genome.fa.s8548.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008548.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111440_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1170587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825549--825694	29	4.8	30	70	18	90	46	1	2	50	1.21
825620--825683	28	2.2	29	83	8	78	48	1	1	48	1.20
825641--825693	20	2.7	19	73	18	54	47	0	1	50	1.12
825535--825694	60	2.7	59	78	13	159	48	1	1	48	1.20
825656--825693	11	3.5	11	82	10	51	47	0	0	52	1.00
825894--825967	21	3.5	20	89	7	103	21	25	16	36	1.94
825957--826008	21	2.5	20	84	3	59	40	15	23	21	1.91
825994--826131	41	3.4	41	75	11	122	37	23	15	23	1.93
826005--826111	20	5.3	20	76	6	90	34	25	15	24	1.95
826298--826341	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
826606--826662	20	2.8	20	81	0	51	17	15	19	47	1.83
827982--828030	18	2.7	18	90	6	73	28	44	10	16	1.80
828549--828615	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
828604--828662	14	3.9	14	76	20	64	50	23	15	10	1.74
828588--828679	33	2.8	33	94	0	166	48	21	17	11	1.79
828568--828731	85	1.9	86	93	1	285	46	21	19	12	1.83
828618--828736	52	2.3	52	97	0	220	48	20	18	12	1.80
828743--828787	14	3.2	14	90	0	63	6	13	26	53	1.64
828748--828788	14	2.9	14	92	0	64	7	17	24	51	1.70
828790--828862	20	3.7	20	85	3	85	16	17	27	38	1.91
829210--829265	21	2.7	20	72	8	58	25	39	14	21	1.91
829210--829298	42	2.1	42	87	4	126	22	41	14	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829210--829328	42	2.8	41	81	5	121	22	39	16	21	1.92
830845--830990	19	8.3	19	79	17	115	45	22	19	13	1.84
830861--830990	33	3.8	33	82	11	133	45	23	19	12	1.83
830929--830990	18	3.4	18	97	2	115	45	27	16	11	1.81
830987--831050	19	3.6	19	66	20	57	10	25	20	43	1.84
832041--832094	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
834554--834683	19	7.6	18	66	25	86	45	20	23	10	1.82
834572--834628	14	3.7	14	75	20	60	43	21	24	10	1.83
834554--834680	33	3.8	33	94	0	218	45	19	23	11	1.82
834680--834774	19	5.3	19	80	16	98	12	17	23	46	1.82
834695--834757	33	1.9	32	87	9	92	11	17	23	47	1.79
834680--834806	52	2.5	52	87	6	170	12	19	22	45	1.84
834729--834806	19	4.4	19	79	15	103	12	21	19	46	1.83
834913--834949	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
836300--836366	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
836704--836918	94	2.3	94	94	0	367	47	19	12	20	1.81
838605--838716	19	6.1	19	81	12	144	47	17	22	12	1.81
838605--838694	33	2.5	35	87	10	121	47	17	22	12	1.80
838728--838783	14	3.6	14	74	21	58	12	21	23	42	1.86
838712--838792	33	2.5	33	91	0	126	12	19	23	44	1.85
839335--839545	20	10.4	20	70	10	115	24	19	18	36	1.94
839335--839426	41	2.3	40	82	1	103	21	20	19	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839456--839532	21	3.7	22	76	13	74	20	18	20	40	1.92
839547--839612	21	3.1	21	87	6	98	39	13	27	19	1.89
840093--840133	14	2.9	14	88	0	55	36	19	14	29	1.92
840123--840161	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
840135--840207	15	4.5	15	72	21	58	32	19	8	39	1.81
840145--840213	36	1.9	35	97	2	129	30	20	7	42	1.79
840159--840201	21	2.0	21	86	0	59	27	20	9	41	1.83
840708--840741	18	1.9	18	88	5	52	23	32	29	14	1.94
845905--845943	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
847907--847976	2	36.5	2	72	18	51	52	2	0	44	1.15
847913--848074	18	8.6	17	72	18	76	48	4	2	44	1.35
847912--848122	13	15.2	13	70	17	106	47	4	3	43	1.42
847995--848074	18	4.3	18	78	13	83	48	5	2	43	1.38
847937--848117	98	1.9	97	92	3	310	46	4	4	44	1.45
