genome.fa.s8520.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008520.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111387_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  519447

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4950--5023	30	2.6	29	77	16	73	50	14	0	35	1.44
5008--5108	2	51.0	2	98	2	195	50	0	0	49	1.00
6088--6125	20	1.9	20	94	0	67	26	21	18	34	1.96
9405--9465	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
22724--22751	9	3.1	9	100	0	56	57	0	0	42	0.99
23492--23540	19	2.5	19	81	12	55	48	2	4	44	1.33
23717--23991	127	2.1	135	87	7	397	42	4	6	46	1.47
38300--38352	6	8.8	6	100	0	106	49	16	0	33	1.47
38349--38631	6	47.5	6	98	1	552	33	33	16	16	1.92
40351--40440	35	2.5	35	87	1	135	28	21	15	34	1.94
42808--42863	19	2.9	19	82	12	62	21	26	21	30	1.98
42831--42884	19	2.9	18	78	8	54	22	27	18	31	1.97
44217--44259	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
44287--44324	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
45381--45454	31	2.4	31	84	4	87	28	16	18	36	1.93
45392--45473	31	2.6	31	78	0	92	28	15	23	32	1.95
45459--45591	30	4.4	30	97	0	239	24	20	23	31	1.98
57085--57162	35	2.2	34	82	11	86	48	3	0	47	1.20
57151--57198	20	2.5	19	83	6	60	45	2	4	47	1.33
57339--57424	29	3.0	29	91	0	136	17	33	27	20	1.95
57477--57547	33	2.2	33	89	0	106	14	35	25	25	1.93
57533--57598	34	1.9	34	93	0	114	12	28	37	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57567--57594	14	2.0	14	100	0	56	7	28	42	21	1.79
65301--65339	18	2.2	18	86	4	53	53	0	0	46	1.00
65857--66136	136	2.0	138	82	6	336	46	13	12	28	1.79
65857--66209	137	2.6	135	78	8	349	45	12	12	29	1.78
67716--67760	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
68922--68956	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
72053--72090	19	2.0	20	84	5	51	42	0	0	57	0.98
72053--72090	20	1.9	20	84	10	51	42	0	0	57	0.98
72226--72272	16	2.6	18	81	18	62	31	14	6	46	1.70
72226--72278	20	2.9	19	89	10	76	30	16	5	47	1.70
73317--73505	45	4.0	45	81	11	227	46	0	3	49	1.23
73317--73479	15	10.5	15	83	9	193	47	0	2	49	1.19
73482--73524	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
73459--73588	32	4.4	32	80	18	181	36	0	10	53	1.36
73459--74509	54	19.4	54	72	15	526	33	0	12	53	1.42
73459--74494	80	12.8	80	81	12	713	33	0	12	53	1.42
73541--74509	134	7.2	131	76	12	660	33	0	12	53	1.42
73675--73776	32	3.5	32	71	25	116	36	0	10	51	1.43
73536--74509	188	5.2	188	75	14	832	33	0	13	53	1.42
73888--73954	22	3.0	22	95	0	116	37	0	13	49	1.42
73957--74013	18	3.4	18	68	22	61	28	0	14	57	1.37
73934--74013	31	2.5	31	95	2	142	28	0	15	56	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74068--74141	22	3.2	23	72	14	62	28	0	14	56	1.39
74124--74317	32	6.7	32	76	21	203	35	0	10	53	1.36
74157--74199	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
74211--74253	22	2.0	22	95	0	77	37	0	9	53	1.33
74242--74295	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
74256--74313	18	3.4	18	75	18	70	32	0	10	56	1.33
73536--74414	220	4.1	214	76	13	743	33	0	13	53	1.42
74368--74415	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
74524--74582	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
75562--75655	30	3.1	30	83	4	118	35	39	5	20	1.75
80861--80905	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
81235--81294	24	2.6	22	80	15	68	35	6	15	43	1.72
81952--82029	31	2.5	31	78	12	79	23	19	23	34	1.96
82002--82220	30	7.3	30	97	0	404	22	23	24	29	1.99
85744--85790	21	2.2	22	96	3	87	8	17	31	42	1.79
86877--86976	44	2.3	44	85	0	128	32	20	18	30	1.96
