genome.fa.s8442.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008442.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111244_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  816021

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141627--141700	21	3.5	21	68	17	64	36	20	16	27	1.93
141614--141716	42	2.5	42	83	10	131	33	22	19	24	1.97
141614--141721	20	5.2	20	65	14	58	33	23	18	25	1.97
141860--141964	42	2.5	42	89	1	149	34	20	19	25	1.96
142383--142489	42	2.6	41	77	2	124	32	21	19	26	1.97
141343--142608	251	5.0	253	88	3	1692	34	17	14	33	1.90
144918--144952	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
144940--145152	97	2.2	97	82	5	277	32	17	14	35	1.90
149839--149880	15	2.6	16	82	17	52	61	0	4	33	1.17
151723--151769	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
153576--153613	20	1.9	20	88	0	58	39	2	2	55	1.28
162581--162616	8	4.5	8	100	0	72	25	50	13	11	1.75
164815--165087	136	2.0	136	99	0	537	28	27	19	25	1.98
165284--165325	19	2.2	19	95	0	75	30	30	16	21	1.95
172859--172892	13	2.6	13	90	0	50	67	5	23	2	1.26
173291--173319	14	2.0	15	93	6	51	27	3	20	48	1.66
173910--173966	24	2.5	22	78	18	62	21	1	14	63	1.39
174698--174723	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
176544--176587	12	3.8	12	84	3	63	34	31	9	25	1.87
179204--179330	43	3.0	43	95	0	218	21	19	19	39	1.93
179433--179461	15	1.9	15	100	0	58	48	20	3	27	1.66
180722--180763	21	2.0	21	100	0	84	19	28	33	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182122--182164	10	4.1	11	82	8	54	53	2	0	44	1.13
182122--182200	20	3.8	21	72	14	56	50	1	2	45	1.23
182574--183071	41	12.2	41	85	2	574	34	19	18	27	1.95
183821--183970	29	5.1	30	76	10	141	19	11	10	59	1.59
183827--183969	59	2.4	59	85	1	198	19	11	10	58	1.61
183778--183948	88	1.9	88	89	2	263	19	11	9	59	1.59
184990--185020	15	2.1	15	100	0	62	51	6	12	29	1.65
186802--186851	15	3.3	15	97	0	91	44	14	28	14	1.83
187476--187530	27	2.0	27	100	0	110	21	25	18	34	1.96
192715--192811	48	2.0	48	97	0	185	43	11	7	38	1.68
196413--196456	18	2.4	18	92	0	70	20	20	43	15	1.88
206017--206047	11	2.7	11	95	5	53	87	0	12	0	0.55
211806--211887	22	3.3	26	70	23	68	65	9	8	15	1.45
211773--211907	51	2.7	50	86	6	202	60	11	10	17	1.57
211773--211908	49	2.7	49	87	5	202	60	11	10	18	1.58
213441--213557	40	2.9	39	84	5	153	30	22	21	25	1.98
213527--214180	203	3.2	200	84	3	810	27	20	18	33	1.96
214029--214336	161	1.9	161	89	1	483	27	22	16	33	1.95
214223--214581	182	2.0	182	89	1	558	27	19	20	32	1.97
214811--214852	17	2.5	17	100	0	84	19	26	4	50	1.67
219341--219479	24	5.8	24	89	3	190	39	19	14	26	1.90
219419--219483	12	5.4	12	71	20	55	40	20	10	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219352--219496	72	2.0	72	81	5	168	43	18	12	25	1.85
224149--224241	24	3.9	24	87	5	125	39	17	16	26	1.90
224133--224243	24	4.6	24	81	8	109	40	17	14	27	1.88
224157--224256	24	4.2	24	83	7	80	43	17	13	27	1.85
224211--224262	24	2.2	24	82	0	59	50	17	7	25	1.72
231221--231259	13	2.8	14	84	11	53	74	5	10	10	1.21
231605--231760	51	3.0	51	87	2	206	60	9	10	19	1.57
232575--232599	12	2.1	12	100	0	50	8	40	0	52	1.31
233984--234102	51	2.3	51	86	0	139	21	9	12	56	1.64
234029--234120	24	3.7	22	69	24	60	20	6	11	60	1.53
234005--234152	51	2.9	50	84	8	174	20	6	11	62	1.50
236159--236655	251	2.0	245	90	3	789	32	13	13	39	1.85
238706--238738	12	2.8	12	90	0	57	42	39	3	15	1.62
243070--243117	24	2.0	24	95	0	87	35	37	16	10	1.83
244868--244900	16	2.1	16	94	0	57	27	3	18	51	1.60
253459--253483	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
