genome.fa.s8548.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008548.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111440_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1170587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4339--4394	25	2.2	25	96	0	103	28	3	23	44	1.70
4797--4837	21	2.0	20	85	4	55	43	9	7	39	1.65
9096--9172	22	3.8	21	76	13	90	27	28	22	22	1.99
16809--16879	19	3.7	19	96	0	133	21	35	15	28	1.94
19284--19334	22	2.3	22	75	3	57	35	11	17	35	1.87
19726--19772	22	2.1	22	84	7	60	34	6	19	40	1.77
25748--25889	65	2.2	63	81	10	164	31	17	23	27	1.97
25877--25934	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
26337--26409	37	2.0	37	83	5	94	49	2	13	34	1.57
28222--28253	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
39585--39760	85	2.1	86	98	1	345	31	13	15	39	1.86
43226--43320	39	2.4	39	82	7	102	45	1	0	53	1.07
43369--43438	30	2.3	30	85	0	95	18	37	11	32	1.87
45333--45425	14	6.9	14	70	18	63	69	1	0	29	0.95
45343--45399	7	8.3	7	80	16	57	70	0	0	29	0.88
45343--45424	41	2.0	42	88	7	123	68	1	0	30	0.98
45333--45422	5	18.8	5	77	15	57	68	1	0	30	0.96
45484--45568	35	2.5	34	84	5	109	45	8	2	43	1.46
56039--56475	170	2.6	170	90	0	687	28	17	18	36	1.93
56638--56702	12	5.1	12	74	18	60	38	1	1	58	1.17
56639--56740	48	2.2	47	78	11	106	42	1	1	53	1.23
61277--61312	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61400--61448	21	2.3	22	79	13	57	53	8	4	34	1.50
62216--63048	85	9.8	85	84	3	869	27	17	20	35	1.95
64218--64412	98	2.0	98	92	1	327	30	17	18	33	1.94
65366--65423	29	2.0	29	93	0	98	27	34	13	24	1.93
68980--69042	27	2.3	28	86	2	83	66	0	6	26	1.15
73205--73231	12	2.2	12	100	0	54	59	7	0	33	1.25
73230--73263	8	4.2	8	100	0	68	52	11	0	35	1.38
76077--78345	138	16.4	138	92	1	3668	30	22	22	24	1.99
76757--76968	69	3.1	69	62	15	157	29	23	22	24	1.99
80777--80809	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
82435--82477	20	2.2	20	91	0	68	20	23	18	37	1.94
82444--82483	20	2.0	20	85	0	53	20	22	20	37	1.94
82995--83036	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
86954--87034	29	2.8	29	88	0	108	14	24	22	38	1.92
89710--90141	138	3.1	138	84	4	548	31	18	22	26	1.97
91701--91881	84	2.1	84	92	4	310	20	15	24	39	1.91
97138--97187	15	3.3	15	82	0	64	14	32	8	46	1.73
97554--97721	30	5.7	30	80	7	157	41	13	27	17	1.87
100518--100589	22	3.3	22	75	9	67	61	4	15	19	1.50
100511--100595	44	1.9	44	88	4	127	60	3	17	18	1.51
103225--103295	19	3.7	19	100	0	142	29	16	26	26	1.97
103261--103423	64	2.5	65	84	7	217	34	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104245--104280	18	2.0	18	100	0	72	11	22	33	33	1.89
104216--104403	62	3.1	62	62	26	155	24	15	25	35	1.94
104122--104504	121	3.2	121	98	0	732	24	15	24	35	1.94
104366--104401	18	2.0	18	100	0	72	11	22	33	33	1.89
104502--104579	23	3.3	23	80	1	93	25	19	21	33	1.97
111513--111583	32	2.3	29	85	9	88	67	1	0	30	0.99
111513--111600	30	2.9	29	83	6	86	62	3	0	34	1.12
111504--111579	5	15.8	5	82	10	70	67	1	0	31	0.99
111507--111614	25	4.4	25	71	20	77	62	3	0	33	1.12
111600--111632	17	1.9	17	93	0	57	45	9	6	39	1.61
111599--111644	19	2.6	17	82	6	56	43	8	6	41	1.61
111634--111722	35	2.6	34	81	8	101	44	7	4	42	1.53
111764--111796	14	2.3	15	94	5	59	42	9	6	42	1.61
111744--111814	36	1.9	38	88	5	110	43	9	4	42	1.57
112417--112456	21	1.9	21	89	0	62	30	5	2	62	1.29
114944--115658	81	8.7	82	84	7	905	25	15	12	46	1.82
