genome.fa.s8479.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008479.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111310_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  457438

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 272 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13993--14027	17	2.1	17	100	0	70	22	25	28	22	1.99
27163--27212	21	2.4	21	83	3	57	50	0	0	50	1.00
30365--30582	116	1.9	116	87	1	321	22	23	20	33	1.97
30467--30969	137	3.7	138	93	0	848	22	21	22	33	1.97
30467--30969	275	1.8	274	93	1	873	22	21	22	33	1.97
31115--31164	23	2.2	23	82	7	57	48	0	20	32	1.50
31369--31435	34	2.0	34	88	5	100	40	4	5	49	1.48
31944--31995	21	2.5	20	84	12	68	23	25	34	17	1.96
31988--32067	42	1.9	42	86	0	115	25	20	33	21	1.97
33778--33810	15	2.1	16	88	5	50	60	0	0	39	0.97
36729--36798	20	3.7	19	77	11	63	38	15	15	30	1.89
38926--38963	3	13.0	3	88	5	60	31	2	0	65	1.06
40375--40406	12	2.8	11	95	4	55	28	3	0	68	1.04
41250--41305	24	2.3	24	78	6	60	28	3	1	66	1.19
41257--41292	13	2.8	13	91	4	56	33	0	2	63	1.08
41912--41957	23	2.1	23	88	8	69	17	2	0	80	0.81
41911--41955	16	3.0	15	87	6	56	20	2	0	77	0.87
47644--47688	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
48335--48381	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
48560--48713	31	5.0	31	93	1	256	22	20	20	37	1.95
51680--51724	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
52364--52410	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52589--52742	31	5.0	31	93	1	256	22	20	20	37	1.95
57272--57324	22	2.5	22	87	3	72	33	15	9	41	1.79
57837--58274	122	3.6	123	89	2	654	40	14	19	25	1.90
58573--58625	3	18.0	3	84	3	72	26	0	0	73	0.83
60012--60043	12	2.8	11	95	4	55	28	3	0	68	1.04
60259--60305	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
61045--61119	26	2.9	25	81	13	89	33	2	0	64	1.08
61070--61316	117	2.1	115	81	8	286	37	6	0	54	1.33
61245--61314	30	2.4	30	88	7	99	38	8	0	52	1.32
61152--61314	29	5.6	29	72	19	115	39	7	0	53	1.29
61504--61567	31	2.1	30	82	8	76	29	12	18	39	1.88
62419--62461	16	2.8	16	82	3	52	32	23	6	37	1.82
62490--62634	51	2.9	51	86	1	193	48	14	13	23	1.78
62490--62613	50	2.5	50	89	1	176	50	14	13	20	1.77
62481--62650	51	3.3	50	77	9	164	47	15	12	24	1.81
63653--63828	60	2.9	60	84	5	178	43	3	21	31	1.69
66289--66328	3	13.3	3	83	0	53	37	0	2	60	1.11
66283--66318	18	2.0	18	94	0	63	41	0	0	58	0.98
67663--67722	15	3.8	17	73	13	65	23	6	0	70	1.11
67692--67767	11	6.5	11	70	20	50	28	3	3	63	1.30
68484--68530	18	2.7	18	77	9	53	25	0	2	72	0.96
68520--68557	15	2.8	13	88	11	51	23	5	2	68	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72849--72880	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
73174--73224	8	6.4	8	84	8	68	82	0	15	1	0.76
73174--73224	17	3.2	17	82	17	65	82	0	15	1	0.76
75387--75725	114	3.0	115	94	0	572	33	13	20	32	1.92
78010--78064	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
78741--79766	76	13.5	76	98	0	1928	22	20	21	35	1.96
78741--79766	229	4.5	228	97	0	1928	22	20	21	35	1.96
78741--79766	381	2.7	381	98	0	1973	22	20	21	35	1.96
79894--79958	3	21.0	3	81	6	76	38	0	1	60	1.07
81275--81334	15	3.8	17	73	13	65	23	6	0	70	1.11
81304--81379	11	6.5	11	70	20	50	28	3	3	63	1.30
90669--90698	12	2.6	12	94	5	53	20	16	26	36	1.93
98750--98779	5	6.0	5	92	0	51	16	0	3	80	0.85
99992--100256	45	5.8	45	84	4	300	23	19	13	43	1.86
99992--100256	135	1.9	137	84	3	356	23	19	13	43	1.86
