genome.fa.s8418.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008418.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111198_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  855397

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3339--3591	30	8.4	30	98	0	479	32	24	19	23	1.98
3577--3669	31	3.0	31	79	3	98	34	21	17	26	1.95
3978--4015	20	1.9	20	89	10	60	34	21	0	44	1.52
4020--4053	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7901--8153	30	8.4	30	98	0	479	32	24	19	23	1.98
8139--8231	31	3.0	31	79	3	98	34	21	17	26	1.95
8539--8576	20	1.9	20	89	10	60	34	21	0	44	1.52
8581--8609	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
13013--13051	21	1.9	20	89	5	60	12	0	20	66	1.24
23219--23257	21	1.9	20	84	5	51	10	0	20	69	1.17
28658--28936	81	3.5	81	83	3	341	29	22	12	35	1.91
28939--29258	68	5.0	58	78	15	280	25	24	17	32	1.97
28997--29281	68	4.2	68	95	0	498	28	24	16	30	1.97
29497--29643	55	2.7	55	89	4	208	32	17	13	36	1.89
33462--33752	81	3.6	81	87	0	377	28	24	12	35	1.91
33702--34095	68	5.8	68	89	0	594	30	24	14	30	1.95
33702--34093	203	1.9	203	91	1	642	29	24	15	30	1.95
34302--34451	55	2.7	55	85	2	203	34	18	11	36	1.86
38345--38369	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
41275--41301	13	2.1	13	100	0	54	70	7	0	22	1.12
42112--42192	21	3.9	21	95	1	146	33	24	24	17	1.96
42162--42225	33	2.0	32	87	9	94	37	26	20	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44404--44479	4	19.0	4	86	0	71	39	0	11	48	1.40
44404--44479	10	7.6	10	84	0	71	39	0	11	48	1.40
44404--44479	14	5.4	14	88	0	71	39	0	11	48	1.40
44431--44720	4	75.8	4	87	8	399	26	0	23	49	1.50
46415--46676	130	2.0	130	100	0	524	42	19	16	22	1.89
49217--49244	7	4.0	7	100	0	56	14	14	28	42	1.84
50407--50469	19	3.3	19	76	8	65	47	15	15	20	1.82
50413--50471	31	1.9	31	82	6	75	47	15	16	20	1.83
54601--54736	59	2.3	59	81	6	141	24	30	25	19	1.98
55874--56611	375	2.0	361	95	4	1325	34	14	21	30	1.93
58930--58964	16	2.2	16	100	0	70	25	11	11	51	1.71
61662--62731	534	2.0	534	99	0	2122	36	13	21	29	1.91
65721--65758	20	1.9	20	88	0	58	26	34	26	13	1.93
65809--65851	18	2.4	18	85	11	61	39	2	0	58	1.11
65810--65851	9	4.7	9	82	5	50	40	2	0	57	1.12
71740--73009	106	12.0	106	90	1	1917	33	24	17	23	1.96
73461--73496	3	12.0	3	93	0	63	33	2	0	63	1.08
76467--76508	21	2.0	21	85	0	57	38	33	0	28	1.58
79393--79489	23	4.2	23	90	0	158	25	21	29	22	1.99
82315--82342	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
85194--85219	12	2.2	12	100	0	52	30	15	11	42	1.82
87869--87931	25	2.7	24	76	9	58	50	9	3	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88323--88355	17	1.9	17	93	0	57	21	15	42	21	1.89
89098--89155	23	2.4	25	91	5	93	58	3	6	31	1.41
89166--89241	38	2.0	38	94	0	134	30	11	19	38	1.88
89420--89506	45	1.9	45	83	0	111	27	9	22	40	1.85
90365--90505	45	3.1	45	76	7	142	28	21	9	41	1.83
90597--90719	64	1.9	64	91	0	201	29	22	13	34	1.92
91010--91348	55	6.3	54	81	5	357	27	19	17	35	1.94
91318--91708	54	7.3	54	88	1	581	31	19	18	29	1.96
91287--91706	160	2.6	161	86	7	593	31	19	18	30	1.96
91321--91707	214	1.8	214	90	1	632	32	19	18	29	1.96
92050--92090	22	1.9	21	95	5	73	29	17	14	39	1.89
92053--92097	22	2.2	21	84	11	58	28	17	17	35	1.93
92126--92179	20	2.7	19	83	8	72	20	29	16	33	1.95
92168--92215	21	2.3	21	92	0	87	31	16	20	31	1.95
95034--95157	35	3.5	35	78	12	153	37	17	17	27	1.93
