genome.fa.s8525.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008525.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111394_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  732385

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 352 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968--1057	21	4.3	20	90	5	119	18	36	25	18	1.94
1577--1658	32	2.5	33	82	9	98	53	3	3	39	1.36
2046--2762	126	5.7	126	92	4	1182	33	18	25	22	1.97
2831--2871	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
5860--5899	13	3.2	13	89	7	64	45	0	0	55	0.99
6768--6810	5	8.6	5	100	0	86	62	37	0	0	0.95
7893--7927	2	17.5	2	93	0	61	51	0	45	2	1.16
8746--8850	52	2.0	52	100	0	210	22	9	33	34	1.87
8756--8838	25	3.2	25	68	18	80	24	10	30	34	1.89
12107--12157	25	2.0	24	85	14	68	37	13	11	37	1.82
13161--13210	20	2.5	20	90	3	75	38	20	6	36	1.77
20063--20228	59	2.8	59	79	8	183	34	16	18	30	1.93
23325--23394	3	23.3	3	86	0	95	28	37	2	31	1.72
31583--31622	21	1.9	21	85	10	55	22	40	25	12	1.89
31617--31696	36	2.2	36	86	2	108	20	12	30	37	1.89
32954--33038	31	2.7	31	87	3	109	42	2	5	49	1.40
32988--33056	31	2.2	31	84	5	86	46	5	4	43	1.47
33432--33589	21	7.8	20	71	7	77	39	25	16	18	1.91
33554--33608	20	2.8	19	80	5	65	45	27	16	10	1.80
33595--33749	20	7.7	20	84	4	213	32	25	20	21	1.97
33556--33750	40	4.9	39	81	3	192	36	25	18	18	1.94
33556--33749	60	3.2	60	82	0	244	36	25	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34130--34200	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
34280--34389	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
34273--34389	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
34340--34396	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
34332--34412	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
34408--34491	19	4.7	19	80	14	106	10	22	22	44	1.84
34449--34505	14	3.7	14	75	20	60	8	24	24	42	1.83
34430--34513	33	2.5	33	96	0	159	9	23	21	45	1.81
35384--35425	20	2.1	20	100	0	84	38	9	0	52	1.34
36224--36599	93	4.1	93	98	0	727	22	12	18	46	1.83
36647--36775	19	7.3	19	74	17	116	45	27	17	9	1.78
36683--36775	33	2.8	31	88	7	132	46	26	18	8	1.78
36647--36775	52	2.5	51	75	16	147	45	27	17	9	1.78
36771--36870	19	5.8	18	72	21	90	12	21	20	47	1.82
36776--36868	33	2.8	33	93	0	159	11	20	20	47	1.81
36840--36886	19	2.4	19	89	3	67	12	17	25	44	1.84
38798--38833	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
38936--39033	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
38936--39051	53	2.2	53	98	1	225	43	18	24	13	1.86
39066--39120	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
39080--39277	19	11.4	19	73	21	193	13	21	18	47	1.82
39080--39249	52	3.2	52	96	0	313	12	22	17	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39058--39291	33	6.9	33	78	13	269	12	22	18	46	1.82
41573--41597	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
42501--42730	20	11.5	20	82	5	223	20	17	24	37	1.94
42697--42794	21	4.8	20	75	15	83	22	17	22	37	1.94
42697--42795	42	2.4	43	78	8	107	22	17	23	37	1.94
45787--45950	87	1.9	88	97	1	312	44	7	6	40	1.60
46452--46476	10	2.5	10	100	0	50	52	0	8	40	1.31
58022--58100	29	2.8	27	74	11	77	35	17	1	45	1.57
58463--58540	3	26.0	3	100	0	156	33	0	0	66	0.92
61901--62091	31	6.1	32	88	5	234	35	18	18	27	1.94
83576--83606	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
85544--85603	31	1.9	31	93	0	102	46	13	18	21	1.83
85563--85656	49	1.9	49	97	0	179	44	9	23	22	1.82
92262--92303	18	2.2	18	87	8	57	47	0	2	50	1.14
