genome.fa.s8520.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008520.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111387_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  519447

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 289 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140345--140422	30	2.6	30	91	4	104	33	10	19	37	1.85
140456--140520	33	2.0	33	96	0	121	43	13	15	27	1.85
143445--143479	18	1.9	18	94	0	61	22	11	14	51	1.74
153750--153796	24	2.0	24	83	8	60	25	23	14	36	1.93
163918--163979	29	2.1	29	84	0	79	41	12	17	27	1.86
173412--173462	24	2.1	24	100	0	102	31	15	9	43	1.80
176935--176972	20	1.9	20	88	0	58	23	28	31	15	1.96
177455--177775	103	3.1	103	96	0	588	24	13	24	37	1.91
177792--177854	23	2.7	23	92	0	99	20	25	26	26	1.99
183890--183932	21	2.0	21	86	0	59	34	27	20	16	1.94
184472--184792	103	3.1	103	95	0	588	25	13	24	37	1.91
184808--184871	23	2.8	23	81	9	78	21	26	25	26	2.00
190175--190203	12	2.4	12	100	0	58	0	31	6	62	1.22
192644--192741	25	4.0	23	70	21	65	41	4	0	54	1.19
192782--192925	57	2.4	60	77	14	156	56	1	5	36	1.32
192847--192934	31	2.8	33	79	11	103	55	0	5	38	1.24
192935--192982	17	2.9	16	84	12	62	66	0	0	33	0.92
192909--192963	23	2.3	25	81	6	69	63	0	1	34	1.05
192935--192981	15	3.0	15	87	6	58	65	0	0	34	0.93
193460--193569	57	1.9	58	84	1	150	50	11	12	25	1.75
193654--193689	13	2.8	12	88	12	54	80	0	11	8	0.90
195741--195843	52	2.0	52	98	0	197	21	23	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200335--200437	52	2.0	52	94	0	179	22	22	13	41	1.88
204174--204285	29	3.8	29	95	1	188	42	9	14	33	1.78
208970--209081	29	3.8	29	95	1	188	42	9	14	33	1.78
211408--211488	33	2.5	33	93	2	137	29	17	6	46	1.72
212120--212174	16	3.4	16	89	0	83	69	18	0	12	1.19
213918--213947	7	4.3	7	91	0	51	16	0	36	46	1.47
217632--217689	24	2.4	24	91	0	89	31	22	20	25	1.98
218783--218815	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
227364--227426	31	2.0	31	84	0	81	23	14	28	33	1.94
227839--227877	20	2.1	19	85	9	53	43	0	0	56	0.99
227952--228118	16	10.6	16	70	5	88	10	11	31	46	1.74
228037--228129	30	3.0	31	88	6	143	7	9	31	51	1.62
232662--232706	22	2.0	23	91	4	74	55	0	0	44	0.99
236537--236773	123	2.0	118	94	4	420	29	8	36	26	1.86
237135--237176	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
237197--237238	20	2.0	21	86	4	59	54	0	2	42	1.13
238818--239274	55	8.3	55	87	1	641	29	20	21	28	1.98
238827--239269	163	2.7	165	90	0	683	29	20	21	28	1.98
245167--245210	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
250704--251309	302	2.0	302	99	0	1203	36	13	18	31	1.90
258847--258939	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
258847--258939	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258866--259000	41	3.3	41	84	4	148	38	20	20	20	1.94
258928--259021	20	4.7	20	80	2	89	34	24	17	24	1.96
259536--259616	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
259612--259796	19	10.1	19	77	14	174	11	22	22	43	1.85
259612--259796	33	5.1	38	79	12	174	11	22	22	43	1.85
259739--259796	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
261851--261917	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
261795--261917	42	2.9	42	80	4	106	22	35	17	23	1.95
263277--263312	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
263491--263575	19	4.7	19	71	15	72	14	22	21	42	1.88
267104--267181	20	3.9	20	93	0	129	37	21	23	17	1.94
267184--267210	14	1.9	14	100	0	54	14	22	14	48	1.81
