genome.fa.s8484.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008484.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111318_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  688492

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 393 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3871--3961	20	4.9	20	68	20	72	34	5	15	45	1.69
3923--4013	20	4.0	20	69	26	65	35	5	13	46	1.66
3870--4017	52	2.9	52	96	2	273	33	6	13	47	1.67
3974--4013	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
4392--4434	14	2.9	16	86	13	65	46	13	23	16	1.83
6648--6740	48	1.9	50	93	4	163	35	12	21	30	1.91
8467--8510	14	2.9	15	93	6	72	47	13	22	15	1.81
18274--18370	42	2.3	41	85	1	131	24	21	23	29	1.99
18490--18582	42	2.2	42	94	0	159	25	23	19	31	1.98
18621--18645	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
18635--18916	80	3.5	80	89	1	451	30	18	23	28	1.97
18874--18985	42	2.7	42	83	8	140	23	19	24	33	1.97
19396--19591	53	3.7	53	86	2	279	29	21	27	21	1.99
19396--19598	106	1.9	106	88	4	311	30	22	26	21	1.99
38316--38390	24	3.1	24	88	0	105	12	13	21	53	1.71
38315--38368	14	4.1	14	77	18	71	9	14	25	50	1.73
39466--39504	10	4.3	10	75	24	50	7	12	23	56	1.62
39472--39520	16	3.1	16	93	0	80	10	12	20	57	1.64
39472--39528	16	3.7	16	90	4	64	12	10	17	59	1.60
39590--39620	16	1.9	16	93	0	53	12	12	19	54	1.70
44212--44249	19	2.0	20	89	5	60	26	0	0	73	0.83
46803--46854	3	18.0	3	80	7	63	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53493--53566	4	17.5	4	84	15	80	71	0	0	28	0.86
53615--53923	70	4.3	74	82	7	350	41	10	2	45	1.52
53615--53968	36	9.7	36	71	14	162	42	9	2	45	1.50
53615--53923	145	2.1	143	82	7	374	41	10	2	45	1.52
53647--53999	145	2.4	145	80	7	340	43	8	2	46	1.46
53761--53999	36	6.4	37	76	14	172	43	6	2	48	1.41
54323--54376	29	1.9	27	81	7	63	55	0	1	42	1.10
56458--56615	20	7.8	20	68	14	81	25	22	20	32	1.98
56449--56613	40	4.1	40	73	13	131	25	21	20	33	1.97
56588--56627	20	2.0	20	85	0	53	27	30	17	25	1.97
59762--59796	18	1.9	18	88	0	52	54	22	2	20	1.58
59856--60125	140	1.9	140	95	0	486	29	12	14	43	1.83
60096--60358	20	13.9	20	68	17	114	34	22	17	25	1.96
60107--60259	54	2.8	55	89	3	238	36	24	15	22	1.94
60289--60335	24	2.0	24	91	0	76	31	25	19	23	1.98
60160--60402	74	3.2	75	81	7	262	34	23	17	23	1.96
60397--60452	20	2.8	20	75	0	58	14	12	21	51	1.74
61965--62057	42	2.2	42	80	3	107	23	16	38	21	1.92
62553--62628	20	3.8	20	94	0	125	38	25	18	18	1.93
62846--62895	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
64625--64731	20	5.4	20	80	3	101	44	22	16	15	1.86
65105--65147	22	2.0	22	90	0	68	20	16	39	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65323--65440	20	5.9	20	87	4	148	26	21	22	29	1.99
65768--65812	22	2.0	22	83	8	56	51	8	2	37	1.46
66674--66703	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
70491--70569	41	2.0	40	82	7	97	29	11	32	26	1.91
70888--70959	21	3.4	21	83	7	92	44	22	19	13	1.86
71205--71249	13	3.5	13	87	6	65	15	15	13	55	1.69
71205--71253	19	2.6	19	84	9	73	16	16	14	53	1.74
71205--71249	7	6.9	7	87	7	60	15	15	13	55	1.69
72809--72855	20	2.3	21	96	3	87	8	12	10	68	1.40
74881--75104	124	1.8	124	83	1	297	33	17	25	23	1.96
76887--77494	54	11.2	54	83	5	692	34	16	24	25	1.95
77419--77568	74	2.0	74	92	0	246	37	13	23	26	1.91
77506--77750	54	4.5	54	90	2	391	34	16	24	24	1.96
77365--77622	128	2.0	128	89	4	396	36	15	24	23	1.94
77493--77750	110	2.4	108	92	2	417	34	16	24	24	1.95
77719--78220	55	9.2	54	91	2	686	32	14	23	29	1.94
79108--79140	17	1.9	17	93	0	57	9	48	27	15	1.74
85977--86026	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
