genome.fa.s8459.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008459.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111272_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  632685

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182846--182980	71	1.9	72	86	4	193	31	20	14	34	1.92
182947--183140	102	1.9	103	86	4	275	30	19	11	38	1.87
183472--183555	29	2.9	29	84	10	111	29	11	11	46	1.77
183474--183599	29	4.4	28	73	15	105	30	12	11	45	1.77
183764--183807	15	2.9	15	93	0	70	31	20	4	43	1.72
184221--184709	40	11.6	40	69	18	239	25	31	18	25	1.98
184251--184703	46	10.7	45	70	17	213	25	30	18	25	1.98
184221--184677	128	3.6	129	94	3	802	25	31	18	25	1.98
184851--184903	14	3.6	14	74	16	54	24	3	3	67	1.23
184861--184911	3	18.0	3	76	11	54	31	1	1	64	1.15
184862--184911	17	3.0	17	79	2	57	32	2	2	64	1.16
199491--199963	120	3.9	119	78	4	504	23	23	16	36	1.94
205991--206029	14	2.8	13	85	11	51	41	25	7	25	1.82
208112--208451	173	2.0	169	96	3	628	25	22	20	31	1.98
209976--210111	35	3.9	35	83	3	175	36	19	25	19	1.95
209971--210109	71	2.0	71	91	2	226	38	19	25	17	1.93
211493--211544	2	27.0	2	88	7	81	48	0	0	51	1.00
211490--211544	27	2.0	27	96	0	101	47	0	0	52	1.00
211490--211543	25	2.1	25	93	6	90	46	0	0	53	1.00
211493--211547	17	3.1	17	89	5	83	49	0	0	50	1.00
213209--213269	20	3.3	19	81	9	72	26	4	0	68	1.09
213238--213305	13	5.1	13	71	16	50	33	4	0	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213263--213314	2	27.0	2	79	14	56	42	5	0	51	1.25
213260--213313	21	2.8	20	83	13	69	40	5	0	53	1.24
213259--213309	17	3.1	16	85	5	66	39	5	0	54	1.24
213356--213421	18	3.5	18	74	11	69	28	6	1	63	1.27
213387--213471	44	1.9	45	83	11	113	25	3	1	69	1.12
213578--213625	18	2.7	18	74	3	53	16	12	0	70	1.16
214084--214115	13	2.5	13	100	0	64	18	34	28	18	1.95
223816--223851	16	2.2	16	90	0	54	83	5	11	0	0.80
224855--225114	110	2.4	108	83	7	343	33	25	18	23	1.96
226418--226452	16	2.2	16	94	0	61	34	0	0	65	0.93
226470--226508	14	2.7	14	84	15	53	33	2	0	64	1.08
226493--226539	2	24.0	2	85	12	62	44	4	0	51	1.21
226416--226538	19	6.6	19	75	16	89	35	3	0	60	1.13
226571--226702	37	3.6	37	78	16	132	27	4	0	67	1.15
226804--226837	18	1.9	17	88	5	50	14	11	0	73	1.10
226791--226837	17	2.7	17	78	12	51	17	10	0	72	1.12
226890--226967	19	3.9	19	70	20	61	12	3	6	76	1.11
226881--226923	13	3.1	13	80	12	50	13	2	2	81	0.89
226916--226969	26	2.0	27	82	10	67	12	7	7	72	1.28
230196--230239	16	2.7	16	80	16	54	75	2	0	22	0.92
230189--230254	10	6.8	10	72	20	52	74	3	0	22	0.96
231376--231438	29	2.1	29	83	13	76	41	3	1	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231509--231558	20	2.5	20	81	12	57	22	8	4	66	1.35
241820--241851	15	2.1	16	88	11	50	25	9	9	56	1.61
244057--244133	32	2.4	32	91	2	120	29	10	9	50	1.67
244375--244444	27	2.8	26	79	18	76	35	4	1	58	1.26
244601--244664	31	2.1	31	93	0	110	51	10	10	26	1.70
264450--264572	49	2.5	51	90	5	189	25	24	23	26	2.00
268665--268699	18	1.9	18	94	0	61	25	20	22	31	1.98
270205--270425	110	2.0	111	91	0	363	45	9	9	35	1.69
270556--270591	10	3.5	11	88	11	58	41	0	25	33	1.55
274890--274937	21	2.2	23	85	7	64	54	0	12	33	1.38
281489--281537	24	2.0	24	100	0	98	42	12	24	20	1.86
285208--285275	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
286122--286233	40	2.8	41	81	12	135	38	17	13	30	1.88
286178--286260	19	4.2	19	89	4	112	36	19	8	36	1.82
286178--286291	38	2.9	38	81	7	113	35	18	9	35	1.84
