genome.fa.s8543.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008543.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111432_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  282078

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 260 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80605--80648	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
80635--80907	20	13.6	20	72	13	105	17	23	20	38	1.93
80645--80765	61	2.0	63	91	3	201	18	28	18	35	1.94
80635--80806	81	2.1	82	90	2	265	19	26	18	35	1.95
80820--80870	18	2.7	19	90	6	77	11	19	19	49	1.79
80858--80907	19	2.6	19	90	6	75	16	18	24	42	1.89
87220--87269	23	2.2	23	92	0	82	38	8	22	32	1.83
87363--88073	201	3.5	196	80	10	656	31	15	13	40	1.86
90079--90553	182	2.6	180	86	3	666	27	16	14	41	1.87
96837--96928	47	2.0	47	88	0	139	59	16	11	11	1.60
96792--96928	24	5.8	24	74	6	100	59	15	13	12	1.62
96831--96918	23	3.8	23	80	3	95	59	18	11	11	1.61
97094--97143	23	2.1	24	85	3	66	56	18	12	14	1.68
97094--97150	14	4.4	14	76	17	61	56	17	12	14	1.68
100931--101002	10	6.4	10	72	22	54	8	11	22	58	1.59
100941--100995	14	4.2	14	75	17	64	7	10	25	56	1.59
100937--101002	24	2.8	24	95	0	123	9	10	22	57	1.60
102090--102131	10	4.6	10	77	22	56	9	9	21	59	1.57
102095--102127	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
104457--104490	8	4.2	8	96	0	59	58	38	2	0	1.13
104506--104577	37	1.9	37	91	0	117	38	6	9	44	1.64
110445--110492	24	2.0	24	95	0	87	25	31	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114581--114895	168	1.9	168	98	0	612	31	13	10	43	1.79
115888--115915	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
116278--116364	2	47.5	2	67	17	55	49	0	0	50	1.00
116275--116364	36	2.4	37	92	3	146	50	0	0	50	1.00
118360--118426	32	2.1	32	88	0	98	25	8	19	46	1.79
118375--118445	32	2.2	32	84	0	88	32	11	15	40	1.83
121754--121793	19	2.2	19	86	4	55	37	22	10	30	1.87
123689--123810	63	1.9	63	86	0	172	22	20	16	40	1.91
130415--130473	21	2.9	21	76	2	57	28	38	20	11	1.88
131178--131217	15	2.7	15	92	0	62	25	27	5	42	1.75
132749--132794	23	2.0	23	91	0	74	47	0	26	26	1.52
132793--132845	26	2.0	26	100	0	106	37	7	26	28	1.83
135415--135455	19	2.2	19	86	4	57	36	24	9	29	1.87
135423--135466	19	2.3	19	80	0	52	36	25	9	29	1.86
135763--135820	29	2.0	30	82	3	73	51	5	18	24	1.66
136648--136863	112	1.9	112	94	0	378	28	12	16	42	1.84
136849--136883	16	2.2	16	89	0	52	5	8	25	60	1.49
136861--136938	32	2.4	32	84	0	93	15	7	17	58	1.59
138890--138936	24	2.0	24	86	0	67	74	2	4	19	1.09
139087--139160	2	37.5	2	97	2	141	48	0	0	51	1.00
139144--139320	39	4.7	39	84	12	235	40	7	4	48	1.52
139156--139298	73	1.9	73	92	4	243	39	8	5	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140623--140705	36	2.4	36	93	4	143	26	0	7	66	1.18
140623--140725	36	2.9	35	86	11	106	28	0	6	64	1.25
155041--155445	42	9.8	42	86	5	513	27	21	18	32	1.97
155040--155445	83	4.9	83	87	5	495	27	21	18	32	1.97
155041--155445	125	3.3	124	90	2	600	27	21	18	32	1.97
160193--160251	21	2.8	21	81	0	64	18	6	18	55	1.64
160404--160628	43	5.3	43	84	3	274	28	22	21	27	1.99
160404--160628	85	2.6	86	83	4	276	28	22	21	27	1.99
161545--161614	35	2.0	35	97	0	131	18	8	35	37	1.82
166298--166336	16	2.4	17	82	8	53	41	35	5	17	1.72
168644--168691	17	2.9	16	71	3	51	29	4	0	66	1.10
171987--172194	47	4.5	47	92	3	307	33	19	7	38	1.81
173983--174040	30	1.9	30	86	6	82	34	20	6	37	1.80
174265--174303	19	2.0	18	85	14	51	64	2	0	33	1.08
