	50	0	6	43	1.27
99994--100056	27	2.5	26	85	12	87	50	0	6	42	1.27
102191--102278	24	3.7	24	98	1	169	29	20	25	25	1.99
102982--103022	22	1.9	22	90	5	66	31	0	0	68	0.90
108453--108524	22	3.4	22	67	11	69	38	22	18	20	1.93
108431--108524	41	2.3	41	90	0	152	40	21	17	21	1.91
110203--110500	152	2.0	146	95	3	533	38	16	20	24	1.92
115578--115626	23	2.1	23	88	7	73	57	16	2	24	1.50
125830--125879	24	2.1	23	85	10	66	58	16	2	24	1.49
130001--130074	19	3.7	19	72	15	60	27	18	18	35	1.95
134374--134429	22	2.7	21	81	8	69	28	25	21	25	1.99
136463--136608	64	2.2	66	86	4	199	26	19	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138310--138369	23	2.6	23	89	5	86	20	20	13	46	1.83
144722--145205	56	8.6	56	88	0	617	43	20	15	20	1.88
145154--145250	45	2.2	45	96	0	176	46	16	14	22	1.83
145950--145985	18	2.0	18	100	0	72	11	27	16	44	1.82
150604--150667	29	2.2	29	83	5	85	42	12	9	35	1.75
151847--151911	31	2.1	32	88	2	96	52	7	21	18	1.70
153858--153943	44	1.9	45	88	2	129	40	11	13	33	1.81
154135--154739	302	2.0	302	99	0	1194	36	15	12	35	1.85
159954--160316	42	8.9	41	71	7	227	30	20	17	32	1.95
159947--160177	122	1.9	123	82	3	295	29	18	17	34	1.94
159996--160300	81	3.7	81	73	7	240	29	19	17	33	1.95
159954--160276	164	2.0	164	82	1	396	30	20	17	32	1.95
161971--162040	31	2.4	29	88	9	99	42	8	18	30	1.80
163238--163599	84	4.3	84	79	12	347	24	20	20	34	1.96
163290--163564	42	6.5	43	81	3	299	24	20	21	33	1.97
170761--171088	83	4.0	83	84	5	384	39	4	10	44	1.59
172518--172753	58	4.0	59	74	11	207	39	7	10	43	1.66
172723--172800	34	2.3	34	84	8	97	39	6	11	42	1.67
174522--174851	83	4.0	83	88	4	465	40	2	12	44	1.56
174929--174972	23	2.0	21	83	16	54	27	15	6	50	1.70
180991--181408	217	1.9	217	82	2	527	34	14	22	28	1.94
182792--182850	30	2.0	30	83	6	75	28	20	8	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183421--183549	41	3.1	41	69	16	122	37	18	17	25	1.93
183402--183553	82	1.9	82	94	0	268	36	20	17	25	1.94
183544--183617	20	3.7	20	73	10	78	32	28	18	20	1.96
183421--183590	82	2.1	81	82	4	198	37	20	17	24	1.94
183429--183659	82	2.8	81	75	7	180	38	21	18	22	1.94
183542--183638	41	2.4	41	94	0	167	36	26	18	18	1.94
183460--183659	21	9.7	21	71	10	117	38	23	17	21	1.93
184128--184218	19	4.4	20	73	17	87	30	26	5	37	1.79
185475--185551	31	2.5	31	95	0	136	40	12	20	25	1.89
187789--187836	21	2.2	23	85	7	64	66	6	0	27	1.15

Tables:   1   2   3