genome.fa.s8433.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008433.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  451884

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 283 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228039--228083	20	2.2	20	84	0	54	64	0	2	33	1.06
228877--228979	30	3.4	30	72	10	84	60	26	10	2	1.44
231231--231480	48	5.3	48	83	4	296	25	6	48	19	1.72
231278--231469	93	2.1	93	93	0	330	26	7	47	18	1.74
231438--231509	30	2.4	30	90	2	119	29	4	48	18	1.66
231393--231557	78	2.1	78	90	1	260	26	5	49	19	1.70
231252--231691	219	2.0	220	87	1	639	26	5	47	20	1.72
231471--231820	48	7.3	48	85	1	423	26	4	48	21	1.69
231348--231595	126	2.0	123	92	2	415	27	6	47	19	1.74
231564--231649	27	3.4	26	64	18	65	29	3	45	22	1.69
231297--231653	174	2.1	171	88	2	518	26	5	47	20	1.72
231471--231820	144	2.4	144	86	0	486	26	4	48	21	1.69
231756--231852	27	3.8	26	69	15	78	28	4	43	23	1.72
231807--231871	27	2.4	27	89	0	94	27	6	43	23	1.77
233066--233098	16	2.1	16	94	0	57	60	15	0	24	1.35
234365--234420	20	2.7	20	86	5	76	30	0	26	42	1.56
234389--234459	7	10.4	7	78	3	65	21	0	32	46	1.51
234371--234447	20	3.8	21	77	5	79	25	0	29	44	1.55
234532--234621	14	6.5	14	75	6	67	21	1	31	46	1.58
234552--234611	21	2.9	21	80	5	68	23	0	25	51	1.48
234546--234621	28	2.7	27	76	6	82	21	0	30	48	1.50
238308--238416	42	2.6	42	80	0	119	21	33	22	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238395--238434	21	1.9	21	94	0	71	17	37	22	22	1.94
238389--238440	21	2.5	20	84	12	68	17	34	25	23	1.96
238958--239030	34	2.1	34	94	0	128	53	6	4	35	1.47
239242--239341	23	4.6	23	66	16	70	35	20	1	44	1.58
239222--239346	63	2.0	63	98	0	241	36	22	0	40	1.60
243098--243139	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
245638--245662	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
247044--247556	147	3.5	147	81	3	476	23	40	7	27	1.82
247360--247484	57	2.1	59	85	7	166	25	42	7	24	1.80
247394--247487	27	3.4	27	73	4	89	26	42	7	23	1.80
247012--247520	30	17.1	30	77	5	397	22	41	7	28	1.80
247399--247520	57	2.1	57	83	0	145	28	40	6	23	1.79
250542--250597	21	2.7	21	77	0	67	21	3	58	16	1.52
250501--250645	69	2.1	69	89	0	218	22	4	52	20	1.65
250206--250570	48	7.6	48	88	0	487	25	5	49	19	1.70
250398--250738	165	2.1	165	87	1	486	23	4	51	20	1.66
250563--250869	48	6.3	48	81	1	227	24	4	49	21	1.68
250446--250687	117	2.1	117	87	1	342	22	4	52	21	1.64
250563--250837	144	1.9	144	80	0	325	24	5	50	20	1.68
250563--250837	96	2.9	97	80	1	275	24	5	50	20	1.68
253443--253532	29	3.1	29	86	0	126	44	16	5	33	1.71
253399--253532	29	4.6	30	77	9	125	48	16	5	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260613--260770	29	5.4	29	84	5	176	48	15	4	32	1.65
262551--262708	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
262676--262909	20	11.6	20	85	6	74	34	27	19	18	1.95
262676--262908	40	5.8	40	88	3	308	34	27	19	18	1.95
262695--262908	60	3.5	60	89	1	304	33	28	19	19	1.96
263288--263344	14	3.7	14	70	20	51	8	26	21	43	1.81
263278--263348	33	2.2	33	94	0	124	9	25	18	46	1.79
263447--263503	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
263439--263519	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
263564--263628	21	3.1	21	84	4	96	10	23	15	50	1.75
263520--263626	19	5.7	20	76	15	104	11	21	18	48	1.79
265554--265701	19	8.3	19	79	15	154	46	27	16	8	1.77
265627--265685	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