267193--267229	19	1.9	19	94	0	65	13	21	13	51	1.75
267181--267258	33	2.4	33	86	0	102	15	23	19	42	1.89
269251--269316	20	3.5	19	83	6	89	36	24	24	15	1.93
269306--269362	14	3.8	14	78	17	69	47	26	17	8	1.77
269290--269367	32	2.4	32	97	0	147	46	24	19	10	1.81
269374--269468	19	5.7	18	70	24	82	12	20	22	45	1.84
269396--269452	14	3.9	14	77	18	62	10	17	24	47	1.79
269379--269468	32	2.8	33	93	5	157	12	18	22	46	1.82
269453--269496	20	2.2	20	84	4	54	18	22	20	38	1.93
269978--270022	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271337--271374	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
271629--271672	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
271860--271953	20	4.7	20	80	2	89	24	17	24	34	1.96
271840--271954	20	5.7	20	78	5	88	24	16	23	35	1.95
271943--272035	20	4.5	21	75	4	91	17	24	17	40	1.90
271882--272016	41	3.3	41	83	4	139	20	20	20	39	1.93
271943--272035	41	2.3	41	96	0	177	17	24	17	40	1.90
272345--272613	129	2.1	130	86	3	380	26	17	29	26	1.97
274083--274139	29	2.0	29	100	0	114	28	24	17	29	1.97
285701--285754	26	2.1	26	85	0	72	66	14	7	11	1.43
291508--291545	11	3.6	10	92	7	58	18	0	18	63	1.32
292443--292502	30	2.0	31	83	9	79	38	11	18	31	1.87
297344--297594	20	12.6	20	73	11	122	32	23	13	30	1.93
297399--297543	60	2.4	62	81	9	165	32	21	15	31	1.94
297344--297594	40	6.3	40	71	12	140	32	23	13	30	1.93
297466--297594	40	3.2	40	78	5	143	29	20	12	37	1.90
299096--299150	19	2.8	19	86	5	65	45	18	20	16	1.86
299573--299619	22	2.1	22	96	0	85	23	10	40	25	1.87
299774--299822	20	2.5	20	82	0	62	22	8	20	48	1.75
299837--299879	21	2.0	21	90	0	68	46	20	16	16	1.84
302762--302824	30	2.1	30	93	0	108	39	4	22	33	1.75
303672--303714	22	2.0	22	90	4	70	16	23	34	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303761--303806	22	2.1	21	96	4	83	17	17	19	45	1.85
305399--305438	21	1.9	22	85	10	57	15	12	37	35	1.85
305516--305568	17	3.0	17	80	5	61	28	16	32	22	1.96
305862--305901	21	1.9	21	89	0	62	50	10	10	30	1.69
307546--307586	3	14.0	3	87	5	57	0	29	2	68	1.03
308933--308974	21	2.0	21	95	0	75	19	26	23	30	1.98
310483--310541	21	2.7	23	72	20	61	22	25	20	32	1.98
310459--310545	23	3.9	22	75	13	70	24	24	19	32	1.98
310798--310875	6	13.2	6	83	2	68	43	0	24	32	1.54
310798--310840	17	2.4	18	84	3	52	44	0	23	32	1.54
314670--314780	28	3.5	33	84	13	153	11	9	36	43	1.73
315279--315362	44	1.9	44	92	0	141	35	21	13	29	1.91
315351--315397	18	2.7	18	90	3	69	27	27	8	36	1.86
316544--316592	20	2.5	20	100	0	98	44	4	4	46	1.41
321762--321831	32	2.3	29	80	7	77	72	1	7	18	1.14
323311--323354	10	3.9	11	80	13	54	70	2	0	27	0.99
323351--323448	35	2.7	35	84	9	126	51	4	2	42	1.32
323360--323448	37	2.5	35	87	8	119	49	4	2	43	1.35
323488--323677	37	5.1	37	83	5	231	44	4	4	46	1.43
331963--332012	4	12.5	4	86	0	55	50	10	0	40	1.36
331963--332012	10	5.0	10	92	0	64	50	10	0	40	1.36
331963--332012	6	8.3	6	88	0	55	50	10	0	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332034--332068	17	2.1	17	100	0	70	11	54	0	34	1.37
350222--350529	45	6.8	45	89	2	420	31	19	8	40	1.82
350222--350528	136	2.3	135	88	2	456	31	19	8	40	1.82
350230--350568	45	7.5	45	82	7	321	31	20	9	39	1.84
350506--350656	79	1.9	79	87	0	221	30	23	9	36	1.86
351046--351101	22	2.6	21	81	13	69	23	26	19	30	1.98
351141--351213	20	3.6	19	74	16	67	23	32	19	24	1.97
351065--351268	95	2.1	94	81	7	225	25	24	18	31	1.97
352677--352728	19	2.7	19	90	0	86	38	9	0	51	1.35
353099--353194	28	3.4	28	100	0	192	34	18	3	43	1.66

Tables:   1   2   3