genome.fa.s8472.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008472.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111298_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  548252

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 207 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4248--4279	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
9703--9782	3	26.0	3	77	5	79	57	0	0	42	0.98
13511--13602	11	8.2	11	74	16	82	29	2	1	67	1.09
13516--13604	23	3.9	23	80	14	103	30	2	1	66	1.11
13528--13620	11	8.1	12	71	23	51	30	3	2	64	1.21
13495--13602	34	3.1	33	75	15	94	28	1	1	67	1.11
13659--13827	86	2.0	87	83	5	218	37	12	11	39	1.79
21685--22025	114	3.0	114	94	1	585	33	16	19	30	1.94
24089--24254	54	3.1	54	92	0	269	37	15	23	23	1.93
24612--24690	22	3.6	22	89	0	113	32	16	13	36	1.88
25092--25523	113	3.8	113	93	3	683	38	15	18	27	1.91
25463--25560	40	2.5	40	100	0	196	47	9	24	18	1.77
25092--25523	232	1.9	222	90	4	675	38	15	18	27	1.91
25344--25663	159	2.0	162	88	4	479	41	13	20	25	1.88
25562--25867	102	3.0	101	78	9	334	38	16	17	27	1.91
27551--27640	23	3.9	23	82	11	112	30	2	1	66	1.11
27563--27674	12	9.5	12	70	22	62	31	2	2	63	1.22
27546--27641	12	8.3	12	76	11	85	29	2	1	67	1.08
27918--27965	18	2.5	19	77	16	55	45	6	0	47	1.27
29621--30362	99	7.4	98	69	10	514	27	21	23	26	1.99
29721--30587	102	8.6	101	70	8	627	28	22	22	26	1.99
29634--30466	201	4.1	201	94	0	1443	27	21	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32744--32772	13	2.1	14	93	6	51	41	3	0	55	1.17
33670--34287	108	5.8	108	87	1	809	28	21	31	18	1.97
33672--34272	318	1.9	320	89	1	936	28	21	31	18	1.97
34543--34582	17	2.4	17	87	4	55	40	0	5	55	1.22
36846--36891	24	1.9	24	90	0	74	39	10	8	41	1.71
36867--37005	59	2.4	59	90	4	201	48	16	3	30	1.63
36867--37005	30	4.7	30	92	4	212	48	16	3	30	1.63
44905--44937	17	1.9	17	93	0	57	15	9	18	57	1.63
45075--45542	231	2.0	231	96	0	864	35	15	12	36	1.85
48139--48200	23	2.7	23	94	0	106	29	25	24	20	1.99
53163--53222	23	2.6	23	100	0	120	25	28	30	16	1.97
55756--55859	31	3.4	28	79	13	93	34	6	10	48	1.64
55785--55879	31	3.1	31	76	14	106	38	7	8	45	1.63
55756--55879	62	2.0	61	83	10	155	37	6	9	46	1.62
58899--59005	54	2.0	54	90	0	169	13	25	24	37	1.91
64798--65319	175	3.0	171	83	8	667	23	15	19	41	1.89
67346--67407	29	2.2	28	85	2	79	61	1	8	29	1.34
67408--67446	16	2.4	16	86	0	51	51	5	0	43	1.24
67422--67457	17	2.1	18	89	5	56	50	0	2	47	1.15
67419--67462	16	2.7	17	82	6	56	56	0	2	40	1.11
67687--67711	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
74211--74271	33	1.9	33	86	6	90	52	0	1	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74515--74572	27	2.1	27	81	12	66	51	6	5	36	1.51
74595--74633	16	2.6	15	88	8	53	51	2	2	43	1.29
86298--87071	105	7.4	105	96	0	1415	34	25	17	22	1.96
86298--87071	314	2.5	315	96	0	1424	34	25	17	22	1.96
88868--88931	32	2.0	33	87	3	94	34	7	21	35	1.83
88924--89001	33	2.4	33	93	4	131	11	10	34	43	1.75
89571--89620	16	3.0	16	88	5	64	30	26	6	38	1.80
94563--94768	102	2.0	102	96	0	376	29	21	12	36	1.90
97895--97929	3	11.3	3	87	6	52	65	2	31	0	1.07
98873--98948	36	2.1	36	95	0	134	32	10	14	42	1.80
122137--122180	2	23.0	2	86	9	65	45	0	0	54	0.99
129088--129147	24	2.6	23	84	10	77	31	23	21	23	1.98
129104--129160	23	2.4	24	91	2	89	35	26	21	17	1.95
130927--131125	99	2.0	100	98	1	382	38	9	16	35	1.81
