genome.fa.s8415.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008415.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111193_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  525802

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188274--188302	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
188276--188301	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
188274--188302	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
190204--190303	21	4.8	21	70	10	53	33	26	18	23	1.97
190291--190503	20	10.6	20	85	5	277	34	27	19	19	1.96
190873--190943	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
191022--191128	21	5.6	20	71	17	93	47	18	20	13	1.81
191083--191139	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
191076--191155	33	2.4	33	95	0	142	47	22	21	8	1.78
191159--191210	20	2.5	20	78	3	68	13	25	15	46	1.82
192872--193091	92	2.4	92	96	1	397	21	14	19	45	1.85
193206--193262	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
193220--193310	14	5.4	18	71	23	63	46	28	17	7	1.76
193188--193310	33	3.7	33	91	2	167	45	27	17	8	1.79
193237--193295	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
193317--193463	19	7.9	19	81	8	160	10	19	23	46	1.80
193317--193447	52	2.4	54	87	6	176	9	19	22	48	1.77
195531--195606	19	4.2	19	76	19	90	13	21	15	50	1.78
195754--195985	52	4.5	53	81	13	279	14	22	16	46	1.82
195871--195898	12	2.3	12	100	0	56	17	17	14	50	1.79
195802--196016	71	3.1	70	88	10	327	13	20	17	47	1.82
195821--196030	33	6.2	33	86	10	300	13	21	18	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195885--196049	53	3.1	52	73	14	167	13	21	19	46	1.84
197018--197176	80	2.0	79	98	1	309	25	21	13	40	1.89
199108--199335	20	11.4	20	84	4	228	19	17	25	36	1.94
199108--199335	60	3.8	60	82	1	253	19	17	25	36	1.94
199303--199400	21	4.8	20	75	10	81	21	19	21	37	1.94
199303--199401	42	2.4	43	77	11	100	21	19	22	37	1.94
200242--200351	30	4.0	30	69	20	103	26	30	26	16	1.97
200253--200354	51	2.0	51	100	0	204	27	29	27	15	1.96
203192--203278	2	49.0	2	72	22	52	44	0	0	55	0.99
203191--203280	36	2.6	35	86	10	123	44	0	0	55	0.99
203197--203278	24	3.4	25	71	21	77	45	0	0	54	0.99
204951--205044	31	3.0	31	90	3	127	38	23	18	20	1.93
205970--206029	20	2.9	21	90	7	95	18	26	25	30	1.98
206644--206680	8	4.6	8	96	0	65	16	32	0	51	1.45
221747--222074	111	3.0	111	93	2	558	36	7	10	45	1.68
223582--223616	18	1.9	18	100	0	70	28	28	20	22	1.98
223623--223679	27	2.1	27	83	0	69	17	40	15	26	1.90
223984--224057	3	24.7	3	77	0	58	32	22	35	9	1.87
223984--224038	9	6.1	9	80	0	65	30	21	36	10	1.88
223984--224063	21	3.8	21	88	0	106	32	21	35	11	1.89
225958--225994	18	2.1	18	100	0	74	29	10	27	32	1.90
227962--228072	50	2.2	51	83	6	145	22	28	32	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228386--228422	19	1.9	19	88	0	56	35	27	16	21	1.94
228459--228499	21	2.0	21	85	0	55	24	19	17	39	1.92
228481--228528	20	2.3	20	78	3	51	35	16	18	29	1.93
228515--228587	20	3.7	20	90	0	119	26	27	20	26	1.99
228495--228586	40	2.3	40	86	3	123	29	25	20	25	1.99
228753--228803	22	2.3	22	93	0	84	21	45	13	19	1.85
229244--229314	20	3.5	20	98	0	133	28	19	22	29	1.98
229262--229349	20	4.4	20	86	0	77	20	15	22	40	1.90
229320--229359	20	2.0	20	85	0	53	15	12	20	52	1.74
231189--231257	20	3.5	20	87	0	102	34	24	21	18	1.96
231249--231324	33	2.3	34	88	2	109	46	18	19	15	1.85
231329--231367	19	2.0	20	90	5	62	12	15	20	51	1.76
231373--231440	20	3.4	20	88	8	111	20	20	26	32	1.97