848109--848151	18	2.4	18	92	0	77	55	4	9	30	1.52
847957--848234	98	2.8	99	81	8	282	48	4	5	41	1.44
848176--848273	2	50.0	2	69	18	55	46	2	4	46	1.33
848176--848225	15	3.3	15	88	5	66	50	4	4	42	1.40
848380--848452	16	4.2	17	81	10	85	39	2	8	49	1.47
848411--848449	20	2.0	20	89	0	60	41	2	7	48	1.45
848380--848452	33	2.2	33	87	5	101	39	2	8	49	1.47
848380--848461	18	4.7	18	77	15	84	37	2	10	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848777--848811	17	2.1	17	94	0	61	28	14	5	51	1.65
848834--848903	2	37.0	2	88	11	112	50	0	0	50	1.00
849350--849394	2	22.5	2	84	8	56	42	2	2	53	1.25
849466--849502	11	3.5	11	78	14	51	35	0	40	24	1.55
850267--850321	16	3.4	16	79	0	65	38	10	25	25	1.88
852558--852645	22	3.9	22	84	10	106	28	20	26	25	1.99
861210--861248	14	2.8	14	100	0	78	12	0	15	71	1.14
861449--861525	24	3.2	24	90	0	118	9	14	22	54	1.67
863632--863668	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
866298--866329	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
867677--867898	110	2.0	110	99	0	435	38	10	15	36	1.81
870940--871018	21	3.7	21	94	3	140	20	40	18	20	1.92
871183--871235	21	2.5	21	96	3	97	39	37	7	15	1.75
881449--881483	18	1.9	18	94	0	61	68	8	2	20	1.29
882047--882085	19	2.1	19	90	0	60	64	7	5	23	1.40
882700--882741	20	2.0	21	90	4	68	35	14	9	40	1.78
890168--890392	88	2.6	88	84	7	305	48	7	12	32	1.69
890168--890394	87	2.6	85	81	12	280	48	7	12	32	1.69
893756--893782	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
895489--895554	30	2.2	30	94	0	114	37	16	12	33	1.86
908992--909030	20	1.9	21	84	5	53	33	15	10	41	1.81
912308--912370	20	3.1	20	93	2	99	19	36	28	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915601--915663	20	3.2	20	90	4	101	22	36	28	12	1.91
920483--920606	62	2.0	62	100	0	248	51	8	8	32	1.60
924381--924441	20	2.9	20	85	7	59	24	32	26	16	1.96
929252--929724	181	2.6	182	90	0	732	42	13	16	27	1.86
929633--929691	20	3.0	19	80	9	73	54	10	15	20	1.70
931945--932009	21	3.1	21	88	0	94	43	10	29	16	1.82
932043--932108	33	2.0	33	90	0	105	30	0	45	24	1.53
932295--932373	33	2.4	33	91	0	131	54	0	41	3	1.18
932295--932383	33	2.7	33	84	6	119	53	0	41	4	1.21
933337--933361	4	6.2	4	100	0	50	24	0	28	48	1.52
940059--940116	20	2.8	20	84	5	62	25	34	24	15	1.95
944833--944881	20	2.5	20	100	0	98	48	0	20	30	1.50
945340--945807	113	4.2	112	93	1	787	25	11	14	48	1.77
945428--945469	21	2.0	21	100	0	84	9	9	14	66	1.44
945541--945581	20	2.0	20	100	0	82	9	9	14	65	1.46
945340--945805	224	2.1	226	93	2	796	24	11	14	49	1.76
945765--945815	20	2.5	20	93	0	93	13	11	13	60	1.59
946162--946230	24	2.9	24	79	18	81	53	2	0	43	1.15
947417--947456	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
948201--948326	50	2.5	50	80	2	155	15	34	28	22	1.94
952097--952158	18	3.4	18	93	0	97	17	33	14	33	1.90
952106--952149	15	2.9	15	86	0	61	20	36	11	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
952102--952152	15	3.4	15	83	0	57	21	35	11	31	1.90
952500--952575	18	4.2	18	89	0	116	23	18	28	28	1.98
954083--954304	111	2.0	111	92	3	367	45	9	8	36	1.67
954428--954468	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
958774--958870	30	3.2	30	86	1	104	22	22	24	29	1.99
958801--958873	30	2.4	30	93	0	119	24	21	24	28	1.99
960818--960908	34	2.6	37	77	18	88	53	3	0	42	1.17
960870--960930	22	2.8	21	80	11	61	59	1	0	39	1.08
963326--963800	106	4.5	106	91	0	736	22	20	25	32	1.98
968030--968076	20	2.3	20	78	7	51	70	0	2	27	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7