265572--265701	33	3.8	33	88	5	179	46	27	17	7	1.75
265570--265701	52	2.5	51	75	8	158	47	27	17	7	1.74
265697--265836	19	7.6	19	78	8	146	12	20	22	45	1.83
265719--265818	33	2.8	35	88	7	132	10	21	23	46	1.81
265702--265801	52	1.9	52	89	0	155	11	20	21	48	1.80
269551--269597	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
270303--270480	20	8.9	20	91	0	221	20	18	26	34	1.95
270309--270480	40	4.3	39	91	5	247	20	18	26	34	1.96
270467--270518	20	2.6	20	81	6	61	13	19	25	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270303--270499	60	3.3	60	86	2	245	19	18	26	36	1.94
270911--270950	18	2.2	18	86	0	53	45	15	2	37	1.59
274167--274211	23	2.0	23	81	0	54	28	17	20	33	1.95
274219--274263	23	2.0	23	86	0	63	24	37	13	24	1.91
274666--274718	15	3.5	15	75	10	63	47	11	11	30	1.74
274652--274726	30	2.5	30	93	0	123	45	14	14	25	1.83
286373--286454	21	3.9	21	76	9	69	23	1	26	48	1.58
286528--286573	23	2.0	23	82	4	56	41	2	4	52	1.33
295846--295875	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
298540--298605	30	2.2	30	100	0	132	16	19	25	37	1.93
316644--316721	36	2.2	36	97	0	147	42	8	12	35	1.75
324934--324975	21	2.0	21	86	9	59	4	19	2	73	1.12
327251--327293	18	2.4	18	88	3	61	39	0	2	58	1.11
329278--329345	25	2.7	25	79	6	75	42	1	5	50	1.35
329527--329569	22	2.0	21	86	9	59	55	4	2	37	1.33
337862--337902	22	1.9	22	90	5	66	39	7	9	43	1.65
338245--338368	44	2.8	44	91	6	198	41	7	21	29	1.80
341527--341637	16	6.9	16	66	18	61	49	0	0	48	1.13
341592--341828	120	2.0	120	81	4	286	47	8	6	37	1.58
343241--343287	18	2.8	18	75	12	55	59	0	0	40	0.97
343247--343299	21	2.3	24	75	18	58	62	0	0	37	0.96
343936--344501	113	5.0	113	90	0	819	27	18	15	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343612--344493	339	2.7	327	86	5	1165	28	18	14	38	1.90
345192--345411	114	1.9	114	91	0	359	30	20	15	34	1.93
346097--346123	6	4.5	6	100	0	54	0	33	0	66	0.92
358974--359022	3	16.0	3	79	12	55	63	0	0	36	0.95
358967--359013	18	2.8	18	75	12	55	59	0	0	40	0.97
359734--359835	30	3.4	30	77	10	118	17	8	15	57	1.63
359830--359946	24	5.0	23	75	9	92	23	15	16	45	1.85
359830--359946	47	2.5	48	84	2	148	23	15	16	45	1.85
360732--360780	25	2.0	25	84	8	64	59	4	10	26	1.48
361251--361317	21	3.2	20	87	6	62	26	7	10	55	1.60
361267--361325	21	2.8	21	97	0	109	27	3	10	59	1.46
362103--362312	37	5.5	37	78	17	214	43	2	6	48	1.41
362103--362270	36	4.1	43	76	18	157	44	2	5	47	1.40
362147--362317	36	4.7	35	80	11	191	45	2	7	45	1.43
362286--362343	23	2.4	24	85	8	73	46	1	6	44	1.40
362309--362417	48	2.4	44	81	14	123	44	2	4	47	1.37
363651--363708	22	2.8	20	75	12	53	24	3	3	68	1.20
371298--371493	99	2.0	99	100	0	392	27	12	18	40	1.87
376135--376234	21	4.8	21	68	15	73	36	19	21	24	1.95
376200--376455	20	12.6	20	71	11	139	38	21	18	21	1.93
376200--376452	41	6.2	41	80	7	261	38	21	18	21	1.93
377311--377364	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
379795--379883	20	4.4	20	78	16	103	37	23	20	19	1.94
379795--379883	40	2.2	40	84	4	117	37	23	20	19	1.94
380095--380131	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
381479--381579	42	2.4	42	76	3	105	22	18	35	22	1.96
382067--382165	20	4.9	20	92	0	162	38	18	20	23	1.93
382200--382243	19	2.3	19	92	0	70	11	15	29	43	1.82
382209--382245	19	1.9	19	100	0	74	5	16	29	48	1.68
382210--382258	19	2.6	19	90	0	71	6	20	24	48	1.72
382380--382759	94	4.1	94	95	1	656	47	18	12	21	1.82
384324--384851	82	6.4	81	76	8	325	29	17	17	35	1.93

Tables:   1   2   3