97657--97709	26	2.0	26	100	0	106	35	7	22	33	1.83
114124--114189	33	2.0	33	96	0	123	18	19	21	40	1.91
114719--114766	22	2.2	22	88	7	71	64	2	6	27	1.28
114805--114850	18	2.4	20	75	7	51	34	0	10	54	1.36
114843--115151	156	1.9	160	96	3	572	38	7	14	39	1.74
124440--124468	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
130794--130827	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
131310--131353	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131652--131723	28	2.6	28	84	6	101	41	11	16	30	1.83
131652--131724	29	2.6	28	89	4	103	42	10	16	30	1.82
131652--131735	29	3.0	28	84	3	71	41	10	15	32	1.81
133538--133613	27	2.7	28	80	11	93	56	3	2	36	1.32
137861--137976	60	1.9	60	87	3	171	33	13	14	37	1.86
138277--138349	35	2.1	35	87	5	105	23	30	10	35	1.89
138630--138671	21	2.0	21	90	0	66	28	26	21	23	1.99
138764--138840	20	4.1	20	65	21	67	16	28	35	19	1.94
141835--141860	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
150577--150614	19	2.0	19	100	0	76	15	36	0	47	1.46
160139--160183	24	1.9	23	81	4	54	40	6	0	53	1.27
162498--162554	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
168674--168724	4	12.8	4	95	0	93	27	0	21	50	1.48
169118--169164	19	2.6	17	81	12	58	68	2	0	29	1.02
169154--169192	18	2.2	17	86	4	51	56	2	0	41	1.13
170049--170078	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
171082--171128	3	16.0	3	95	4	87	68	0	31	0	0.90
174836--174868	16	2.1	16	88	5	50	48	0	6	45	1.27
176584--176993	76	5.4	76	95	1	691	35	20	20	23	1.96
177393--178029	113	5.6	114	90	3	905	29	19	13	37	1.89
177863--177907	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
178466--178520	22	2.5	22	90	0	92	38	14	12	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178884--179053	54	3.1	54	93	0	286	22	20	16	40	1.91
180150--180245	35	2.6	35	80	11	104	32	21	13	32	1.92
181166--181421	83	3.1	83	97	0	476	35	20	15	28	1.93
188335--188385	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
188926--188958	16	2.1	16	88	5	50	48	0	6	45	1.27
189426--189450	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
190506--190546	3	14.0	3	80	14	50	63	0	0	36	0.95
202774--202805	12	2.7	12	95	0	55	3	43	0	53	1.16
206425--206630	29	7.0	29	73	10	143	35	7	1	55	1.36
206425--206630	60	3.5	58	81	6	229	35	7	1	55	1.36
206614--206641	13	2.2	13	100	0	56	42	0	0	57	0.99
206425--206660	116	2.0	118	82	6	284	37	6	1	54	1.37
206648--206691	23	1.9	23	90	0	70	52	2	9	36	1.46
206664--206868	29	6.9	29	73	13	150	52	1	8	37	1.43
206664--206870	30	7.0	28	72	16	152	52	1	8	37	1.44
209195--209247	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
209279--209341	22	2.7	23	82	9	83	46	1	9	42	1.46
210464--210526	26	2.4	26	80	17	69	41	7	0	50	1.31
215588--215636	20	2.4	21	75	6	55	32	22	6	38	1.79
215998--216029	15	2.1	15	94	0	55	46	15	15	21	1.83
216078--216180	33	3.2	33	91	2	165	44	15	7	32	1.75
216175--216216	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218645--218702	28	2.1	28	84	9	75	22	17	13	46	1.83
236009--236061	7	7.7	7	74	4	54	35	0	0	64	0.94
235999--236081	32	2.5	32	94	3	139	40	0	0	59	0.98
241437--241461	11	2.3	11	100	0	50	48	8	36	8	1.62
245545--245611	24	2.8	24	86	0	89	14	13	16	55	1.70
245876--245919	16	2.8	16	89	0	70	52	22	15	9	1.71
247002--247030	14	2.1	14	100	0	58	48	27	17	6	1.72
256785--256828	20	2.3	19	84	7	54	45	2	22	29	1.65
261433--261460	13	2.2	13	100	0	56	28	7	21	42	1.79
262296--262325	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3