87385--87421	18	2.1	18	90	5	58	18	0	13	67	1.23
88810--88896	36	2.3	38	90	3	133	21	0	21	56	1.43
88841--88895	25	2.1	26	80	12	60	18	0	21	60	1.37
89605--89656	19	2.7	19	93	0	86	30	28	21	19	1.97
89542--89702	84	1.9	83	86	3	225	28	24	17	29	1.97
89540--89721	84	2.2	83	81	10	219	27	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93957--94036	29	2.9	25	79	18	79	67	3	1	27	1.15
93969--94026	29	1.9	31	93	6	102	63	5	0	31	1.16
100236--100406	87	2.0	88	87	3	247	28	14	20	36	1.91
103004--103042	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
108996--109044	11	4.6	11	73	19	50	22	8	0	69	1.14
109037--109079	19	2.3	18	80	11	50	39	2	0	58	1.11
109098--109207	52	2.1	52	80	8	125	62	1	3	31	1.23
109143--109212	29	2.4	29	83	4	79	60	0	5	34	1.21
109140--109180	17	2.4	18	80	8	50	70	0	2	26	0.99
109134--109300	30	5.7	30	75	4	126	55	0	7	36	1.32
109728--109761	13	2.4	14	90	9	52	47	2	5	44	1.42
110750--110842	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
110767--110847	21	3.9	21	80	4	101	39	17	24	18	1.92
110831--110965	20	6.7	19	76	12	74	32	23	17	25	1.97
110750--110842	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
110828--110965	41	3.4	41	75	11	131	34	23	17	25	1.96
111130--111173	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
111437--111483	20	2.3	20	81	0	58	19	19	25	36	1.95
112813--112857	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
113337--113403	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
113392--113449	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
113376--113466	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113337--113471	19	7.6	19	71	19	85	42	23	20	12	1.86
113483--113540	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
113478--113556	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
113541--113596	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
115464--115499	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
115616--115683	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
115702--115739	20	1.9	20	94	0	67	15	21	23	39	1.92
116797--116850	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
117025--117049	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
119342--119472	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	15	1.88
119342--119468	33	3.8	33	86	4	193	42	18	22	15	1.89
119343--119475	66	2.0	66	95	0	239	41	18	22	17	1.90
119468--119542	19	4.2	19	75	16	70	14	21	21	42	1.88
119499--119543	19	2.4	19	96	0	81	13	20	20	46	1.83
119650--119686	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
121044--121137	42	2.2	42	83	7	111	21	20	34	24	1.97
121075--121162	42	2.1	42	82	4	106	23	15	36	23	1.94
123189--123287	33	3.0	33	92	1	162	39	23	26	11	1.88
123164--123309	19	8.1	19	72	17	114	42	20	24	12	1.86
123305--123348	19	2.3	19	84	0	61	6	13	25	54	1.63
123891--123943	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
123952--124005	20	2.7	20	94	0	90	27	18	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123892--124008	61	1.9	61	85	0	162	24	17	23	33	1.97
123887--124026	61	2.3	61	80	6	160	24	18	23	33	1.97
124076--124116	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
128447--128491	23	2.0	23	100	0	90	33	26	17	22	1.96
128447--128515	23	3.0	23	84	0	75	31	24	20	23	1.98
137059--137115	30	1.9	29	85	3	78	42	8	15	33	1.78
137059--137130	30	2.4	30	79	9	76	41	9	18	30	1.82
138297--138781	182	2.6	180	78	10	568	38	26	10	24	1.87
138495--138566	37	1.9	37	94	0	126	38	34	11	15	1.83
139249--139306	31	1.9	31	89	3	91	34	10	20	34	1.87

Tables:   1   2   3