95062--95175	36	3.2	37	78	15	148	36	18	18	26	1.94
95035--95175	72	2.0	72	94	0	246	36	17	18	26	1.93
99613--99653	20	2.0	20	95	0	73	24	19	21	34	1.97
99617--99662	20	2.3	20	84	0	56	26	23	19	30	1.98
101296--101338	17	2.5	17	84	3	50	55	9	0	34	1.32
118410--118538	16	7.6	16	67	20	66	72	0	5	21	1.10
118412--118568	28	6.2	24	70	24	85	72	0	5	21	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118488--118533	22	2.1	21	84	11	58	76	0	4	19	0.96
118496--118565	7	9.7	7	72	10	52	75	0	2	21	0.93
119888--119991	34	3.0	35	81	7	113	48	3	3	44	1.39
120042--120145	38	2.8	36	76	9	93	45	10	3	40	1.57
120794--121177	159	2.4	158	83	7	459	25	17	25	31	1.97
120732--121073	83	4.1	84	83	1	366	24	18	24	32	1.97
120996--121151	75	2.1	76	90	1	242	23	16	27	32	1.96
121187--121897	124	5.9	124	85	7	978	25	18	24	31	1.97
121538--121755	108	2.0	109	92	0	366	23	19	24	32	1.98
121417--121879	232	2.0	230	91	3	752	25	18	24	31	1.97
123115--123371	96	2.7	95	83	4	275	30	20	17	31	1.95
125982--126030	8	6.6	7	78	21	55	69	0	6	24	1.11
126052--126088	13	2.7	13	91	8	56	78	0	0	21	0.75
126047--126086	18	2.2	18	86	8	55	77	0	0	22	0.77
126046--126102	14	4.3	13	79	14	55	78	0	1	19	0.83
127345--127374	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
127391--127430	3	13.3	3	84	10	55	65	2	0	32	1.06
127392--127430	16	2.4	17	86	8	62	64	2	0	33	1.08
127393--127450	22	2.6	21	86	8	71	58	3	1	36	1.25
127434--127777	37	9.7	32	74	19	187	44	6	3	44	1.49
127434--127788	35	10.0	34	78	16	284	45	7	3	44	1.48
127434--127784	36	9.8	38	75	17	188	44	7	3	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129343--129477	36	3.6	38	74	14	104	43	3	8	43	1.53
129332--129477	38	3.9	36	80	9	134	42	3	8	45	1.50
129359--129477	39	3.1	38	78	16	129	42	4	8	44	1.54
138384--138472	31	2.9	29	71	17	72	32	17	1	48	1.55
140781--140812	16	2.0	16	100	0	64	31	18	6	43	1.75
144376--144407	16	2.0	16	100	0	64	31	18	6	43	1.75
147974--148005	16	2.0	16	100	0	64	31	18	6	43	1.75
149727--149784	29	2.0	29	90	6	91	44	13	8	32	1.75
151465--151512	2	24.0	2	95	0	87	47	0	0	52	1.00
152917--152970	17	3.1	16	71	19	54	27	18	5	48	1.70
152909--153352	123	3.7	121	89	4	629	25	19	14	40	1.89
154485--154525	21	2.0	21	95	0	73	58	7	7	26	1.51
154923--154962	16	2.4	16	95	4	71	12	15	0	72	1.12
154913--154955	22	2.0	22	95	0	77	11	11	0	76	1.02
154918--154955	6	6.7	6	85	11	53	10	13	0	76	1.02
162298--162329	15	2.1	15	94	0	55	46	6	21	25	1.74
165358--165410	24	2.2	23	78	15	54	66	1	3	28	1.20
165379--165432	28	2.0	27	85	3	72	59	0	7	33	1.25
167920--167990	19	3.7	18	71	17	54	1	19	7	71	1.16
167920--167976	20	2.8	20	78	7	62	1	21	7	70	1.20
168462--168535	3	24.7	3	100	0	148	66	0	0	33	0.92
168722--169418	116	6.1	116	91	4	990	30	19	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169990--170287	130	2.3	130	98	0	578	36	22	13	26	1.92
170199--170755	52	10.7	52	97	0	1042	37	24	14	23	1.92
171537--171582	19	2.6	18	90	10	69	54	6	6	32	1.52
171555--171591	16	2.3	16	90	0	56	54	5	8	32	1.53
181239--181276	20	2.0	20	89	5	60	2	13	7	76	1.11
181783--181817	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
181997--182028	15	2.1	16	94	5	57	56	0	3	40	1.15
184473--184521	4	12.0	4	89	8	73	2	26	0	71	0.97
190926--191044	59	2.0	58	91	1	193	63	15	5	15	1.47
192559--192730	57	3.0	57	91	0	263	34	31	19	13	1.91

Tables:   1   2   3   4