genome.fa.s8433.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008433.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  451884

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4940--5604	105	6.4	104	93	2	1079	33	26	17	22	1.96
5920--5948	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
7261--7304	21	2.1	21	83	8	54	15	15	0	68	1.22
7310--7361	20	2.6	19	80	16	61	28	1	1	67	1.12
8087--8341	112	2.3	112	90	1	404	27	13	13	45	1.81
8813--8894	25	3.1	25	75	13	92	39	0	6	54	1.25
9843--9884	16	2.7	15	85	14	50	33	4	2	59	1.31
11006--11087	41	2.0	41	100	0	164	34	19	19	26	1.96
13611--13754	74	2.0	73	83	1	180	27	21	18	32	1.97
14165--14227	12	5.8	11	74	22	62	1	42	12	42	1.52
14165--14227	33	1.9	33	93	0	108	1	42	12	42	1.52
28296--28404	40	2.7	41	85	5	132	29	22	17	31	1.96
29311--29354	21	2.0	21	83	12	54	45	6	18	29	1.75
29430--29754	83	4.0	83	89	3	466	41	12	4	41	1.63
36477--36527	26	2.0	26	84	7	68	45	3	17	33	1.67
50146--50240	47	2.0	47	100	0	190	35	14	20	29	1.92
52757--52794	16	2.3	17	81	4	51	31	5	2	60	1.33
53353--53392	21	1.9	21	89	0	62	12	27	30	30	1.93
55942--55987	24	2.0	23	82	4	56	52	0	2	45	1.13
56363--56422	3	19.7	3	82	3	66	0	56	0	43	0.99
58631--58668	19	2.0	19	89	0	58	31	0	13	55	1.38
58588--58730	76	1.9	76	84	7	193	28	1	11	58	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58644--58705	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
58686--58807	64	1.9	64	88	8	187	28	0	15	55	1.40
59746--59783	20	1.9	19	94	5	67	21	42	23	13	1.88
65549--65604	19	2.8	20	86	7	80	26	32	25	16	1.96
69060--69125	22	3.0	21	70	16	53	25	3	1	69	1.11
71526--71714	95	2.0	95	98	0	369	38	26	14	20	1.91
74794--77473	537	5.0	537	97	0	4917	32	16	15	35	1.91
79300--79339	18	2.2	18	100	0	80	27	10	47	15	1.77
80593--80710	49	2.4	49	86	0	173	38	15	16	28	1.89
82907--82986	17	4.6	17	79	3	70	41	7	10	41	1.67
83192--83236	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
89111--89175	29	2.2	28	82	12	78	61	12	10	15	1.56
89933--89999	3	21.7	3	85	11	91	64	1	0	34	1.03
92235--92260	3	8.7	3	100	0	52	0	30	34	34	1.58
105725--105901	60	3.0	59	82	5	196	31	22	6	40	1.78
106908--106949	20	2.2	19	84	12	59	30	28	2	38	1.70
109038--109070	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
113235--113272	20	1.9	20	88	0	58	5	2	21	71	1.19
115402--115958	276	2.0	278	98	1	1075	30	22	17	29	1.97
116977--117086	43	2.6	43	91	0	166	30	24	17	28	1.97
117810--117866	28	2.0	28	100	0	114	29	3	7	59	1.40
117810--117882	28	2.4	30	84	13	105	30	2	8	58	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119009--119038	10	2.8	11	95	5	53	56	13	0	30	1.37
125141--125217	30	2.5	32	78	6	86	28	10	15	45	1.79
125809--125879	25	3.0	23	80	19	76	45	4	0	50	1.21
125821--125879	21	2.6	22	85	15	84	42	5	0	52	1.23
125832--125918	28	3.3	26	82	7	88	41	3	0	55	1.17
125832--125897	25	2.6	24	81	13	80	42	3	0	54	1.15
138531--138583	21	2.5	21	78	6	63	20	24	18	35	1.95
138573--138624	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
138610--138707	41	2.4	41	89	0	142	38	22	17	21	1.93
138613--138707	20	4.7	20	74	11	77	36	23	17	22	1.95
138873--138923	22	2.3	22	93	0	84	19	43	15	21	1.88
139200--139258	20	3.0	20	84	0	64	16	16	22	44	1.87
139395--139449	25	2.2	24	78	15	58	20	7	18	54	1.66
141177--141244	20	3.5	20	81	2	75	38	22	23	16	1.93
141197--141300	33	2.8	35	76	21	97	44	20	22	13	1.86