287240--287293	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
287810--287845	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
288089--288154	20	3.3	20	97	0	123	27	21	18	33	1.96
288109--288214	49	2.2	49	86	3	142	29	22	17	30	1.97
288325--288372	25	1.9	25	95	0	87	22	8	22	45	1.79
288761--288797	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
291511--291607	21	4.6	21	80	2	97	20	19	35	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291881--291930	21	2.4	21	82	0	64	32	30	18	20	1.96
293703--293765	20	3.2	20	81	2	74	50	20	15	12	1.77
293772--293826	20	2.8	20	97	0	101	10	12	23	52	1.71
294171--294221	22	2.3	22	93	0	84	21	15	43	19	1.88
295901--296045	74	2.0	74	91	0	236	31	10	8	50	1.66
296572--296664	32	2.9	32	79	7	109	36	16	7	39	1.77
296981--297077	21	4.7	21	88	1	133	21	23	15	39	1.92
297023--297088	20	3.3	19	81	10	69	25	21	16	36	1.94
299855--300126	94	2.9	93	89	3	399	48	17	11	22	1.80
301820--301920	20	5.2	20	84	7	127	46	18	21	12	1.83
301818--301949	19	7.1	19	78	11	148	46	19	21	12	1.83
301961--302017	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
301945--302025	33	2.5	33	93	0	135	9	20	22	46	1.80
302009--302080	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
302637--302972	20	16.5	21	77	8	248	27	20	19	32	1.97
302637--302926	61	4.8	60	74	7	244	26	20	18	34	1.96
302667--302971	164	1.9	164	94	0	538	28	20	19	31	1.97
302612--302951	41	8.3	41	75	8	196	27	20	19	32	1.96
302784--302972	61	3.1	60	77	5	182	30	20	19	30	1.97
303264--303300	17	2.1	17	90	10	56	56	0	0	43	0.99
304826--304862	19	1.9	18	89	10	56	29	5	0	64	1.15
304836--304882	11	3.6	14	81	18	50	29	2	0	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304854--304882	11	2.7	11	94	5	51	27	0	0	72	0.85
304894--304928	19	1.9	18	88	11	54	17	20	0	62	1.32
304922--305045	45	2.7	46	72	9	117	17	5	4	71	1.23
305477--305537	3	20.0	3	78	9	52	37	0	0	62	0.96
305479--305537	26	2.3	26	82	5	66	38	0	0	61	0.96
308179--308203	9	2.8	9	100	0	50	48	0	0	52	1.00
310959--310990	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
318320--318373	1	54.0	1	81	0	54	88	0	9	1	0.58
318320--318362	11	4.0	11	87	6	61	90	0	6	2	0.52
318318--318372	17	3.1	17	89	7	74	87	0	10	1	0.63
318320--318374	21	2.7	21	88	2	76	87	0	10	1	0.63
319602--319995	83	4.6	83	93	3	619	25	12	23	38	1.90
319833--320013	92	2.0	92	91	2	292	27	13	23	35	1.93
320986--321041	20	2.8	20	69	28	55	55	7	19	17	1.65
320759--321394	229	2.8	229	88	3	934	38	14	18	27	1.90
320759--321397	113	5.7	113	89	3	894	38	14	18	28	1.90
327978--328050	18	3.9	18	84	7	101	27	31	20	20	1.97
334852--334910	18	3.2	17	80	17	64	28	28	18	23	1.98
334856--334922	18	3.6	18	78	7	62	32	28	19	19	1.96
337053--337535	84	5.8	83	77	5	447	32	24	18	24	1.97
337145--337535	165	2.4	164	86	3	541	32	24	17	25	1.97
339042--339110	18	3.7	18	90	3	102	21	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345680--345742	30	2.1	30	100	0	126	30	12	11	46	1.77
346024--346092	18	3.7	18	77	7	75	20	20	27	31	1.97
349011--349063	23	2.4	22	81	12	56	26	24	26	22	2.00
349028--349090	23	2.7	23	85	7	74	19	22	30	28	1.98
352932--353152	117	1.9	117	84	5	295	28	14	8	48	1.73
355223--356038	84	9.8	84	79	5	813	31	24	19	25	1.98
355253--356040	164	4.7	165	84	4	976	30	24	19	25	1.98
355223--356038	248	3.3	247	79	5	944	31	24	19	25	1.98
357627--357692	15	4.7	15	75	19	54	24	4	1	69	1.15
357715--357795	27	3.0	28	73	15	80	20	3	3	71	1.17

Tables:   1   2   3   4