184185--184246	32	1.9	32	90	0	97	24	22	22	30	1.99
188681--188783	32	3.2	32	75	11	97	30	19	18	32	1.96
188699--188808	32	3.5	31	80	3	121	27	18	23	30	1.97
193454--193483	14	2.1	14	93	0	51	36	6	20	36	1.79
193763--193813	23	2.2	23	82	0	57	45	1	0	52	1.12
193832--193920	27	3.3	26	73	14	74	49	2	1	47	1.21
193801--193869	19	3.6	19	71	21	63	47	2	0	49	1.16
193802--193883	9	8.8	9	69	20	53	48	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193859--193933	27	2.8	27	67	16	66	46	1	1	50	1.18
193946--194009	20	3.2	19	78	8	56	40	1	4	53	1.31
194835--194866	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
194832--194877	23	2.0	23	83	8	58	47	0	2	50	1.13
196909--196943	18	1.9	18	94	0	61	25	14	8	51	1.70
199046--199154	42	2.6	42	80	2	103	23	6	22	46	1.75
199142--199176	18	1.9	18	94	0	61	25	14	8	51	1.70
199296--199348	13	3.8	13	76	16	52	58	0	1	39	1.09
199295--199360	29	2.2	29	84	7	89	54	0	1	43	1.09
199516--199554	19	2.1	19	85	9	53	43	0	7	48	1.31
201350--201458	42	2.6	41	82	5	121	26	4	22	46	1.71
201446--201480	18	1.9	18	94	0	61	25	14	8	51	1.70
201600--201665	29	2.2	29	81	7	80	53	1	1	43	1.19
201645--201714	18	3.8	18	73	16	63	50	2	1	45	1.25
201816--201861	19	2.4	19	82	13	58	43	0	6	50	1.28
204507--204552	20	2.3	20	84	0	56	28	26	15	30	1.96
214272--214394	24	5.2	23	75	4	111	57	17	11	13	1.64
214272--214404	47	2.8	47	82	1	149	58	16	10	14	1.62
218647--218863	108	2.0	107	96	0	398	29	22	13	34	1.93
229573--229614	12	3.2	14	77	16	54	73	2	4	19	1.12
230385--230744	156	2.3	158	86	1	510	47	6	18	27	1.74
231415--231449	17	2.1	17	88	0	52	68	2	14	14	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232359--232451	46	2.0	46	97	0	177	35	17	11	35	1.86
244238--244301	32	2.0	32	90	6	103	18	32	26	21	1.97
244602--244682	32	2.6	31	78	3	90	20	25	27	25	1.99
244597--244696	31	3.2	30	76	8	92	22	27	24	27	1.99
244644--244709	31	2.1	31	86	5	89	19	25	25	28	1.99
246488--246683	93	2.1	95	93	1	333	33	3	11	51	1.56
247144--247202	16	3.3	20	65	34	62	37	0	6	55	1.26
247157--247210	16	3.4	16	75	10	65	38	0	3	57	1.17
247147--247211	32	2.0	32	100	0	130	41	0	6	52	1.26
252158--252196	20	1.9	21	84	5	53	38	7	17	35	1.79
252539--252679	20	6.9	20	81	6	149	26	24	19	28	1.99
253508--253561	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
255820--255854	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
256021--256311	20	15.4	20	71	13	179	34	21	17	26	1.96
256033--256182	54	2.8	54	87	0	219	36	22	16	24	1.94
256079--256356	94	3.0	94	86	2	301	34	21	19	25	1.96
256021--256290	74	3.6	74	73	3	229	35	21	17	25	1.95
256170--256272	54	1.9	54	89	0	161	34	21	18	25	1.96
256351--256408	20	2.9	20	81	0	62	12	15	25	46	1.80
256507--256568	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
258009--258053	21	2.3	18	81	11	54	24	11	42	22	1.86
258575--258629	20	2.8	20	80	0	65	36	18	20	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258655--258701	20	2.5	20	86	6	62	17	14	27	40	1.89
258797--258854	20	2.9	20	92	0	89	37	20	18	22	1.94
258895--258942	20	2.4	20	89	0	78	16	18	27	37	1.92
259133--259180	20	2.4	20	89	0	69	33	25	20	20	1.97
259222--259280	20	3.0	20	94	0	100	18	20	23	37	1.94
259245--259289	20	2.2	20	88	0	63	22	20	22	35	1.96
259437--259486	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
261208--261295	20	4.4	20	81	4	72	44	21	18	15	1.87
261670--261711	22	1.9	22	95	0	75	19	7	42	30	1.78
261894--262000	20	5.3	20	89	0	151	25	20	24	29	1.99

Tables:   1   2   3