255240--255729	260	1.9	262	83	5	650	30	14	20	34	1.93
256203--256383	38	4.7	39	73	7	147	37	13	23	25	1.92
256841--257430	45	13.2	45	81	3	589	41	19	16	23	1.90
257639--257676	19	2.0	20	89	5	60	36	2	26	34	1.71
258933--258961	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
258930--259011	13	6.1	13	72	22	62	2	23	0	74	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258951--259019	26	2.6	27	80	13	72	2	20	0	76	0.91
268045--268656	234	2.6	233	87	2	868	33	16	18	32	1.93
268654--268752	42	2.4	42	83	5	130	26	19	24	30	1.98
269142--269222	42	2.0	41	87	2	117	24	20	20	33	1.97
268657--270261	234	6.9	234	84	3	1938	33	16	17	33	1.92
270988--271136	75	2.0	75	95	0	271	37	32	12	17	1.88
273065--273157	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
273065--273157	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
273084--273218	41	3.3	41	84	4	148	37	21	20	20	1.94
273146--273239	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
273427--273470	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
275006--275050	18	2.5	18	85	0	63	26	46	15	11	1.79
275523--275588	19	3.4	19	81	4	78	37	24	22	15	1.92
276181--276273	20	4.6	20	78	7	80	25	17	25	31	1.97
276263--276355	20	4.5	21	75	4	91	17	23	17	41	1.89
276202--276336	41	3.3	41	82	4	130	20	20	20	39	1.93
276263--276355	41	2.3	41	94	0	168	17	23	17	41	1.89
276721--277080	131	2.7	131	89	1	508	30	12	16	40	1.85
279065--279100	18	2.0	18	88	0	54	61	0	0	38	0.96
280736--280788	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
281050--281087	18	2.1	18	90	0	58	60	5	0	34	1.19
281416--281457	17	2.3	18	80	12	50	33	4	0	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281625--281802	60	3.0	59	69	12	139	34	20	6	38	1.79
287131--287179	3	16.3	3	95	0	89	63	0	36	0	0.95
297783--297823	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
299037--299083	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
302144--302168	11	2.3	11	100	0	50	32	8	24	36	1.84
302535--302581	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
302322--302787	183	2.6	180	86	4	622	42	14	16	26	1.86
304918--304978	19	3.2	19	88	0	86	40	11	27	19	1.86
305012--305073	32	2.0	32	84	6	83	32	0	45	22	1.53
306365--306597	117	2.0	116	96	3	432	39	12	17	30	1.86
306925--306970	18	2.6	18	89	6	67	34	2	8	54	1.43
307199--308140	197	4.8	200	90	6	1445	35	14	18	30	1.92
307812--307851	21	2.1	19	86	13	55	42	15	15	27	1.86
312949--313014	23	2.9	23	65	0	60	51	12	19	16	1.75
313999--314024	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
315979--316314	167	2.0	168	96	2	624	30	20	17	30	1.96
326609--326928	139	2.3	137	81	6	371	40	14	15	29	1.87
327831--327883	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
327873--327959	20	4.3	20	79	2	111	37	19	20	21	1.94
327953--327999	20	2.3	20	89	7	69	34	27	17	21	1.95
331287--331382	33	2.9	34	87	3	140	42	20	21	14	1.88
331565--331601	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339072--339111	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
342554--342598	21	2.3	18	81	11	54	24	11	42	22	1.86
343159--343228	20	3.5	20	86	5	79	35	22	20	21	1.96
343170--343226	20	2.8	20	91	2	87	38	19	19	22	1.93
343273--343449	20	9.5	20	77	16	166	19	18	21	41	1.91
343293--343426	33	3.8	34	78	7	126	17	18	21	42	1.89
345282--345355	20	3.7	20	83	0	76	44	22	16	16	1.86
345683--345748	22	3.0	22	81	0	87	22	15	36	25	1.93
345944--346075	20	6.6	20	86	1	192	20	20	18	40	1.92
346077--346119	21	2.0	21	86	0	59	39	16	25	18	1.91

Tables:   1   2   3   4   5