141217--141284	33	2.1	33	97	0	127	48	19	19	13	1.81
141232--141284	14	3.4	14	72	22	52	50	18	18	11	1.76
141247--141295	20	2.5	19	90	3	71	53	16	18	12	1.73
141307--141370	14	4.3	14	73	19	58	9	14	23	53	1.69
141314--141382	33	2.1	33	97	0	129	11	15	21	50	1.76
141373--141426	20	2.7	20	91	0	72	14	20	24	40	1.90
141393--141451	20	3.0	20	79	0	64	18	15	25	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141792--141852	21	3.0	20	73	7	68	22	42	13	21	1.87
141790--141881	43	2.2	42	86	2	130	21	42	15	20	1.89
143289--143327	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
143454--143507	14	3.5	14	75	22	54	46	20	22	11	1.82
143511--143572	20	3.2	19	86	4	70	17	20	17	43	1.88
143537--143616	20	4.1	20	95	1	144	21	30	18	30	1.97
146948--147025	41	1.9	41	91	0	129	20	16	25	37	1.93
146888--147022	20	6.7	20	81	5	119	23	17	26	31	1.97
146948--147043	41	2.3	41	85	3	122	19	19	25	35	1.96
147052--147104	21	2.5	22	78	6	65	35	16	24	22	1.95
149832--149913	15	5.5	15	83	2	103	37	6	18	37	1.76
149832--149913	30	2.8	30	90	1	121	37	6	18	37	1.76
149896--149966	20	3.5	20	92	0	124	39	8	14	38	1.76
150144--150268	26	4.8	25	70	19	85	51	1	0	46	1.16
150238--150274	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
150198--150294	47	2.0	49	84	11	130	49	1	1	48	1.14
150203--150307	28	3.7	28	75	13	83	48	0	0	49	1.14
150483--150602	42	2.9	42	97	0	222	44	18	20	16	1.87
163448--163516	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
164643--164676	17	2.0	17	88	0	50	52	29	5	11	1.61
174363--174416	27	2.1	25	90	10	83	16	9	3	70	1.28
180716--180765	26	1.9	26	92	8	84	16	10	4	70	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180908--180957	18	2.8	18	100	0	100	50	16	4	30	1.63
184285--184335	25	1.9	28	84	11	72	56	29	3	9	1.49
184266--184337	26	2.6	27	76	12	76	55	31	4	8	1.49
185066--185098	13	2.3	15	85	15	52	21	0	3	75	0.93
185054--185097	23	2.0	23	86	4	63	18	2	2	77	0.98
185305--185365	30	2.0	30	87	6	88	19	13	1	65	1.34
190421--191139	165	4.4	165	97	0	1339	29	25	22	22	1.99
191792--191843	26	2.0	27	84	3	70	42	1	5	50	1.37
191755--191832	37	2.1	37	83	11	97	43	3	6	46	1.47
191759--191848	38	2.4	35	78	12	83	46	3	5	44	1.43
191768--191850	35	2.4	33	77	15	80	45	2	4	46	1.37
191829--191894	4	17.5	4	78	12	50	30	0	0	69	0.88
191852--191892	13	3.2	13	76	16	50	21	0	0	78	0.76
191848--191891	17	2.8	15	80	10	52	22	0	0	77	0.77
192268--192318	25	1.9	28	84	11	72	56	29	3	9	1.49
192249--192320	26	2.6	27	76	12	76	55	31	4	8	1.49
194651--194684	15	2.2	16	89	5	52	61	0	5	32	1.20
194836--194897	27	2.3	27	91	2	97	46	16	14	22	1.83
196847--196924	23	3.3	24	78	7	88	35	21	17	24	1.95
196856--196922	23	3.0	22	84	6	89	29	23	19	26	1.98
197098--197131	16	2.2	15	89	5	50	50	14	2	32	1.58
205330--205366	16	2.3	16	100	0	74	10	43	0	45	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207818--207873	17	3.1	18	77	12	53	57	0	3	39	1.16
207820--207875	18	3.1	19	80	12	64	57	0	5	37	1.22
208430--208599	32	5.2	32	66	11	92	40	29	10	19	1.85
210606--210668	23	2.7	24	80	4	76	23	20	9	46	1.80
213637--213684	21	2.3	21	92	0	78	27	16	12	43	1.84
223751--223808	29	2.0	30	86	3	82	36	8	12	43	1.73
224816--224891	24	3.3	23	76	14	77	7	17	19	55	1.66
224832--224889	20	2.7	20	84	10	62	8	18	18	53	1.70
224831--224891	10	5.7	10	73	21	52	8	18	19	54	1.68
226149--227037	30	29.7	30	78	1	789	22	42	7	27	1.81

Tables:   1   2   3