114944--115651	163	4.3	163	82	7	876	25	15	12	46	1.82
123721--123755	15	2.3	15	100	0	70	42	0	45	11	1.40
127642--127845	76	2.7	78	89	3	292	20	23	31	24	1.98
134132--134386	53	4.7	53	91	4	359	30	22	4	42	1.74
134289--134401	60	1.9	60	88	0	172	30	23	5	41	1.76
134560--134698	60	2.3	60	81	8	167	41	5	19	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135228--135277	16	3.1	17	71	23	54	48	0	18	34	1.48
141868--141906	12	3.2	12	100	0	78	43	15	0	41	1.46
144633--144663	5	6.2	5	96	0	53	3	19	0	77	0.90
145746--145788	2	23.0	2	86	13	65	48	0	0	51	1.00
147167--148154	134	7.4	134	93	1	1527	27	17	23	30	1.97
147774--148229	93	5.0	92	72	12	306	26	18	23	31	1.97
150737--150782	8	5.8	8	100	0	92	10	10	0	78	0.97
150718--150806	8	10.4	8	80	17	72	6	15	0	77	0.97
150916--150997	15	5.3	15	74	11	67	8	13	0	78	0.97
150921--150964	23	1.9	23	100	0	88	11	11	0	77	1.00
150921--150965	8	5.8	8	94	5	83	11	11	0	77	0.99
150902--150995	8	10.4	9	74	14	54	7	15	0	76	1.00
150696--151063	183	2.0	184	99	0	729	10	16	8	64	1.49
157256--157586	145	2.3	145	83	3	389	22	24	20	31	1.98
157758--157793	13	2.8	13	100	0	72	30	5	33	30	1.81
159680--159735	25	2.3	25	79	11	64	26	19	30	23	1.98
160764--160839	21	3.6	20	72	11	62	32	11	25	30	1.91
161897--161977	28	2.9	28	96	0	144	17	17	28	37	1.92
168983--169064	6	13.0	6	80	10	74	3	23	0	73	0.99
168994--169064	21	3.5	20	80	12	74	4	23	0	71	1.03
171839--171997	18	8.8	18	87	0	210	7	41	25	25	1.81
171840--171891	8	6.0	8	75	16	50	5	44	25	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174900--174953	28	1.9	28	85	7	74	50	11	11	27	1.72
175646--175728	23	3.3	23	66	18	67	54	8	18	19	1.68
175623--175726	52	2.0	52	92	3	174	53	7	18	20	1.68
176661--176704	18	2.4	18	92	7	72	15	29	4	50	1.64
177463--177527	31	2.1	31	91	0	103	46	9	15	29	1.77
179444--179488	20	2.2	21	88	11	67	46	0	2	51	1.13
179531--179561	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
184674--184704	16	2.0	15	93	6	53	48	0	0	51	1.00
186430--186489	26	2.3	26	97	0	111	13	13	43	30	1.82
187584--187718	67	2.0	67	100	0	270	26	4	29	39	1.76
187862--187886	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
189001--189027	13	2.1	13	100	0	54	51	14	7	25	1.68
191798--191828	15	2.1	15	100	0	62	32	12	19	35	1.90
193322--193351	12	2.5	12	94	0	51	30	10	10	50	1.69
198180--198246	28	2.4	27	78	11	73	61	4	22	11	1.48
199284--199313	12	2.5	12	94	0	51	30	10	10	50	1.69
211884--211926	20	2.3	18	88	8	59	9	18	0	72	1.11
218825--218883	29	2.0	29	93	0	100	45	13	15	25	1.82
223470--223528	29	2.0	29	96	0	109	50	13	11	23	1.74
224787--224816	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
228367--228413	23	2.0	24	83	4	60	25	4	25	44	1.72
229247--229296	25	2.0	25	92	0	82	46	14	18	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229958--229993	18	2.0	18	94	0	63	25	22	33	19	1.97
229974--230047	26	2.7	27	89	6	114	21	17	29	31	1.96
233196--233227	15	2.1	15	94	0	55	6	25	15	53	1.65
242144--242193	24	2.2	22	89	7	73	20	6	4	70	1.25
242752--242793	21	2.0	21	81	9	50	26	19	0	54	1.44
248777--248825	25	2.0	25	83	0	62	16	12	6	65	1.45
250041--250075	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
253166--253200	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
254355--254437	19	4.6	19	82	14	113	18	34	30	16	1.93
254379--254444	14	4.4	14	77	17	69	19	34	30	15	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7