231354--231441	40	2.4	37	81	16	103	19	20	23	36	1.95
231428--231469	20	2.1	20	95	0	75	14	11	23	50	1.76
231372--231460	40	2.2	40	86	4	126	19	17	25	37	1.94
231951--232026	21	3.6	21	75	7	82	22	35	18	23	1.96
231946--232067	42	2.9	42	77	0	118	22	32	18	25	1.97
233593--233670	20	3.9	20	80	6	77	44	24	16	14	1.84
233593--233670	40	2.0	40	82	5	95	44	24	16	14	1.84
233709--233845	20	6.8	20	93	0	211	27	21	20	30	1.98
233816--234098	140	2.0	140	97	0	539	43	15	13	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235380--235409	16	1.9	16	93	6	53	23	16	20	40	1.91
237610--237663	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
237610--237677	24	2.8	24	81	0	64	38	20	16	25	1.92
238523--238573	21	2.4	21	90	0	84	21	9	25	43	1.83
238482--238632	20	7.4	20	78	7	110	25	17	25	31	1.97
249931--249968	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
253968--254047	31	2.6	31	87	0	115	45	1	2	51	1.22
253968--254047	11	7.7	10	72	14	56	45	1	2	51	1.22
256706--257116	201	2.0	203	97	1	783	29	9	10	50	1.68
257923--258303	41	9.3	41	84	3	355	26	22	20	30	1.98
257923--258305	123	3.1	122	83	4	441	26	22	20	30	1.98
258122--258331	41	5.1	41	87	4	194	25	27	20	26	1.99
259314--259352	2	19.5	2	89	0	60	0	53	0	46	1.00
262328--262381	26	2.1	26	100	0	108	18	18	11	51	1.74
263228--263751	43	12.2	42	83	3	647	24	24	18	32	1.97
265766--265851	15	5.7	15	81	0	91	37	5	18	38	1.75
265982--266050	24	2.9	24	82	2	86	18	26	26	28	1.98
268677--268768	31	3.0	31	83	0	112	27	18	22	31	1.97
269932--269966	13	2.7	13	95	0	61	37	0	0	62	0.95
274389--274461	30	2.4	31	80	13	80	30	21	8	39	1.83
275965--275990	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
277069--277098	15	2.0	15	100	0	60	40	0	20	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284748--284773	13	2.0	13	100	0	52	38	23	23	15	1.92
295233--295273	20	2.0	20	90	0	64	65	2	0	31	1.05
312529--312601	20	3.6	19	81	9	58	39	9	16	34	1.81
313883--313927	18	2.5	18	92	0	72	26	31	8	33	1.87
317204--317585	190	2.0	190	91	3	617	35	13	11	39	1.82
317875--318040	77	2.2	77	84	3	212	43	12	12	32	1.79
318077--318855	199	3.9	200	81	5	859	40	13	11	33	1.82
319289--319453	85	1.9	85	84	4	217	35	19	12	33	1.89
322432--322465	17	2.0	17	100	0	68	29	41	11	17	1.85
330542--330660	3	39.7	3	93	0	202	34	2	0	63	1.08
331085--331140	19	2.8	20	77	17	64	66	14	19	0	1.26
332762--332799	15	2.8	13	88	11	51	23	5	2	68	1.23
343399--343471	1	73.0	1	72	0	56	86	0	13	0	0.58
343395--343471	13	5.9	13	82	15	81	84	0	15	0	0.62
343396--343470	16	4.8	16	81	14	93	85	0	14	0	0.60
343396--343470	10	7.2	10	80	14	89	85	0	14	0	0.60
343396--343467	31	2.3	31	83	13	94	84	0	15	0	0.62
343400--343471	21	3.5	20	87	9	92	86	0	13	0	0.58
344607--346036	83	17.2	83	93	1	2298	27	13	21	37	1.91
346765--347317	110	5.0	112	91	4	852	38	13	18	29	1.89
346765--347317	223	2.5	223	90	4	850	38	13	18	29	1.89
347628--347745	3	39.3	3	78	13	127	34	4	0	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347629--347745	43	2.6	44	86	10	157	35	4	0	60	1.16
348186--348589	204	2.0	200	97	2	756	43	25	17	14	1.86
350832--350873	22	2.0	20	82	13	50	21	9	16	52	1.72
353656--353746	21	4.4	21	72	8	78	30	16	24	28	1.96
356461--356821	199	1.8	199	84	3	503	41	13	9	35	1.77
356743--357225	131	3.7	131	86	1	630	42	12	11	33	1.78
359504--359554	26	2.0	26	92	0	84	15	5	25	52	1.65
365508--365546	17	2.2	17	86	4	51	33	10	25	30	1.89
365912--366573	256	2.5	251	84	10	825	40	18	12	28	1.87
371918--371964	25	1.9	24	86	4	67	42	6	2	48	1.40

Tables:   1   2   3