genome.fa.s8475.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008475.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111303_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  982705

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 427 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694--942	117	2.1	117	87	2	367	31	19	32	16	1.94
1595--1629	15	2.3	15	95	0	61	20	11	31	37	1.88
6843--6914	29	2.5	29	84	8	85	63	5	12	18	1.47
6943--7011	36	1.9	36	82	11	88	37	7	14	40	1.74
12758--12956	65	3.1	64	79	11	210	30	23	19	26	1.98
12800--12979	65	2.8	63	81	9	168	28	23	19	27	1.98
23728--23759	16	2.0	16	100	0	64	25	6	25	43	1.77
25443--25677	108	2.2	107	81	6	260	19	12	17	51	1.76
26383--26412	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
33360--33508	76	1.9	77	86	4	212	35	19	10	34	1.87
46895--47115	64	3.5	64	82	6	243	33	19	18	29	1.95
47415--47450	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
47595--47672	15	5.2	15	98	0	147	14	20	33	32	1.92
53510--53730	64	3.5	63	85	3	266	33	19	18	28	1.96
54040--54073	12	2.8	12	91	8	52	26	5	26	41	1.78
54217--54279	15	4.2	15	97	0	117	14	20	33	31	1.92
60977--61063	37	2.3	37	90	2	129	51	2	5	40	1.38
61065--61123	17	3.5	17	77	9	59	23	3	1	71	1.11
61075--61144	28	2.7	26	85	14	99	20	4	0	75	0.96
61070--61145	33	2.3	33	78	17	86	21	3	0	75	0.97
62133--62167	15	2.3	15	90	0	52	17	5	2	74	1.14
64981--65080	24	4.2	24	80	5	94	42	19	13	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69918--70026	24	4.5	24	84	2	121	44	19	11	24	1.84
75719--75759	16	2.4	17	88	12	66	46	17	0	36	1.48
78985--79074	15	6.0	15	92	0	144	50	1	0	48	1.08
79062--79908	54	15.8	53	71	17	361	35	0	12	52	1.41
79159--79200	22	2.0	22	90	4	68	38	0	9	52	1.34
79180--79893	80	8.9	79	75	16	500	34	0	13	52	1.42
79259--79528	32	9.7	30	72	26	190	35	0	11	51	1.42
79292--79334	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
79350--79464	22	4.8	22	75	19	104	36	0	11	51	1.44
79062--79908	188	4.5	184	83	8	1016	35	0	12	52	1.41
79260--79813	108	5.1	109	76	15	484	34	0	12	52	1.41
79350--79496	76	1.9	76	94	0	258	37	0	10	51	1.42
79553--79716	32	5.8	31	77	22	157	35	0	11	53	1.38
79588--79652	22	3.0	22	95	0	121	36	0	12	50	1.40
79641--79694	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
79655--79734	18	4.4	18	68	22	60	36	0	10	53	1.34
79767--79840	22	3.2	23	76	14	71	28	0	17	54	1.44
79856--79898	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
79923--79981	31	1.9	31	89	0	91	44	10	5	40	1.60
84056--84140	24	3.5	24	81	0	98	51	17	11	18	1.75
84100--84181	36	2.3	36	87	4	112	56	15	10	17	1.67
94314--94369	3	18.0	3	92	7	94	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97231--97290	30	2.0	31	83	3	77	55	10	8	26	1.61
99683--99730	5	9.8	5	82	17	57	0	22	0	77	0.78
99683--99734	8	6.6	8	87	12	81	0	23	0	76	0.78
99687--99722	13	2.8	13	84	16	56	0	22	0	77	0.76
99697--99743	24	2.0	24	86	0	67	4	21	2	72	1.12
101870--101921	23	2.2	25	86	6	72	65	0	7	26	1.20
107150--107192	8	5.5	8	86	13	63	0	18	2	79	0.85
107141--107194	16	3.5	16	85	14	69	0	18	3	77	0.91
107146--107193	24	2.0	25	87	4	71	0	18	2	79	0.84
107143--107185	8	5.2	8	86	5	50	0	18	2	79	0.85
107457--107508	23	2.2	25	86	6	72	65	0	7	26	1.20
115152--115218	34	2.0	34	84	0	89	34	19	8	37	1.83
115537--115616	33	2.4	34	85	4	110	31	17	13	37	1.89
115723--115846	35	3.7	35	75	13	120	29	20	12	37	1.89
116153--116485	126	2.7	125	80	4	357	32	22	19	25	1.98