134236--134267	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
137137--137193	27	2.1	27	93	0	96	28	12	45	14	1.80
143955--144032	35	2.2	34	86	6	111	42	16	0	41	1.48
144027--144101	35	2.1	35	92	0	123	33	0	22	44	1.53
147124--147164	20	2.0	20	90	0	64	36	21	9	31	1.86
151844--151891	21	2.3	21	92	0	87	29	25	22	22	1.99
152030--152106	20	3.7	20	77	14	75	27	22	24	25	2.00
154053--154178	60	2.1	59	94	1	216	33	15	28	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156637--156690	21	2.6	21	96	0	99	27	27	24	20	1.99
156720--156880	64	2.5	63	81	7	191	31	19	24	24	1.98
156849--156925	20	3.7	20	77	14	75	28	23	23	24	1.99
158021--158120	30	3.4	30	91	6	170	25	19	25	31	1.98
158921--159047	60	2.1	60	98	0	245	33	17	29	19	1.95
161514--161567	21	2.6	21	96	0	99	27	27	24	20	1.99
161597--161757	64	2.5	62	82	4	178	31	19	24	24	1.98
161726--161802	20	3.7	20	79	17	77	28	23	23	24	1.99
162906--163008	30	3.4	30	98	0	197	24	19	24	32	1.98
171297--171389	20	5.0	20	72	24	87	44	16	5	34	1.70
171290--171405	53	2.2	53	92	3	200	50	15	4	29	1.63
175962--176001	20	2.0	20	85	9	55	42	12	5	40	1.64
175955--176070	53	2.2	53	87	3	164	52	12	5	30	1.60
190574--190685	24	4.9	24	75	12	119	22	14	36	26	1.92
190598--190698	42	2.4	42	89	0	157	23	14	36	24	1.93
196989--197023	18	1.9	18	94	0	61	42	8	0	48	1.33
202058--202131	31	2.5	30	76	8	80	41	5	17	35	1.72
202625--202662	17	2.2	18	95	4	69	76	2	15	5	1.08
202637--203542	449	2.0	451	88	6	1337	39	9	18	32	1.82
205521--205574	15	3.7	15	70	22	51	44	12	0	42	1.43
209376--209409	16	2.1	16	88	0	50	61	5	0	32	1.20
209494--209843	178	2.0	178	99	0	691	31	14	14	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211649--211696	25	2.0	25	87	4	71	18	12	10	58	1.62
217656--217693	19	2.0	20	89	5	60	65	5	0	28	1.14
218934--219003	22	3.2	22	62	22	56	51	5	10	32	1.59
218932--219018	44	2.0	43	97	2	165	50	6	10	32	1.63
226266--226326	23	2.8	22	75	18	65	50	1	0	47	1.10
226270--226324	22	2.6	22	76	21	55	54	1	0	43	1.10
229539--229601	20	3.0	21	84	15	85	66	4	0	28	1.12
229715--229753	17	2.2	18	90	4	62	41	0	2	56	1.13
229792--229831	18	2.1	19	86	9	55	37	0	0	62	0.95
230719--231147	214	2.0	215	98	0	833	27	13	22	36	1.92
234542--234569	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
242048--242106	28	2.1	28	100	0	118	42	8	3	45	1.51
250348--250527	65	2.8	65	85	7	197	29	18	21	30	1.97
250374--250533	65	2.5	64	91	3	250	29	16	21	31	1.96
266158--266215	27	2.1	27	87	0	80	20	17	48	13	1.81
267897--267947	8	6.1	8	78	17	59	62	0	1	35	1.06
267897--267947	17	3.1	17	85	5	68	62	0	1	35	1.06
267892--267963	33	2.2	34	75	9	78	66	1	1	30	1.08
275643--275687	23	2.0	23	95	0	81	42	0	6	51	1.28
278743--278787	4	11.0	4	95	4	81	73	0	0	26	0.84
282314--283688	688	2.0	688	97	2	2602	31	14	16	38	1.88
283932--283981	24	2.1	24	100	0	100	44	12	10	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289425--289498	30	2.4	32	77	11	82	32	16	21	29	1.95
295898--295938	16	2.6	16	88	3	57	43	7	14	34	1.73
295466--295964	254	2.0	249	97	2	935	38	11	14	35	1.83
298315--298349	18	1.9	18	88	0	52	65	0	8	25	1.21
310648--310679	13	2.5	13	95	5	57	46	0	0	53	1.00
312683--312773	26	3.5	26	85	4	123	38	28	10	21	1.88
316922--317011	34	2.6	36	91	3	148	31	10	16	42	1.81
316997--317306	65	4.7	65	71	11	195	40	12	18	29	1.87
317260--317346	37	2.4	37	86	0	111	39	16	18	26	1.91
317186--317392	103	2.0	104	88	1	310	37	12	16	32	1.87

Tables:   1   2