101569--101602	17	2.0	17	100	0	68	29	5	0	64	1.17
111995--112145	82	1.8	82	85	2	214	33	9	16	40	1.80
113974--114023	21	2.5	20	87	9	66	32	12	24	32	1.91
114638--114714	23	3.3	23	87	0	100	22	19	23	35	1.96
114708--114761	24	2.3	24	77	3	56	22	18	20	38	1.93
116261--116460	43	4.7	42	85	2	215	33	18	22	25	1.97
119483--119631	41	3.6	41	77	7	158	33	15	17	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123586--123683	23	4.2	23	78	8	92	21	22	22	33	1.97
123630--123712	24	3.5	24	82	9	100	21	22	25	30	1.99
128898--128928	15	2.1	15	100	0	62	35	12	12	38	1.82
129333--129387	20	2.8	20	94	5	94	34	20	21	23	1.97
132766--132800	17	2.1	17	100	0	70	54	5	11	28	1.59
141665--141729	12	5.4	12	72	7	51	53	16	12	16	1.72
141663--141745	24	3.5	24	79	0	94	48	18	14	19	1.81
142850--143010	64	2.5	63	86	6	200	35	18	19	26	1.95
143688--143751	30	2.1	30	85	0	83	18	18	28	34	1.95
147093--147253	64	2.5	63	86	6	200	35	18	19	26	1.95
147932--147995	30	2.1	30	85	0	83	18	18	28	34	1.95
152296--152329	10	3.4	10	91	0	59	35	35	0	29	1.58
157969--158060	46	2.0	46	97	0	175	41	22	8	27	1.83
158209--158242	9	3.9	9	92	7	61	79	0	0	20	0.73
158210--158245	8	4.4	8	92	3	54	80	0	0	19	0.71
158210--158242	17	1.9	17	100	0	66	78	0	0	21	0.75
160908--160955	17	2.8	17	79	14	53	2	18	39	39	1.63
161019--161048	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
164812--164895	29	2.9	29	94	1	143	46	0	10	42	1.38
164842--164889	14	3.4	14	71	5	51	50	0	8	41	1.33
164816--164893	15	5.3	15	69	6	61	47	0	8	43	1.34
165053--165097	20	2.3	19	84	7	54	35	2	2	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166599--166631	14	2.4	14	94	0	57	33	6	30	30	1.82
171383--172372	149	6.9	146	83	8	1021	20	34	21	23	1.97
171546--172372	137	5.9	138	85	6	925	20	34	21	23	1.97
171390--172372	286	3.5	280	82	8	1105	20	34	21	23	1.97
175812--176574	374	2.0	378	88	3	1140	22	26	17	33	1.96
178765--178847	43	1.9	42	83	13	107	39	2	4	53	1.35
183778--183816	21	1.9	20	84	5	51	41	5	7	46	1.55
186618--186668	8	6.4	8	78	13	52	84	1	0	13	0.71
186619--186665	11	4.4	11	87	10	62	87	2	0	10	0.63
186619--186663	23	2.0	23	86	8	65	86	2	0	11	0.65
186618--186668	10	5.0	11	83	11	65	84	1	0	13	0.71
203259--203351	21	4.5	21	75	4	91	40	18	23	17	1.90
203340--203434	20	4.7	20	77	2	82	35	24	16	23	1.95
203259--203351	41	2.3	41	98	0	177	40	18	23	17	1.90
203622--203663	22	1.9	22	95	0	75	21	45	16	16	1.86
203929--203966	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
205286--205330	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
205812--205857	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
205866--205924	14	3.9	14	79	16	73	50	22	16	10	1.75
205851--205941	32	2.8	32	91	3	137	49	20	17	12	1.78
205958--206015	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
205953--206031	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205972--206073	19	5.6	19	76	12	90	12	21	23	42	1.87
206016--206070	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
207935--207970	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
208078--208128	14	3.3	14	76	23	57	47	19	21	11	1.81
208088--208124	19	1.9	19	88	0	56	51	16	21	10	1.74
208155--208212	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
209272--209325	24	2.2	24	86	0	72	22	16	20	40	1.91
209500--209524	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
211816--211880	19	3.7	19	70	19	68	43	20	24	12	1.86
211816--211878	33	1.9	33	96	0	117	41	20	25	12	1.88

Tables:   1   2   3