116687--116743	3	19.3	3	89	10	91	35	0	0	64	0.93
116689--116743	14	3.8	14	95	4	92	34	0	0	65	0.93
124887--124944	29	2.1	28	80	6	64	32	25	3	37	1.73
129597--129636	21	1.9	21	94	0	71	30	30	15	25	1.95
129848--129907	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
136232--136300	23	3.0	23	79	8	86	33	26	23	17	1.96
141801--141870	12	5.8	12	73	6	61	17	14	18	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141764--141872	48	2.3	49	85	6	143	20	15	16	47	1.82
141778--141872	24	4.0	24	83	2	111	21	13	16	48	1.81
160771--160837	29	2.3	28	80	12	73	23	10	1	64	1.34
160968--161013	24	1.9	23	86	8	65	21	4	0	73	1.00
183130--183174	23	2.0	22	86	4	63	22	4	0	73	1.01
183933--183959	12	2.2	12	100	0	54	29	0	7	62	1.22
184532--184579	10	4.6	10	80	16	53	62	14	16	6	1.51
185376--185449	34	2.2	32	84	13	96	17	9	4	68	1.32
187502--187650	76	1.9	77	90	1	237	34	20	11	32	1.89
193072--193590	199	2.5	201	87	4	709	21	17	25	34	1.96
193255--193588	106	3.2	106	94	0	578	21	16	25	36	1.94
194217--194301	37	2.3	37	81	4	91	42	15	17	24	1.88
194415--194479	29	2.1	32	80	8	73	33	13	16	35	1.89
194966--195000	18	1.9	18	94	0	61	42	31	8	17	1.79
196075--196125	16	3.3	15	84	13	68	0	15	7	76	1.00
202352--202496	43	3.4	43	95	0	245	11	25	19	44	1.83
204332--204389	29	2.1	28	80	6	64	32	25	3	37	1.73
204770--204818	24	2.0	24	96	0	89	46	18	12	22	1.82
210965--211003	3	12.7	3	94	5	69	35	0	0	64	0.94
212547--212642	30	3.3	29	78	11	90	19	14	11	54	1.70
212577--212659	29	2.9	28	75	13	78	15	18	12	54	1.71
213351--213383	14	2.4	14	90	10	50	30	0	6	63	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218761--219146	47	8.8	46	72	17	270	29	24	18	27	1.98
218747--219095	128	2.7	128	96	0	628	30	25	18	25	1.98
231376--231414	14	2.6	15	88	8	53	74	2	15	7	1.15
232292--232440	29	5.1	29	72	8	104	14	18	12	54	1.71
233272--233323	27	1.9	27	92	0	86	57	9	15	17	1.64
241109--241189	40	2.0	40	100	0	162	29	2	33	34	1.71
242039--242077	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
247850--247897	21	2.2	23	85	7	64	52	2	2	43	1.24
251445--251577	63	2.1	62	92	1	221	34	30	14	21	1.93
261838--261986	76	1.9	77	89	1	228	34	22	12	31	1.90
283200--283294	31	3.0	31	86	4	129	26	15	23	34	1.95
283689--283745	28	2.0	27	80	12	62	54	0	15	29	1.42
284577--284629	21	2.6	20	82	5	61	30	24	18	26	1.98
284828--284887	18	2.9	22	68	27	58	26	38	16	18	1.92
285221--285269	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
285311--285380	20	3.5	20	86	0	77	17	17	24	41	1.89
285347--285390	20	2.2	20	83	0	52	15	13	18	52	1.75
287255--287378	20	6.5	20	84	10	170	39	20	20	19	1.93
287255--287399	40	3.9	40	83	11	170	40	20	20	17	1.91
287425--287531	20	5.3	20	94	0	169	21	18	20	39	1.93
288015--288111	21	4.6	21	75	3	88	22	36	18	22	1.95
288012--288122	42	2.6	41	76	5	114	21	36	18	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289469--289504	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
289606--289700	33	2.8	33	87	1	118	42	20	22	15	1.89
289639--289705	19	3.8	19	71	18	72	44	19	20	14	1.86
289709--289796	19	4.8	19	72	20	89	14	19	19	46	1.84
289801--289894	20	4.7	20	89	2	136	19	21	24	35	1.96
292307--292360	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
292307--292374	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
293222--293407	20	9.3	20	92	1	293	23	19	19	37	1.94
293404--293449	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
296789--296831	22	2.0	22	90	0	68	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4