86105--86236	53	2.7	47	76	16	133	31	4	18	44	1.70
86137--86327	53	3.6	53	82	2	222	32	5	17	43	1.72
87790--87818	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
92581--92632	25	2.2	23	89	6	77	26	7	7	57	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92587--92639	25	2.1	25	96	0	97	32	9	7	50	1.62
93965--93999	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
94640--95088	20	22.5	20	86	3	582	34	26	19	20	1.96
95761--95807	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
95982--96006	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
98310--98744	19	24.4	19	82	13	570	46	17	20	14	1.83
98338--98766	161	2.7	161	98	0	813	46	17	21	14	1.83
98338--98766	52	8.0	52	91	5	696	46	17	21	14	1.83
98773--98874	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
98980--99016	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
99011--99083	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
98997--99069	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
100886--101020	19	7.6	19	76	16	137	45	24	19	10	1.81
100942--100998	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
100923--101015	33	2.8	33	98	0	177	47	22	20	9	1.79
100886--101020	52	2.5	54	75	18	131	45	24	19	10	1.81
101016--101144	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
101016--101107	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
101188--101567	93	4.1	93	98	0	735	46	18	12	22	1.83
101188--101567	185	2.0	186	98	0	735	46	18	12	22	1.83
103274--103363	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
103266--103380	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103273--103385	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
103397--103451	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
103381--103451	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
103392--103473	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
103404--103492	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
103572--103642	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
103824--103878	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
104024--104198	20	8.6	20	80	7	183	18	20	25	36	1.95
104024--104179	61	2.5	62	82	7	194	18	19	26	35	1.95
104069--104159	41	2.2	40	90	1	137	21	21	25	30	1.99
104191--104267	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
104253--104304	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
105030--105281	110	2.3	107	87	5	355	24	16	23	36	1.94
105919--106138	65	3.3	67	81	7	241	39	9	20	31	1.84
106024--106312	36	8.4	36	70	16	200	40	12	19	27	1.88
106033--106292	138	1.9	138	89	3	407	40	13	19	26	1.88
106123--106393	101	2.7	101	83	4	314	38	12	20	29	1.89
106979--107004	11	2.4	11	100	0	52	53	0	15	30	1.42
107925--107979	13	4.2	13	90	2	83	1	20	7	70	1.20
107925--107992	13	5.1	13	82	10	75	1	19	5	73	1.11
111397--111465	18	3.5	18	70	21	57	60	1	7	30	1.32
111397--111494	42	2.3	42	78	7	99	59	3	9	28	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111521--111557	14	2.8	14	84	8	51	72	0	0	27	0.84
111509--111585	25	3.0	26	78	14	72	66	0	7	25	1.19
113116--113157	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
119594--119676	3	27.7	3	83	13	82	40	0	0	59	0.98
123518--123553	14	2.6	14	86	0	54	30	13	2	52	1.55
126861--126977	6	20.5	6	74	13	54	80	2	16	0	0.87
126861--126994	17	8.1	16	72	17	87	79	2	17	0	0.87
126874--127003	8	15.9	8	78	15	106	80	2	16	0	0.85
126874--127003	33	3.9	32	77	12	120	80	2	16	0	0.85
126874--127003	25	5.3	24	75	16	115	80	2	16	0	0.85

Tables:   1   2   3   4